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为了解潞党参根腐病发病前后根际土壤真菌的群落多样性及其与土壤因子的关系，本研究采用高通量测序技术对根腐病潞党参和健康植株根际土壤中的真菌微生物群落构成进行分析。结果表明，潞党参根际真菌群落丰度的降低与潞党参根腐病发生具有一定的相关性，不同分类水平潞党参病健植株根际真菌组成和某些优势菌群的丰度在两组之间均存在差异。白粉菌属和拟青霉属只存在于健康潞党参植株土壤中，四枝孢属(Tetracladium)丰度在根腐病潞党参根际土壤中最高。冗余分析结果表明，QD(总氮)及YJZ(有机质)与枝孢菌属(Cladosporium)、镰刀菌属(Fusarium)和白粉菌属(Erysiphe)的含量呈正相关，SXJ(速效钾)对真菌群落分布的影响不具有显著性(P=0.082)。但其他各类差异菌群功能及其与潞党参根腐病病原菌的互作关系尚待研究。 相似文献
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健康与根结线虫病烟田根际土壤微生物群落对比分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究烟草根结线虫病与根际土壤微生物群落的关系,通过高通量测序研究了健康烟田和根结线虫病发病烟田根际土壤的微生物多样性、组成结构和功能变化。结果表明：健康烟田根际土壤微生物群落的Alpha多样性与发病烟田差异不显著,Beta多样性分析表明健康烟田样本与发病烟田样本分布基本一致。健康烟田与根结线虫发病烟田根际土壤细菌与真菌微生物群落在门水平上组成相似,但物种丰度存在差异,酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、担子菌门(Basidiomycota)和壶菌门(Chytridiomycota)在健康烟田中占优势,而变形菌门(Proteobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、子囊菌门(Ascomycoda)、球囊菌门(Mortierellomycota)在发病烟田中占优势。在属水平上,根际土壤细菌与真菌微生物群落组成也基本一致,但健康烟田与根结线虫发病烟田微生物物种丰度存在显著差异,Cylidrocapon、镰刀菌属(Fusarium)等致病菌在发病烟田中占显著优势。种水平上,健康烟田中的Actinoallomurus spadix和分枝节杆菌(Arhrobacter ramosus)与发病烟田组存在显著差异。通过根际土壤微生物功能预测分析发现,发病和健康烟田土壤真菌、细菌功能组成相似,但发病烟田样本功能丰度大于健康烟田。因此,烟草根结线虫病的发生与根际土壤微生物群落的组成和多样性无直接关系,而是可能与物种丰度及样本功能丰度密切相关。研究结果可为通过调控根际微生物群落结构来防治烟草根结线虫病提供理论依据。 相似文献
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为探明晚熟桃‘秋彤’年生长周期的微生物群落结构,采用高通量测序技术分析不同物候期,不同部位的细菌、真菌群落组成及丰度,以期为其科学管理提供理论依据。多样性指数分析发现,桃萌芽期和幼果期各部位的细菌Shannon和Simpson指数均低于硬核期、果实膨大期和成熟期各部位,表明后期的细菌多样性较高;花期和幼果期各部位的真菌Shannon和Simpson指数均高于硬核期,表明前期的真菌多样性较高。同一部位、不同物候期真菌丰度比较发现,果实膨大期叶片和萌芽期枝条枝孢菌（桃疮痂病病原菌）丰度较高,硬核期枝条和果实链格孢菌（桃黑斑病病原菌）等丰度较高。在现有管理模式下,晚熟桃‘秋彤’果实膨大期和萌芽期受桃疮痂病危害风险较高,硬核期受黑斑病危害风险较高。 相似文献
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基于高通量测序患炭疽病草莓根际与健康草莓根际细菌群落的比较研究 总被引：3，自引：2，他引：1
