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Dmrt1 是 Dmrt 双性和 mab-3 相关转录因子基因家族的重要成员之一, 在生殖细胞分化和性别调控中发挥着重要作用。为探究其在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)性别分化中的表达调控模式, 本研究利用生物信息学的方法分析了虾夷扇贝 Dmrt1 的序列特征; 采用半定量 PCR (RT-PCR)检测了 Dmrt1 在不同组织中的表达量差异; 应用实时荧光定量 PCR (qRT-PCR)和原位杂交技术 ISH (in situ hybridization)揭示了 Dmrt1 在性腺发育 4 个时期(增殖期、 生长期、成熟期、排放期)中的时空表达变化。结果显示, 虾夷扇贝 Dmrt1 序列包含 Dmrt 基因家族共有的 DM 结构域; 与已知物种同源序列比对后发现, 虾夷扇贝 Dmrt1 序列与欧洲大扇贝(Pecten maximus)同源性最高; 原位杂交检测到的阳性信号主要定位在生殖细胞的细胞质中; qRT-PCR 定量结果发现, Dmrt1 在精巢生长期和成熟期的表达水平显著高于卵巢, 在卵巢各发育时期中的表达量无明显变化且维持低水平状态。此外, 在外套膜、鳃、肾、和闭壳肌中检测到少量表达的 Dmrt1 转录本, 而在肝胰腺中未检测到。研究结果表明, Dmrt1 在虾夷扇贝生殖细胞分化过程中的表达特征与在其他动物性腺发育中的表达特征基本一致, 推测其是虾夷扇贝性别分化调控中的关键基因。 相似文献
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采用不连续垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对栉孔扇贝(Chlamys farreri)♀、虾夷扇贝(Pa-tinopecten yessoensis)♂及其杂交子一代的ADH、MDH、SDH、IDH、ME和SOD共6种同工酶的酶谱进行分析,以探讨双亲遗传物质在杂交子代中的表达情况及杂交子代基因的表达特征。结果表明,杂交子代的同工酶酶谱与母本栉孔扇贝的相似,而与父本虾夷扇贝的明显不同,说明父本虾夷扇贝的同工酶在杂交子代中没有表达。幼虫阶段的同工酶酶谱亦表明,父本虾夷扇贝的同工酶在杂交子代的幼虫阶段仍然没有表达。另外,在对母本栉孔扇贝群体和杂交子代群体的同工酶酶谱进行比较研究时发现,在杂交子代中出现了一定比例的杂合子,因此不能确定杂交子代是由雌核发育而来。 相似文献
4.
为分析“褐色沉积症”形成分子机制,探究筏式养殖虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)贝壳内侧褐色沉积症状形成原因,采用Illumina高通量测序平台对感染“褐色沉积症”虾夷扇贝和健康虾夷扇贝外套膜组织进行转录组测序分析。结果显示,患病和健康扇贝外套膜分别获得43862251和41806737条clean reads。经参考基因组比对分析,患病和健康扇贝外套膜表达基因数量分别为17835个和16816个,差异表达基因208个,其中上调基因170个,下调基因38个。选取6个差异表达基因进行荧光定量PCR (q RT-PCR)验证,结果证明转录组测序分析可靠。GO功能富集发现差异基因主要富集在几丁质代谢、含氨基葡萄糖化合物代谢、几丁质结合和氨基糖代谢等与几丁质合成代谢相关的通路;KEGG通路富集分析发现差异基因主要参与内质网蛋白质合成、内吞作用、剪接体和谷胱甘肽代谢等途径;对差异表达倍数显著的前40个基因分析发现,编码类咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(caffeoyl-Co A O-methyltransferase-like,CCOAOMT-L)、类1-氨基环丙烷-1羧酸... 相似文献
