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猪流行性腹泻病毒山西分离株ORF3基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100.0%和98.7%~99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13核苷酸同源性分别为96.6%~97.0%,90.6%,97.6%~98.1%,氨基酸同源性分别为95.1%~96.0%,88.0%,97.1%~98.1%。遗传进化分析结果显示,4株PEDV山西分离毒株与12株2010-2015年我国各地方分离的毒株和2009年分离的CH/JL/09毒株亲缘关系较近;与CV777、LZC、Brl/87和2个疫苗株(CV777truncated和attenuated DR13)亲缘关系较远。 相似文献
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猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒HN-HW株ORF2-7基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研制有效的PRRS疫苗,参照GenBank中公布的猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型ATCC VR-2332基因序列,用Primer 5.0软件分别设计合成了针对PRRSV ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的特异性引物,利用RT-PCR从HN-HW株分别扩增得到了大小约771,904,564,670,619和586 bp的片段,并将扩增的片段插入pGEM-Teasy载体,然后转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,挑取阳性克隆PCR和酶切鉴定后进行测序.利用DNAStar软件将HN-HW株ORF2-7基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列与ATCC VR-2332、JX-A1、CH-1a、BJ-4、HB-1、HB-2、HEB-1、HUB-1、HUB-2、SP、P129、MN184A、RespPRRS MLV、Prime Pac、LV等毒株相应序列进行了同源性分析,并绘制系统进化树.结果显示,HN-HW株与美洲型ATCC VR-2332核苷酸同源性为88.9%～94.9%,与欧洲型LV核苷酸同源性为64.0%～69.0%;推导氨基酸序列与ATCC VR-2332株同源性为82.4%～96.0%,与LV株的同源性为34.5%～78.9%.系统进化树表明,HN-HW株属于美洲型,与JXA1、HUB-1、HUB-2、HEB-1亲缘关系较近. 相似文献
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新城疫病毒河北分离株F基因的克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
参照GenBank中NDV的核酸序列设计一对引物,利用RT-PCR扩增,基因并得到长约1.7 kb的全基因片段,并将其构建到pMD.19T载体上.核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长1 662 bp,编码553个氨基酸,与GenBank下载的13株参考毒株,基因比较,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%～99.2%和96.9%～98.7%;但与IJasota、F48E9及Bl等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为88.6%～91.5%.NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F-I-G119,属于基因Ⅵ NDV. 相似文献
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为了弄清是否有新基因型犬瘟热病毒出现,对山东省不同地区的免疫水貂、狐狸和犬进行了犬瘟热病毒检测,扩增了病毒核衣壳基因和血凝素基因(H),并对13个犬瘟热病毒山东株(8株貂源,2株狐狸源,3株犬源)血凝素基因进行了测序。结果表明,13个犬瘟热病毒山东株之间H基因核苷酸同源性为99.1%~100.0%,均为Asia-1型,这也是我国目前水貂犬瘟热病毒唯一的基因型。与2012年之前的犬瘟热病毒中国分离株及疫苗株相比,13个毒株H基因有4个氨基酸的一致性变异,即P200S、M263I、I542N和Y549H,N-糖基化位点比Onderstepoort株多6或7个,比CDV3株多3或4个。抗原性分析表明,与疫苗株相比,13株山东株在540-549位氨基酸出现一个新的抗原区域,210-230,327-347位的抗原区域也与疫苗株不同,这些变异可能是我国貂狐犬瘟热免疫失败的原因。 相似文献
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猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测方法建立及初步应用研究 总被引：3，自引：2，他引：1
