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1.
1株猪副粘病毒的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
以1株从发病猪中分离到的副粘病毒(MF01株)为研究对象，用反转录-聚合酶链式反应(RT—PCR)对它的F基因进行分段扩增、定向克隆到pUC119质粒载体，然后测定它们的核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。MP01株的F基因全长1662bp，编码553个氨基酸，它们的裂解位点的氨基酸序列为^112G—K-Q-G-R—L^117，是NDV弱毒株特有的序列结构。序列分析结果表明，它与国内标准毒株F48E9的核苷酸同源率为90％，氨基酸的同源率为93％；它与弱毒株LaSota的核苷酸同源率为91％，氨基酸同源率为94％。 相似文献
2.
一株猪副粘病毒的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
以 1株从发病猪中分离到的副粘病毒( MP01株)为研究对象,用反转录-聚合酶链式反应( RT- PCR)对它的 F基因进行分段扩增、定向克隆到 pUC119质粒载体,然后测定它们的核苷酸序列,并推导出相应的氨基酸序列. MP01株的 F基因全长 1 662 bp,编码 553个氨基酸,它们的裂解位点的氨基酸序列为 112G- K- Q- G- R- L117,是 NDV弱毒株特有的序列结构.序列分析结果表明,它与国内标准毒株 F48E9的核苷酸同源率为 90%,氨基酸的同源率为 93%;它与弱毒株 La Sota的核苷酸同源率为 91%,氨基酸同源率为 94%. 相似文献
3.
从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒,经鉴定该病毒属于Ⅰ型禽副粘病毒,命名为YH99V株。以YH99V株的基因组RNA为模板,用RT-PCR一步法扩增出其F基因的cDNA序列,然后将其克隆至pMD18-T载体中,对其进行序列测定。结果表明,所克隆的基因片段长度为1 750 bp,含有1个1 662bp的开放式阅读框架(ORF),编码553个氨基酸。将YH99V株F基因序列和推导的氨基酸序列与国内外新城疫毒株的F基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性分别在82.7%-99.6%,氨基酸序列同源性为87.2%-99.3%。YH99V株在F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与弱毒株在这一区域的序列完全相同,表明为弱毒株。根据F基因的全核苷酸序列,进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株F基因的系统发育树。分析结果显示YH99V株与Lasota等参考毒株同属于基因Ⅱ型,表明它们具有较近的亲缘关系。 相似文献
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用RT－PCR一步法扩增了华南地区野毒NDV WS99株的HN基因890bp片断，并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析。结果表明：WS99株的HN基因与其他29株NDV的核苷酸同源性在88．0％－99．8％之间，氨基酸同源性在90％－97％之间。鸡源NDV WS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性，高达99．8％。该毒株与TEX／48和B1／47一样，在HN基因1301bp处由G突变为A，对应氨基酸由V突变为I，但其半胱氨酸位点和个数没有改变，且所克隆的目的片段中含有HN基因上5个凝血抗原位点其中的4个。 相似文献
5.
[目的]对活禽市场进行新城疫病毒的流行病学调查.[方法]从活禽市场采集40份鸡泄殖腔棉拭子,由SPF鸡胚扩增病毒,收集病毒尿囊液;采用RT-PCR技术扩增新城疫病毒的DNA,并测序.[结果]共分离出4株新城疫病毒.通过对分离株F蛋白的氨基酸序列分析发现,分离株裂解位点附近的氨基酸残基组成均为112ERQERL117,符合新城疫病毒弱毒株裂解序列特征,而且分离到的NDV之间具有较高的同源性,介于86.3％ ～ 93.9％,并与疫苗株LaSota的F基因核苷酸序列属于同一分支.[结论]小型活禽市场中鸡携带了弱毒新城疫病毒,因此应加强活禽市场的管理. 相似文献
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【目的】对新城疫病毒(NDV)分离毒株进行分子特征分析,了解免疫鸡群发生新城疫的原因。【方法】用非免疫鸡胚从病鸡肺脏中分离新城疫病毒;参考GenBank上发表的NDV的F基因序列设计引物,应用RT-PCR方法对新城疫病毒分离株进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行F基因核苷酸及推导氨基酸序列分析。【结果】从发病鸡群中分离到6株NDV,分离毒株间的F基因核苷酸和F蛋白氨基酸同源性分别在99.6%~99.9%和99.1%~99.8%;分离毒株与参考毒株的F基因核苷酸和F蛋白氨基酸序列同源性分别在83.2%~87.3%和90.2%~93.8%;分离毒株F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株的分子特征;6个分离株均属NDV基因Ⅶ型。【结论】NDV分离株的F基因已经发生明显变异,与La Sota、Clone-30、V4等常用疫苗株在遗传进化上的亲缘关系较远,这可能是免疫鸡群发生新城疫的重要原因之一。 相似文献
