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ITS序列在苦荞麦种质资源鉴定中的应用 总被引：1，自引：1，他引：0
为了更精确有效地鉴定苦荞麦种质资源,根据ITS序列通用引物,以苦荞麦基因组DNA为模板通过PCR方法扩增出ITS(internal translation spacer)序列,在克隆测序的基础上对荞麦属5个栽培苦荞麦中进行分子鉴定与亲缘关系分析。结果表明：（1）5个供试材料ITS序列的变异小,序列长度在584~590 bp之间,G+C含量高,为67.5%~68.5%。（2）通过聚类方法分析发现‘建德苦荞麦’和‘红花苦荞麦’聚为一支,‘西荞2号’和‘西荞3号’聚为一支。 相似文献
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本研究基于ITS 2序列，对肉苁蓉和管花肉苁蓉的种子进行鉴定研究，旨在建立肉苁蓉种子的DNA条形码鉴定方法。通过提取种子的基因组DNA,经PCR扩增和双向测序，获得ITS 2序列。应用MEGA-X软件进行序列比对，计算K 2 P遗传距离，构建系统发育树。结果表明，所有种子样本均可以成功提取DNA和扩增ITS 2序列，种子的DNA分子量为10 000 bp左右，扩增产物为500 bp左右。肉苁蓉种子的ITS 2序列长度为414～472 bp, GC含量为54.41%～55.07%;管花肉苁蓉种子的ITS 2序列长度为399～489 bp, GC含量为54.18%～55.14%。肉苁蓉种子和管花肉苁蓉种子的ITS 2序列共有61个差异位点，种内最大遗传距离小于种间最小遗传距离，二者在系统发育树中分别聚为一支。ITS 2序列可以作为肉苁蓉种子的DNA条形码鉴定序列。 相似文献
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为研究盘龙参DNA分子鉴定方法,采用改良CTAB法提取盘龙参总DNA,根据rDNA ITS基因片段(AB 740176)设计引物,对样本进行PCR扩增,扩增产物克隆并测序,MEGA 5.2软件分析.结果表明:扩增得到的rDNA ITS片段总长为667 bp,ITS变异位点比率为17.10％,信息化位点比率为6.56％;通过ITS序列构建系统树进行聚类分析表明,ITS序列在绶草属种内是保守的,可作为中药盘龙参分子鉴定标记,而绶草属的系统发生关系尚需进一步研究. 相似文献
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为了分析不同地区黄瓜棒孢叶斑病菌的种内分化,能够准确地鉴定该病菌,以服务于黄瓜抗病育种,对2007-2014年采集的黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢经单孢纯化获得34个菌株。利用公开发表的特异性引物CCF/CCR对其进行了PCR分子鉴定,结果表明:34个菌株均扩增得到了预期272 bp的特异片段,说明均为多主棒孢菌。应用真菌核糖体rDNA区通用引物ITS1和ITS4分别扩增各个菌株的r DNA内转录间隔区序列,经测序并比对分析,34个菌株均扩增得到了559 bp的特异片段,其中32个从黄瓜上分离的多主棒孢病菌菌株碱基序列完全一致,2个从番茄上分离的菌株碱基序列完全一致,二者的差异在于2个SNP位点T-C、G-A的突变,二者相似度为99.64%。说明,多主棒孢菌属种间的ITS区序列高度保守,利用ITS序列分析方法可以为多主棒孢菌的分类鉴定及系统发育研究提供依据,可以区分出黄瓜和番茄寄主上的多主棒孢菌。 相似文献
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探究适宜党参属和金钱豹属药用植物分子鉴定的DNA条形码候选序列。对11个物种53份样品的psbAtrnH、rbcL、matK及ITS 2序列进行PCR扩增、测序和Barcoding gap分析,比较各序列的扩增和测序效率,种内和种间变异,并采用BLAST 1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力。结果显示,PCR扩增率均达100%,测序率除了matK外,其余的均为100%。种间变异ITS 2最大,其余依次是matK、psbA-trnH及rbcL。种内变异matK最大,其余依次是rbcL、ITS 2和psbA-trnH。Barcoding gap图表明,4条序列种内和种间遗传变异重叠比例大,无明显的Barcoding gap。BLAST 1鉴定结果表明,rbcL鉴定率最高,其余依次是matK、ITS 2和psbA-trnH;Nearest Distance显示,rbcL和ITS 2鉴定率最高,达到100%,psbA-trnH最低,为60.3%。rbcL和ITS 2可用于党参属和金钱豹属药用植物及相关药材的分子鉴定条形码,matK可作为候选条形码。 相似文献
