梅花鹿S100A16基因的克隆及生物信息学分析     

《中国畜牧兽医》2020,(1)

为探索梅花鹿(Cervus nippon)S100A16基因序列及生物学特性,本研究根据GenBank数据库中牛、绵羊S100A16基因序列设计引物,以梅花鹿鹿茸顶端组织cDNA为模板,采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得梅花鹿S100A16基因的cDNA序列。生物信息学分析发现,梅花鹿S100A16基因CDS区全长312 bp,编码103个氨基酸;蛋白含有11个磷酸化位点,有跨膜结构域,无信号肽,为在细胞内发挥作用的稳定蛋白;蛋白仅在C端含有S100蛋白家族经典的EF螺旋结构域,由12个氨基酸组成,N端EF螺旋结构域由15个氨基酸组成;蛋白C端含有FGF-1蛋白结合位点;梅花鹿S100A16蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;三级结构显示该蛋白有2个Ca~(2+)结合位点;梅花鹿S100A16蛋白氨基酸序列与东欧马鹿同源性最高,为100%,与其他部分物种S100A16蛋白氨基酸序列构建系统进化树,分析表明S100A16基因在进化上比较保守,符合功能基因的特点。研究结果为进一步揭示梅花鹿S100A16基因的功能及表达机制提供依据。  相似文献   

新西兰白兔CYP11A1基因的克隆、生物信息学分析及其对繁殖相关基因的影响     

白少成  周娟  靳荣帅  王璠  卢婷婷  汤先伟  赵博昊  吴信生  陈阳 《中国畜牧兽医》2022,49(7):2484-2496

【目的】旨在通过分析细胞色素P450家族成员11A1（CYP11A1）的生物信息功能及其在新西兰白兔卵巢颗粒细胞中对繁殖性能相关基因的调控作用，为探究其在卵泡发育过程中调控功能奠定基础。【方法】根据GenBank上兔CYP11A1基因的序列，设计特异性引物，以新西兰白兔卵巢组织cDNA为模板，PCR扩增并克隆CYP11A1基因序列，构建pcDNA3.1-CYP11A1过表达重组载体；用Mega 5.1在线软件构建系统进化树，并通过生物信息学软件对CYP11A1蛋白的氨基酸组成、理化性质、磷酸化位点、保守结构域、二级结构、三级结构、亚细胞定位、蛋白互作进行预测分析。分离新西兰白兔卵巢颗粒细胞，并通过免疫荧光法鉴定颗粒细胞特异性抗体卵泡刺激素受体（FSHR）的表达。设计3条干扰CYP11A1基因表达的引物（siRNA-1、siRNA-2、siRNA-3），筛选出干扰效率最高的1条，并将其与pcDNA3.1-CYP11A1过表达重组载体转染到卵巢颗粒细胞中，用实时荧光定量PCR检测颗粒细胞中羟基类固醇17-β脱氢酶1（HSD17B1）、骨形态发生蛋白15（BMP15）和促卵泡刺激素受体（FSHR）等繁殖相关基因mRNA表达水平。【结果】成功克隆新西兰白兔CYP11A1基因，其CDS全长序列为1 557 bp，编码518个氨基酸，其中亮氨酸含量（10.6%）最高，精氨酸（7.6%）、缬氨酸（7.4%）和丙氨酸（7.2%）次之。进化树分析显示，CYP11A1蛋白序列与家鼠、人和猩猩的距离最近。生物信息学分析显示，CYP11A1蛋白理论等电点为7.4，正负电荷残基数各占50个，脂肪族氨基酸指数为82.16，不稳定性指数39.54，其中氨基酸序列中亲水性残基数量多于疏水性残基；CYP11A1蛋白具有40个潜在的磷酸化位点，其中以苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸最为丰富；CYP11A1蛋白二级结构由α-螺旋（48.31%）、无规则卷曲（40.22%）、延伸链（7.42%）和β-转角（4.04%）组成，三级结构为弯曲螺旋状。亚细胞定位预测结果显示，CYP11A1蛋白主要分布于线粒体（52.2%）、细胞质（17.4%）和细胞核（13.0%）中，还具有1个p450家族的结构域，并与多个繁殖性能相关的蛋白（STAR、CYP21A2、CYP17A1和FDX1）相互作用。分离的兔颗粒细胞表达FSHR，可以用于后续试验；CYP11A1基因在颗粒细胞中过表达后，HSD17B1和FSHR基因表达量极显著上调（P＜0.05），BMP15基因表达量显著上调（P＜0.01）；干扰CYP11A1基因表达后，BMP15和FSHR基因的表达量极显著下调（P＜0.01），HSD17B1基因表达量显著下调（P＜0.05）。【结论】CYP11A1是一个稳定、亲水、相对保守且具有抗氧化和类固醇激素合成功能的蛋白。CYP11A1基因可调控卵巢颗粒细胞中与繁殖性能相关的基因HSD17B1、BMP15、FSHR的表达，说明CYP11A1基因在母兔繁殖过程中发挥一定作用。  相似文献   

