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14-3-3是一类广泛存在于真核生物细胞内的多基因家族蛋白,在植物信号传导、生长发育及抗逆胁迫反应中发挥重要作用。本文通过隐马尔柯夫模型(Hidden Markov Model,HMM),对野生花生（Arachis duranensis和Arachis ipaensis）基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得Ad14-3-3基因家族成员14个,Ai14-3-3基因家族成员13个。进化树分析显示其主要分为ε类和非ε类,其中Ad14-3-3家族包含6个ε类和8个非ε类;Ai14-3-3家族包含了7个ε类和6个非ε类成员。进一步对该基因家族的理化性质、基因定位、基因结构及上游调控序列进行分析预测。结果显示, Ad14-3-3和Ai14-3-3基因家族的染色体定位相似,在1和6号染色体没有定位,在4和7号染色体上各有3个家族成员。花生中的14-3-3基因家族高度保守,ε类14-3-3蛋白主要包含6外显子,非ε类14-3-3蛋白主要包含3-4个外显子,ε类与非ε类14-3-3蛋白的保守基序存在显著区别。上游调控序列预测分析表明,花生14-3-3蛋白存在大量的激素及逆境胁迫应答元件,预示着该基因家族参与花生的生理及逆境胁迫反应。
（１．山东省花生研究所,山东青岛,２６６１００;２．哈尔滨工业大学环境学院,黑龙江哈尔滨,１５０００１） 相似文献
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花生△12-脂肪酸脱氢酶基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：1
根据已报道的△12-脂肪酸脱氢酶基因(FAD)的氨基酸保守序列设计引物进行RT-PCR扩增,得到花生△12-脂肪酸脱氢酶基因881bp部分cDNA序列,然后通过快速扩增cDNA末端技术(RACE),向两端延伸得到1410bp的花生△12-脂肪酸脱氢酶基因全长cDNA序列。序列分析表明有一个长1140bp、编码379个氨基酸残基的开放阅读框,所编码蛋白质的大小约为43kDa。推测的氨基酸序列具有膜整合蛋白酶特异性的3个组氨酸保守区;氨基酸疏水性分析结果表明,所编码的氨基酸序列存在2个具有膜固定蛋白(membrance-anchored protein)重要特征的疏水结构,2个疏水区共跨膜4次,这些特性表明所获得的序列为△12-脂肪酸脱氢酶基因。 相似文献
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分离克隆龙眼(Dimocarpus longan Lour.)胚性愈伤组织14-3-3基因,并分析该基因在龙眼体胚发生过程中的表达情况。采用RT-PCR结合RACE法,获得龙眼胚性愈伤组织14-3-3基因的cDNA全长序列和DNA序列,采用TAIL-PCR法,获得龙眼胚性愈伤组织14-3-3基因的启动子DNA序列,运用生物信息学方法对序列进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)研究该基因在龙眼体胚发生过程中的表达。结果表明:经克隆得到龙眼胚性愈伤组织14-3-3基因786 bp的cDNA全长序列(GenBank检索号为GU573765),该cDNA开放阅读框推定的氨基酸序列(含261个氨基酸)与其它植物14-3-3具有较高同源性;该基因的DNA序列(GenBank检索号为GU573766)长为1 859 bp,包含3个内含子,内含子的剪切位点均符合真核生物"GT-AG"规则;该基因的启动子DNA序列(GenBank检索号为GU573766)长为910 bp;该基因在龙眼体胚各阶段均有表达,其中在松散型胚性愈伤组织阶段和心形胚及鱼雷形胚阶段呈现高表达,整个变化趋势呈"倒S"状。 相似文献
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大豆γ-生育酚甲基转移酶基因的克隆与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用电子克隆与实验克隆相结合的方法获得了大豆γ-生育酚甲基转移酶基因的cDNA序列,GenBank登录号为AY960126。序列分析结果表明,该cDNA序列含有1个编码350个氨基酸的完整的开放读码框,5′非翻译区具有2个同框终止密码子,3′端具有2个加尾信号和polyA尾巴。启动子区除含有通用核心元件外,还含有许多与光反应有关的作用元件。编码的蛋白质序列含有1个信号肽和γ-生育酚甲基转移酶的特征基序,该蛋白定位于叶绿体中。氨基酸序列比对和系统发育分析结果显示,不同物种之间γ-生育酚甲基转移酶氨基酸序列同源性较高。电子表达分析和RT-PCR组织表达分析结果表明,该基因的表达量与组织中叶绿体含量具有很高的关联,但强光逆境对该基因的表达无影响。 相似文献
6.