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大连沿海虾夷扇贝体内重金属含量研究与质量评价 总被引：2，自引：0，他引：2
用微波消解对大连沿海虾夷扇贝样品进行处理,电感耦合等离子体质谱法测定虾夷扇贝不同组织中重金属Pd、Cd、Hg、Cr、Cu、Zn的含量,同时对重金属含量进行质量评价。试验结果表明,Pd、Cd、Hg、Cr、Cu、Zn在不同海域虾夷扇贝中的含量相差较大,6种重金属的平均含量分别为0.488、2.924、0.047、1.394、2.152、36.08mg/kg,即ZnCdCuCrPbHg。虾夷扇贝不同组织蓄积重金属具有明显的差异性,闭壳肌中重金属Cd、Cu的含量显著低于其他组织,Zn的含量却高于内脏团,不同组织对Cr的蓄积程度差异较小。调查发现,虾夷扇贝中重金属Cd的含量较高,尤其内脏部分远超过我国无公害水产品中有毒有害物质限量,建议食用虾夷扇贝时去除内脏团。 相似文献
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虾夷扇贝脓胞病病原的分离、鉴定与致病性 总被引：3，自引：1，他引：2
开展对大连市长海县附近养殖海域近几年夏季出现的大规模虾夷扇贝死亡现象的研究,能为虾夷扇贝养殖过程中的疾病防治提供基础理论支持。以患病虾夷扇贝为研究对象,通过对病变组织进行细菌分离、提纯培养,并采用人工感染试验确定虾夷扇贝脓胞病的病原性质;通过生理生化特性、16SrRNA基因部分序列和药物敏感性测定,对虾夷扇贝脓胞病进行了鉴定。结果表明,从患病组织中分离出的其中一株细菌经人工感染试验证实为虾夷扇贝脓胞病的病原菌,在水温19℃、注射浓度为1.09×105CFU/mL的条件下,该菌有较强的致病性。通过对该病原菌的生理生化特性测定和16SrRNA基因部分序列分析,确定虾夷扇贝脓胞病的病原为查氏弧菌。 相似文献
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内参基因在实时荧光定量PCR(qRT-PCR)中具有校准的作用,然而鲤疱疹病毒Ⅱ型感染异育银鲫内参基因目前仍未见研究报道。采用qRT-PCR技术检测不同处理条件下异育银鲫组织和尾鳍细胞GAPDH、EF-1α、18S rRNA和β-actin 4个候选内参基因在组织和尾鳍细胞的转录水平,利用软件geNorm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct分析了其表达量的稳定性,以筛选出健康异育银鲫不同组织以及鲤疱疹病毒Ⅱ型感染的肾脏、脾脏和异育银鲫尾鳍细胞在不同时间均较稳定的内参基因。geNorm稳定值以及4个内参的表达量Ct值分析显示,健康异育银鲫脑、脾脏、肾脏、肌肉、鳃、肠、肝脏和心脏组织中β-actin和EF-1α都是比较稳定的内参基因;鲤疱疹病毒Ⅱ型感染肾脏和尾鳍细胞不同时间点,内参基因β-actin稳定性最佳;鲤疱疹病毒Ⅱ型感染脾脏不同时间点时,EF-1α稳定性最佳。分别以4个候选内参基因为内参分析PIN1基因在肾脏组织不同感染时间的相对表达量,结果进一步证实,PIN1基因在肾脏组织感染不同时间点以β-actin为内参时,其表达量呈下降趋势,与cDNA文库测序中的表达量分析结果一致,各时间点的表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果有利于研究异育银鲫在不同处理条件下基因的表达分析,可为获得精准的结果奠定理论基础。 相似文献
8.