山羊痘病毒A6L基因的克隆及序列分析     

赵银龙  吴国华  朱海霞  吴健  颜新敏  赵志荀  李健  吴娜  穆晓峰  张强 《中国畜牧兽医》2015,42(8):1973-1978

为了分析山羊痘病毒A6蛋白的分子特征,本试验提取了山羊痘病毒古浪分离株的基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,克隆A6L基因的DNA序列。将PCR产物连接到pGEM-T Easy载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对A6L基因序列进行预测分析。结果显示,A6L基因序列含有1个由1128个核苷酸组成的开放阅读框,编码375个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值为43.68 ku,理论等电点为7.50。该蛋白的二级结构中,α螺旋占53.30%,β折叠占10.24%,其余39.46%为无规则卷曲。多序列比对分析结果显示,不同羊痘病毒分离株A6L序列高度保守,同源性在97%以上。上述研究结果为进一步研究A6蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础。  相似文献   

羊草乙醛脱氢酶基因LcALDH的克隆与表达分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

李新玲  吴姝菊  王全伟 《草业学报》2011,20(4):187-193

采用RACE技术从羊草中克隆了乙醛脱氢酶基因LcALDH的cDNA(GenBank登录号EF492045)。长为1 712 bp的LcALDH cDNA序列含有编码500个氨基酸的1 503 bp的开放读码框、66 bp的5′非翻译区和144 bp的3′非翻译区。氨基酸序列中含有醛脱氢酶家族绝对保守的谷氨酸活性位点和半胱氨酸残基活性位点。分析LcALDH基因在不同胁迫条件下的表达情况,结果表明,LcALDH的表达受到低温、干旱、高盐和ABA的正调控作用。研究结果为进一步从分子水平探明羊草的抗逆机制,挖掘并利用植物抗逆基因奠定基础。  相似文献   

山羊RPL27A基因克隆及组织表达特性分析     

郑建莹  王金玲  王永  朱江江  张浩 《中国畜牧兽医》2021,48(11):3918-3928

为研究山羊核糖体蛋白L27A （ribosome protein L27A，RPL27A）基因结构及其相关的生物学功能，试验采集简州大耳羊的14种组织样品（心脏、肝脏、脾脏、背最长肌、皮下脂肪等），利用RT-PCR扩增并克隆获得山羊RPL27A基因序列，通过在线工具进行生物信息学分析；采用实时荧光定量PCR技术检测RPL27A基因在各个组织及不同分化阶段的皮下前体脂肪细胞中的表达水平。结果显示，山羊RPL27A基因CDS区长447 bp，可编码148个氨基酸。生物信息学分析表明，RPL27A基因在不同的物种间具有较高的保守性，RPL27A蛋白是不稳定的亲水碱性蛋白，其与脂代谢及脂肪沉积相关的RPS18、RPL26、RPL34、RPL32、RPL37A等核糖体蛋白存在相互作用，RPL27A蛋白没有跨膜结构域，且无信号肽，亚细胞定位表明其主要存在于细胞质中。实时荧光定量PCR结果显示，RPL27A基因在山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、背最长肌、皮下脂肪等14种组织中均有广泛表达，且在瘤胃中表达水平最高，在臂三头肌和股二头肌中也存在较高的表达水平，均显著高于其他组织（P<0.05）；RPL27A基因在成脂诱导60 h的山羊皮下脂肪细胞中的表达水平显著高于分化前（P<0.05）。本研究成功克隆了山羊RPL27A基因CDS序列，并揭示了RPL27A基因在山羊14种组织中的表达特性，研究结果可为阐明RPL27A基因对山羊脂肪细胞分化的调控机制提供材料。  相似文献   

梅花鹿ACP1基因cDNA克隆及序列分析     

《黑龙江畜牧兽医》2020,(11)