从巴西橡胶树甲基化过滤文库中筛选到一个与RPS6同源性较高的基因片段,根据该基因片段序列信息,设计特异引物,利用RACE进行特异片段的5’和3’扩增,获得长度为1 327 bp的HbRPS6-2基因克隆。生物信息学分析表明,该基因包含483 bp的开放阅读框,5’非翻译区为357 bp,3’非翻译区为475 bp,编码161个氨基酸。在HbRPS6-2氨基酸序列中没有预测到信号肽和跨膜区,二级结构分析表明其属于混合型蛋白。HbRPS6-2在N端前18个氨基酸区域内有一个较强的疏水区,但整条多肽链表现为亲水性。对15个RPS6系统进化分析发现,巴西橡胶树的RPS6-2基因与多杀性巴氏杆菌的RPS6基因亲缘关系最近,而与拟南芥和玉米等亲缘关系相对较远。 相似文献
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为了进一步了解4-香豆酸辅酶A连接酶(4-coumarate:CoA ligase;4CL)基因在黄酮合成中的作用,利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)获得了青稞4CL基因(Hv4CL)的cDNA全长序列,并利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)技术,对该基因在青稞4个胚乳发育时间段茎、叶和花中的表达情况进行研究。结果表明,Hv4CL基因cDNA序列全长2 107bp,该序列包含一个完整的开放阅读框(ORF,1 662bp),编码553个氨基酸。Hv4CL与小麦同源性最高(96%),且该蛋白序列中包含2个保守的box,即AMP结合盒:boxⅠ(SSGTTGLPKGV)和boxⅡ(GEICIRG)。qRT-PCR分析结果表明:4CL基因在青稞不同发育时期、不同组织的表达丰度不同,在茎中表达量最高,其次是叶和籽粒。 相似文献
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甘蔗果糖-1，6-二磷酸酯酶的cDNA片段克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
植物生长发育所需要的光合产物大部分以蔗糖的形式供应和运输,其中果糖-1,6-二磷酸酯酶(fructose-1,6-bisphosphatase,FBPase)水解果糖-1,6-二磷酸(FBP)形成F6P和无机磷.根据GenBank登录的甘蔗细胞质型FBPase基因(GenBank登录号x89006)的序列设计引物,从甘蔗叶片cDNA文库和茎中扩增出FBPase基因的cDNA片段sfbp1和sfbp2,并构建到pMD18-T载体进行序列测定和分析.结果表明,sfbp1和sfbp2长均是1180bp,包含完整的开放读码框,编码332个氨基酸.sfbp1核苷酸序列及其推演的氨基酸序列与甘蔗FBPase基因进行序列比对,相似性均是99%.采用DNAMAN比对分析sfbp1和sfbp2的cDNA序列及其推演的氨基酸序列,结果表明,相似性分别是99.93%和99.7%.采用ExPASy软件预测推演的sfbp1的分子量大小为36.074kD,理论等电点为5.83. 相似文献
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根据在香蕉果实抑制缩减文库中获得的1个14-3-3蛋白基因片段,采用PCR和RACE相结合的方法从香蕉(Musa acuminate L.AAA group cv.Brazilian)cDNA文库中筛选到其全长cDNA序列.序列测定和Blastx比对分析结果表明,该cDNA全长1 037 bp,含有1个完整的阅读框,其编码区编码261个氨基酸残基,具有植物14-3-3蛋白基因的保守结构域,并与其他植物来源的14-3-3蛋白具有很高的同源性,将其命名为Ma-14-3-36(Musa acuminate 14-3-3).采用遗传进化系统发育树的分析结果表明,Ma-14-3-36与来源于单子叶植物的多数14-3-3蛋白基因序列在同一个进化枝上.采用RT-PCR对其在香蕉果实发育不同时期的表达进行分析结果表明,在香蕉果实发育的不同时期差异表达,推测其可能在果实的发育中起作用. 相似文献
