共查询到20条相似文献，搜索用时 15 毫秒
1.
以韭(Alliumtuberosum)叶绿体基因组为研究对象，利用Illumina NovaSep高通量测序技术对韭叶绿体基因组进行测序，研究了韭叶绿体基因组结构、密码子偏好性、简单重复序列、叶绿体基因组的比较和系统发育，以期为韭分子标记开发、种质资源鉴定和开发利用提供参考依据。结果表明：韭叶绿体基因组全长154 056 bp,共注释133个基因，包括tRNA 38个，rRNA 8个，蛋白编码基因87个；韭cpDNA密码子偏爱以A或U结尾，Leu使用频率最高，Cys使用频率最低；在叶绿体基因组中共检测250个SSR位点，其中单核苷酸重复数量最多(164个),六核苷酸重复最少(1个);基因组IR边界未出现明显的扩张和收缩；系统发育分析显示，野韭和韭亲缘关系最近。 相似文献
2.
大花君子兰叶绿体基因组及其特征 总被引：3，自引：0，他引：3
采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰（Clivia miniata）叶片总DNA进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组（cpDNA）全长序列（158 114 bp）。对其cpDNA注释得到135个基因，包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复（SSR）分析和密码子偏好性分析。结果显示：①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个，多数SSR分布在基因间隔区；②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U（T）结尾，亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析，结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支，显示最近的亲缘关系，支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同，支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。 相似文献
3.
以蒙古韭为试材，采用Illumina NovaSep高通量测序技术对叶绿体基因组进行测序，MISA v1.0软件对叶绿体基因组微卫星进行搜索，研究了蒙古韭叶绿体微卫星特征，以期为蒙古韭的鉴定、居群遗传学研究和系统发育研究提供参考依据。结果表明：在蒙古韭153 376 bp的叶绿体全基因组序列上共识别出260个SSR位点，平均每590 bp出现一个，主要分布于大拷贝区。cpSSR重复序列共有5种类型，其中单碱基重复序列最多，为181个，约占重复序列总量的66.79%,其次是三碱基重复序列，共65个，约占重复序列总量的23.99%,五碱基最少，仅占0.37%。cpSSR长度区间为8～29 bp,从整体来看，主要集中在8～10 bp,在该范围内共有197个，占SSR总数的75.77%;长度≥20 bp的有9个，结果表明蒙古韭叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有多态性的潜能。 相似文献
4.
叶绿体基因组具有半自主性和母性遗传特征,揭示其功能对于研究植物起源、系统进化及物种鉴定、分类具有十分重要的作用.桑科植物具有食用、药用、生态修复及作为工业原料等多种用途.其叶绿体基因组为双链环状结构,由4个部分组成,即1个大的单拷贝区域(large single-copy,LSC)、1个小的单拷贝区域(small single-copy,SSC)、2个反向重复区域(inverted repeat,IRs).基因组大小约160 kb,编码110～130个基因,包括蛋白质编码基因、tRNA\rRNA\ ncRNA等.桑科植物叶绿体基因组上存在SSR和SNP位点,同时还发现有密码子使用偏好性.该研究对近年来桑科植物叶绿体基因组的研究现状、应用以及发展趋势进行了综述,为进一步理解桑科植物叶绿体的功能机制提供参考依据. 相似文献
5.
胡国平唐可兰刘阳华李健生孙晓辉 《长江蔬菜》2023,(14):31-35
三樟黄贡椒是中国十大名椒之一,其叶绿体基因组全长为156759 bp。通过重复序列分析和密码子偏好性分析,发现有长串联重复序列5个,长散在重复序列28个,简单重复序列(SSR)159个;叶绿体基因组密码子偏好性较弱,偏好使用A/U结尾的密码子。本研究明确了三樟黄贡椒叶绿体基因组信息,丰富了辣椒属叶绿体基因组数据库,并将为三樟黄贡椒种质资源鉴定评价和开发利用提供数据支持。 相似文献
6.
