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1.
核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。 相似文献
2.
西瓜花叶病毒2号南瓜分离物的鉴定及其外壳蛋白基因序列分析 总被引：5，自引：1，他引：5
利用电镜和酶联免疫吸附测定法(ELISA)在黑龙江省采集的南瓜病样中检测到西瓜花叶病毒2号(WMV-2)。再利用免疫PCR (IC-PCR)和反转录PCR (RT-PCR)方法,扩增获得其外壳蛋白(CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,该分离物CP基因全长为852个核苷酸,编码由284个氨基酸组成的31.8 kDa蛋白。与国外已报道的WMV-2 CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.2%~94.0%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.5%~98.1%。与国内2个分离物相比,和山西分离物核苷酸和氨基酸的同源性都达到98.5%,和郑州分离物核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.5%和95.0%。 相似文献
3.
甘薯褪绿斑病毒(Sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)是侵染甘薯的主要病毒之一。本研究利用RT-PCR方法克隆了SPCFV中国4个分离物的外壳蛋白(CP)基因。序列分析表明,cp基因全长900 bp,编码299个氨基酸残基。4个分离物cp基因的核苷酸序列一致性为78.3%～89.9%,推导的氨基酸序列一致性为91.3%～95.7%,存在较大的分子变异。不同分离物CP氨基酸序列N末端的第3-32位氨基酸为多变区。将四川分离物的cp基因克隆到原核表达载体pET-28a(+)上,SDS-PAGE分析表明,经IPTG诱导,cp基因在大肠杆菌BL21(DE3)中得到了高效表达。以表达的蛋白为抗原免疫家兔,制备了SPCFV CP的特异性抗血清。ACP-ELISA检测结果表明,制备的抗血清效价达1∶128 000,可用于田间甘薯样品的检测。 相似文献
4.
烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。 相似文献
5.
北京地区地黄花叶病病原的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
为明确北京地区发生的地黄花叶病的病原,在进行生物学接种分离纯化的基础上利用RT-PCR方法对其进行了分子鉴定。通过接种指示植物和进行单斑分离,获得了病毒的纯分离物。经RT-PCR和序列测定及分析,有明显花叶症状的北京地黄样品受黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)和蚕豆萎蔫病毒2Broad bean wilt virus2(BBWV2)复合侵染。为进一步明确BBWV2地黄分离物(BBWV2-Rg)的分类地位,克隆了BBWV2-Rg RNA2多聚蛋白基因,并进行了序列测定和分析,结果表明该多聚蛋白基因由3 195个核苷酸组成,编码1 064个氨基酸。经序列比对分析,BBWV2-Rg编码的外壳蛋白大亚基LCP基因和小亚基SCP基因核苷酸序列与已发表的BBWV2其它株系相应基因核苷酸序列的同源性分别为78.69%~89.30%和76.99%~90.52%,氨基酸序列同源性分别为91.29%~97.51%和87.82%~96.45%。 相似文献
6.
西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物外壳蛋白基因核苷酸序列分析 总被引：6，自引：1，他引：5
利用RT-PCR从新疆昌吉地区表现花叶、疱斑、扭曲等症状的南瓜病株上检测到西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物(简称WMV-2-XJ-CJ),并测定了该分离物外壳蛋白(CP)基因序列。序列分析表明,新疆昌吉分离物CP基因全长850个核苷酸,编码197个氨基酸。与国内外报道的12个WMV-2CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.6%~98.3%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.7%~99.3%。新疆昌吉分离物在CP N'端可变区明显不同于国内外报道的核苷酸序列。WMV-2新疆昌吉分离物与日本和郑州分离物较其它国家和地区的分离物多出6个核苷酸,但其核苷酸及其推导的氨基酸序列差异较大。新疆昌吉分离物外壳蛋白有2个氨基酸残基明显不同于其它分离物,其中蚜传株系的特征结构域DAG突变为DAE。 相似文献
7.
采用单链构象多态性分析从建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)的8个分离物筛选得到5个存在遗传变异的分离物,并测定了外壳蛋白(coat protein,CP)基因和3'非编码区(3'UTR)序列,经序列分析表明5个分离物与其他分离物间的CP核苷酸和氨基酸序列相似性分别为87,1％～99.9％和91.1％～99.6％,属于亚组A成员.CP基因不同片段受到正选择压力的作用不一样,C端受到负选择压力的作用不易发生变异,而N端受到正选择压力的作用容易发生变异.通过RNAsharpes软件分析3 'UTR序列发现各分离物均形成带有Potexvirus属保守核苷酸序列“AC(C/T) TAA”的三叶草茎环结构,这种结构的功能可能与病毒RNA复制有关. 相似文献
8.
来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。 相似文献
9.