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采用SSH技术分析了VA菌根处理后福鼎大白茶根系基因差异表达情况,获得了差异序列,序列比对显示,在上调表达序列中包含了3-羟基-3-甲戊二酸单酰辅酶A还原酶（3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase,HMGR）。采用RACE技术获得了HGMR基因全长序列,HGMR基因长2 420 bp,具有1 773 bp开放阅读框（163rd~1935th）,编码590个氨基酸。分子生物信息学分析表明,HGMR蛋白分子量约63.5 kD,等电点为6.8,定位于线粒体膜或者内质网膜。研究还显示,HGMR在茶树叶片中表达强度存在明显的品种差异,同时,HGMR对生物性和非生物性胁迫均有明显响应。 相似文献
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三个花生二酰甘油酰基转移酶基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
二酰甘油酰基转移酶在植物油脂合成途径中具有重要的作用。本研究通过构建花生种子全长cDNA文库,结合大规模EST测序和RACE克隆等方法,从花生中克隆得到了三个DGAT基因,分别命名为AhDGAT1-1、AhDGAT1-2和AhDGAT3-3。其中AhDGAT1-1全长为2020bp,ORF为1539bp,理论分子量为58.6036kD,理论等电点为8.83;AhDGAT1-2全长为2553bp,ORF为1581bp,理论分子量为60.6598kD,理论等电点为8.94;AhDGAT3-3全长为1377bp,ORF为1023bp,理论分子量为36.911kD,理论等电点为8.17。将这三个基因在GenBank上注册,注册号分别为KC736068,KC736069和KC736067。 相似文献
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脂肪酸去饱和酶是不饱和脂肪酸合成途径的关键酶,催化脂肪酸链特定位置上脱氢形成双键.本研究通过构建花生种子全长cDNA文库,结合大规模EST测序和RACE克隆等方法,从花生中克隆得到了两个FAB2基因,分别命名为AhFAB2-2和AhFAB2-3.其中AhFAB2-2全长为1387bp,ORF为1158bp,理论分子量为43.7 kD,理论等电点为5.69;AhFAB2-3全长为1452bp,ORF为1188bp,理论分子量为44.9 kD,理论等电点为6.37.它们推导的氨基酸序列与拟南芥的相似性依次为60.8％和57.2％;与大豆的相似性分别是62.3％和59.3％.这两个基因在GenBank上的登录号分别为KF358459和KF358460. 相似文献
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花生荚果的力学特性是花生机械化收获的重要参考因素,而果柄强度和破壳力是花生力学特性的主要指标。本研究以173份花生品种（系）为材料,测定其鲜荚果的果柄强度、荚果破壳力、结实范围、产量和品质等指标,以筛选适应机械化收获的优异品系。结果表明：173个花生品种（系）的果柄强度变异广泛（4.35~11.68N）,平均秧-柄脱落力（8.34N）大于果-柄脱落力（7.03N）,13个品系在果-柄脱落力和秧-柄脱落力之间达到显著或极显著水平;荚果侧压破壳力>正压>立压,3个方向的荚果破壳力两两之间均存在极显著差异;大花生品种（系）的荚果层高度显著高于小花生品种（系）,荚果层厚度在大小花生之间无显著差异;相关分析表明花生荚果的果柄强度来源于果-柄之间的脱落力（r = 0.96,P<0.01）;与对照相比,51份花生品种（系）在荚果和籽仁产量上均表现为增产;花生荚果力学特性的15个性状和产量、品质的9个性状分别综合成为5个和3个主成分因子,累计贡献率分别为66.73%和80.33%;多元回归分析表明果-柄脱落力、秧-柄脱落力、果柄脱落率、成熟荚果果柄强度、未熟荚果果柄强度是影响果柄强度的主要性状;最终筛选出19个果柄强度适中、增产的花生品种（系）,为后续培育适应机械化收获的花生新品种提供优异的育种材料基础。 相似文献
