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1.
采用RT-PCR和RACE等技术克隆了斑鳜(Siniperca scherzeri)胃蛋白酶原C(pepsinogen C,PGC)的cDNA全长和部分DNA序列,结果表明:PGC cDNA序列全长1 505 bp,5'端非翻译区37 bp,3'端非翻译区304 bp,开放阅读框架(ORF)1 164 bp,共编码含有387个氨基酸的蛋白质,包括由16个氨基酸组成的信号肽、39个氨基酸的激活肽和332个氨基酸的成熟肽.斑鳜PGC氨基酸序列与斜带石斑鱼、伯氏豚虾虎鱼、狼鲈、美洲红点鲑4种鱼的相似度分别为92.0%、91.5%、90.2%、89.1%,与非洲爪蟾、鸡、人、兔、褐家鼠的序列相似度分别为76.8%、72.8%、72.5%、69.9%、67.3%,表明PGC基因在长期的进化中较为保守.PGC基因由9个外显子和8个内含子组成,内含子剪切位点符合GT-AG规则,在第7含子中发现(GACA)6、(CA)6类型的微卫星序列,第8内含子中发现(TG)5类型的微卫星序列.采用锚定PCR方法获得了PGC 5'侧翼区长1 924 bp的序列,启动子区域位于-40～+10 bp,包含TATA盒以及GATA-1、CdxA、Hand1/E47、AP-1、Nkx-2、S8、FOX J2等转录因子的结合位点.结果为进一步研究该基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础. 相似文献
2.
《浙江农业学报》2017,(8)
采用保守引物进行PCR成功扩增了编码翘嘴鲌生长激素的基因,该基因全长5 966 bp,其中转录单元长1 648 bp,由5个外显子和4个内含子组成。5'端和3'端侧翼序列长度分别为2 282 bp和2 036 bp,分别包含(AAT)8和(TTC)5T(TAA)8的微卫星序列。上游区域包含TATA框,还有一些重要的转录因子结合位点,如Pit-1、Pit-1a、CREB、AP1、GR、HNF-3、HNF-3B等转录因子。翘嘴鲌的5个外显子长度分别为64、140、117、162和255 bp。推测的阅读框为603 bp,编码由22个氨基酸的信号肽和178个氨基酸成熟肽组成的多肽。在这个多肽中发现了5个保守的半胱氨酸残基(Cys~(71)、Cys~(135)、Cys~(173)、Cys~(190)和Cys~(198))和2个可能的N-糖基化位点(145th和197th)。翘嘴鲌GH氨基酸序列与团头鲂完全相同,与草鱼只有一个氨基酸残基的差异,构建的鱼类进化树符合基本分类地位。翘嘴鲌生长激素基因4个内含子长度分别为229、103、565和103 bp。相对外显子来说,种间内含子变异较大,其中第三内含子变异最大。该结果为进一步研究翘嘴鲌GH基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。 相似文献
3.
从芥蓝（Brussica oleraceaL．var．alboglabra）中克隆了一个新的PGIP基因,命名为BoPGIP2。BoPGIP2基因序列全长为1102bp,由2个外显子和1个内含子构成,外显子总长为993bp,内含子总长为95bp,编码330个氨基酸序列,分子量为37．1kDa。推导的氨基酸序列分析表明,该序列包含5个N一糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,5个酪蛋白激酶II磷酸化位点,4个N-豆蔻酰化位点;同源序列比对分析表明,所比对基因都含有LRR结构,在145位点的LRR结构域在所有物种中高度保守。 相似文献
4.
通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。 相似文献
5.
通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。 相似文献
6.
