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1.
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon信息指数(I)为0.62—0.88,基因多样性指数(Nei’s)为0.40—0.52,且除福泉(FQ)和晴隆(QL)居群外,其余10个居群的多态位点百分率均为100%。此外,卡方检验显示12个居群在大多数位点上等位基因显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),且居群内近交系数(F_(it))、总近交系数(F_(is))均为负值,居群间分化系数F_(st)平均值0.0403,居群间基因流N_(em)平均值为5.9484、遗传一致度GI为0.9068—0.9926、最大Nei’s遗传距离为0.0978。各自然居群间Nei’s遗传距离与地理距离存在显著相关性(r=0.2498,P=0.9512)。【结论】10对EST-SSR引物具有高度的多态性,可作为有效的遗传标记用于刺梨居群遗传多样性和遗传结构评价。贵州省野生刺梨自然居群内的遗传多样性较高,存在杂合度过剩的现象,且绝大多数的遗传变异发生在居群内;居群间具有基因交流频繁、遗传一致度高、Nei’s遗传距离小等特点。 相似文献
2.
采用ISSR分子标记技术对云南省3个大果木莲天然居群进行遗传多样性分析。结果表明,在物种水平上,大果木莲的多态位点百分率(PPB)为70.71%;有效等位基因数(Ne)为1.4121;Nei′s基因多样性指数(H)为0.2433;Shannon信息指数(I)为0.3651。在居群水平上,其PPB为44.1%;Ne为1.2704;H为0.1573;I为0.2343。通过Nei′s遗传多样性分析得到居群间的遗传分化系数(Gst)为0.3595,由遗传一致度进行了3个居群的UPGMA聚类。 相似文献
3.
【目的】阐明不同种源人参的遗传关系和遗传多样性。【方法】用AFLP分子标记对来自我国吉林、辽宁2省及韩国、朝鲜的24份人参种源的多态性、亲缘关系和居群遗传多样性进行分析。【结果】从36对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,用这8对引物共扩增出188个位点,其中138个位点为多态位点,多态位点百分率为73.4%;通过聚类分析,可将24个人参种源聚为4类;在集安、抚松和韩国的3个人参居群中,集安居群的Nei’s基因多样度、Shannon’s信息指数均最高,分别为0.1689和0.2738。【结论】AFLP分子标记研究结果能较好地揭示人参种源间的遗传多样性和遗传关系。 相似文献
4.
【目的】探明国内外菊芋(Helianthus tuberosus L.)资源间的亲缘关系远近及遗传多样性。【方法】以40份国外菊芋资源与3个国内栽培品种为材料,选用14条引物进行ISSR分子标记分析,分析他们的遗传多样性,利用POPGENE32软件计算多态位点比率(PPB)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)。采用NTSYS 2.10软件计算品种间的相似系数,进行聚类分析,并对不同类群的形态学主要特点进行分析。【结果】采用14条引物对43份菊芋资源进行PCR扩增,共获得203个标记,其中多态性标记199个,多态性比率为98.0%。采用POPGENE32软件分析,供试的43份菊芋资源平均有效等位基因数为1.894 8,平均Nei’s基因多样性指数为0.467 7,平均Shannon’s信息指数为0.659 0。43份菊芋资源间的相似系数为0.443~0.955。聚类结果显示,供试的43个菊芋资源可聚为2个类群,能很好地将国外菊芋资源与国内品种区分开来。不同类群菊芋的块茎形态及颜色有明显差异。【结论】国内外菊芋资源间遗传关系较远,且国外资源间存在丰富的遗传多样性。 相似文献
5.
采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。 相似文献
6.
利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增，共获得123条清晰的扩增位点，平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖，淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(Ht)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(Hs)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(Gst)=0.271 9,基因流(Nm)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变... 相似文献
7.
基于SRAP标记的任豆遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究任豆Zenia insignis种群遗传多样性,为有效保护任豆种质资源并进行遗传改良提供理论基础。【方法】在建立任豆SRAP-PCR反应体系的基础上,对17个任豆种源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA聚类分析,对任豆种源进行类群划分。【结果】12对引物组合共扩增出151条带,平均每对引物获得12.58条。其中,多态性条带106条,平均每对引物8.83条,平均多态率为70.39%。种源间多态位点比率为38.96%~72.73%,平均为59.66%;基因多样性指数为0.175 5~0.313 3,平均为0.256 8;Shannon信息指数为0.249 4~0.450 2,平均为0.369 1;观测等位基因数(na)为1.519 5~1.727 3,平均达1.600 0,种源水平的na为1.724 9;有效等位基因数(ne)为1.330 5~1.577 3,平均达1.471 3,种源水平的ne为1.502 6;种源间的遗传一致度为0.703 1~0.886 5;遗传距离为0.120 5~0.352 3。根据聚类结果,将任豆17个种源分为3个地理类群:第1类为广西和贵州种源,第2类为广东、湖南和广西种源,第3类为云南种源,地理距离相近的种源基本上聚在同一类。【结论】任豆种源间和种源个体间均存在较丰富的遗传多样性,且种源内更丰富,遗传改良时应更注重种源内个体的选择。任豆种源间基因流不高,且根据聚类结果划分的3个类群的地理格局明显,应是由任豆特定的生活环境造成的隔离所致。 相似文献
8.