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油酸、亚油酸和棕榈酸是花生油脂中最主要的3种脂肪酸,其含量是影响花生油脂品质的重要因素。提高油酸含量并降低亚油酸和棕榈酸含量是花生品质性状改良的重要方向之一。本研究利用292份中国花生种质资源材料及583个SSR标记基因型数据对四个环境下不同脂肪酸含量进行关联分析,分别检测到与油酸、亚油酸和棕榈酸含量稳定关联标记14,14和9个,其中8个标记同时与上述3种脂肪酸含量稳定关联,分布在A02、A03、A08和A09染色体上。AHGS2050-226bp和AHGS3647-253bp是两个新关联标记的优异等位位点,在花生微微核心种质中证实,AHGS2050-226bp可提高油酸（9.99%~11.26%）并降低亚油酸（8.04%~9.31%）和棕榈酸含量（1.86%~1.97%）,AHGS3647-253bp可提高油酸（9.79%~10.44%）并降低亚油酸（8.09%~8.62%）和棕榈酸含量（1.81%~1.95%）。本研究鉴定的多环境稳定关联标记AHGS2050和AHGS3647具有辅助选择高油酸且低亚油酸和低棕榈酸品种的潜在应用价值。 相似文献
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将NCBI公共数据库62 592条蓖麻EST序列进行拼接,得到无冗余Unigene 11 708条,总长度921 kb.在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列2471条,共3 271个位点.SSR发生频率为27.94％,平均分布距离为2.81 kb.在1～6 bp的重复基元中,单核苷酸重复基元出现频率最高(37.51％),其次是三核苷酸重复基元(34.63％)、二核苷酸重复基元(25.61％).出现较多的重复基元是A/T(36.32％),其次是AG/CT(18.28％).蓖麻的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值.对蓖麻的EST-SSR功能注释(COG,SwissProt,KEGG),有9条序列注释到脂肪酸合成与代谢相关的基因,为后续有针对性开发EST-SSR标记提供重要依据,也为进一步开发蓖麻EST-SSR标记奠定基础. 相似文献
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采用主基因+多基因遗传模型,对巢式群体的5个组合的F2家系的荚果性状进行了遗传模式解析,以期了解巢式杂交群体的荚果性状遗传变异特点。结果表明,巢式杂交群体具有丰富的荚果性状的变异类型,荚果长、宽和百果重在5个组合中的最小值至最大值变异幅度分别为（14.30~22.09）mm~（38.36~45.12）mm、（7.06~10.47）mm~（17.13~22.74）mm和（62.41~94.38）g~（266.75~364.00）g。荚果长与荚果宽、荚果表面积、荚果表面周长、百果重的相关性均极显著,与荚果长宽比的相关性较小;荚果宽与荚果表面积、荚果表面周长、百果重存在正相关,与荚果长宽比存在负相关。不同杂交组合的不同果型性状的遗传模式均有差异,最佳遗传模型为两对主基因加性-显性模型和两对主基因加性-显性-上位性模型;主基因遗传力22.79%~91.62%,不同群体中的基因效应值各不相同,表明多等位基因或非等位基因的不同遗传效应以及遗传背景差异对荚果性状的影响。本研究为利用NAM群体开展荚果性状QTL定位及分子标记开发、为专用型花生新品种选育提供了材料基础和理论依据。 相似文献
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miRNAs作为一种基因表达调控子在植物应答胁迫的过程中起着重要的作用,当花生受到盐胁迫时,也会有相应的miRNAs参与基因表达调控应答胁迫。本研究对200份花生品种进行萌发期耐盐性鉴定,获得了高耐盐花生品种3份,中耐盐花生品种5份,盐高敏感品种4份。并对不同耐盐性花生品种在盐胁迫处理条件下进行了抗氧化酶活性(SOD,POD,CAT)和MDA含量的测定。结果表明,耐盐性花生品种清除活性氧的能力大于盐敏感型。盐胁迫条件下,耐盐性花生植株MDA含量较少,受到的伤害相对较小,而盐敏感植株的受伤害程度最大,也证明了耐盐性花生品种在受到盐胁迫伤害时植物体内存在更强大的保护作用。通过小RNA测序及对靶基因序列进行功能分析和同源序列功能检索,获得了8条花生耐盐相关保守miRNAs序列,miR159-1,miR159-2,miR159-3,miR164-2,miR167-3,miR319-1,miR319-2,miR2111-1。荧光定量PCR测定结果表明,这些花生保守miRNAs受盐胁迫诱导,并调控其靶基因的应答反应。 相似文献