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1.
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2017,(5)
为了研究荞麦属不同种间植物脱落酸不敏感基因(ABA-insensitive,ABI)序列变异差异与亲缘关系,试验选用7个荞麦野生种,包括野甜荞、野苦荞、左贡野荞、毛野荞、大野荞、金荞麦、硬枝万年荞共30份种质材料,提取苗期幼嫩叶片的DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增获得荞麦ABI基因,并对扩增片段进行基因测序与序列分析。结果发现,7个野生种共30份种质间ABI基因片段的多态位点数占20.28%,其中,14份野苦荞间ABI基因片段多态位点数占1.86%,5份野甜荞间多态位点数占1.81%,说明荞麦属植物种内ABI基因序列高度保守。对扩增序列进行遗传距离分析发现,左贡野荞与毛野荞种间遗传距离最大,硬枝万年荞与金荞麦种间遗传距离最小。聚类分析结果显示:野苦荞与大野荞、金荞麦和硬枝万年荞亲缘关系较近,与毛野荞亲缘关系次之;左贡野荞与野甜荞亲缘关系近;不同地区野苦荞和左贡野荞分别被单独聚为一类,说明生长环境对荞麦ABI基因序列变异具有影响。 相似文献
2.
丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)是植物MAPK级联途径中的重要信号分子。为了研究荞麦属MAPK基因序列变异以及种间进化关系,对荞麦属8个野生种共25份材料的MAPK基因进行特征引物PCR扩增、测序和序列比较分析。结果发现,荞麦属植物种间MAPK基因PCR扩增片段序列较为保守,8个野生种共25份材料中多态位点为125个,不变位点为680个。其中,12份野生苦荞MAPK基因片段序列多态位点S仅为32个,说明荞麦属植物种内MAPK基因序列高度保守。聚类分析发现野生甜荞与左贡野荞被聚为一类。野生苦荞、毛野荞、大野荞、金荞麦、细柄野荞和硬枝万年荞被聚为一大类;其中,细柄野荞和硬枝万年荞被聚在一起,其次与金荞麦聚在一起;毛野荞与大野荞被聚在一起。研究结果可为荞麦属植物MAPK基因功能以及种间遗传多样性与进化关系研究提供理论依据。 相似文献
3.
《江苏农业学报》2017,(5)
为了揭示苦瓜α-苦瓜素基因的完整结构及单倍型,本研究以35份苦瓜初级核心种质为材料,克隆α-苦瓜素基因,结果显示,α-苦瓜素基因全长993 bp,包括60 bp的5'-UTR,72 bp的3'-UTR,861 bp的ORF,无内含子序列,编码286个氨基酸,α-苦瓜素蛋白含有RIP蛋白保守结构域。系统进化分析结果表明,除苦瓜RIP P16094.2外,α-苦瓜素蛋白与胶苦瓜3MRW_A的亲缘关系最近,而与苦瓜MAP30蛋白的亲缘关系较远。通过比较35份苦瓜种质资源α-苦瓜素基因序列,共发现5个SNP位点,5个SNP位点均位于编码区。SNP分组发现,35份苦瓜种质资源α-苦瓜素基因共存在5种单倍型。5种单倍型编码的氨基酸序列比对显示,共存在1个氨基酸变异位点,氨基酸变异位点对应于第5个SNP位点,第1、第2、第3、第4 SNP位点并未引起氨基酸的改变。该结果为进一步研究α-苦瓜素基因表达调控机制和不同单倍型编码蛋白功能差异奠定了基础。 相似文献
4.
【目的】比较普通荞麦Fagopyrum esculentum种内丝裂原活化蛋白激酶基因(MAPK)序列的差异,研究MAPK基因序列在普通荞麦栽培进化过程中的变化。【方法】以普通荞麦的9个栽培品种和3个落花落果野生种质为材料,PCR特异性扩增获得MAPK基因的保守片段,对基因片段序列进行差异分析和蛋白结构预测。【结果】荞麦MAPK基因cDNA全长为2 835 bp,开放阅读框1 827 bp,编码609个氨基酸,含有TDY的三肽模块,为植物D组MAPK蛋白。PCR扩增获得12个供试材料的MAPK序列,其单型不变位点为723个,多态位点为70个。9个栽培品种间开放阅读框(ORF)区域无序列差异,3个野生种质间ORF区域也无序列差异。栽培品种与野生品种的ORF区域序列含有8个差异位点,编码3个差异氨基酸。其中,ORF区域第13位点组氨酸(H)→酪氨酸(Y)发生置换,导致1个α-螺旋构象发生变化。【结论】普通荞麦MAPK基因序列高度保守,栽培驯化对ORF区域第13位点差异氨基酸的选择具有高度一致性。 相似文献
5.
