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1.
以芝麻细胞核雄性不育系95ms-5为材料,对AFLP反应体系中的酶切连接、预扩增和选择性扩增中的关键性因素进行了优化。结果表明,在模板DNA质量浓度为200ng/μL、37℃酶切连接6h的情况下,预扩增中最佳Mg2+浓度为1.0mmol/L,dNTP最佳浓度为0.3mmol/L,Taq酶量以0.5U为宜,预扩增引物终浓度为0.4mmol/L;选择性扩增中,预扩增产物稀释10倍后,以Mg2+0.8mmol/L、dNTP 0.2mmol/L、Taq酶1.0U、选扩引物0.6mmol/L为宜。 相似文献
2.
《热带农业科学》2014,(4)
以柱花草奥克雷品种为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,对影响AFLP反应体系的主要因素进行了优化,建立了柱花草的AFLP反应体系。结果表明:20μL为最佳反应体系,酶切体系中DNA模板量为1000ng,用5 U EcoR I 37℃酶切2 h、5 U Mse I 65℃酶切2 h效果最佳;分别取5μL酶切液、1μL T4连接酶(5μL/L)、1μL EcoR I接头、1μL Mse I接头、2μL缓冲液(T4DNA酶自带),于22℃下连接10 min效果最佳;预扩增体系中模板稀释15倍、Mg2+浓度为0.75 mmol/L、Taq酶用量为1 U、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、引物浓度为2 ng/μL效果最佳;选择扩增体系中模板稀释20倍、Mg2+浓度为1.25 mmol/L、Taq酶为1 U、dNTPs浓度为0.225 mmol/L、引物浓度为0.4 ng/μL效果最佳。利用热研5号、奥克雷2个品种对8对引物组合进行筛选,筛选出46对引物组合,为利用AFLP标记对柱花草进行分子生物学研究及分子育种奠定基础。 相似文献
3.
基于毛细管电泳的柳树AFLP分子标记研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为构建柳树遗传图谱、进行分子育种等奠定基础,以柳树为材料,基于毛细管电泳技术体系建立并优化了AFLP分子标记技术,简化了AFLP分析流程。首先提取高质量的柳树基因组DNA,对基因组进行酶切与接头连接、预扩增和选择性扩增,最后通过毛细管电泳分析各因素的影响。基因组DNA提取采用改进的CTAB法,酶切模板DNA用量450 ng,EcoRⅠ酶切2 h,MseⅠ酶切2 h,接头过夜连接,选择性扩增时dNTP浓度0.3 mmol/L,Mg 2+ 浓度1.5 mmol/L,引物浓度0.125 μmol/L,DNA聚合酶浓度0.025 U/μL,预扩增产物最适稀释倍数20倍。经过重复实验,证明建立的AFLP 毛细管反应体系适用于柳树AFLP分析。 相似文献
4.
松毛虫AFLP反应体系的建立及引物筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
为研究不同环境条件下松毛虫的遗传多样性,以油松毛虫为材料研究松毛虫的AFLP反应体系。对选择性扩增中的预扩增产物稀释倍数、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq酶浓度进行了比较分析。结果显示,在选择性扩增体系中,预扩增产物稀释40倍,Mg2+浓度1.5 mmol/L、dNTP浓度0.2 mmol/L,引物浓度0.500pmol/L,Taq酶用量为1U,扩增产物经5%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可以得到稳定的结果。用优化的AFLP反应体系,以油松毛虫、赤松毛虫和马尾松毛虫为材料筛选引物,从81对引物组合中筛选出10对多态性高的引物组合。 相似文献
5.
水稻叶片cDNA-AFLP选择性扩增反应体系的优化 总被引：4，自引：0，他引：4
在水稻Oryza sativa叶片响应稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis取食后的cDNA-AFLP试验中,对25μL体系中预扩增和选择性扩增的引物浓度、dNTP浓度、镁离子浓度及Taq DNA聚合酶用量4种反应条件影响因子进行不同梯度的优化研究.结果表明.PCR选择性扩增反应时,总反应液25μL体系中引物浓度为0.2μmol/L、dNTP浓度为0.2mmol/L、镁离子浓度为2.0mmol/L、Taq DNA聚合酶用量为13.336n kat/25μL时,可得到更多鲜明可辩的TDFs. 相似文献
6.