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根据Genbank犬瘟热病毒(CDV)毒株序列分别设计融合蛋白F和附着蛋白H全基因的2对引物，以2个CDV扬州分离株(CDV-YZ0101、CDV-YZ0102)为模板RT-PCR扩增出H基因和F基因2个片段，将其克隆进pGEM-Teasy载体，并进行序列分析。结果表明：H基因的开放阅读框架(ORF)为1824bp，2种分离株间核苷酸和编码氨基酸同源性达98％左右，与中国长春分离株、美国、日本分离株的同源性分别为96％、93％～95％和9。％～91％。氨基酸分析显示扬州分离株与其他分离株的H蛋白有8～9个可能的天冬酰胺糖基化位点，而OP-CDV疫苗株只有4个类似位点。扬州分离株与长春分离株同属一个系，与美国、日本分离毒株以及疫苗株相比，均存在着明显的差异。F基因ORF为1989bp，不同毒株间的核苷酸及编码氨基酸差异主要表现在信号肽区域，而编码的F0前体蛋白表现出较高同源性(97％～99％)，且所有的13个半胱氨酸残基、4个可能的天冬氨酰糖基化位点和2个疏水区域均完全一致。因此CDV F与H蛋白基因相比有很高的同源性，证明中国分离株与国外参考株有差异。 相似文献
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猪源新城疫病毒SP13株的F基因克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR方法对猪源新城疫病毒(NDV)SP13株的F基因进行了扩增与克隆,并测定出F基因的核苷酸全序列,推导出氨基酸序列.F基因全长为1662 bp,单一的开放阅读框,编码553个氨基酸的长肽,裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株在这一区域的序列(112G-R/K-Q-G/S-R-L117)相符;F蛋白有6个潜在的糖基化位点和13个Cys残基位点,其疏水构型有3个强疏水区.通过同源率、系统发育、致病性、疏水性和抗原性等比较分析的结果表明,SP13与LaSota、Clone 30株不但同源性达到99.9%,而且在致病性、疏水性和抗原性等方面也极为相似. 相似文献
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【目的】探讨新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)磷蛋白基因(P基因)的分子进化特点,为科学防控新城疫(Newcastle disease,ND)提供依据。【方法】对1997~2007年国内分离的13个NDV毒株的P基因进行扩增测序,与15个已发表的国内外不同时期的NDV毒株P基因进行核苷酸和推导的氨基酸遗传变异分析及分子特性研究。【结果】国内NDV分离株P基因核苷酸和P蛋白氨基酸高度同源,同源性分别为93.9%~99.8%和93.4%~99.2%。国内NDV毒株与LaSota、Clone30和F48E9等P基因核苷酸和P蛋白氨基酸同源性分别为82.2%~87.7%,81.3%~83.8%;与国外毒株则分别为82.1%~90.2%,81.1%~90.7%。氨基酸序列分析表明,我国毒株具有独特的氨基酸位点。分子进化分析表明,NDVP基因中核苷酸同义替代率高于非同义替代率。【结论】国内分离NDV毒株P蛋白遗传距离较近,而与LaSota、Clone30、F48E9以及国外毒株遗传距离较远,有一定的地域性。NDVP基因以净化选择的方式进化。 相似文献
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根据GenBank登录的鸡新城疫病毒NP基因序列设计引物,利用RT—PCR对F48E9强毒株NP基因进行扩增,将扩增产物经纯化后连入pMD18-T载体,通过PCR和酶切鉴定出阳性重组质粒,经测序后获得F48E9 NP基因序列。经分析发现该基因的ORF总长为1470bp,编码489aa,NP蛋白有4个高度保守的Cys位点,分别位于第55、78、139、213位,且在401～440位和461～481位区域变异较大。将F48E9株与19株参考毒株的相应序列进行比较得到核苷酸序列同源性为87．9％～92．3％,氨基酸序列同源性较高,为92．2％～98．0％,遗传进化分析表明F48E9株相对独立,与参考毒株的遗传距离较远。 相似文献
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为探讨福建省猪流行性腹泻病毒(PEDV)ORF3基因遗传变异情况,于2014-2015年从福建省不同地区猪场扩增8株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传进化分析。结果表明:8株分离株均为野毒株;与近年来国内及其周边国家的分离株亲缘关系较近,其核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性最高高达100%;与经典株CV777亲缘关系较远,其核苷酸及推导的氨基酸同源性达96.0%~96.9%与92.5%~94.7%;表明近年来福建省PEDV流行株较以往的经典株已经发生了改变。 相似文献
12.