利用Illumina平台对薄壳山核桃（Caryaillinoinensis）品种‘金华’‘波尼’和1株实生古树单株的叶绿体全基因组进行测序,并对其特征进行分析。3个薄壳山核桃叶绿体基因组均呈典型的四分体结构,大小分别为160 819、162 611和160 762 bp,基因序列高度保守。三者均注释得到124个基因,包括79种蛋白编码基因、38个tRNA和7个r RNA基因;三者有相似的重复序列类型,在其叶绿体基因组序列中分别检测出74、74和73个SSR位点;系统发育分析表明,三者均与喙核桃（Annamocarya sinensis）亲缘关系最为密切。 相似文献
7.
为了从基因组水平解析马铃薯品种‘合作88’(Solanum tuberosum‘Cooperation 88’)叶绿体基因组多态性和遗传多样性,了解其自交分离群体叶绿体基因组遗传组成和变异,通过对‘合作88’及其30个自交分离群体材料的叶绿体基因组测序组装,并与其他11个茄科物种、拟南芥和水稻的叶绿体基因组序列进行比较分析。结果表明,‘合作88’叶绿体基因组为典型环状结构,长度为160 323 bp,GC含量为38.6%,共注释29个tRNA基因和77个蛋白质编码基因。30个自交后代叶绿体基因组大小在160 331～162 120 bp之间,注释预测基因数95～106个,GC含量36.7%～38.6%。进一步分析表明,‘合作88’和其30个自交后代叶绿体类型均为W型,未呈现出多态性。‘合作88’和其自交后代均偏好使用以A/U结尾的密码子,子代叶绿体基因组密码子4种碱基使用频率不同,推断其相对同义密码子使用度、有效密码子数和高频密码子数的差异为叶绿体基因组随机突变和翻译自然选择所导致。此外,16个正向重复序列中有12个存在于‘合作88’及所有自交后代中,另有4个为子代中新出现的。UPGM... 相似文献
8.
杜梨叶绿体基因组分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用高通量测序平台对杜梨（Pyrus betulaefolia）进行测序，并对其叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明，杜梨叶绿体基因组与大多数高等植物一样，具有典型的环状双链四分体结构。其叶绿体基因组大小为160 058 bp，共检测到61 个SSR 位点（58 个单核苷酸重复和3 个二核苷酸重复）和56 个RNA 编辑位点，这些RNA 编辑位点均引起了氨基酸的变化。与砂梨（Pyrus pyrifolia）、川梨（Pyrus pashia）和桃叶梨（Pyrus spinosa）的叶绿体基因组比较，其基因种类和数量都比较保守，表明了梨属植物进化的缓慢性。在4 个梨属植物中共检测到351 个SNP 和217 个InDel。 相似文献
9.
对威宁红花油茶（Camellia weiningensis）的叶片高通量测序数据进行叶绿体全基因组的组装和注释分析。其叶绿体全基因组长为156 490 bp,包含典型的四分体结构,序列已登录GenBank（MK820035）。叶绿体全基因组比较分析表明,与其他山茶属物种一样,其结构与基因排序均保守,但在基因组的反向重复区边界处表现出明显区别。简单重复序列（SSR）分析表明,全基因组仅包含51个单核苷酸重复的SSR,且仅为A/T重复类型。系统发育分析表明,威宁红花油茶与腾冲红花油茶亲缘关系最近,但其所处分支包含的4个山茶属物种的分组与传统分类不一致。 相似文献
10.