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《分子植物育种》2016,(5)
本研究旨在为扁桃种质资源鉴定提供分子生物学依据,为今后我国扁桃种质资源的开发、保护及利用提供科学依据。以新疆10份扁桃种质为研究材料,提取总DNA,利用通用引物对ITS序列进行PCR扩增及测序。测序结果与获得的序列KC862380进行比对,得到ITS2序列。对10个样品的ITS2序列进行G+C含量统计,多重序列比对后计算变异位点与简约信息位点,并构建UPGMA系统进化树。运用最邻近能量参数的自由能最小原理对其RNA的二级结构进行在线预测。结果表明,ITS2序列对位后长度为277 bp,包括14个变异位点和2个简约信息位点,在第84位存在碱基缺失。构建基于ITS2序列的UPGMA系统进化树中,遗传距离为0.000~0.008,‘纸皮’、‘公巴旦’与‘小双’3个种质各自为一支。‘公巴旦’与‘小双’的ITS2序列二级结构与其他种质差异较大,‘双果’的ITS2序列二级结构虽然与大部分种质存在差异,但都在螺旋结构V上存在一个5'-CGCAAG-3'的凸环结构,在聚类图中与‘阿曼尼沙’和‘鹰嘴’构成姐妹群。本试验发现,利用ITS2序列聚类,扁桃种质能被分成多类。不同扁桃种质的ITS2二级结构存在差异,其中‘公巴旦’与‘小双’的ITS2序列二级结构的螺旋区域在大小和数量以及位置上存在较大物种差异。结合UPGMA系统进化树发现,‘公巴旦’与‘小双’同其他种质的遗传距离最远,这与其二级结构有着密切的联系。 相似文献
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榴莲蜜为桑科木菠萝属热带稀有水果，原产马来半岛，近年在海南引种栽培成功。为了区分25份材料以及鉴定它们的亲缘关系的远近。本研究利用形态学，DNA条形码和ISSR分子标记技术对23份榴莲蜜和2份菠萝蜜种质进行种类鉴别以及亲缘关系分析，以探讨海南榴莲蜜种质资源的遗传多样性。结果表明通过对叶片刚毛性状的鉴定，可将25份种质资源分成3类。以ITS2序列和psbA-trnH序列作为DNA条形码，分别将25份种质资源分成5大类和3大类，2种序列都无法将25份材料完全进行区分，但都可将榴莲蜜LLM-10与其他榴莲蜜种质区分开来，其中，LLM-10与菠萝蜜的亲缘关系最近。从ITS2序列和psbA-trnH序列差异位点图来分析，psbA-trnH序列变异位点多，遗传变异信息丰富。ISSR分子标记技术分析了25份种质资源的遗传多样性，菠萝蜜和榴莲蜜样本的遗传相似系数在0.57～0.80，榴莲蜜样本之间的遗传相似系数在0.59～0.90，说明菠萝蜜种质与榴莲蜜种质之间，榴莲蜜与榴莲蜜种质之间的遗传变异幅度都较大；UPGMA聚类图将25份材料分成5大类，其中榴莲蜜LLM-10独自聚成1类，这与形态学和DNA条... 相似文献
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普通小麦rDNA的ITS区及其基因组起源 总被引：1，自引：0，他引：1
采用特异引物对普通小麦(Triticum aestivum L.) rDNA的ITS区片段进行PCR扩增并测序,通过邻接法聚类分析, 得到3种类型的扩增产物。结果表明,ITS区序列长度是602 bp,其中ITS1和ITS2分别有8个和20个变异位点,ITS区揭示的遗传分化距离变化范围为0~0.038,平均值为0.021。通过从GenBank搜索并下载普通小麦野生近缘种ITS序列与本研究获得的普通小麦ITS序列进行比对,并用MEGA、PAUP、PHYLIP软件分析,按Kimura-2参考模型计算分化距离,以旱雀麦(Bromus tectorum)为外类群邻接法构建聚类树。根据杂交后代具有亲本的ITS序列遗传特点,认为小麦形成较晚,尚未同步进化完全,从分子水平上为普通小麦是异源六倍体提供了证据。通过与其A、B、D基因组可能供体的ITS区序列进行比对分析发现各自有不同程度的变异,认为普通小麦在多倍体形成过程中发生了序列消除现象,结合我们提出的“同步进化”对于不同的基因或者说不同类型的DNA序列是不同步的假说,解释了无法找到真正供体的原因。综上所述,我们认为A、B、D基因组的原初供体可能分别是乌拉尔图小麦(T. urartu)、山羊草(T. speltoides)和节节麦(T. tauschii)。 相似文献
