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1.
采用RT-PCR法从感染齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus, ORSV)贵州分离物的苋色藜叶片中扩增出病毒的依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RdRp)基因保守序列。测序结果显示,该保守片段长516 bp,编码171个氨基酸残基。构建了该片段的原核表达载体pET32a-ORSV RdRp并转化BL21(DE3)菌株,在25℃以0.4 mmol·L-1 IPTG诱导表达重组蛋白。SDS-PAGE分析表明,重组蛋白分子量约为36 kDa,与预测相符合。将该重组蛋白作为抗原免疫BABL/C小鼠,制备的多克隆抗体效价达1∶102 400。间接ELISA结果表明,该多抗具有较强的特异性,能检测到ORSV感染的病叶汁液中的RdRp,而与其它感染4种同属或不同属病毒的病叶汁液不发生血清学交叉反应,本实验为进一步研究RdRp的结构和功能以及从分子水平上探讨该病毒的致病机制奠定基础。 相似文献
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苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。 相似文献
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建兰花叶病毒RdRp基因的原核表达及多克隆抗体制备 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR技术扩增出建兰花叶病毒贵州分离物(CyMV-GZ)的依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)基因保守序列。测序结果表明:该RdRp基因序列长735 bp,编码245个氨基酸残基。构建原核表达载体pET32a(+)-RdRp,将重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),在37℃以0.3 mmol·L~(-1) IPTG诱导表达分子量约49 kDa重组蛋白。以该重组蛋白为抗原免疫小鼠,制备的抗体效价达1∶204 800。间接ELISA检测显示该多抗与CyMV病叶汁发生特异性免疫反应,而与其他6种同属或不同属病毒叶汁无血清学交叉反应。本实验为进一步研究RdRp的功能以及从分子水平上探讨该病毒的致病机制奠定了基础。 相似文献
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M. M. Mathioudakis V. I. Maliogka C. I. Dovas S. Paunovi&#; N. I. Katis 《Plant pathology》2009,58(2):228-236
In this study a spot nested RT-PCR assay was developed for the detection of Apple stem pitting virus (ASPV). A one step RT-PCR for the generic detection of foveaviruses using degenerate primers that target a conserved region of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) gene was followed by a nested PCR that amplifies a 312 bp ASPV specific product. The method is rapid, simple and displays high sensitivity and broad detection range, overcoming the virus molecular variability. The optimum sampling conditions for reliable virus detection were also investigated. ASPV was detected throughout the year in different plant tissues of affected trees, thus the method could be used for routine screening and in certification schemes of pome fruits. ASPV was detected in quince orchards in Greece in all trees that were tested, showing a fruit deformation disorder. Sequencing and phylogenetic analysis of amplicons generated by RT-PCR from plant tissue affected with the deformation disease indicated that the agent responsible was a variant of ASPV. 相似文献
6.
采用RT-PCR对辽西地区采集的45份核果叶片样品进行了李属坏死环斑病毒(PNRSV)的鉴定,其中9份样品为阳性。以阳性样品总RNA为模板,克隆了PNRSV基因组RNA3近全长序列。序列长度在1 612~1 619 bp之间,一致性为93.8%~100%。以本研究获得的9个和Gen Bank登录的42个PNRSV近全长RNA3序列为基础,截取cp基因、mp基因和近全长RNA3序列分别构建系统发育树,三者结果一致:均可将51个PNRSV分离物分为4个组,即PV32、PV96、PE5和本文报道的一个新的PNRSV组,9个辽西分离物分别属于PV32组或PV96组。本研究明确了我国辽西地区PNRSV的遗传多样性,证明了PNRSV基因组RNA3在研究PNRSV遗传多样性中的适用性,同时发现了一个新的PNRSV组,对于PNRSV遗传多样性研究意义重大。 相似文献
7.
为明确侵染白附子的芋花叶病毒(dasheen mosaic virus, DsMV)的分子变异情况,对51个DsMV白附子分离物(DsMV-BF)的外壳蛋白(Coat Protein,CP)基因和3个分离物的近全长基因组序列进行了克隆和测定,DsMV-BF的CP基因大小有855个和942个核苷酸两种类型,51个白附子分离物之间CP基因的核苷酸和氨基酸一致率分别为88.3%～100%和91.9%～100%,BF8、BF30和BF38分离物之间多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列一致率分别为82.9%～95.9%和90.7%～95.9%,与GenBank中其他分离物之间多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列一致率分别为76.9%～99.4%和85.6%～99.0%;P1基因的分子变异较大,P1基因大小有987个和990个核苷酸两种类型;CP基因核苷酸序列系统进化树分析结果表明,侵染白附子的DsMV分离物可分为两个亚组;重组分析结果表明BF8和BF30分离物各检测到1个重组事件,BF38检测到2个重组事件。 相似文献
8.
山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 相似文献
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苹果茎痘病毒双重RT-PCR检测体系的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
<正>病毒病是危害苹果(Malus domestica)的一类重要病害。已报道的苹果病毒种类很多,在我国发生普遍的主要有苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,ApM V)以及苹果锈果类病毒(Apple scar skid viroid,ASSVd)~([1～3])。病毒或类病毒混合 相似文献
10.
本研究是利用异源表达的小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic virus, WYMV)复制酶Nib蛋白创建了病毒核酸的体外复制系统。将WYMV的Nib编码序列扩增并插入到大肠杆菌表达载体pMAL-C2X中以构建原核表达质粒pMAL-WY-Nib。0.4 mmol·L-1 IPTG诱导可特异性表达分子量约为100 kDa的MBP-Nib融合蛋白。根据温度梯度测定,20℃下诱导MBP-Nib的可溶性比例较高,约为30％,可满足MBP标签的亲和层析。通过与WYMV的其他蛋白和烟草丛顶病毒的RdRp进行比较,纯化的MBP-Nib融合蛋白可以特异性识别WYMV RNA1和RNA2的3′末端区域并体外合成其互补链,此体外转录体系可用于WYMV复制调控的研究。 相似文献