为明确黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）甜瓜分离物的分子变异情况及其侵染性,对2个甜瓜分离物CH99和XH18的基因组进行克隆、测序和分析,并通过构建全长cDNA克隆分析其侵染性。结果显示,黄瓜花叶病毒甜瓜CH99分离物3条RNA长度分别为3 356、3 049和2 211 nt,甜瓜XH18分离物3条RNA长度分别为3 381、3 048和2 217 nt。分离物CH99与XH18的核苷酸序列一致性为89.40%～95.80%,氨基酸序列一致性为90.00%～97.80%,CH99分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.23%～89.29%和73.52%～93.90%,XH18分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.81%～89.83%和74.02%～95.14%。遗传发育分析显示,这2个分离物均属于亚组IB成员。接种试验结果显示,分离物CH99和XH18的侵染性克隆构建成功,这2个分离物均能系统侵染本生烟、甜瓜和黄瓜,并在本生烟和甜瓜上引起较严重的症状,在黄瓜上引起的症状较弱,而二者均不能侵染西... 相似文献
10.
甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。 相似文献
11.
为明确甘薯病毒G(sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN软件对基因组全序列及不同编码区序列进行分子变异分析,并基于多聚蛋白基因序列利用MEGA 7软件进行系统进化分析。结果表明,分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组分别包含10 813个和10 834个核苷酸,均包含1个开放阅读框,由10 467个核苷酸组成,编码含有3 488个氨基酸残基的多聚蛋白。分离物SPVG-CH-Ch1与SPVG-CH2-Ch1之间的基因组全序列核苷酸一致性为78.6%,二者与GenBank中登录的其它SPVG分离物基因组全序列核苷酸一致性分别为78.6%～99.1%和77.9%～98.6%,其中SPVG-CH-Ch1与IS103分离物(KM014815)的核苷酸一致性最高,为99.1%,与WT325分离物(KF790759)的核苷酸一致性最低,为78.6%;SPVG-CH2-Ch1与WT325分离物的核苷酸一致性最高,为98.6%,与66Al分离(KX279878)的核苷酸一致性最低,为77.9%。系统进化树显示,SPVG-CH-Ch1与CH株系的7个分离物形成1个分支,SPVG-CH2-Ch1与CH2株系的WT325分离物形成1个分支。表明SPVG的CH株系和CH2株系之间的变异较大,株系内较保守。 相似文献
12.
侵染百合的黄瓜花叶病毒亚组Ⅱ分离物cp基因克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从云南大理的东方型百合上得到黄瓜花叶病毒分离物(CMV-DL), ELISA检测初步确定为CMV亚组Ⅱ分离物, 设计并合成CMV亚组Ⅱ的特异引物, RT-PCR扩增得到1条约800 nt的特异片段, 经克隆及序列测定, 该片段长828 nt, 包含的外壳蛋白(CP)基因由657 nt组成。将该分离物的cp基因与其它14个CMV分离物进行同源性比较, 在核苷酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为76.8%~78.1%和98.6%~99.2%;在氨基酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为82.0%~84.3%和95.9%~100.0%。结果表明CMV-DL为CMV亚组Ⅱ成员。 相似文献
13.
菜豆黄花叶病毒中国和叙利亚蚕豆分离物外壳蛋白的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
病毒病是影响云南省蚕豆生产的重要病害。对采集的蚕豆病毒病标样进行了组织印迹法检测,表明菜豆黄花叶病毒(BYMV)是最主要的病原。据此,以BYMV基因的保守序列设计了一对特异性引物,用BYMV的5个中国云南蚕豆分离物和1个叙利亚蚕豆分离物侵染的蚕豆叶片总RNA为模板,RT-PCR扩增获得了长度为907bp的目标片段。序列分析显示,此片段中包含822bp的外壳蛋白序列。6个分离物间的外壳蛋白核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为86.4%~100.0%和96.7%~100.0%。与GenBank登录的34个具有完整外壳蛋白序列的BYMV分离物进行同源性和系统进化树分析的结果表明,6个分离物在核苷酸和氨基酸水平上与其它分离物的同源性分别为79.1%~97.9%和83.5%~98.5%,BYMV中国蚕豆分离物与日本蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白基因的序列特征揭示,在BYMV中的蚜传相关基序为NAG。 相似文献
14.
甜瓜黄斑病毒三亚分离物S RNA的分子特征 总被引：1，自引：1，他引：0
甜瓜黄斑病毒（Melon yellow spot virus, MYSV）首次发生于日本,造成甜瓜和黄瓜的严重损失,Kato等系统地研究了病毒的传播方式、寄主范围、超微结构和基因组特征,认为MYSV应为番茄斑萎病毒属（Tospovirus）的1个新种［1,2］。2006年以来,台湾的西瓜［3］和黄瓜［4］上相继发现MYSV。2009年春季,古勤生在海南三亚的保护地甜瓜上发现一种新发生的病毒病,发病率30%~100%,病株出现系统性黄化坏死斑点,为MYSV侵染的典型症状,结合分子检测结果判定病原为MYSV。 相似文献
15.