《渔业科学进展》2015,(3)
利用双箱模型模拟了虾夷扇贝在混合暴露条件下富集、释放铅和镉的动力学特征,通过测定不同规格虾夷扇贝、不同组织富集、释放过程中铅和镉的含量并进行非线性拟合,获得不同生长阶段虾夷扇贝对铅和镉的生物富集系数BCF、吸收速率常数k1、释放速率常数k2、生物学半衰期B1/2以及不同组织中铅和镉的富集参数。结果显示,大、小两种规格虾夷扇贝对铅的BCF分别为1671、896,对镉的BCF分别为7433、1123;不同规格虾夷扇贝对铅、镉的BCF顺序为:大规格小规格;相同规格虾夷扇贝BCF:镉铅,表明虾夷扇贝对镉的富集能力强于铅;铅、镉的B1/2为:大规格小规格,说明大规格的虾夷扇贝对铅、镉的代谢排出能力更强;铅在虾夷扇贝各组织中的富集顺序依次为:鳃内脏团闭壳肌,镉的富集顺序依次为:内脏团鳃闭壳肌。 相似文献
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为探讨长海县筏养虾夷扇贝大规模死亡原因,2015年4月—2015年9月,监测长海县大长山岛小泡子村前海养殖海区的水温、浮游植物,统计筏养虾夷扇贝的存活以及脓胞数量;2016年6—8月,设置14~17℃、18~20℃、22~24℃3个温度梯度和饥饿、107个/L、108个/L 3个饵料密度,研究虾夷扇贝在不同水温和不同饵料密度条件下的脓胞发生概率与扇贝死亡规律。海区调查结果表明,4月,浮游植物丰度最高,5—7月下降,9月最低;9月水温最高,月均22.85℃,6—7月,水温为16~20℃,1、2龄贝月均死亡率最高,出现脓胞的数量最多。室内试验结果表明,18~20℃试验组虾夷扇贝死亡率最高,出现脓胞的比例最高,且与另两组差异显著(P0.05),22~24℃试验组的虾夷扇贝死亡规律和另外两个试验组明显不同,病害和高温共同导致虾夷扇贝死亡;饥饿组在14~17℃和22~24℃2个温度条件下,死亡率及出现脓胞比例与其他两组无显著差异(P0.05);18~20℃,饥饿组死亡率及出现脓胞比例显著高于其他两组(P0.05)。试验结果表明,病害是导致筏养虾夷扇贝大规模死亡主要原因,水温和饥饿在不同时期加速扇贝死亡。 相似文献
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高温对虾夷扇贝体腔液免疫酶活力的影响 总被引：7，自引：4，他引：3
在实验室内检测了虾夷扇贝对高温突变的耐受能力及在不同高温水平下的存活与相关免疫酶活力.实验分两个阶段:实验Ⅰ,15℃暂养的虾夷扇贝分别被驯化到20、22、24及26℃,检测虾夷扇贝的存活及相关免疫指标.结果表明,15～22℃处理组虾夷扇贝存活率均大于85.21％,且组间无显著差异(P＞0.05),26℃处理组存活率最低,为26.33％.随温度升高,虾夷扇贝体腔液中T-AOC和MDA含量变化显著(P＜0.05),SOD活力差异不显著(P＞0.05),CAT活力随温度升高呈先下降后上升趋势.实验Ⅱ,15℃暂养的虾夷扇贝分别被放到20、22、24及26℃,并在1、2、4、8、12、24、48和96 h时检测其存活和相关免疫指标.结果显示,经96 h胁迫,15 ～ 24℃处理组间虾夷扇贝的存活率无显著差异(P＞0.05),且均大于82.29％,但26℃处理组虾夷扇贝在经12h胁迫后,其存活率降为0.2龄虾夷扇贝在8、12、24、48和96 h半致死温度(LT50)分别为27.52、24.41、24.37、24.24和23.81℃. 相似文献
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实时荧光定量PCR（qRT-PCR）是基因表达研究的常用方法,筛选达氏鲟（肌动蛋白（）、18S核糖体RNA（）共7个常用内参基因作为候选基因,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder 4个软件分析这7个候选基因在达氏鲟成鱼不同组织和不同发育时期胚胎及性腺的表达稳定性。结果表明,7个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物和理想的扩增效率。在成鱼不同组织中,候选内参基因稳定性由高到低的顺序为18S rRNA > > GAPDH > -actin > ;在不同发育时期卵巢中,候选内参基因稳定性由高到低的顺序为 > ,而不同发育卵巢最稳定表达的内参基因是。本研究旨在为今后达氏鲟不同组织、不同发育时期胚胎及性腺的基因表达差异研究提供理论基础。 相似文献
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为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、18S rRNA和β-actin基因在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣,本研究采用同源克隆和RACE技术,克隆了脊尾白虾GAPDH基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KX893516),通过实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,qPT-PCR)技术,检测3种基因在脊尾白虾不同组织及不同蜕壳后时间点的表达量变化,在此基础上进行内参稳定性分析。结果显示,脊尾白虾GAPDH基因全长1514 bp,开放读码框1002 bp,编码333个氨基酸,二级结构预测显示GAPDH蛋白具有一个高度保守的NAD~+结合功能域(NAD binding domain)和行使糖运输和代谢的催化功能域。分析qRT-PCR结果并结合ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种软件的分析发现,在不同组织和不同蜕壳后时间点,3种内参基因的稳定性由高到低依次为18S r RNA、GAPDH、β-actin。因此,在脊尾白虾不同组织和不同蜕壳后时间点的定量分析中,选取单内参基因时,推荐使用18S rRNA为内参基因,双内参时推荐18S rRNA和GAPDH,而18S rRNA、β-actin和GAPDH在其他生理条件下作内参基因的稳定性还有待进一步研究。 相似文献
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拟穴青蟹不同发育时期胚胎基因表达的内参基因的筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
为获得适用于研究拟穴青蟹(Scylla paramamosain)不同发育时期胚胎基因表达的内参基因,本研究采用3个内参基因筛选软件geNorm、NormFinder及BestKeeper对微管蛋白α1A(Tuba1a)、核糖体蛋白L13(Rpl13)、泛素(UBQ)、核糖体蛋白S6激酶(Rps6)、精氨酸激酶(Ak)、3-磷酸甘油脱氢酶(gapdh)、28S核糖体RNA(28S)、18S核糖体RNA(18S)和延伸因子1A基因(EF-1α)等9个常用候选内参基因在拟穴青蟹不同发育时期胚胎的表达稳定性进行分析。geNorm分析表明, EF-1α和Rpl13的表达稳定性最高,并且采用2个内参基因同时校正目标基因的定量结果可以达到最优效果; NormFinder分析表明, gapdh和EF-1α是9个候选内参基因中表达最稳定的; BestKeeper分析表明,gapdh的标准偏差和变异系数是9个候选基因中最低的。综合3个内参基因筛选软件,可以选用EF-1α,或选用EF-1α和gapdh双内参同时校正拟穴青蟹不同胚胎发育时期各基因的表达情况。 相似文献