[目的]从病鸡中分离传染性法氏囊病病毒(IBDV),并对其VP2基因高变区序列进行比较。[方法]采用鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种SPF鸡胚的方法分离到2株IBDV。对分离株(vVP2)进行扩增和序列测定,分析分离株的关键氨基酸位点特征,并与参考毒株相应序列进行同源性比较。[结果]2株分离株特征性位点的氨基酸为222A、249Q、254G、256I、279D、284A、294I和299S,属于wIB-DV的特征,与wIBDV参考株具有较高的同源性,其核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%～97.0%和98.7%～99.4%。从遗传进化树来看,2个分离株与参考的vvIBDV也在一个分支。此外,2个分离株表现出与该鸡场常用的疫苗株MB有较高的同源性,其核苷酸和氨基酸同源性分别为96.8%和98.1%,并在遗传进化树中同属于一个大分支,但其特征性位点的氨基酸明显不同。在其他氨基酸位点上,2个分离株均发生了D212N的特有变化。[结论]该鸡群感染的IBDV具有vvIBDV的分子特征,并发生了与疫苗株和参考株不同的分子变化。 相似文献
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【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）和1日龄雏鸡脑内接种致死指数（ICPI）来确定分离株的毒力。采用RTPCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662 bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C27变为R27)多了1个半胱氨酸残基;有6个潜在的糖基化位点。分离的8株NDV与GenBank中发表的20株NDV参考毒株比较结果表明,F蛋白氨基酸序列变异位点较多,主要集中在8-30,97-124,45,385-386,402-403,479-494,509-520位氨基酸处,强毒株AA替代较集中,而弱毒株保守区较多且AA替代较分散。分离NDV株之间F基因编码区核苷酸序列同源性为83.5%～99.9%,其中强毒株之间同源性为95.2%～99.4%,弱毒株之间同源性为99.4%～99.9%。分离NDV株之间F基因编码的氨基酸同源性为87.5%～99.5%,其中强毒株之间同源性为95.3%～98.2%,弱毒株之间同源性为98.6%～99.5%。进化分析显示,3株强毒株均为基因Ⅶ型,5株弱毒株均为基因Ⅱ型。【结论】分离了8株藏鸡NDV,其中3株为强毒株,属于基因Ⅶ型;5株为弱毒株,属于基因Ⅱ型。 相似文献
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用RT -PCR一步法扩增了华南地区野毒NDVWS99株的HN基因 890bp片断 ,并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析 结果表明 :WS99株的HN基因与其他 2 9株NDV的核苷酸同源性在 88.0 %～ 99.8%之间 ,氨基酸同源性在 90 %～ 97%之间 鸡源NDVWS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性 ,高达 99.8% 该毒株与TEX/ 48和B1/ 47一样 ,在HN基因 130 1bp处由G突变为A ,对应氨基酸由V突变为I,但其半胱氨酸位点和个数没有改变 ,且所克隆的目的片段中含有HN基因上 5个凝血抗原位点其中的 4个 相似文献
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为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%~97.0%,氨基酸相似性为31.8%~95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。 相似文献
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利用反转录 ( RT)和 PCR技术完成了 5株近期 ( 1 997～ 1 998年 )猪瘟流行毒和 1株猪瘟 C-株弱毒疫苗毒 (兰州 ) Erns(或称 E0 )基因的核酸序列测定。通过序列分析发现 ,这 5株流行毒与 C-株疫苗毒的核酸序列同源性为 83%～ 84%;推导的氨基酸序列同源性为 88%～ 91 %,我国 50～ 60年代流行的中国石门株 ( SM)的核酸序列同源性为 85%;氨基酸序列同源性为 89%～ 91 %。而 5株流行毒间的核酸序列同源性为 91 %～ 98%;氨基酸序列同源性为 94%～ 98%。 相似文献
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[目的]通过测定广西流行狂犬病毒糖蛋白(G)基因的全序列,了解广西狂犬病的流行趋势和遗传变异规律,为制定广西狂犬病的防控策略提供科学依据.[方法]2000年10月~2007年10月,从广西14个市采集1569份动物脑组织,经RT-PCR检测及小白鼠脑内接种试验分离狂犬病毒,然后对狂犬病毒G基因进行测序分析.[结果]从广西各地共分离获得26株狂犬病毒野毒株,其中犬23份,牛、猪、猫各1份.狂犬病毒G基因核苷酸全长2067 bp,开放阅读框1575bp,编码524个氨基酸.根据G基因核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,可将广西流行的狂犬病毒株分成3个群,Ⅰ群15株,其核苷酸同源性为97.7%~99.9%; Ⅱ群10株,其核苷酸同源性为98.0%~99.9%; Ⅲ群只有1株.通过氨基酸变异分析,了解了26株野毒株G基因编码蛋白的氨基酸突变位点.[结论]广西存在3个群的狂犬病毒野毒株,且以Ⅰ群和Ⅱ群流行为主,3个群的氨基酸变异均呈现明显的特异性. 相似文献
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两株高致病性PRRSV河南分离株ORF5基因克隆及遗传变异分析 总被引：2，自引：1，他引：2
从河南信阳和新乡两地区猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc145细胞病变的病毒,命名为HN1和HN2。采用RT-PCR方法从分离的2株PRRSV中均分别扩增出ORF5基因,并将其克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较,绘制系统进化树,结果表明,ORF 5核苷酸与北美洲型的同源性为81.2%～99.1%,与欧洲型Lv株的同源性分别为35.9%和35.3%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为84.5%～99.5%,与欧洲型Lv株的同源性分别为46.0%和45.5%。证明新分离到的PRRSV毒株仍属北美洲型。与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB1、JX0612、GDZC1、ZQ、SX-1、HB1、HEB1、Hnyz核苷酸同源性达96.5%～99.1%,氨基酸同源性为96.0%～99.5%。分析结果表明,所获得的2个毒株GP5蛋白氨基酸序列中的抗原表位已经发生变异。 相似文献