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ITS序列在西红柿种质资源鉴定中的应用研究 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究根据番茄的45S rDNA序列设计引物,以西红柿基因组DNA为模板通过PCR方法扩增出ITS（internal translation spacer）序列,在克隆测序的基础上对番茄属两个野生种与三个栽培种进行分子鉴定与亲缘关系分析。结果表明:（1）五个供试材料ITS序列的变异小,GC含量高,为57.0%~65.4%。（2）用不同的聚类方法分析发现三个栽培种供试材料亲缘关系较近,而野生种醋栗番茄(Solanum pimpinellifolium)都处于不同的分支类群,表明其与其他品种亲缘关系相对较远,同时发现其生物学特性与其他品种明显不同。 相似文献
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基于rDNA-ITS序列探讨甘蔗近缘属种的系统进化关系 总被引：2，自引：0，他引：2
以狼尾草属(PennisetumRich.)的象草(P.purpureum)为外群体,依据rDNA-ITS序列探讨了甘蔗亚族(Saccharinae)内与甘蔗植物分类关系较近的8属37种120份材料的系统进化关系,结果表明,ITS1序列长度为200~208bp,变异位点91个,简约信息位点70个,GC含量为60.4%~69.1%;ITS2序列长度为215~220bp,变异位点93个,简约信息位点68个,GC含量为66.1%~73.4%;5.8sDNA序列长度为164bp,变异位点18个,简约信息位点9个,GC含量为54.1%~58.0%;根据变异位点,简约信息位点占总位点的比例可以看出,ITS序列比5.8sDNA序列变异程度高,其中ITS1序列又较ITS2序列变异丰富。属种间遗传距离表明芒属(Miscanthus)和荻属(Triarrhena)与甘蔗属(Saccharum)的亲缘关系最近,其次为蔗茅属(Erianthus)和河八王属(Narenga);而莠竹属(Microstegium)、大油芒属(Spodiopogon)、白茅属(Imperata)与甘蔗属亲缘关系较远。根据甘蔗近缘属种的NJ和MP系统发育关系,支持将斑茅(E.arundinaceus)归入蔗茅属,荻属归入芒属的观点;河八王属的河八王(N.porphyrocoma)与滇蔗茅(E.rockii)亲缘关系较近,而与同属的金猫尾(N.fallax)亲缘关系较远;蔗茅属和芒属属种系统进化关系较其他属种复杂;有4份材料被发现鉴定有误,不应用于后续研究。 相似文献
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中国88个马铃薯审定品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析 总被引：44，自引：0，他引：44
为对马铃薯品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平上的依据,利用SSR标记构建了中国2000-2007年审定的88个马铃薯品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。以138对SSR引物对16份遗传差异较大的马铃薯材料的基因组DNA进行了扩增,筛选出10对多态性高、谱带清晰的引物。利用10对SSR引物对全部供试材料进行扩增及电泳检测,共检测到135个等位位点,其中133个为多态性位点,多态性比率达98.52%。每对SSR引物扩增出的等位位点数7~22个,平均13.5个,多态性信息量变化范围为0.7604~0.9375,平均0.8501。通过对电泳检测结果的统计分析,利用S180、S25、S7、S151、S184及S192等6对引物构建了88份供试材料的SSR指纹图谱。聚类分析表明,在相似系数0.620处,所有供试材料被被聚为一类,在相似系数0.652处,81.8%的材料仍然聚在一起,从分子水平上表明供试材料遗传基础非常狭窄。聚类分析结果与供试材料系谱来源有较好一致性,同一栽培区域育成的品种在不同程度上聚在一类。 相似文献