利用BLAST、Neural Network Promoter Prediction、ORF Finder、CpG Island Searcher和TF SEARCH等在线软件预测鸡的PGC1-α基因的5’调控区的启动子、开放阅读框、CpG岛及转录因子结合位点。结果显示,鸡与其他物种的PGC1-α核苷酸序列同源性很高,达84%以上;PGC1-α基因5’调控区序列上启动子可能位于1 900 bp处;评分在85分以上时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;有12个潜在的转录因子结合位点评分在95分以上;最大ORF位于1 411～1 617位核苷酸,共编码69个氨基酸;CpG岛为200 bp区间(1 900～2 100 bp)。 相似文献
7.
用RT—PCR和SMARTRACE技术克隆了山葡萄F3’5’H基因的全长eDNA序列。GenBank登陆号为FJ645767,F3＇5＇HcDNA全长1779bp,包括开放阅读框1527bp,编码508个氨基酸,该基因表达产物相对分子质量为56．70kDa,等电点为9．28,是稳定蛋白。该基因属于P450超基因家族,不包含信号肽。氨基酸序列与欧亚种葡萄（DQ786631）、仙客来（GQ891056）、大豆（AY117551）、矮牵牛（Z22544）和飞燕草（AY856345）等植物的F3’5’H氨基酸序列的同源性系数分别为98％、81％、76％、76％和71％。 相似文献
8.
盐芥ThNHX1基因的3’RACE 总被引：2，自引：0，他引：2
以盐芥为材料，依据拟南芥AtNHX1基因的序列信息设计引物，扩增出盐芥中ThNHX1基因的部分序列，然后使用快速扩增cDNA3’末端（3’RACE）方法，从盐芥中克隆到ThNHX13’cDNA序列。该序列全长680bp，编码104个氨基酸，其编码序列、氨基酸序列与拟南芥AtNHX1基因的相应序列同源性分别为91％和91．5％，而盐芥ThNHX1基因3’端非翻译区序列与拟南芥相应序列的同源性为68．5％，明显低于编码区。 相似文献
9.
【目的】克隆甘蔗B家族s0心PsB基因并进行原核表达,为进一步研究甘蔗SPS酶学特性及SPS活性调控机制奠定基础。【方法】在进化分析的基础上,通过同源克隆获得甘蔗SofSPSB基因部分序列,再结合RACE技术获得全长cDNA序列。扩增SofSPSB基因ORF并连到原核表达载体pETBlue－2上导入大肠杆菌BL21（DE3）中表达。【结果】通过比对B家族中进化关系很近的玉米（Zeamays）ZmSPS1和水稻（Oryzasativa）OsSPS1基因序列,并在保守区设计一对引物扩增获得甘蔗B家族SPS基因（SolSPSB）2330bp序列。结合5’－RACE和3’－RACE技术获得3481 bp SofSPSB基因全长cDNA序列,该序列包含一个3225bp的开放阅读框（0I江）;起始密码子（ATG）位于转录起始位点后56bp处,终止密码子（TGA）后有一段201bp的非编码序列,并带有真核生物典型的polyA尾巴;编码1074个氨基酸,SofSPSB与Zm—SPS1、OsSPS1的核苷酸序列同源性分别为94．7％和81．3％,氨基酸序列同源性分别为96．0％和83．9％;其理论分子量Mw=118．96kDa,等电点pI=6．30。经原核表达后纯化获得带6xHis标签的融合蛋白。【结论】克隆获得甘蔗B家族Sol-SPSB基因全长cDNA序列,成功构建了SoPSPSB基因原核表达载体,使其在大肠杆菌BL21（DE3）中表达。 相似文献
10.