为研究大野荞的遗传变异及其与栽培荞麦的关系,用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,以甜荞(Fagopyrumesculetun)和苦荞(F.tataricum)为对照,对大野荞(F.megaspartanium)不同收集系合计24份栽培和野生荞麦种子的谷草转氨酶同工酶进行了研究。结果表明:谷草转氨酶同工酶酶带共8条。不同物种的酶带数为3～6条,甜荞和苦荞分别有3条和4～5条,其特征谱带分别为GOT-2和GOT-1。而大野荞有3～6条,18个大野荞收集系可分为3类:类I,含甜荞特征谱5GOT-2,不含苦荞特征谱5GOT-1,绝大多数大野荞收集系(W1～W8、W10～W13、W15、W17、W18)是这种类型;类Ⅱ,含苦荞特征谱5GOT-1,但不含甜荞特征谱5GOT-2,仅包含原产湖北和湖南的收集系W9和W14;类Ⅲ为既含苦荞特征谱5GOT-1,也含甜荞特征谱5GOT-2,包含的大野荞收集系为原产湖南的W16。试验所用的3个荞麦种类(甜荞、苦荞、大野荞)几乎都含有谱带GOT-4和GOT-5。结果显示,大野荞遗传多样性相对较丰富。 相似文献
6.
[目的]探讨甜荞、苦荞和大野荞的高分子量种子蛋白亚基。[方法]利用SDS-PAGE电泳法对18个不同地方居群的大野荞、3个甜荞和3个苦荞收集系的高分子量种子蛋白亚基进行研究。[结果]从这3个物种的24个收集系中,在高分子量区域（20-70 kDa）共发现12个不同的种子蛋白亚基谱带,种间差异大,种内差异小。3个物种在种子蛋白亚基分布上存在一定的相似性,约30%的谱带相同。其中,甜荞发现有9个谱带,含1个独特谱带（SSP33.71）;苦荞有8个谱带,含不同于甜荞的2个独特谱带（SSP39.15和SSP29.35）;大野荞有7个谱带,不仅含有苦荞的独特谱带,而且其谱带分布与苦荞极为相似。[结论]该研究为荞麦品质遗传育种、种间系统关系、高品质种子蛋白亚基基因工程等研究提供指导。 相似文献
7.
本研究利用一对α-醇溶蛋白基因的特异引物,从小麦近缘植物尾状山羊草Y46中克隆获得5个α-醇溶蛋白基因,与NCBI已提交的α-醇溶蛋白序列进行多重比对分析发现,本研究获得的α-醇溶蛋白基因与已知的小麦及其近缘植物中的α-醇溶蛋白基因序列具有较高的相似性,其编码的氨基酸序列存在一定的多态性;在潜在的致敏性上,在这5个α-醇溶蛋白序列中未发现任何已知的与乳糜泻病相关的抗原表位,这在小麦及其近缘植物中较为罕见;进化分析表明,来自C染色体组中的α-醇溶蛋白与来自M和U染色体组的α-醇溶蛋白具有较近的亲缘关系。 相似文献
8.
以苦荞基因组数据库为基础,利用比对程序,经鉴定和筛选,共获得72个苦荞NAC家族基因的序列,对其进行生物信息学分析。基因结构分析表明,除FtPinG0002967400.01.T01基因外,苦荞NAC家族其余71个基因均含有内含子。蛋白质理化性质预测分析表明,72条蛋白序列具有NAC结构域。72个NAC基因共有7个保守基序,在苦荞8条染色体上均有分布。有33个NAC基因在种子发育过程中差异表达。系统进化分析表明,苦荞NAC蛋白序列与拟南芥的可以分为9个亚家族。 相似文献
9.
