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根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。 相似文献
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鲮原种群体的D-loop序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
设计了1对可从鲮总DNA中扩增出线粒体D-loop区的引物,获得了937bp的鲮D-loop全序列。应用该对引物对鲮原种群体（子群体h11个样本,子群体q10个样本）进行PCR扩增,测序获得了5′端750bp的有效序列。21个个体共检测到15种单倍型,29个变异位点（4%）。遗传多样性分析发现,原种群体的序列差异为1.0%,子群体h与子群体q各自的序列差异为1.2%和0.9%。UPGMA分子系统树显示,用于研究的21个样本相互混杂,子群体h与子群体q并未出现独立的分支,表明该批鲮原种的子群体h和子群体q并非2个相互独立的母系来源。 相似文献
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大黄鱼mtDNA ND5和Cytb基因的克隆与序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
2004年4月，将采自浙江省象山港海区网箱养殖的大黄鱼样本，提取总DNA，通过设计特异性引物对大黄鱼线粒体DNA（mtDNA）的辅酶5（ND5）和细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后直接测序。得到ND5的序列1839 bp和Cytb基因序列382 bp。应用primer premier5和MEGA3软件包所作的系统发育分析表明：依据大黄鱼ND5序列所作的进化树总体支持传统的分类地位，大黄鱼更接近塘鳢鱼科。而基于Cytb基因所作的分析表明，黑鳃梅童鱼是大黄鱼在石首鱼科中是遗传距离最小的。 相似文献
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大黄鱼、鮸鱼及美国红鱼线粒体DNA的Cyt b基因序列比较 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR技术对大黄鱼Pseudosciaena crocea、鮸鱼Scioenops ocellatus和美国红鱼Miichthys miiuy线粒体DNA的细胞色素b（Cytb）基因片段进行了扩增，PCR产物直接测序，分别获得大黄鱼和美国红鱼1140bp的序列，鮸鱼1125bp的序列。通过对3种鱼的cnb序列的比对分析，得出3种鱼序列的相似性为91．49％；分析了3种鱼序列的碱基组成及碱基变异情况，发现3种鱼的序列差异明显，碱基替换较多，可以将cytb基因作为种间分子鉴定或更高分类界元遗传分析的分子标记；计算了3种鱼序列的遗传距离并构建了系统树，结果显示，鮸鱼与美国红鱼的遗传距离较近。 相似文献
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根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈（MaccuUochellapeelii）引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体C01的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTALX（1．83）软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5．0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为5,单倍型多样性（Hd）为0．300,核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（k）为分别为0．00073和0．473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNAC01基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。 相似文献
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濒危鱼类稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列多态性 总被引：7，自引：1，他引：6
本文采用PCR、克隆结合DNA测序技术对分布于贵州清水江的30尾稀有白甲鱼mtDNA D-loop 3’端共计478bp的碱基序列进行了测定分析,首次进行了稀有白甲鱼mtDNA D-loop序列多态性研究。该序列共发现了25个多态位点,约占其核苷酸总数的5.23%。其中23个为转换位点(A-G,C-T),2个为转换与颠换同时存在的位点。30个个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性（π）为0.0107,平均核苷酸差异数（K）为5.092。单倍型多样度（H）为0.940,单倍型间平均遗传距离（P）为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由2个支系组成。稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列存在着丰富的多态性,该种群的遗传多样性丰富。保护稀有白甲鱼清水江种群对于保护和恢复稀有白甲鱼这一濒危经济鱼类具有重要的意义。 相似文献
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采用PCR技术对乌克兰鳞鲤、德国镜鲤、框鳞镜鲤、红镜鲤和州河鲤共97尾个体的线粒体DNA D-loop及邻近区段进行了扩增,经测序后获得碱基顺序排列清晰的DNA片段,长度分别为1342、1343、1344 bp。共得到8种单倍型(GenBank序列号为MG786481~MG786483,MG786485~MG786487,KC292935,KC292936)。使用Mega 6.0软件计算出5个群体的组内及组间遗传距离,并构建邻接系统树。线粒体DNA D-loop及邻近区段、单独D-loop区段的碱基序列分析结果表明,单倍型Ⅰ至Ⅳ为欧洲血统,碱基差异位点数较多,变异程度较高;单倍型Ⅴ至Ⅷ为亚洲血统,碱基差异位点数较少,变异程度较低。在线粒体DNA D-loop及邻近区段内,德国镜鲤组内平均遗传距离为0.00462,核苷酸多样性指数为0.00458,平均核苷酸差异性为6.150,遗传多样性最大;州河鲤组内的平均遗传距离为0.00065,核苷酸多样性指数为0.00065,平均核苷酸差异性为0.870,遗传多样性最低。 相似文献
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为了解超低温冷冻对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)胚胎线粒体DNA影响,选取细胞分裂期胚胎为研究对象,研究了4种玻璃化液处理和超低温冷冻对胚胎线粒体DNA的影响。结果表明:经过玻璃化液处理和冷冻后,胚胎线粒体上的Cytb基因能被稳定扩增,PCR电泳产物大小约1 600 bp,产物经回收后进行双向测序、比对和校正,获得10条Cytb基因全序列,长度为1 135 bp,其中有5个核苷酸变异位点,1 135 bp的Cytb基因序列一共编码378个氨基酸残基,从ATG第一位起始密码子开始到1 140位终止。经过玻璃化液处理和冷冻后,胚胎线粒体上的COI基因也能被稳定扩增,PCR电泳产物大小约1 600 bp,产物经回收后进行双向测序、比对和校正,获得10条COI基因全序列,长度为1 534 bp,其中有6个核苷酸变异位点,1 534 bp的COI基因序列一共编码511个氨基酸残基,从ATG第一位密码子开始到1 533位终止。经过玻璃化液处理和冷冻后,中华绒螯蟹胚胎线粒体上Cytb和COI基因共有11个位点发生了变异,但不同的玻璃化液处理和冷冻对碱基变异没有影响,发生的碱基变异中存在4种类型,即G→A、A→G、C→T、T→C,变异间只有转换发生,没有颠换发生,这些变异均未引起相应氨基酸残基的变异。 相似文献
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采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n＝20)的mtDNA D—1oop序列进行扩增，获得了大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用Genedoc软件进行排序比较，在这20个个体中，共检测到54个变异位点，包括2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为54、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0．0271和11．047。研究结果表明，蓝点马鲛的mtDNA D—1oop基因个体变异程度较大，适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。 相似文献
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采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。 相似文献
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采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高,但是各种群之间存在一定的遗传分化,可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用,特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远,更具引种价值。 相似文献
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对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。 相似文献
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用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考. 相似文献
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为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(Fst)为0.06199(P<0.01),两两群体间的Fst显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。 相似文献
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中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。 相似文献
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5个大鳞副泥鳅家系的遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用20个微卫星标记对5个大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)家系的遗传结构进行分析,探究家系遗传多样性及其亲缘关系的远近,为进一步遗传选育提供技术参数。结果显示,20个微卫星标记在5个家系中共检测到等位基因数53个,平均等位基因数2.65个,各位点的等位基因数2~4个;5个家系平均观测杂合度(Ho)0.3117~0.5542,平均期望杂合度(He)0.3261~0.4371,平均多态信息含量(PIC)0.3459~0.4538,平均固定系数(Fis)-0.0472(<0),遗传分化系数(Fst)0.2703;UPGMA聚类分析显示,AB2013F-7和AB2013F-81亲缘关系最远。研究表明,5个家系间遗传分化较大,具备较大的选育空间。 相似文献