从云南武定的滇重楼上得到一个病毒分离物Paris-YN,病毒粒体为弯曲线状。利用RT-PCR扩增获得一条1074bp的片段,序列比较分析发现其与马铃薯X病毒属(Potexvirus)病毒3'末端的结构最为相似,且与属内的白三叶草花叶病毒等20个不同分离物3'末端有36.7%~58.9%的同源性;该病毒cp基因长639个核苷酸,编码212个氨基酸(22.8kDa),与20个Potexvirus病毒分离物的CP氨基酸序列比较发现,Paris-YN与白三叶草花叶病毒的CP氨基酸同源性最高(60.1%)。证据表明,该分离物可能为Potexvirus的新成员,暂命名为重楼X病毒(Paris polyphylla virus X)。 相似文献
16.
百合斑驳病毒云南分离物 全基因组序列分析及CP结构预测 总被引：1，自引：0，他引：1
对云南嵩明百合上发生的百合斑驳病毒(Lily mottle virus, LMoV)进行全基因组序列测定及分析,并对LMoV嵩明分离物(LMoV-SMi1、LMoV-SMi2)和玉溪分离物(LMoV-YXi1、LMoV-YXi2)外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行序列比较,发现云南的LMoV分为2个类群,玉溪分离物属于种群I,嵩明分离物属于种群II。2个类群间的核苷酸和氨基酸同源性分别为86.7%~89.5%、90.1%~92.7%,玉溪分离物和嵩明分离物相比,cp基因发生了3个核苷酸的缺失。对国内外LMoV所有分离物的cp基因氨基酸序列进行系统进化分析,结果表明所有LMoV分离物可划分为2个种群,种群I分离物较种群II分离物几乎均存在1个苏氨酸缺失的差异。此外,对LMoV-SMi2的CP相关特性和空间结构进行了初步预测,认为该蛋白为球状,具有较强的表面可能性,不存在跨膜区域,大多数区域能够形成主要的抗原决定簇,主要集中在aa12-22、aa31-42、aa83-99、aa179-191、aa215-223、aa249-259区段,可作为制备抗血清选择抗原的参考。LMoV-SMi2和LMoV-YXi1在二级结构和三级结构上存在一定的差异,但总体空间结构差异不大。 相似文献
17.
正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃 相似文献
18.
来源于猕猴桃的柑橘叶斑驳病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析 总被引：4，自引：1，他引：3
柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)为柑橘病毒属(Citrivirus)代表种。本研究采用RT-PCR技术从我国栽培猕猴桃上首次检测到CLBV,总检出率为13.3%。测定了5个CLBV分离物的外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列,全长均为1 092核苷酸(nt),分离物间cp基因核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为83.2%~99.7%和91.9%~98.9%,这些分离物与新西兰报道的CLBV猕猴桃分离物M3-A核苷酸序列相似性仅为83%左右,与来源于柑橘及近缘种的CLBV分离物cp基因核苷酸序列相似性为84%~86%。在基于该病毒cp基因核苷酸序列的系统进化树中,本研究所测定的CLBV猕猴桃分离物与新西兰报道的除M3-A外的猕猴桃分离物聚在同一组群。研究结果为进一步明确CLBV在我国猕猴桃上的侵染和危害特点及建立该病毒的分子检测技术提供了重要信息。 相似文献
20.
采用已报道杆状DNA病毒属（Badnavirus）的通用检测引物BadnaFP/BadnaRP,从7份芋样品中扩增到 Badnavirus 病毒的RT/RNase H基因保守区域,获得12个克隆序列,长度为576 bp。序列分析结果显示,来自不同样品的克隆间核苷酸和氨基酸序列相似性分别为78.8%~99.5%和81.3 %~99.5%;来自同一样品扩增产物的克隆间在序列上也存在较大差异,核苷酸和氨基酸序列相似性分别为89.6%~100%和92.7%~100%。在系统进化树中,本研究所获序列与 Badnavirus病毒的亲缘关系相对较近,聚在同一簇,表明此病毒为 Badnavirus 属病毒,但与芋杆状病毒（Taro bacilliform virus,TaBV）序列相似性较低,核苷酸和氨基酸相似性分别为58.0%~62.2%和58.5%~64.1%,推测为杆状DNA病毒属的一个新种。根据所测定序列设计了用于该病毒检测的引物P197/P433,对51份芋样品检测结果表明,该引物可有效检测来源于我国芋的 Badnavirus 病毒。 相似文献