为建立一种特异、敏感的PEDV的检测方法。根据GenBank中公布的猪流行性腹泻病毒CV777株的M基因序列,设计了一对特异性引物,扩增长度为680 bp的片段。将PCR产物进行测序,与CV777株、SH5株M基因的同源性分别为99.2%和97.6%。试验表明：该方法具有较好的特异性和敏感性,并能检测到PEDV的RNA浓度下限为100 pg/μL。从福建省的3个地区共采集58份哺乳仔猪腹泻样品,并应用此方法进行检测,其阳性检出率为87.9%。 相似文献
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《中国农学通报》2010,(14)
为分析3株1型鸭肝炎病毒(DHV)的遗传变异和进化关系;采用RT-PCR和5'-/3'-RACE.方法测定3株1型鸭肝炎病毒全基因序列;研究结果表明,不含poly(A)尾巴的3株病毒的基因组全长为7691~7700nt,基因组均仅含一个长度为6750nt的ORF,625~627nt5'端非翻译区和325~328nt3'端非翻译区(UTR)。将3株病毒株与GeneBank公布的其他DHV-1全基因序列及小RNA病毒科的其他属代表病毒株进行序列分析表明,聚蛋白均被分割成为12个蛋白,其中VP1的变异性最大,180~187位为高变区。3株病毒与DHV-1参考毒株核苷酸序列同源性在93.7%~98.8%,氨基酸序列同源性在96.9%~98.8%,DHV-1各株在小RNA科病毒多聚蛋白氨基酸序列进化树上形成一个独立的进化分支;DHVs-1病毒间核苷酸和氨基酸仍较保守,它们在进化中可将其归为小RNA病毒科的一个新属。 相似文献
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摘要：【目的】从天津地区分离和克隆出1株PCV1,并进行基因组序列分析。【方法】参照GenBank上猪圆环病毒1型（PCV1）全基因组序列设计1对引物,用PCR技术从天津一猪场的临床发病猪病变组织中扩增和克隆获得1株PCV1全基因组序列,并进行序列测定和分析。【结果】全基因组序列结果显示,该株PCV1基因组全长1759 bp,与国内外其他各株PCV1的核苷酸同源性达98.2%以上。主要开放阅读框（ORF）序列结果显示,该分离株与国内外其他PCV1毒株间的ORF1与ORF2的核苷酸同源性分别为97.5%~99.8%和92.7%~99.9%。【结论】虽然各个PCV1分离株之间的全基因组与主要ORF的核苷酸同源性均很高,但还是呈现出一定的地域相关性。 相似文献
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传染性支气管炎病毒S1基因的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为全面分析传染性支气管炎(IBV)流行株S1基因的遗传变异,结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因的克隆测序,并与GenBank中具有代表性的参考株进行同源比较,同时对其高变区HVRⅠ氨基酸基序进行分析.根据系统发育树,结合病毒发生的年代、地域和临床病理,将58株IBV国内外毒株初步分为6个基因型,其中,国内流行株主要涵盖5种基因型,大部分流行株属于基因Ⅴ型(北方株为主)和基因Ⅳ型(南方株为主),两种类型毒株相互交织,呈现复杂的流行形式.对IBV高变区HVRⅠ氨基酸基序分析表明,多数毒株存在不同程度的点突变,尚有4株分离株在33位和34位之间有氨基酸残基的插入.S1基因的遗传变异具有多样性,与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异.不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.968),但IBV流行株与疫苗株的遗传距离愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异. 相似文献
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为了解鸡马立克氏病病毒流行毒株的分子特征,对2012-2014年河南省发病鸡群的临床病料进行了采集,并对MDV 132 bp重复序列进行了PCR扩增,同时对meq、g E、g I基因进行了克隆和序列测定。结果表明,9份病料中均可扩增出与132 bp双拷贝大小相符的PCR主产物;meq、g E、g I基因的核苷酸序列同源性与国内外参考毒株相比,分别为98.5%~100%,98.8%~100%和98.0%~100%;基于这些基因构建的系统发生树的分析结果表明,与美国、澳大利亚、日本以及印度的MDV分离株相比,目前,河南省鸡群中流行的MDV与此前分离的河南流行株进化关系较近,并且与其他国内分离株共同形成一个较大的独立进化分支。 相似文献
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【研究目的】为分析三株1型鸭肝炎病毒（DHV）的遗传变异和进化关系;【方法】采用RT-PCR和5'-/3'-RACE.方法测定三株1型鸭肝炎病毒全基因序列;【结果】研究结果表明,不含poly（A）尾巴的3株病毒的基因组全长为7691~7700 nt,基因组均仅含一个长度为6750 nt的ORF,625~627 nt 5'端非翻译区和325~328 nt 3'端非翻译区(UTR)。将3株病毒株与GeneBank公布的其他DHV-1全基因序列及小RNA病毒科的其它属代表病毒株进行序列分析表明,聚蛋白均被分割成为12个蛋白,其中VP1的变异性最大,180~187位为高变区。3株病毒与DHV-1参考毒株核苷酸序列同源性在93.7%~98.8%,氨基酸序列同源性在96.9%~98.8%,DHV-1各株在小RNA科病毒多聚蛋白氨基酸序列进化树上形成一个独立的进化分支;【结论】DHVs-1病毒间核苷酸和氨基酸仍较保守,它们在进化中可将其归为小RNA病毒科的一个新属。 相似文献
