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1.
为了解多鳞四指马■(Eleutheronema rhadinum)的遗传多样性信息,采用荧光标记扩增片段长度多态性技术(fluorescent amplified fragment length polymorphism, fAFLP)对多鳞四指马■8个地理群体214个样本进行扩增和遗传结构分析。结果显示：用9对引物组合共扩增位点493条,其中多态性位点为443条,多态性比例为89.86%;8个地理群体观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.679 0、1.467 2、0.250 8和0.363 1;群体遗传多样性高低依次为舟山>崇明>启东>东山>广州>湛江>琼海>高雄。应用AMOVA对8个群体的遗传变异来源进行分析得出,总的遗传分化指数Fst为0.237 2,表明23.72%遗传变异来自于群体间。8个地理群体遗传距离(D)在0.021 6～0.194 4之间;相似系数(H)在0.823 4～0.978 6之间,UPGMA聚类得出多鳞四指马■群体可... 相似文献
2.
4 个斧文蛤群体微卫星标记的遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究斧文蛤(Meretrix lamarckii)不同地理群体(浙江苍南群体、福建长乐群体、福建宁德群体以及广东汕头群体)的遗传结构和系统发生关系,采用13对微卫星分子标记,对4个不同地理群体进行了分析。结果显示,13对引物共检测出63个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~7个,平均每个位点观测等位基因数(Na)为4.87;有效等位基因数(Ne)为1.927~2.591;平均观测杂合度(Ho)为0.437~0.562;平均期望杂合度(He)为0.446~0.549;平均多态信息含量(PIC)为0.383~0.490;Hardy-Weinberg平衡检验表明,4个群体的大部分微卫星位点都偏离平衡状态(P0.05);UPMGA聚类分析表明,浙江苍南群体与福建宁德群体聚为一支,福建长乐群体和广东汕头群体聚为一支;群体间遗传变异指数Fst为0.230 9,表明4个斧文蛤群体间的遗传变异为23.09%。研究表明,斧文蛤4个不同地理群体遗传多样性处于中等多态水平;4个群体的遗传距离与它们实际的地理分布情况基本一致;4个地理群体间的变异较大,遗传分化水平较高。该研究为斧文蛤种质资源的有效保存、管理和恢复提供了理论依据。 相似文献
3.
用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。 相似文献
4.
为研究多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)不同地理群体的遗传多样性,应用AFLP技术分析了江苏东南部近海海域(QD)、广东湛江近海海域(ZJ)、上海崇明长江口附近水域(CM)和海南琼海近海海域(QH)4个地理群体的遗传特征和群体分化。120 ind个体样品、8对引物组合共扩增246条带,多态性条带为128条,多态性比例为53.4%。群体ZJ扩增位点最多,多态性比例也最高,群体内的Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数变化趋势一致,均为CM相似文献
5.
应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类. 相似文献
6.
本研究构建了西伯利亚鲟（Acipenser baeri）扩增片段长度多态性（AFLP）分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤。用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为48.83%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.4297,平均Shannon氏指数I为0.1233,个体间平均遗传距离为0.1872,表明西伯利亚鲟养殖群体的遗传多样性程度比较低,同时还构建了西伯利亚鲟的聚类图。 相似文献
7.
为研究塔里木河流域叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)群体的遗传多样性,基于高通量测序平台,对叶尔羌高原鳅基因组进行测序,并筛选出符合条件的微卫星位点,设计100对用于PCR扩增的引物,最终筛选出39对具有多态性的引物,挑选多态性较高的15对在5个河段叶尔羌高原鳅种群中进行扩增,分析不同种群的遗传多样性和种群分化情况。结果显示,5个叶尔羌高原鳅群体的平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为48.467和15.181,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.578和0.929,多态性信息含量(PIC)为0.893,种群间遗传分化系数(Fst)为0.102。其中,车尔臣河群体等位基因数最多(18.143),阿克苏河群体等位基因数最少(10.429);阿克苏河群体的观测杂合度最高(0.706),台特玛湖群体的观测杂合度最低(0.517);阿尔干群体的多态信息含量最高(0.877),阿克苏河群体的多态信息含量最低(0.760);阿克苏河与台南河群体的遗传距离最小(0.606),阿尔干与台南河群体遗传距离最大(1.901);阿尔干群体与台南河群体遗传相似度最低(0.149),阿克苏河与台南河群体的遗传相似度最高(0.545)。群体遗传结构显示,车尔臣河与台特玛湖、阿克苏河与台南河、阿尔干群体分别聚为独立分支。研究表明,塔里木河各个河段叶尔羌高原鳅之间虽然有一定的差异,但仍然有基因交流现象。 相似文献
8.
运用AFLP技术,对广东鲮鱼原种场保存的鲮原种2个子群体(子群体h、q)各29个个体进行遗传多样性分析。25对AFLP引物组合中的6对引物扩增共产生173条条带,其中多态位点数为72,多态位点比例为41.5%。在6对引物产生的173条扩增条带中,有一条扩增条带在子群体h中的出现频率远远高于其在子群体q中的出现频率(72.4%>20.6%),编号为E2M4-1。遗传多样性分析结果表明,子群体h的遗传多样性指数高于子群体q(0.1367>0.0998)。该研究为筛选鲮原种群体2个子群体间的特异性分子标记做了初步尝试。 相似文献
9.
10.