研究旨在比较患炭疽病草莓与健康草莓根际土壤细菌群落多样性，了解其细菌群落生态特征，为找到有效的生防菌奠定基础。本研究基于土壤细菌16S rDNA V3-V4区基因多样性，利用Illumina Miseq高通量测序技术进行比较研究。研究得出：与健康对照相比，患病土壤细菌的OTUs数目及多样性指数均较低；在门水平上，变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门等是2种生境共有的优势类群；在属水平上，2种生境的优势菌丰度有差异，患病土壤的假单胞菌属丰度显著降低，气单胞菌属丰度显著升高；而且，健康土壤的解毒类菌、固氮菌、光合菌和硝化菌丰度均高于患病土壤。健康草莓根际土壤细菌丰富度及多样性均高于患病草莓，2种生境细菌菌群结构有差异，且健康土壤中对植物有益的功能微生物群体含量高于患病土壤。 相似文献
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为了深刻认识罗汉松和珙桐内生真菌的多样性,分离了183株罗汉松和珙桐内生真菌,结合形态学和分子分类方法对分离内生真菌进行种属鉴定;采用限制性片段长度多态性(RFLP)方法研究分离菌株的遗传多样性。结果表明96株罗汉松内生真菌鉴定为曲霉属Aspergillus、刺盘孢属Colletotrichum、拟茎点霉属Phomopsis、丝枝霉属Aphanocladium、脉孢菌属Neurospora和无孢菌群,Shannon多样性指数为1.73;87株珙桐内生真菌分属于曲霉属Aspergillus、刺盘孢属Colletotrichum、拟茎点霉属Phomopsis、青霉属Penicillium、炭角菌属Xylaria sp.和无孢菌群,Shannon多样性指数为1.53。采用RFLP方法,对全部内生真菌rRNA基因间隔区(ITS)的核苷酸多样性进行了分析,罗汉松和珙桐内生真菌分别聚为22个分枝,同属的菌株聚在一起,同属菌株的RFLP分类相似性在93%以上。罗汉松和珙桐内生真菌中都有无孢菌群,部分菌株与鉴定菌株同处一个分枝中,其他相距较远的无孢菌可能为新的种属。本研究结果提示,罗汉松和珙桐内生真菌的多样性丰富。 相似文献
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沙棘内生菌的分离与初步鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
植物内生菌广泛存在于各种植物中,在与宿主的协同进化过程中形成了两者的互惠共生关系。通过对采集的野生沙棘健康的根、茎、叶进行组织分离共计获得内生真菌327株,分别归属于链格孢属、青霉属、根霉属、芽枝霉属、毛壳菌属、曲霉菌属、盘多毛孢属、向基孢属、枝顶孢属、头孢霉属等10个真菌属,内生菌表现出丰富生物多样性。从组织分离以及对内生真菌初步鉴定的结果看一些物种还具有组织专化性。 相似文献
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研究不同有机肥施用量下土壤真菌群落构成、多样性及功能特性，旨在为合理增施有机肥和保障玉米田土壤生态健康发展提供理论依据。采用大田施肥试验，共设置4个处理，使用高通量测序和FUNGuild对不同施肥量下土壤真菌多样性、结构及功能群进行分析。结果表明：增施有机肥能够提高土壤有机质、速效磷、速效钾、脲酶、过氧化氢酶等的含量，且与有机肥的施用量呈正相关；施用有机肥能够提高土壤真菌群落的多样性，降低真菌群落丰富度；从真菌门水平看，不同施肥量下土壤中真菌群落占主导地位的为子囊菌门、毛霉菌门、担子菌门和卵菌门，与不施有机肥的对照相比增施中量牛粪处理下子囊菌门和担子菌门的相对丰度明显较高；从真菌属水平看，优势属包括镰刀菌属、腐质霉属、油壶菌属和小粉孢属。增施有机肥提高了共生营养型和腐生营养型的相对丰度，且随着增施有机肥量的增加，病理营养型的丰度呈现递减的趋势；增施有机肥的处理木质腐生真菌数量明显高于不施有机肥的处理，而植物病原菌和动物病原菌的数量均低于对照，因此，认为增施一定量的有机肥能够优化土壤微生物环境，利于玉米植株产量的提高。 相似文献