【目的】分析长白山地区不同花色杓兰属植物的遗传多样性。【方法】采用ISSR分子标记技术,对长白山区8个花色11个杓兰属植物个体的遗传多样性进行分析,用Popgen32软件分析Nei’s基因多样性和Shannon信息指数,采用UPGMA法进行聚类分析。【结果】筛选出11条ISSR引物,共扩增出94条条带,其中多态性条带86条,多态基因位点比例为91.5%,平均有效等位基因数为1.418 2,平均Nei’s基因多样性为0.250 0,平均Shannon信息指数为0.369 7,样品间的遗传距离为0.010 5～0.969 7。【结论】长白山区杓兰属植物具有较丰富的遗传多样性,聚类结果与形态学分类结果基本一致。 相似文献
9.
陕西7个毛樱桃自然居群遗传多样性的SSR评价 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究陕西野生毛樱桃自然居群的遗传多样性,为科学保存和利用陕西野生毛樱桃资源提供理论依据。【方法】以陕西野生毛樱桃的7个自然居群140份样本为材料,用SSR分子标记技术研究其遗传多样性和遗传结构。【结果】用10对SSR引物从7个毛樱桃自然居群中共检测出92个等位基因,各引物扩增的条带在6~14个。居群多态位点比率(PPL)为100%,Shannon’s信息指数(I)平均值为1.280,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.655,可观察杂合度(Ho)平均值为0.584,期望杂合度(He)平均值为0.672,表明陕西7个毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平。居群的基因分化系数Fst=0.181,表明陕西野生毛樱桃的遗传变异主要存在于居群(81.9%)内,遗传分化居群内高于居群间,基于Fst测得基因流Nm为1.128。利用UPGMA对7个毛樱桃自然野生居群进行聚类,可以分为3类:麟游(LY)、绣房(XF)、华阴(HY)、哭泉(KQ)归为第1类,小峪(XY)为第2类,鹦鸽(YG)和青化(QH)归为第3类。【结论】李属植物SSR引物在毛樱桃上能够有效的转移利用,陕西毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平,其中华阴居群遗传多样性水平最高,遗传分化居群内高于居群间,7个居群可聚为3大类。 相似文献
10.
运用SRAP分子标记研究了山东省3个钩齿溲疏居群的遗传多样性,结果显示,用15对引物共检测到244个位点,其中多态位点167个,物种水平多态位点百分率(PPL)68.44%,Nei’s基因多样性指数(H)0.2158,Shannon’s信息指数(I)0.3282,数据表明钩齿溲疏有较高的遗传多样性水平;居群间遗传分化系数(Gst)为0.3685,表明居群间遗传变异只占36.85%,远低于居群内遗传分化;在居群水平上,以崂山钩齿溲疏居群的遗传多样性最高,徂徕山最低;居群间遗传一致度(GI)和遗传距离(GD)变化范围分别为0.8350~0.8884和0.1184~0.1803,居群间的遗传距离与地理位置间没有直接相关性。 相似文献
11.
【目的】研究不同产区黄精Polygonatum spp.的遗传多样性,为其资源保护及品种选育提供更多理论依据。【方法】使用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,分析来自华东(浙江、福建、安徽、江西)、西北(河北、陕西)、华中(湖南)、西南(四川、贵州、云南)等4个居群的47份黄精种质资源的遗传多样性。【结果】对88对SRAP引物进行筛选,有7对可用于黄精种质资源的SRAP-PCR分析,共得到159条扩增条带,其中多态性条带140条。物种水平上,多态性比率为88.05%,有效等位基因数(Ne)为1.600 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.204 1,Shannon信息指数(I)为0.308 0;居群水平上,多态性比率为42.14%～86.16%,H和I分别为0.188 1～0.259 1和0.238 2～0.399 4;4个居群的基因分化系数(Gst)为0.194 1,表明有80.59%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为2.075 4,表明居群间存在一定的基因流动;从非加权组平均法(UPGMA)聚类结果可知：当相似系数为0.66时,47份样品分成4组,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ类的均... 相似文献
12.