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为了深入解析草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)的分子变异以及遗传多样性,采用小RNA高通量测序结合RACE和RT-PCR技术获得了福建地区SMoV基因组全长序列。SMoV基因组RNA1和RNA2分别为7034 nt和6354 nt,均含有1个ORF,分别编码多聚蛋白P1和P2;SMoV福建分离物同其他15个SMoV分离物的同源性分析表明,RNA1核苷酸和多聚蛋白P1氨基酸同源性分别为79.2%~96.8%和89.0%~99.5%;RNA2核苷酸和多聚蛋白P2氨基酸同源性分别为77.9%~97.8%和89.9%~98.9%。SMoV福建分离物各编码蛋白同其他15个SMoV分离物的同源性分析表明,仅病毒基因组连接蛋白最为保守,其他各蛋白核苷酸序列和氨基酸序列变异均较大。福建分离物和中国部分分离物聚在一个大分支上,和中国分离物DGHY3亲缘关系最近。SMoV中国福建分离物的基因组结构与其他分离物相一致,其核苷酸序列和氨基酸序列分子变异较大,并且和中国其他分离物具有较丰富的遗传多样性,在进化上有一定的地理相关性。 相似文献
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猪瘟病毒河南野毒株E2基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【研究目的】旨在了解猪瘟病毒流行毒株的变异情况,为防制猪瘟提供科学依据。【方法】根据GenBank上已发表的猪瘟石门株E2基因序列,设计合成了1对特异引物,应用RT-PCR技术对河南省一猪场采集的疑是猪瘟病料的猪瘟野毒E2基因进行扩增,将扩增的E2基因克隆于pGEM-T Easy载体,对其进行了序列测定及氨基酸序列推导,同时将其与HCLV株、C株、Alfort株和Brecsia株进行了同源性比较及遗传进化分析,并构建了CSFV的遗传发生树。【结果】通过PCR扩增得到与预期大小相等的产物,克隆测序验证是E2基因;所扩增的流行野毒与HCLV株、C株、Shimen株、Alfort株和Brecsia株核苷酸序列同源性分别为99.0%,96.5%,93.5%,94.4%和89.9%;氨基酸同源性分别97.8%,94.0%,92.6%,92.0% 和91.0%;所绘制的遗传发生树显示所测得流行野毒与C株、HCLV株关系较近。【结论】所测的流行株与与我国使用的C株疫苗毒核苷酸同源性很高,说明现行的猪瘟疫苗在一定程度上仍然可以起到保护作用。 相似文献
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马铃薯X病毒(potato virus X,PVX)对马铃薯生产影响较大,不同区域内PVX存在多样性和株系差异。本研究通过指示植物法和分子生物学鉴定法,从宁夏隆德县区域内的感病马铃薯上分离到一株马铃薯X病毒(PVX-NX1)。利用RT-PCR技术,克隆该病毒的外壳蛋白(CP)基因,序列分析结果表明,CP基因全长714 bp,编码237个氨基酸残基,与已报道CP基因的核苷酸序列同源性为72.42%~97.34%,氨基酸序列同源性为91.53%~100%。其中,与荷兰分离物X3(属PVX的X3株系)、中国新疆的核苷酸序列同源性分别为96.36%、97.34%,氨基酸同源性均为100%。初步确定PVX-NX1属PVX的X3株系。 相似文献
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《华北农学报》2015,(Z1)
2011年江苏泰兴某些猪场相继发生了以腹泻为主要症状的疾病,造成大量哺乳仔猪甚至育肥猪发生死亡。对采集腹泻病料进行病毒的分离鉴定及毒力分析。首先用特异性引物对采集的病料样品进行常见猪病的PCR或RT-PCR检测,并处理病料组织进行电镜观察;腹泻病毒经1日龄未吃初乳的仔猪进行猪体复归试验,再次收取病料并进行病毒纯净性检测;最后测定了腹泻组织毒对5,15,25日龄仔猪的致病性,及对25日龄仔猪的半数致死量。结果表明:PCR与RT-PCR鉴定结果腹泻猪为猪流行性腹泻病毒感染所致,在组织中没有其他常见猪传染病病原的存在;电镜观察呈典型的PEDV冠状形态;以特异性引物扩增S1基因,分析测序结果并进行基因进化树分析表明该毒株与当前流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远,而与我国当前流行的PEDV变异株亲缘关系近;该毒株对5,15,25日龄仔猪100%致死,感染后表现腹泻、呕吐等典型的PEDV感染症状。 相似文献
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为了给河北地区预防和控制猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)提供理论数据,根据GenBank公布的PRRSV CH-la株和JXAl株的核苷酸序列,设计并合成三对特异性引物.应用RT-PCR方法分别扩增PRRSV HB-4(hs)株的ORF5,ORF6,ORF7基因片段.分别将片段克隆入pGM-T载体后进行测序,并与多株GenBank中发表的PRRSV毒株ORF5-7基因的核苷酸序列进行比较和变异分析.结果表明,PRRSV HB-4(hs)株属于美洲型,其与近两年流行的毒株群相似性高达98.8%～99.5%;与早年流行毒株群相似性较低.为91.9%～92.6%.系统进化树表明:HB-4(hs)株及近两年流行的毒株可能均由早期分离的河北HB-1(sh)株进化化而来. 相似文献