根据已知的绿沙蚕Nereisvirens细胞色素氧化酶CYP342A1保守区设计引物,采用RACE技术首次从双齿围沙蚕Perinereisaibuhitensis体壁肌肉中克隆出细胞色素氧化酶CYP4基因全长序列。分析结果表明,该序列全长为1857bp,5’端非翻译区为186bp,3’端非翻译区为225bp,阅读框为1446bp,编码为481个氨基酸。第422～431氨基酸序列符合P450所具有的结构保守共有序列FxxGxxxCxG,第319～322氨基酸序列为K螺旋特征基序ExxR区,第282～294氨基酸序列含有CYP4家族特征序列EVDTFMFEGHDTr。经Blast与GenBank中已知物种的氨基酸序列进行同源性比对,CYP4与多毛类绿沙蚕Nereisvirens CYP4BB1、CYP342A1（AY453408）氨基酸同源性为73％、36％,与多毛类小头虫CapiteUacapitataCYP4ATI（AY574044）同源性为39％。据此推断,双齿围沙蚕CYP4基因属于CYP4B亚家族。 相似文献
11.
程序性死亡因子6（PDCD6）基因编码1个含EF-hand结构域的钙离子结合蛋白。应用逆转录PCR及cDNA末端快速扩增（RACE）技术从虹鳟（Oncorhynchus mykiss）脑组织中克隆了PDCD6基因cDNA的全序列（GenBank No：FJ591154）。序列全长1 179bp,其中5’端非翻译区长48bp,3’端非翻译区长567bp,开放性阅读框长564bp,编码187个氨基酸。电子表达谱分析结果表明该基因在4种脊椎动物的多个部位或组织中均有表达。同源模建蛋白三级结构显示该蛋白具有8个主要的α螺旋结构。虹鳟PDCD6蛋白序列与斑马鱼、非洲爪蟾、人、小鼠和鸡的同源性均高于85%,表明PDCD6基因在进化过程中是高度保守的,在细胞程序性死亡过程中发挥重要作用。 相似文献
12.
[目的]分离克隆马尾松α-蒎烯合成酶基因cDNA全长.[方法]根据其他松科植物α-蒎烯合成酶基因保守区域设计引物,扩增出基因的部分片段,再结合RACE技术分别扩增出基因3’端和5’端序列,通过序列拼接获得cDNA全长,结合生物信息学软件分析该基因编码蛋白的特性.[结果]马尾松α-蒎烯合成酶基因cDNA全长为2 103 bp,编码区1 980 bp,编码629个氨基酸,含有1个N端结构域、1个金属结合结构域和1个天冬氨酸富集基序（DDMYD）.[结论]该方法成功克隆了马尾松α-蒎烯合成酶基因cDNA全长序列,具有单萜烯合成酶基因的典型特征,序列提交至GenBank,获得登录号KF547035. 相似文献
13.
罗非鱼免疫球蛋白（IgM）重链基因全长cDNA序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从已经构建的罗非鱼白细胞cDNA文库中测定获得罗非鱼免疫球蛋白（IgM）重链的eDNA序列,全长1885bp,有一个完整ORF阅读框长1770bp,5’UTR为29bp,3’-UTR为86bp,编码588个氨基酸。罗非鱼与大黄鱼、斜带石斑鱼、南极鳕鱼、乌鳢、鳜鱼、伯氏豚[鱼叚]虎鱼、牙鲆、花狼鱼、硬头鳟的IgM重链氨基酸序列有较高的同源性,最高达到69％,表明已经获得罗非鱼IgM重链基因;对所得氨基酸进行二级结构预测发现,罗非鱼IgM重链基因全长cDNA序列所编码的氨基酸分子量为41453．94Da。该试验结果为罗非鱼IgM重链基因功能的实验性鉴定工作奠定了基础。 相似文献
14.
采用同源克隆的方法从荔枝果皮中克隆得到一个二氢黄酮醇4-还原酶（DFR）基因,该基因开放阅读框全长1062bp,编码353个氨基酸．基因组扩增得到长度为2321 bp的片段,分析发现：该基因含有5个内含子,分别在119-255、426-1158、1353-1470、1632-1819、2013-2095bp之间．通过系统发育分析发现,该基因编码的蛋白与山葡萄、海棠和山竹子等果树具有较近的亲缘关系． 相似文献
15.