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扦插土壤微生物在茶树扦插短穗愈合生根过程中起着至关重要的作用。为探究不同类型苗圃土壤之间的真菌群落结构差异以及土壤环境因子与真菌群落结构之间的关系。本实验采用高通量测序技术对5个茶区苗圃地的非重茬表土、重茬表土、黄心土样品进行测序分析,比较不同类型扦插土壤中真菌群落多样性差异。Alpha多样性分析表明,黄心土的真菌群落的总数和多样性都低于重茬表土和非重茬表土,重茬表土和非重茬表土的真菌群落总数和多样性在不同地区存在差异。从五组土壤样品中共检测出5个门,其中优势菌群为接合菌门(Zygomycota),丰度占真菌群落的31.11%~77.00%。五组土壤样品的403个真菌菌属中,优势菌属均为未被分类的被孢霉科(unclassified_Mortierellaceae)。相关性分析表明,真菌OTU总数和物种总数Chao1与土壤有机质含量SOM有极强的相关性。本研究结果为茶树扦插土壤的选择提供了参考,也为茶树扦插土壤中病原微生物的进一步的筛选分离等研究提供了科学依据。 相似文献
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灵芝是一种优秀的传统中药材,在亚洲等地区一直具有巨大的市场需求。但传统的集约式栽培流程导致灵芝产量和品质低下,而水旱轮作则被认为是一种切实有效的可持续农业措施,但灵芝—水稻轮作方面的研究却极其稀少。为探讨灵芝—水稻轮作不同阶段土壤微生物群落的演替规律,采用了高通量测序对不同阶段(DAF,L1和L2)土壤细菌与真菌群落结构进行分析。结果表明：自DAF到L2,细菌的丰富度及多样性指标逐渐降低,真菌的丰富度多样性指标先下降随后上升。灵芝—水稻轮作对细菌与真菌群落结构有显著影响,DAF的罗河杆菌属与芽单胞菌属的相对丰度显著高于L1与L2;而MND1属、大肠杆菌志贺菌、Dongia属、链霉菌属、Ellin6067属相对丰度显著低于L1或L2。而在真菌属水平,L1的小脆柄菇属的相对丰度显著高于DAF与L2,而被孢霉属则相反。相关性分析表明大多数的土壤化学养分与真菌的多样性指标显著负相关,而与细菌丰富度、... 相似文献
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盐碱地是具有较高价值的后备耕地资源，土壤微生物群落可以作为衡量土壤质量的生物学评价指标之一。采用Illumina MiSeq技术测试样本的ITS和16S rRNA序列，剖析2种菌剂撒施处理对宁夏石嘴山地区盐碱土壤微生态环境的调控作用。研究表明，菌剂YF和JF撒施可以降低盐碱地pH，改良土壤营养状况；真菌和细菌群落的丰富度、多样性和均匀度显著增加；真菌的镰孢属(Fusarium)及曲霉属(Aspergillus)丰度下降达40%以上，细菌的节细菌属(Arthrobacter)、多食鞘氨醇杆菌属(Sphingomonas)和类诺卡氏属(Nocardioides)的丰度增加8.0%以上。微生物菌剂撒施降低了盐碱地真菌和细菌群落的独有分类单元OTU (operational taxonomic units)数量，硝态氮、有机质、K、C、N、P、pH等环境因子对不同处理之间的微生物群落也有显著影响。因此，2种微生物菌剂撒施处理可以改善宁夏石嘴山地区盐碱土壤质量，改善土壤的微生态环境。 相似文献
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土壤微生物多样性是提高人工林土壤生产力的重要因素之一，由于杨树二代林土壤退化严重，为了提高退化土地的土壤微生物多样性，找出合适的肥料配比方案，以安徽北方5年生杨树二代林为研究对象，进行连续4年的施肥试验后，采集土壤样品，采用高通量测序技术分析不同施肥处理杨树林地土壤微生物群落变化特征，并与环境因子进行RDA分析。结果表明：杨树二代林中，占优势细菌属的有MND1、Gaiella、小梨形菌属(Pirellula)及RB41，土壤表层施肥和未施肥土壤细菌菌属差异显著。蜡蚧菌属(Lecanicillium)、被孢霉属(Mortierella)及镰刀菌属(Fusarium) 3种菌属为真菌优势菌属，真菌群落在土层中分布相关性较小。施用氮肥250 g/株、磷肥500 g/株、有机肥500 g/株及土壤改良生物菌肥200 g/株和氮肥125 g/株、磷肥500 g/株、钾肥75 g/株及土壤改良生物菌肥100 g/株其表层土壤的细菌分布较均匀且多样性较高，这两种施肥方案适合改善林地表层土壤细菌群落多样性。施用氮肥500 g/株、钾肥75 g/株、有机肥500 g/株及土壤改良生物菌肥150 g/株和... 相似文献