新疆野苹果（Malussieversii）被认为是现代栽培苹果的祖先物种。为有效保护苹果遗传资源,揭示新疆野苹果和栽培苹果叶绿体基因组的差异,验证现代栽培苹果是否起源于新疆野苹果。对新疆野苹果和栽培苹果‘元帅’和‘金冠’的叶绿体全基因组进行了测序、组装和注释,获得了其叶绿体基因组物理图谱,并进行了比较基因组分析和系统发育分析。结果表明,新疆野苹果和两个栽培苹果品种的叶绿体基因组均为四段式结构,其基因组总长度在160 068～160 288 bp之间;共注释出131个基因,其中蛋白编码基因86个,t RNA基因37个,r RNA基因8个;新疆野苹果与栽培苹果的碱基组成也基本相似,AT/GC含量基本相同;新疆野苹果鉴定出43个重复序列和64个简单重复序列位点,栽培品种‘元帅’鉴定出49个重复序列和61个简单重复序列位点,‘金冠’鉴定出43个重复序列和57个简单重复序列位点。系统发育分析结果表明：基于全序列构建的贝叶斯进化树在各个节点具有很高的支持率,苹果属的所有物种形成一个单系群（支持率100%）,新疆野苹果和两个栽培苹果品种聚在一起,形成一个小分支（支持率100%）,且新疆野苹果位于该小... 相似文献
11.
为解析灵芝科真菌的全基因组结构和功能，研究采用MISA、Codon W软件对赤芝、紫芝、松杉灵芝、重伞灵芝、狭长孢灵芝、Ganoderma sp. BRIUMSc、白肉灵芝、南方灵芝等8个真菌全基因组的重复序列、SSR位点和密码子偏好性进行了生物信息学分析。通过8种灵芝科真菌基因组两两比对，发现SSR数量与基因组大小无显著相关性，SSR类型都以短重复类型（单核苷酸至三核苷酸）为主，SSR位点在基因组中的密度不一。灵芝科真菌的全基因组序列的密码子偏好性分析表明，灵芝科真菌倾向于使用GC丰富的密码子以及使用G/C结尾的密码子。与毕赤酵母相比，8个灵芝科真菌基因密码子使用模式更接近于酿酒酵母和大肠杆菌，它们可能更适合与灵芝科真菌互为基因异源表达宿主。 相似文献
12.
菠萝密码子使用偏好性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2017,(8)
【目的】分析菠萝[Ananas comosus(L.)Merr.]基因组中编码CDS的密码子使用偏好性,为了解菠萝的密码子偏好性规律和进行分子改造提供理论基础,促进植物密码子的生物学研究。【方法】以菠萝基因组测序获得的30 663条编码CDS为数据来源,应用编写的perl脚本、CUSP和SPSS软件对序列进行密码子偏好性、双联密码子以及多元统计分析。【结果】菠萝基因组数据中的编码CDS的GC平均含量为52.09%,密码子中第3位核苷酸的GC平均含量(GC3S)为55.41%,有效密码子数(ENC)取值为58.41,绝大部分的ENC值都大于35。另外,确定了34种高频密码子(RSCU值大于1),其中仅有8个以AT碱基结尾,25个以CG碱基结尾;同时确定了31种高优越表达密码子。结合以上结果,最后筛选出13种最优密码子。通过与17种植物的GC3S和密码子使用频率进行比较,发现双子叶植物与单子叶植物的GC3S和密码子使用频率存在较大差异,而菠萝较其他单子叶植物与双子叶植物更接近。【结论】从不同基因、基因内不同位置以及不同植物3个层面对菠萝密码子的偏好性进行分析,筛选出13种菠萝最优密码子。该研究有助于更好地了解菠萝密码子偏好性规律,促进植物密码子生物学研究及基因组数据在非模式植物中的潜在应用。 相似文献
13.
14.
枳属种质遗传多样性及其与近缘属植物亲缘关系的SSR和cpSSR标记分析 总被引：5，自引：0，他引：5
应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR,分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显,22个SSR位点的平均多态性信息含量（PIC）为0.51,平均期望杂合度为0.52,表明中国枳种质资源具有较丰富的遗传多样性。在遗传距离约0.16时,22份普通枳可以分成4个类型。叶绿体基因组SSR分析则发现普通枳间基本无差异,表明以母系遗传为特征的枳叶绿体基因组相对保守。富民枳与普通枳无论是在核基因组还是在叶绿体基因组上均存在较大差异,支持富民枳种的地位。SSR和cpSSR结合使用可比较准确地鉴定枳杂种。 相似文献
15.