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Weidong Liu Chongbo He Wenji Li Zunchun Zhou Xianggang Gao Liyuan Fu 《Aquaculture Research》2010,41(11):1602-1613
The Japanese scallop Mizuhopecten yessoensis is one of the most important aquaculture mollusca in Japan and China. In the present study, a high‐quality cDNA library of the Japanese scallop was constructed from the kidney tissue. A total of 2919 expressed sequence tags longer than 100 bp were generated from this library. A cluster of 1440 unique sequences, which consisted of 258 contigs and 1182 singletons, was revealed. Based on blast searches, 882 (61.3%) genes had significant (E‐value <1e–5) matches to known sequences in public databases. Among them, >70 genes were involved in stress response, immunity and apoptosis. These results expanded our knowledge of the genetics and physiology of the Japanese scallop, and provided a useful resource for gene discovery for further research of this species. 相似文献
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Laura Alvarez‐Lee Alejandra García‐Gasca Sergio Martínez‐Díaz Neftalí Gutirrez‐Rivera 《Aquaculture Research》2020,51(7):2997-3006
Pacific whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei) production is one of the most economically important aquaculture industries around the world. Gene expression studies during larval development are a key tool to elucidate biological aspects during metamorphosis and the effects of pathological conditions; the adequate quantification of gene expression can provide molecular markers and basic knowledge to optimize culture conditions, including the development of strategies for the prevention and control of diseases. In this context, the selection and validation of reference genes is a critical process to avoid bias due to inaccurate measurements and the consequent misinterpretation of biological processes. In this study, nine candidate reference genes (Clathrin, Cyt‐c, SubF0, EF1α, β‐Actin, GAPDH, TBP, AK and PK) were selected to test their expression stability during larval development of L. vannamei using geNorm, NormFinder, BestKeeper and the integrated tool RefFinder algorithms. Based on our analysis the most stable gene was SubF0, followed by GAPDH and EF1α. Relative expression of developmental genes (Twist, Mef‐2 and Ubx) was quantified using the three most stable reference genes (individually and combined), taking special attention to the expected expression and biological function of these genes. The expression of Mef‐2 was the most sensitive to the reference gene. However, the combination of the three most stable reference genes provided consistent results according to the expected expression patterns of developmental genes. 相似文献
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以合浦珠母贝（Pinctada fucata）为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术检测了甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、β-肌动蛋白（β-actin）和18S核糖体rRNA（18S rRNA）3个管家基因在合浦珠母贝不同组织、性腺发育时期、胚胎发育时期mRNA水平的表达情况。同时比较了BestKeeper、geNorm和NormFinde软件对试验数据处理的差异,从中选出合适的内参基因。结果表明β-actin在不同组织和胚胎发育不同阶段表达最稳定,18S rRNA在性腺发育不同时期表达最稳定。 相似文献
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Novel decaplex PCR assay for simultaneous detection of scallop species with species‐specific primers targeting highly variable 5′ end of the 16S rRNA gene 