【目的】阐明荞麦Fagopyrum中3个种子蛋白基因序列的特征及其在种子发育过程中的作用,为探讨荞麦种子发育过程分子机制提供理论依据。【方法】利用本地Perl程序、BLASTP、MEGA6、PLANTCARE等,分析了荞麦3个种子蛋白基因(13S球蛋白基因、11S球蛋白基因和谷蛋白基因)序列及其编码蛋白质的进化关系,预测启动子区域的顺式作用元件。通过荧光定量PCR技术分析3个基因在甜荞F.esculentum、苦荞F.tataricum和金荞F.cymosum种子发育过程中的表达情况。【结果】13S球蛋白基因含有4个外显子和3个内含子,蛋白序列长515 aa,与苦荞中的一个13S球蛋白(Gene Bank登录号:ABI32184.1)仅有6个氨基酸不同,推测二者为同一个基因,在苦荞灌浆中期表达量最高;11S球蛋白基因含有8个外显子和7个内含子,蛋白序列长914 aa,与欧洲慈姑中的一个11S球蛋白(Gene Bank登录号:ABB77213.1)亲缘关系最近,在苦荞灌浆中期表达量最高;谷蛋白基因含有3个外显子和2个内含子,蛋白序列长355 aa,与甜菜中的一个B5型谷蛋白(Gene Bank登录号:XP_010683769.1)亲缘关系最近,在甜荞灌浆中期表达量最高。3个基因的启动子区域均含有大量响应逆境和激素的顺式作用元件,以及在胚乳中表达所需的顺式作用元件。【结论】本研究获得了1个13S球蛋白基因序列、1个11S球蛋白基因序列和1个谷蛋白基因序列,这3个基因可能在胚乳中优势表达,并且参与到逆境胁迫和激素响应的过程中;灌浆中期是种子蛋白积累的关键时期,3个基因均在这一时期大量表达,这为后续进一步研究基因功能奠定了基础。 相似文献
10.
[目的]探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考.[方法]以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况.[结果]23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点.[结论]23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息. 相似文献
11.
金龟子部分种类COI基因序列比较分析 总被引：3，自引：1，他引：3
对会龟总科(Scarabaeoidea)6种金龟子线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)基因部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并从GenBank中检索4个种的COI基因序列,比较其同源性并获得了长度为624bpCOI片段.10个种的COI序列分析结果表明:该基因序列共有440个变异位点,192个简约信息位点.表现出明显的A+T偏倚(63.6%).转换(TV)和颠换(TS)在科内、科间存在明显差异.科内种问TV+TS小,各科不同种与外群之问TV+TS较大;TV/TS则呈现相反的趋势.以黑蜣科(Passalidae)的具角黑艳甲(Odontotaenius disjuncttts)作为外群,采用P-distance法重建了10种金龟子邻接树(N-J)和最小进化树(ME)拓扑结构,结果表明:丽金龟属内科内、鳃金龟科内的不同种分别优先聚集,再与其他科相聚集,显示科内、属内的种间有较近的亲缘关系,说明COI基因序列可用来研究属内或科内种群的系统发育问题. 相似文献
12.
番茄属(Lycopersicon)基因组DNA遗传多样性RAPD分析 总被引：10，自引：2，他引：8
文章对番茄属 9个种 4 3份材料进行了 RAPD分析 ,用 2 6条随机引物 (10碱基 )共检测到 199个位点 ,其中多态位点 14 6个 ,占总扩增位点的 73.36 %。 Shannon表型多样性指数、基因杂合度、遗传丰度和遗传离散度的研究结果表明 ,遗传多样性均有野生类群大于普通番茄类群的趋势 ,说明野生类群中存在着更丰富的遗传变异类型。 相似文献
13.