通过对影响AFLP反应体系主要因素的优化,建立了蜡梅的AFLP反应体系,并筛选出了适宜该体系分析的引物.结果表明,20μL蜡梅AFLP最佳酶切体系为模板600 ng DNA,3 U Pst I和3 U Mse I,在37℃下双酶切2 h;在20μL最佳连接体系中酶切产物为15μL,3 U T4连接酶,0.25μmol.L-1 Pst I接头,2.5μmol.L-1 Mse I接头,1μL 10×T4 Buffer,在22℃下连接10 h;在20μL最佳预扩反应体系中稀释10倍的连接产5μL,2.0mmol.L-1 Mg2+,2 U Taq酶,300μmol.L-1dNTP,0.5μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGA/M+ATC);在20μL最佳选择性扩增反应体系中5μL稀释20倍的预扩增产物,2.0 mmol.L-1的Mg2+,2 U Taq酶,300μmol.L-1 dNTP,0.5μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGA/M+ATC).最后,利用上面的体系筛选出了96对适宜于蜡梅AFLP分析的引物. 相似文献
7.
黄瓜基因组DNA提取及AFLP体系优化研究 总被引：2，自引：1，他引：1
［目的］提取黄瓜基因组DNA,并对AFLP体系进行优化。［方法］以黄瓜嫩叶为材料,利用改进的CTAB法提取高质量的黄瓜叶片总DNA,通过优化酶切连接、预扩增、选择性扩增等试验条件建立适合黄瓜的AFLP银染体系,得到清晰的黄瓜AFLP指纹图谱。［结果］DNA 模板的质量影响酶切以及后续的连接扩增反应,改良的CTAB 提取法可用于黄瓜AFLP 分析,形成清晰的AFLP 指纹。优化的酶切连接体系为：以37 ℃酶切连接12 h为宜,酶切连接的基因组DNA用量为200 ng,预扩增时Taq酶用量为0.5 U/20 μl体系,预扩增产物稀释40倍作为选择性扩增的模板。在此优化的体系下引物E41M47扩增出清晰的条带。［结论］为黄瓜品种的分子标记和黄瓜品种间亲缘关系等研究奠定了基础。 相似文献
8.
大血藤ISSR-PCR反应体系的建立 总被引：7，自引：0，他引：7
采用改进的SDS法抽提大血藤基因组DNA,分析了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、Taq DNA聚合酶量和BSA浓度对大血藤ISSR-PCR扩增结果的影响,建立了稳定的、可重复的大血藤ISSR最佳反应体系:10μL PCR反应体积中,4×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HC l,pH9.0,50 mmol/L KC l,1 g/LTriton X-100),0.5U Taq DNA聚合酶,2 mmol/L MgC l2,0.1 mmol/L dNTP,12 pmol引物,10 ng模板DNA,2 mg/mL牛血清白蛋白。大血藤的最适退火温度为52.4℃。 相似文献
9.
蜡梅AFLP-银染体系的建立与优化 总被引：1，自引：0，他引：1
为了建立蜡梅AFLP-银染的优化体系,采用EcoRI和MseI 2种限制性内切酶酶切组合,对该2种酶的用量、酶切时间、预扩增与选择扩增中的Mg2 浓度、Taq DNA聚合酶的用量、引物的浓度以及预扩增产物的稀释倍数等因素进行了多水平的筛选,同时探讨了温度及聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的电流强度等因素对胶图的影响。结果表明:用5 U限制性内切酶酶切4 h便能在40μL的反应体系中完全切割500 ng的总DNA,酶切连接产物稀释10倍后在含有1.5 mmol/L Mg2 1、U Taq、预扩增引物E A和M C分别为40 ng的20μL反应体系中进行预扩增,将预扩增产物稀释30倍后在含有1.5 mmol/L Mg2 、0.6 U Taq、选择扩增引物E 3为30 ng、M 3为60 ng的20μL的体系中进行选择性扩增,能够得到质量比较好的AFLP胶图。此外,在进行PAGE电泳和硝酸银染色,将电泳的温度控制在50℃左右,电流控制在45~60 mA左右能提高胶图的质量。利用这种优化的反应体系,成功地评价了40个蜡梅基因型的遗传多样性,6对选择扩增引物组合表现出较高的稳定性、清晰度和多态性,它们分别是:E-AAC/M-CCC,E-ATC/M-CCC,E-AGA/M-CAG,E-AAA/M-CAC,E-ATA/M-CCA,E-ATT/M-CCA。 相似文献
10.
泡桐AFLP反应体系的建立及引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
以豫杂一号泡桐为材料,通过对影响AFLP技术体系的各主要因素的研究,建立了适于泡桐AFLP分析的技术体系.结果表明最佳酶切体系(20μL)为500 ng模板DNA,3 U的Pst 1和Mse I,在37℃下双酶切3 h;20μL最佳连接体系中为酶切产物15 μL,0.25 μmol·L-1Pst I接头,2.5 μmol·L-1 Mse I接头,1 μL 10×T4 Buff-er,2 U T4连接酶,22℃连接18 h;20 μL最佳预扩反应体系中5 μL稀释10倍的连接产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,250 μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.20 μL最佳选择性扩增反应体系中5 μL稀释20倍预扩增产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,350 μmol·L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.最后,筛选出了97对适宜于泡桐AFLP分析的引物. 相似文献