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甜菜抗病品种产生抗性的土壤微生物机理 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究以甜菜和根腐病为研究对象,分析了不同品种以及不同发病程度甜菜中土壤微生物群落组成、结构以及功能的变化,以期获得抗性品种、发病程度和根际微生物相互间的关系,揭示抗病品种的土壤微生物机制。利用抗病型和感病型两种甜菜品种作为研究对象,并从2种品种中分别选取了发病轻和发病重的甜菜根际土壤样品,通过Illumina MiSeq高通量测序技术对根际土壤细菌和真菌群落进行测定。结果发现：发病较轻的甜菜根际土壤微生物（细菌和真菌）和抗病型甜菜根际土壤真菌的多样性相对较高。NMDS分析表明甜菜品种能显著影响土壤真菌的群落结构,而发病程度则能同时明显改变细菌与真菌的群落结构。在根际微生物富集方面,抗病型甜菜根际富集了假单胞菌(Pseudomonas)、节杆菌(Arthrobacter)、芽孢杆菌(Bacillus)等有益细菌,而感病型甜菜中则富集了较多的病原微生物-尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)。另外,发病较轻样品中富集了较多的未分类的酸杆菌纲属、芽孢杆菌(Bacillus)、红色杆菌属(Rubrobacter)、未分类的放线菌纲属、链霉菌属(Streptomyces)、类诺卡氏属(Nocardioides)等有益细菌。除此以外,FUNGuild功能预测表明,感病型甜菜和发病较重样品中检测到更多的植物病原菌。抗病品种和健康植株根际微生物虽然在种类上不同,但是其根际均聚集了大量的有益微生物,而感病型品种和发病严重植株则更容易在根围定殖病原微生物。抗病品种的抗病机理之一是植物生长过程中招募了更多的有益细菌作为抵御病原菌的侵染第一道防线。本研究从土壤微生物组的角度对抗病品种抗性机制进行了阐明,充实了抗病品种抗性产生的理论机制。 相似文献
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旨在通过研究种植辣椒后的不同类型土壤根际微生物的群落结构变化特征,探索适合辣椒种植的微生物群落结构与土壤类型。以辣椒自交系SJ11-3为材料,利用Illumina MiSeq 2500测序平台对其种植前后不同类型土壤（包括潮土、稻田土和黄棕土）根际微生物进行测序和生物信息学分析,研究土壤细菌16S rRNA基因V3+V4区域和真菌ITS1区域的丰富度、多样性及微生物群落结构。结果表明,种植前土壤中共获得2253个细菌分类操作单元(OTU)和775个真菌OTU,种植后土壤中共获得2353个细菌OTU和877个真菌OTU。辣椒种植会使不同类型土壤中细菌和真菌的OTU数量有所上升,且潮土中特有的OTU在种植辣椒前后均明显高于稻田土和黄棕土。同时研究发现,辣椒种植后Rhodanobacter、Gemmatimonas、Bradyrhizobium、Sphingomonas等细菌和Fusarium、Penicillium等真菌在不同类型土壤中相对丰度均显著升高。另外群落物种丰富度指数（ACE和Chao1指数）和群落多样性指数（Shannon和Simpson指数）分析发现,种植辣椒会使潮土、稻田土和黄棕土中真菌Shannon指数显著升高,而Simpson指数显著降低,物种多样性显著上升;细菌多样性则无显著变化。种植辣椒对潮土、稻田土和黄棕土中微生物多样性的变化均会产生重要影响,改变土壤微生物的丰富度及OTU类型。潮土在种植辣椒后微生物群落结构较为健康,未发现有大量病原菌富集,但稻田土和黄棕土则更容易造成病原菌的富集,因此推荐潮土为辣椒种植的适宜土壤。 相似文献