苦荞WOX家族全基因组鉴定及响应愈伤诱导率表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】全基因组鉴定苦荞WOX（WUSCHEL-related homeobox）基因,揭示其基因家族成员序列特征、基因表达模式及与出愈率的相关性,为突破苦荞再生及遗传转化难题提供理论基础。【方法】基于同源性搜索策略,以拟南芥WOX基因蛋白为参考序列,进行苦荞全基因组比对,获得苦荞WOX基因家族成员蛋白及核酸序列。基于蛋白同源性及保守结构域分析,鉴定出苦荞WOX基因家族所有成员。同时使用TBtools软件展示FtWOXs家族成员基因结构、保守结构域及启动子顺式作用元件特征。比较分析WOX基因家族成员在苦荞与拟南芥之间的基因组共线性。基于邻近法,利用MEGA X软件构建苦荞、拟南芥和水稻WOX基因家族成员蛋白序列系统进化树。以MS+2,4-D 3.0 mg·L-1+6-BA 1.0 mg·L-1为愈伤诱导培养基,下胚轴为外植体,选取70份苦荞品种诱导愈伤组织,评价不同基因型的出愈率。qRT-PCR比较分析高、低出愈率苦荞品种间FtWOXs基因表达水平。基于Pearson相关系数分析出愈率与FtWOXs基因家族成员表达相关性。【结果】共鉴定出30个苦荞WOX基因成员,在苦荞8条染色体上呈现不均匀分布。系统进化树表明30个苦荞WOX基因可划分为3大类,不同类群中WOX基因包含不同的保守结构域,主要的保守结构域为HD（Homeodomain）、START和MEKHLA结构域。保守基序分析表明,FtWOXs基因家族成员所含保守基序数目的范围为2—10个。基因结构分析表明,FtWOXs基因家族成员所含外显子数目的范围为2—18个。顺式作用元件分析表明FtWOXs基因启动子富含26个不同种类的顺式作用元件。系统进化分析表明,30个苦荞、15个拟南芥和12个水稻WOX基因家族成员可分为3类,其中第3类为苦荞独有。基因组共线性分析表明,6个WOX基因在苦荞和拟南芥之间存在基因组共线性。表达模式及相关性表明,FtWOX1/FtWOX12/FtWOX22/FtWOX23/FtWOX24与苦荞出愈率存在正相关性。【结论】苦荞FtWOXs成员存在丰富的序列变异特征,不同苦荞基因型中WOX基因表达水平及出愈率存在明显差异和一定的相关性,揭示不同苦荞WOX基因具有潜在的功能多样性。 相似文献
14.
番茄属基因组DNA遗传多样性RAPD分析 总被引：13，自引：1，他引：13
对番茄属 9个种的 43份材料进行了 RAPD分析 ,用 2 6条随机引物 (1 0碱基 )共检测到 1 99个位点 ,其中多态位点1 46个 ,占总扩增位点的 73 .3 6% ,依此进行聚类分析将番茄属分为 4个类群 .遗传丰度、遗传离散度、基因杂合度和 Shan-non表型多样性指数分析结果显示 ,遗传多样性均有野生类群大于普通番茄类群的趋势 ,说明野生类群中存在着更为丰富的可用于番茄遗传改良遗传变异类型 相似文献
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对海南沿岸采集到的团集刚毛藻(Cladophora glomerata)、细毛横丝藻(Acrochaete leptochaete)、石莼(Ulva reticulata)和长茎葡萄蕨藻(Caulerpa lentillifera)进行了形态学观察,采用18S rRNA通用引物,通过PCR技术,从这4种绿藻的基因组中扩增到各自的18S rRNA基因序列,并测序。与Genebank中已收录的6种绿藻18S rRNA基因序列进行比较分析,所得10种绿藻的18S rRNA基因长度为727 bp,变异位点为266个,保守位点为453个。刚毛藻目与蕨藻目的遗传距离最大,为0.376;刚毛藻属内的种间遗传距离最小,为0.010。采用NJ法构建的系统进化树的拓扑结构显示:细毛横丝藻、葡枝横丝藻、石莼、礁膜、羽状尾孢藻和皱溪菜聚为一支;团集刚毛藻与扭曲刚毛藻单独聚为一支;长茎葡萄蕨藻与总状蕨藻聚为一支。说明18S rRNA序列可以作为大型绿藻系统发育研究的分子标记。 相似文献