《西南农业学报》2017,(10)
【目的】对野生紫背天葵资源的遗传多样性研究可为其育种、利用和保护提供参考依据。【方法】应用ISSR分子标记技术对广东肇庆鼎湖山、广西桂林大野神境、青狮潭3个紫背天葵野生居群的遗传多样性进行分析。采用POPGEN32进行数据分析,UPGMA绘制聚类图。【结果】12条ISSR引物共检测到112个清晰的扩增位点,多态性位点102个,多态位点百分率为91.07%;Nei's基因多样性指数(He)为0.3383,Shannon多样性指数(I)为0.5011,基因分化系数(Gst)为0.1507。居群间的遗传相似系数为0.8949~0.9162,平均为0.9026。聚类分析可知,各居群个体的聚类与其地理位置一致。【结论】紫背天葵具有较高的遗传多样性,但居群间的遗传分化水平较低,建议可将各种群后代种子或幼苗相互交叉移栽,以提高群体间的基因交流,增加遗传多样性水平。 相似文献
13.
浙江仙居长叶榧自然居群遗传多样性的ISSR分析 总被引：5，自引：0，他引：5
采用ISSR分子标记技术,对中国特有树种长叶榧的遗传多样性和遗传分化进行分析.用10个引物对浙江省仙居县的5个长叶榧居群共100个样品进行扩增,共测到136个位点,其中多态位点72个,多态位点百分率（P）为52.97%.长叶榧总的Shannon信息指数(I)为0.269 1,Nei指数（h）为0.175 8,表明种水平的遗传多样性较高,而居群水平的遗传多样性较低,P平均为28.09%,I平均为0.138 9,h平均为0.091 2.AMOVA分子差异分析表明长叶榧居群间遗传分化程度高,45.72%的变异存在于居群间,54.28%的变异存在于居群内,居群间的基因分化系数（Gst）为0.489 1.长叶榧居群间的基因流很低,为0.522 4.瓶颈效应、居群隔离和遗传漂变可能是造成长叶榧居群低遗传多样性和居群间较高遗传分化的主要原因.5个居群间的平均遗传距离为0.128 0.利用算权平均数法（UPGMA）对长叶榧居群进行聚类,结果可分为两大类群:下辽和龙潭坑2个居群组成一个类群;石舍与石长坑居群先聚在一起,再与夹坟坑居群组成另一个类群. 相似文献
14.
柴松遗传多样性的RAPD分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以柴松现存2个居群各50个个体为样本,利用随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究了其遗传多样性。50条引物共扩增出349个位点,其中多态位点为321个。用POPGEN32版软件对数据进行了分析,结果表明:(1)柴松的遗传多样性水平很高。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为92.51%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.317 3,Shannon多样性信息指数(I)为0.478 2,总基因多样度(Ht)为0.317 4。在居群水平上,平均多态位点百分率为89.92%,H和I平均值分别为0.302 5和0.456 6;(2)居群间的遗传分化较低。居群间遗传分化系数(Gst)为0.046 7,基因流(Nm)为10.201 8,Shannon’s居群分化系数((Isp-Ipop)/Isp)为0.045 2。表明柴松的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的95%以上,居群间的遗传变异不足5%。并根据柴松的遗传多样性现状提出了相应的保护策略和措施。 相似文献
15.
神农架4个珙桐居群遗传多样性的RAPD分析 总被引：10，自引：0，他引：10
用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对神农架地区4个居群28个珙桐（Davidia involucrate Baill.）个体进行了遗传多样性分析.16个10 bp寡核苷酸引物共检测到87个位点,多态位点49个,多态百分率56.3％,而居群平均多态位点百分率为30.2％.用POPGENE对数据进行了分析,结果显示:居群的平均Nei’s基因多样性为0.111 8,Shannon’s遗传多样性信息指数为0.165 1,总的居群基因多样性为0.169 2,基因分化系数为0.339 2.这表明神农架地区珙桐的遗传多样性较低,其遗传变异以居群内遗传变异为主. 相似文献
16.
【目的】揭示野生大豆Glycine soja Sieb.et Zucc.在特定微环境中演化和分化的信息,为自然居群的取样提供理论依据.【方法】采用41对SSR引物对湖南新田大冠岭地区及其周围的16个居群612份野生大豆材料的遗传多样性和群体结构进行了分析,并分析了居群多样性与空间分布间的关系.【结果和结论】41个SSR位点在612份野生大豆材料中共检测出414个等位变异,每个位点的等位变异范围为4~19个,平均为10.1个.每个位点Shannon指数(I)变异范围为0.283~2.542,平均为1.751.通过比较不同居群遗传多样性指数,发现大冠岭区域向西岭至桑梓一带野生大豆遗传多样性丰富,拥有较多的等位变异,与其周围居群间有较高的基因流.用基于混合模型的Structure2.3软件分析群体结构,可将野生大豆居群分为19个组群,大冠岭区域向西岭至桑梓一带野生大豆居群互混成不同组,而远离大冠岭的野生大豆居群则大都独立.空间自相关分析显示,1 400 m以内遗传距离与地理距离呈正相关;向西岭至桑梓一带是大冠岭区域野生大豆居群的一个多样性中心,周围野生大豆自然居群呈现出明显的空间分布特点,遗传多样性与地理距离、海拔呈正相关,大冠岭野生大豆传播方式为由高海拔地区向低海拔辐射传播.因此认为该地区野生大豆遗传结构模式应属于距离隔离模式和陆岛模式. 相似文献
17.