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为了深入研究嵴病毒(sw Ko V)主要结构蛋白基因VP1,根据Gen Bank中已发表的猪嵴病基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒CH441株VP1基因,并对其进行克隆与测序分析。结果表明,sw Ko V CH441株的VP1基因为762 bp,与Gen Bank已发表的嵴病毒属的15株嵴病毒序列的VP1基因相比较,sw Ko V CH441株的VP1基因与其他各毒株VP1基因的核苷酸同源性为81.5%~90.2%,氨基酸同源性为86.6%~96.9%,进化分析显示,sw Ko V CH441株与GS-1株之间的亲缘关系较近。生物信息学分析显示,VP1蛋白理论等电点(p I)为4.40,理论分子质量为26.978 2 k Da;其序列上共发现18个磷酸化位点,分别为Ser(7)、Thr(6)和Tyr(5),而蛋白的磷酸化与信号转导有关,预测该蛋白为一重要的信号转导分子;无信号肽和跨膜区。为进一步开展sw Ko V CH441株VP1基因在遗传变异等方面的研究奠定了理论基础。 相似文献
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分析了灰斑古毒蛾核型多角体病毒(Orgyia ericaenucleopolyhedrovirus,OrerNPV)EcoR I-O片段分子生物学特征,为研究egt基因分子特性和杆状病毒遗传改良提供科学依据。克隆和分析了OrerNPVEcoR I-O片段所包含的2个基因,并应用生物软件对OrerNPV蜕皮甾体尿苷二磷酸葡糖转移酶(egt)基因及其启动子进行了比对分析。结果表明OrerNPVEcoR I-O片段包含egt基因和Ol-129同源基因,在该区域中编码egt基因的开放阅读框(ORF)由1 539个核苷酸组成,可以编码512个氨基酸,预计蛋白质分子质量为57.9 kDa。OrerNPV和NPVs之间的同源性为46%~89%,与白斑天幕毛虫核型多角体病毒(Orgyia leucostigmaNPV,OlNPV)egt基因同源性最高,达89%,与棉褐带卷叶蛾核型多角体病毒(Adoxophyes oranaNPV,AoNPV)同源性最低为46%;而OrerNPV和GVs之间的同源性为44%~55%,小于与NPVs之间的同源性;与昆虫UGT间同源性最低,与家蚕UGT间同源性为41%。EcoR I-O片段+M13端含有编码OlNPV ORF129(Ol-129)Ol-129同源基因ORF,由597 bp个核苷酸组成,在其起始密码子ATG上游-64,-24 nt处各有1个TATA box,其推测的氨基酸序列与Ol-129同源性最高达81%,与LdNPV ORF127同源性最低,为40%。明确了OrerNPVEcoR I-O片段的序列特征,以及OrerNPVegt基因特性。 相似文献
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从抗体水平较高、产蛋下降的种鸡群分离到一株具有血凝特点的病毒,经HI交叉抑制试验证实为H9N2病毒,命名A/Chicken/Shandong/LY/08,病毒对SPF鸡无致病性,IVPI为0。对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点的基序为RSSR↓GL,与弱毒基序一致。A/chicken/Shandong/LY/08分离毒株与GenBank上发表的山东参考株HA基因的核苷酸之间的同源性为95.2%～99.6%,氨基酸序列之间的同源性为95.4%～99.5%。与国外A/ck/Korea/ms96/96、A/Parakeet/chiba/1/97和A/turkey/Wisconsin/1/1966 HA基因核苷酸序列同源性为82.6%～91.6%,氨基酸序列同源性为87.9%～92.2%。系统进化树分析表明,该毒株与近年来国内流行的H9N2禽流感毒株类似。 相似文献
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为制备番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,To CV)抗血清,以番茄病叶为试验材料,提取总RNA,根据To CV CP基因设计特异性引物,利用RT-PCR方法克隆目的基因,构建原核表达载体p ET32a-To CVCP,在大肠杆菌Rosetta(DE3)菌株中表达CP蛋白。结果表明:To CV CP基因(Gen Bank登录号:KT809400)全长774 bp,编码257个氨基酸,与Gen Bank中其他地区分离物核苷酸序列同源性为97.2%~99.6%,推导的氨基酸序列同源性为97.3%~100.0%。核苷酸序列保守位点占全部位点的91.3%,氨基酸序列保守位点占全部位点的88.3%,表明不同地理来源的番茄褪绿病毒的CP基因保守性较高。将To CV CP基因克隆到原核表达载体p ET-32a(+)上,并在体外条件下诱导表达出融合蛋白。SDS-PAGE分析表明,转p ET32a-To CVCP载体的大肠杆菌Rosetta(DE3)菌株表达了分子量约33 k Da的重组蛋白。该重组蛋白在37℃,1.0 mmol/L IPTG、诱导6 h,表达量最大。 相似文献