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下载免费PDF全文 Alan Marín Claudio Villegas‐Llerena Takafumi Fujimoto Katsutoshi Arai 《Aquaculture Research》2017,48(3):920-930
Scallops (family Pectinidae) comprise species of high commercial value, supporting both commercial fisheries and mariculture activities. Accurate and reliable molecular methods for the species level identification are of outstanding utility for taxonomic and food authentication surveys. The mitochondrial 16S rRNA gene has been used to design species‐specific primers for identification of different bivalve species. However, the low interspecific variability at the 3′ end of this gene has limited its utility and only few scallop species have been assessed. In this study, we used the high variable 5′ end of the 16S gene to develop a novel decaplex PCR assay that enabled a fast and accurate identification of eight commercially important scallop species in a single PCR reaction. A total of 285 individuals including fresh and manufactured samples from eight different processed presentations from 11 different scallop species were collected representing diverse locations around the world. Our assay accurately identified all the analysed samples at the species level. Furthermore, to enhance the utility of our assay, the PCR product amplified by the family specific primer set that was utilized as positive control was also used for the identification of unknown (non‐target) scallop species by DNA sequencing analysis. In its present form, our multiplex PCR method can be of great utility for different types of studies involving scallop species and for research institutes and governmental agencies that regulate seafood authentication around the world. 相似文献
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Eduardo N. Fuentes Diego Safian Juan Antonio Valdés Alfredo Molina 《Fish physiology and biochemistry》2013,39(4):765-777
In the present study, different reference genes were isolated, and their stability in the skeletal muscle of fine flounder subjected to different nutritional states was assessed using geNorm and NormFinder. The combinations between 18S and ActB; Fau and 18S; and Fau and Tubb were chosen as the most stable gene combinations in feeding, long-term fasting and refeeding, and short-term refeeding conditions, respectively. In all periods, ActB was identified as the single least stable gene. Subsequently, the expression of the myosin heavy chain (MYH) and the insulin-like growth factor-I receptor (IGF-IR) was assessed. A large variation in MYH and IGF-IR expression was found depending on the reference gene that was chosen for normalizing the expression of both genes. Using the most stable reference genes, mRNA levels of MYH decreased and IGF-IR increased during fasting, with both returning to basal levels during refeeding. However, the drop in mRNA levels for IGF-IR occurred during short-term refeeding, in contrast with the observed events in the expression of MYH, which occurred during long-term refeeding. The present study highlights the vast differences incurred when using unsuitable versus suitable reference genes for normalizing gene expression, pointing out that normalization without proper validation could result in a bias of gene expression. 相似文献