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40个龙眼品种(品系)DNA指纹图谱构建及遗传关系分析 总被引：2，自引：1，他引：1
有效鉴别龙眼新品种（品系）,为龙眼种质资源研究和新品种保护提供理论基础。利用ISSR分子标记分析‘冬宝9 号’、‘高宝’等4 个龙眼新品种（品系）与36 个龙眼品种的遗传关系,并建立其DNA指纹图谱。从80 个ISSR 引物中筛选出11 个多态性好、扩增清晰的引物。结果显示,11 个引物共获得146个位点,有125 个多态性位点,多态性百分率为85.7%。40 个龙眼品种（品系）的遗传相似系数在0.58~0.88 之间。UPGMA聚类结果表明,40 个龙眼品种（品系）在遗传相似系数为0.64 的水平处划分为3 组。引物UBC810/UBC818 组合可将40 个龙眼品种（品系）全部区分开,并依此建立了数字化的DNA指纹图谱,为龙眼新品种的鉴别、分类、示范及推广等方面提供依据。 相似文献
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利用ISSR标记研究鹅观草属种质资源的遗传多样性 总被引：5，自引：0，他引：5
为进一步了解鹅观草属种质资源的遗传背景和拓宽牧草育种的遗传基础,科学指导鹅观草属种质资源的收集、评价和利用,利用ISSR(Inter simple sequence repeat marker)标记对鹅观草属20个种,6个变种,共60份材料进行了遗传多样性检测。结果发现,被测材料间ISSR标记的多态性较高,在20个引物中,有16个引物可扩增出清晰且重复性好的DNA片段,共产生125条DNA片段,其中104条具有多态性,多态性比率为83.20%;每个引物可扩增出6～10条DNA片段,平均7.81条,材料间遗传相似系数GS变幅为0.188～0.879,平均值为0.375;聚类分析表明,在遗传相似系数为0.441的水平上,60份材料可以聚为5类,属于同种、同组、同系的不同材料首先聚在一起,然后再与其他种的材料聚在一起,此外,材料的聚类还表现出一定的地域性规律。 相似文献
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为揭示葡萄炭疽病菌种类和遗传特征,给深入研究该病提供科学理论依据。本研究对不同地区的26株葡萄炭疽病菌通过形态学和r DNA-ITS序列分析进行鉴定及同源性研究。利用真菌通用引物ITS4、ITS5对病菌基因组进行PCR扩增,将测序结果与NCBI数据库上已知序列进行比对,同时利用Clustalx 1.83和MEGA 5.0软件进行聚类分析。结果表明:病菌菌落为白色或灰白色,菌丝呈绒状或絮状,分生孢子为圆柱形或圆筒状,单孢,无色;测得病菌ITS序列为500 bp左右,鉴定病原均为胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)。不同地区葡萄炭疽菌的r DNA-ITS序列同源性高,亲缘关系比较近,但是各菌株间存在着遗传差异,并且菌株之间差异与地理来源和品种无明显的相关性。 相似文献
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为了研究SCoT分子标记技术对甜菜种质资源鉴定的可行性。利用80条SCoT引物对48份甜菜种质资源进行鉴别,同时对种质资源进行了遗传多样性分析和亲缘关系的鉴定。结果表明,80条SCoT引物中有6条能够扩增出清晰、且多态性高的条带,分别为SCoT1、SCoT12、SCoT13、SCoT14、SCoT17和SCoT23,其中引物SCoT1、SCoT12、SCoT14和SCoT23单独使用均可鉴别全部的48份种质资源,引物SCoT13和SCoT17共同使用可以鉴别48个种质资源;聚类分析结果表明,在遗传距离0.15处,95.8%的种质资源均聚为一类,从分子角度上表明甜菜种质资源遗传距离较小。本研究为利用SCoT分子标记技术鉴别甜菜种质资源、对种质资源进行亲缘关系鉴定、杂交组合亲本选配以及分子标记辅助育种等提供相关科学依据。 相似文献
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为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。
相似文献19.
豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性
片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。 相似文献