为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0～0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失。2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.164 2),遗传相似系数为0.582 2,遗传距离为0.540 9,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化。 相似文献
11.
皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析 总被引：7，自引：0，他引：7
对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。 相似文献
12.
太平洋牡蛎不同组织DNA甲基化的F-MSAP分析 总被引：3，自引：2，他引：1
采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性(F-MSAP)技术对太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)的6个组织进行全基因组CCGG位点甲基化水平的检测。结果表明: 鳃、闭壳肌、外套膜、唇瓣、性腺、消化盲囊6个组织的甲基化水平分别为: 31.77%、36.41%、32.00%、36.47%、32.77%和37.92%。甲基化模式分为全甲基化和半甲基化, 在太平洋牡蛎中, 全甲基化模式与总体甲基化水平一致, 消化盲囊、唇瓣、闭壳肌组织的甲基化水平较高, 而鳃、外套膜、性腺组织的甲基化程度较低; 半甲基化位点显著少于全甲基化位点, 并且不同组织间的半甲基化位点不存在显著性差异, 而从全甲基化位点及总甲基化水平分析, 不同组织之间甲基化水平差异显著。太平洋牡蛎中存在组织特异性甲基化片段和非组织特异性甲基化片段, 但却只在一个或部分个体中出现, 没有发现在所有研究个体中都存在的甲基化差异片段, 这可能与牡蛎较高的杂合度相关。对实验样品进行的荧光标记的扩增片段长度多态性(F-AFLP)分析发现, 样品间的确存在较大的遗传差异, 基于以上结果可以推测基因组甲基化水平可能与个体遗传背景相关联。
相似文献13.
为探索人工增殖活动对本地大竹蛏(Solen grandis)种质资源带来的影响,采用SSR及ISSR分子标记手段对江苏大竹蛏野生群体与人工增殖群体的遗传多样性及遗传结构进行了联合分析。筛选的14对SSR引物扩增获得多态性位点150个(PPB=93.16%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.134 2和0.253 5;筛选的10条ISSR引物获得多态性位点85个(PPB=91.93%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.131 0和0.230 2。两种方法分析得到野生群体的遗传多样性参数均显著高于人工增殖群体,但两群体间并未产生明显的遗传分化。实验结果表明,江苏沿海大竹蛏群体的遗传多样性水平较高,人工增殖群体的遗传多样性虽有所下降,但并未导致该地区大竹蛏种质资源遗传结构的显著改变。因此人工增养殖活动仍然能够作为补充大竹蛏资源的主要手段,但应探索采用高效生态的增养殖模式,对大竹蛏的种质资源进行合理的开发与利用。 相似文献
14.
青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：19，自引：0，他引：19
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。 相似文献
15.
草鱼野生群体和人工繁殖群体遗传结构的比较研究 总被引：16，自引：0，他引：16
采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。 相似文献
16.
银鲳4个地理种群遗传多样性的初步研究 总被引：5，自引：0，他引：5
采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自海南(HN)、浙江(ZJ)、江苏(JS)、河北(HB)等近海海域的4个地理群体银鲳进行遗传多样性分析。从20个随机引物中筛选出10个,利用POPGEN Version 1.31软件对多态位点比例和遗传距离进行统计分析。共检测出总位点数56个,其中多态位点有39个,多态位点比例为69.64%。4个海域银鲳群体的Shannon多样性指数分别为0.123 2~0.158 7,Ne i基因多样性指数分别为0.077 6~0.100 4。JS群体与HN群体的遗传距离最远,为0.321 6;JS群体与HB群体的遗传距离最近,为0.231 6。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估银鲳遗传多样性较为适宜的分子标记之一;JS群体保持着最高的遗传多样性,而HN群体多态性比例最低、ZJ群体Shannon多样性指数最低,应采取一些有效的保护措施,以避免HN群体遗传多样性的进一步丧失。 相似文献
17.
三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析 总被引：4，自引：0，他引：4
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。 相似文献
18.
Triangle sail mussel (Hyriopsis cumingii) is the most important mussel species commercially exploited for freshwater pearl culture in China. Its genetic diversity
was studied among populations from the five largest freshwater lakes of China, Poyang Lake (PY), Dongting Lake (DT), Taihu
Lake (TH), Hongze Lake (HZ), and Chaohu Lake (CH), by the polymorphism of the inter-simple sequence repeats (ISSRs). Polymerase
chain reaction (PCR) detections showed that a total of 62 loci were amplified from eight primers; of those, 31.88%, 31.15%,
31.03%, 27.27% and 26.92%, respectively, were polymorphic in each of the five populations across all genotypes tested. The
average heterozygosities were 0.4747, 0.3274, 0.2366, 0.2099 and 0.2018 in each of these populations from PY, TH, DT, CH and
HZ, respectively. Phylogenic analyses showed that PY and TH populations clustered with CH and HZ and formed a group, while
the DT population on its own formed a separated branch. The smallest distance (0.0404) was scored between PY and TH populations,
indicative of their closest relationship; the biggest distance (0.2438) was found between PY and DT populations, suggesting
their greatest divergence. The present study provided genetic basis for managing mussel stocks from these lakes separately
to best preserve the genetic diversity of H. cumingii. On the other hand, since the population in PY displayed the highest genetic diversity, it may be used preferably in future
selective breeding to improve pearl yield and quality. 相似文献