【目的】从分子水平研究嵩草品种资源之间的遗传多样性,为综合评价青藏高原嵩草种质资源提供依据。【方法】用筛选出的4对E+3/M+3引物对11份嵩草基因组 DNA进行 AFLP扩增。【结果】共得到164条清晰可辨条带,多态性条带154条,多态性位点百分率为93.96 %,嵩草平均Nei’s 基因多样性指数为0.2430,Shannon’s多样性指数为 0.4012,表明嵩草种质间存在丰富的遗传多样性。通过UPGMA聚类分析,将11个嵩草居群划分为5类。【结论】嵩草的11个自然居群存在丰富遗传多样性,嵩草居群的遗传相似系数与海拔之间没有相关性,嵩草居群的生境的异质性影响遗传分化。 相似文献
18.
采用RAPD分子标记对全国11个居群的291个珊瑚菜样本进行了遗传多样性研究。结果显示,10个引物共检测到79条清晰的谱带,其中多样性条带65条,多样性条带百分率(PPB)为82.28%;POPGENE32分析显示,其物种水平平均有效等位基因数(Ne)平均值为2.12;Nei’s遗传多样性指数(h*)平均值为0.35;Shannon多样性指数(I*)平均值为0.56;居群水平总的遗传多样性指数(Ht)为0.51,其中68.63%(Hs=0.35)的遗传分化来自于居群内,31.37%的遗传分化来自于居群间(GST=0.31),居群间基因流(Nm)为1.10。本研究表明野生珊瑚菜具有较高的遗传多样性,且居群内变异大于居群间变异。由此推断珊瑚菜的濒危原因主要来源于野生生态环境的破坏,应当加强种质资源的保护。 相似文献
19.
《甘肃农业大学学报》2020,(3):134-143
【目的】通过对青海云杉无性系遗传多样性和亲缘关系的研究,以期为青海云杉高世代种子园的建立提供可靠的建园材料.【方法】以109个青海云杉种子园内的无性系作为研究对象,采用正交试验设计和单因素分析方法,建立并优化了青海云杉的SSR-PCR反应体系,利用筛选出的10对有效引物,分析青海云杉无性系遗传多样性.【结果】基于SSR分子标记对109个青海云杉无性系遗传多样性分析,共扩增出230条多态性条带,多态百分率(PPL)为100.00%,平均有效等位基因数(n_e)为14.76,平均观测杂合度(H_o)为0.06,平均期望杂合度(H_e)为0.92,平均Shannon′s多态性信息指数(I)为2.77.【结论】采用UPGMA聚类分析方法,将109个无性系分为5组,差异明显,此结果与种子园建园材料的地理来源广泛和个体间基因交流广泛吻合,揭示了青海云杉无性系间的遗传多样性较为丰富. 相似文献
20.
《西南农业学报》2020,(7)
【目的】分析卡特兰属(Cattleya)植物的遗传多样性并评价其亲缘关系,为卡特兰的品种鉴别、分类、遗传图谱构建及分子育种打下基础。【方法】采用ISSR分子标记技术,从100条ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物对18份卡特兰种质资源进行PCR扩增,并利用GenAlEx 6.51计算各种间的遗传多样性参数;采用NTSYS 2.1的非加权算术平均聚类(UPGMA)法进行聚类分析。【结果】利用筛选出的6条引物对供试材料进行PCR扩增获得153条谱带,多态性条带比率达100%;遗传多样性参数中,平均观测等位基因数(Na)为2.000个,平均有效等位基因数(Ne)为1.207个,平均Nei’s遗传多样性指数(He)为0.157,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.281;卡特兰种质资源间的遗传相似系数在0.6514～0.8991;UPGMA聚类分析结果表明,在相似系数0.749处,可将18份卡特兰种质资源划分为6个类群。【结论】卡特兰种质资源间具有丰富的遗传多样性;UPGMA聚类分析结果与传统的形态学分类结果基本一致,18份卡特兰种质资源分别隶属于卡特亚属、波浪边亚属、类匈伯加亚属、镰刀形花亚属、因特美地亚属、藕茎花亚属和圈聚花兰属7个属。 相似文献