茶树抗寒调控转录因子 ICE1 密码子偏性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
运用CHIPS、CUSP 和CodonW 软件程序分析自主克隆的茶树（Camellia sinensis）ICE1（GenBank 登录号JX029153）的密码子的偏性，并与茶树基因组及萝卜等7 种植物的ICE1 密码子偏性进行比较。结果表明，茶树ICE1 偏好于以A/T 结尾的密码子；与茶树基因组密码子偏性相比，发现只有6 种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1 的碱基组成在单子叶植株大麦与7 种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中，基于基因CDS 序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系，而基于密码子偏性参数相对密码子使用度（RSCU）的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3 种外源受体密码子使用频率比较发现，与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25 个，与酵母基因组差值较大的有15 个，与拟南芥基因组差值较大的有10 个，这预示着ICE1 在拟南芥中的表达效率最高，若要在其他外源受体中进行高效表达，尚需对其密码子进行优化。 相似文献
16.
【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。 相似文献
17.
拟南芥叶绿体SSR引物在甘蓝上的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据拟南芥的叶绿体全基因组序列,搜索获得89个叶绿体基因组SSRs（cpSSRs）,平均每1.736 kb出现1个SSR。针对这些SSR设计cpSSR引物58对,其中32对能在甘蓝上应用。5对引物在甘蓝C300、C322和波里马油菜N478、N479间有多态性,这些片段均位于基因内含子区或基因间隔区。测序结果显示单核苷酸A/T重复数从8个到13个不等。同源性比较表明C300、N479之间的同源性大于两者与拟南芥之间的同源性。 相似文献
18.
利用NCBI数据库收录的狗枣猕猴桃(Actinidia kolomikta)叶绿体基因组序列,应用MISA工具对其序列中的微卫星进行查找并对其分布规律进行分析。结果表明:狗枣猕猴桃叶绿体中共有41个重复单元长度为1~6碱基的微卫星重复序列,主要分布在LSC和SSC区域。其中单碱基重复的微卫星单元最为丰富,共28个,占重复序列总数的68.3%;二碱基重复单元次之,约占重复序列总数的19.5%,三碱基重复单元和六碱基重复单元个数相同,均约占重复序列总数的4.9%;五碱基重复单元个数最少,约占2.4%。在单碱基重复、二碱基重复和三碱基重复类型中,A/T、AT/TA、AAT/ATT为最主要的重复单元。分析还发现,该研究结果中单碱基重复单元变化次数最高,说明在狗枣猕猴桃叶绿体基因组中重复单元较短的微卫星变异速率较快,而重复单元较长的微卫星变异速率较慢。研究结果可为开发猕猴桃属植物叶绿体通用引物提供理论依据。 相似文献
19.
菠萝基因组SSR分子标记的开发 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2010,(4)
实验采用SAM法,以"台农17号"菠萝作为开发基因组SSR分子标记的植物材料,并对开发获得的SSR标记在16个菠萝品种中进行了验证。利用两对锚定引物和12对接头引物筛选菠萝基因组SAM文库,从中开发得到86条含有SSR位点的序列,对这86条序列用MISA软件搜索后得到94个SSR位点,其中单核苷酸重复3个,二核苷酸重复91个。二核苷酸重复仅有2种重复单元,一种是GA/CT,占二核苷酸重复总数的57.14%(52/91),另一种是AC/GT,占二核苷酸重复总数的42.86%(39/91)。研究未发现三核苷酸及以上的重复单元。36对SSR引物对16个材料的扩增结果显示,24对引物能够扩增出清晰、重复性好且符合预期大小的条带,其中13对引物具有多态性,可成为下一步构建菠萝指纹图谱、遗传多样性分析及基因定位等研究中有用的SSR标记。 相似文献