[目的]研究食用菌漆酶基因的差异以及漆酶的活性。[方法]利用编码杏鲍菇漆酶基因序列（GenbankNo．AY686700）设计特异性引物,采用PCR方法获得3种典型木腐食用菌（杏鲍菇、平菇、白灵菇）漆酶的基因序列。[结果]扩增得到的片段长度均为2606bp,通过对基因序列的内含子／外显子分析,获得漆酶编码区的cDNA,该基因的开放阅读框由1596个核苷酸组成,编码一个由531个氨基酸组成的多肽。3种食用茵漆酶基因的核苷酸序列、氨基酸序列同源性均为99．81％,说明漆酶的一级结构序列具有很高的保守性。[结论]序列的差异性、氨基酸跨膜区的不同及蛋白质的构象不同可能导致漆酶活性的高低。 相似文献
16.
利用RACE方法克隆到长春花中编码黄素单加氧酶的基因(YUCCA),YUCCA(YUC)是植物生长素吲哚乙酸(IAA)合成通路上的关键酶。长春花YUC(CrYUC,GeneBank登陆号KF827426)cDNA序列全长1 863bp,包括编码405个氨基酸的1 218bp开放阅读框、5’非编码区、3’非编码区和poly A尾巴;其相应的DNA中有3个内含子。生物信息学分析结果显示:预测CrYUC的分子量为45.3kDa,等电点为9.01;有16个磷酸化活性位点;与其他物种的YUC有较高相似度。初步表达分析发现:YUC在长春花的叶片、花、根及茎中均有表达,且茎及叶片中表达量高于花及根中表达量。 相似文献
17.
[目的]克隆甘蔗DⅢ家族SofSPSDⅢ基因并构建其hpRNA表达载体,为研究该基因生物学功能奠定基础.[方法]通过同源克隆获得甘蔗SofSPSDⅢ基因部分序列,利用RACE技术获得其全长cDNA.扩增SofSPSDⅢ目的基因约500 bp序列,利用中间载体pHANNIBAL构建该片段的hpRNA结构,然后用NotⅠ将整个hpRNA结构切下,克隆到双元植物表达载体pART27上,构建该基因的hpRNA表达载体.[结果]通过同源克隆和RACE技术获得SofSPSDⅢ基因全长cDNA序列,该基因全长3252 bp,5 ＇端UTR长度59 bp,3 ＇端UTR长度292 bp,开放阅读框（ORF）长度2895 bp,带有真核生物典型的poly（A）尾巴（GenBank登录号：HQ117935）.该基因编码蛋白含有964个氨基酸,理论分子量108.03kDa,等电点pI=6.66;SofSPSDⅢ与SoSPS2、SbSPS和TaSPS9的氨基酸序列同源性分别为99.0％、98.9％和90.0％.构建获得SofSPSDⅢ基因的hpRNA载体pART-DⅢ-Ri.[结论]成功克隆甘蔗DⅢ家族SofSPSDⅢ基因并构建基hpRNA载体,可为下一步沉默该基因、进而解析该基因的生物学功能奠定基础. 相似文献
18.
以‘解放钟’枇杷(Eriobotrya japonica L.)叶片为材料,在前期获得保守区的基础上,采用RT-PCR结合RACE技术,扩增得到枇杷三萜合成途径中关键酶香树脂醇合成酶基因的5'和3'序列,并进行序列分析。结果表明,AS基因5'非编码区长96 bp;3'非编码区长321bp,在GenBank中更新的登录号为JX173279.2,结合已发表保守区序列,通过拼接,得到AS基因全长2 700 bp,含有一个2 283 bp的开放阅读框,编码760个氨基酸。生物信息学分析表明,该蛋白是定位于细胞核的蛋白,具有29个磷酸化位点,属于ISOPREN_C2_like超家族,含有Camelliol C synthase、squalene/oxidosqualene cyclases、Squalene cyclase多结构域,与苹果AS基因98%同源。 相似文献