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坛紫菜是最具经济价值的海产经济作物之一，贝壳丝状体白斑病严重影响坛紫菜育苗产业的健康发展。探究坛紫菜白斑病贝壳丝状体附生细菌群落和藻际细菌群落可为阐明白斑病的致病微生态机制提供一定的依据。本研究基于高通量测序技术分析了健康和患病的贝壳丝状体附生细菌、藻际细菌群落结构及对贝壳丝状体的影响。结果表明：白斑病贝壳丝状体上附生细菌丰度和多样性降低、藻际细菌丰度和多样性增加，健康池水样和患白斑病池水样的细菌群落结构有显著差异。健康池水样和患白斑病池水样中变形菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidota为优势菌，水源水中蓝细菌门Cyanobacteria和变形菌门为优势菌；Nautella、Vibrio在患白斑病的贝壳丝状体水体中为优势菌；在白斑病贝壳丝状体附生细菌中土芽孢杆菌属Geobacillus丰度为18.25%，而健康贝壳丝状体仅为0.05%，差异极显著。培育池水体中高丰度的弧菌和贝壳丝状体上高丰度的土芽孢杆菌，都是坛紫菜贝壳丝状体白斑病的重要病因，在坛紫菜育苗期间藻际细菌及贝壳丝状体附生细菌群落结构的稳定是坛紫菜育苗的关键因素。 相似文献
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苍术为多年生草本植物,传统的种植方式是连续多年在同一地块种植,这往往导致其生长发育受阻和土传病害的发生,根际微生物被认为是植物的第二基因组,对植物的生长发育具有重要作用。为分析栽培苍术对根际土壤微生物的影响,探讨苍术病害发生与微生物变化间的关系,以陕西省柞水县下梁镇种植过3年苍术的根际土壤,以及从未种植过苍术地块的土壤为试验材料,利用高通量测序方法对微生物群落进行扩增子测序分析。结果表明,栽培3年后,苍术根际土壤细菌和真菌结构发生变化,细菌群落多样性和丰富度下降,真菌群落多样性下降、丰富度上升,变形菌门、放线菌门和酸杆菌门是细菌中的优势菌群,子囊菌门、被孢霉门、担子菌门是真菌中的优势菌群。栽培3年后,苍术的根际土壤微生物呈有益菌下降、病害菌增加的趋势。 相似文献
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以天津、北京、杭州等10个地区的葡萄园以及市场中的75份腐烂葡萄为研究对象，应用分子生物学手段进行葡萄表面微生物（细菌和真菌）多样性的核酸测序（包括16S区域扩增子和ITS区域扩增子）分析；同时基于次级代谢产物，使用高效液相色谱（HPLC）法对葡萄样本进行了21种真菌毒素的测定分析，以初步摸清主要风险危害，锁定风险菌株。结果表明，对表面微生物的核酸测序共获得细菌16S有效OTU信息732个和真菌ITS有效OTU信息4 336个，构建了葡萄表面菌相分子数据库，其中包括367种细菌和256种真菌，其主要病原菌为青霉、黑曲、链格孢菌、杂色曲霉、灰葡萄孢、炭疽和盾壳霉；通过真菌毒素测定分析，共检测出4种真菌毒素，分别为交链孢毒素AOH、交链孢毒素AME、交链孢毒素TeA和交链孢毒素TEN。 相似文献
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大蒜根腐病根际土壤真菌群落结构及多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
研究旨在解析根腐病发生时大蒜根际土壤真菌群落结构,明确大蒜根腐病与根际土壤真菌群落多样性变化的关系,探明根腐病发生的微生态机制,为病害的防控提供理论基础。以新疆连续3年的大蒜根腐病发病田的根际土壤为研究对象,采用高通量测序方法对大蒜根际土壤总DNA的真菌ITS区序列进行大规模测序分析。结果表明,与健康对照相比,在门的水平上,子囊菌门和接合菌门真菌是大蒜根腐病根际土壤的优势真菌类群,其中高水平的子囊菌门菌群与病害发生有着密切的关系。在属的水平上,注释获得137个属,其中19个属与大蒜根腐病有较大的相关性。镰刀菌属真菌数量在病土中高于健康对照。随着连作年限的延续,根腐病的发生愈发严重,土壤中真菌群落的Shannon指数、Simpson指数、真菌属的数量逐年降低,大蒜根腐病的发生与植株根际真菌群落组成及多样性密切相关,土壤真菌类群的平衡和多样性改变是根腐病发生的一大诱因。 相似文献