为了初步探索梅花鹿ACP1基因的功能及其在鹿茸发育和生长过程中的作用,试验采用RT-PCR技术和分子克隆技术等获得了梅花鹿ACP1基因cDNA序列,并利用软件对获得的梅花鹿ACP1基因cDNA序列进行生物信息学分析。结果表明:cDNA序列长758 bp,CDS长477 bp,编码158个氨基酸,相对分子质量为18 026.57;整个氨基酸组成中,丙氨酸(Ala)和天冬氨酸(Asp)所占比例最高,达到7.6%,理论等电点(pI)为7.51,不稳定系数为41.71,是不稳定蛋白;ACP1蛋白为亲水性蛋白,有信号肽,位点为25～26:AEA～VF;ACP1蛋白的二级结构为无规则卷曲62.03%,延伸链18.99%,α-螺旋18.99%;梅花鹿的ACP1基因与家牛、野骆驼亲缘关系较近。  相似文献   

牛MARK2、CREB5基因的克隆和生物信息学分析     

岳英伟  王鑫  杜淼  马文芝  郭宏 《中国畜牧兽医》2016,43(2):311-318

试验旨在对牛MARK2、CREB5基因进行克隆和生物信息学分析.首先在GenBank数据库中利用人MARK2和CREB5基因序列比对获得牛的表达序列标签(ESTs)的序列,进行引物设计并利用RT-PCR方法从牛肩胛骨肌肉中克隆出MARK2和CREB5基因的cDNA序列,补足空缺部分,最终获得牛MARK2和CREB5基因.通过对牛MARK2和CREB5基因的生物学特性进行分析可知:牛MARK2基因的编码区长为2 076 bp,编码691个氨基酸,CREB5基因的编码区长1 527 bp,编码508个氨基酸;经蛋白质理化性质预测MARK2和CREB5蛋白均为亲水性蛋白;MARK2和CREB5蛋白的磷酸化位点均分布于苏氨酸(Thr)、丝氨酸(Ser)和酪氨酸(Tyr)残基上;MARK2蛋白与CREB5蛋白的二级结构预测以无规则卷曲为主;亚细胞定位预测MARK2蛋白主要分布在细胞质中,CREB5蛋白主要分布在细胞核中,两者均不属于分泌型蛋白;MARK2蛋白保守结构域预测含1个S_TKc和1个UBA功能结构域,CREB5蛋白保守结构域预测含有1个ZnF_C2H2、1个BRLZ功能结构域和5个低复杂度区域且二者均不具有跨膜结构.  相似文献   

绵羊PDGFD基因克隆及其在不同部位脂肪组织中的表达     

刘金瑞  李忠慧  蒋芳芳  玛依拉  李文蓉  李海英 《中国畜牧兽医》2021,48(9):3138-3146

试验旨在获得绵羊血小板源性生长因子D （PDGFD）基因的编码区（coding sequence，CDS）全长序列，并了解其在体内不同部位脂肪组织中的表达规律。以阿勒泰母羊和中国美利奴母羊为研究对象，克隆获得了PDGFD基因CDS区全长序列并对其进行了生物信息学分析，利用实时荧光定量PCR方法对PDGFD基因在2个品种羊沉积在尾部、肠系膜、背部和肾脏周围4个不同部位脂肪组织中的表达水平进行定量分析。结果显示，绵羊PDGFD基因CDS区序列长度为1 113 bp，编码370个氨基酸；PDGFD基因CDS区序列及其编码序列与山羊的相似性最高，其次是牛、猪、马、人，与鼠的相似性最低，系统进化树分析结果与其一致；预测PDGFD蛋白属于稳定的亲水性蛋白，且无跨膜区，存在信号肽序列，属于分泌型蛋白；PDGFD蛋白含有1个糖基化位点、1个CUB结构域和1个PDGF结构域，PDGFD蛋白二级结构由α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲构成，三级结构与结构域和二级结构分析结果基本吻合。实时荧光定量PCR结果显示，PDGFD基因在阿勒泰羊4个脂肪组织的表达量均高于中国美利奴羊，其中阿勒泰羊尾脂和背部脂肪的表达量显著高于中国美利奴羊（P<0.05）。本研究结果为进一步探究PDGFD基因在绵羊脂肪沉积中的作用机制提供参考。  相似文献   

陆川猪Occludin基因克隆及生物信息学分析     

瞿秋红  谢红月  夏琴  潘鹏  蒋钦杨  黄艳娜 《中国畜牧兽医》2019,46(11):3144-3153

本试验旨在获得陆川猪Occludin基因的编码区（CDS）序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的猪Occludin基因序列（登录号：NM_001163647.2）设计1对特异性引物,采集健康陆川猪的回肠组织提取总RNA并反转录成cDNA,以cDNA作为模板进行RT-PCR扩增并获得目的基因片段,将其插入pMD18-T载体,筛选阳性克隆菌测序正确后并利用生物信息学软件对所获序列进行分析。结果表明,试验成功克隆获得陆川猪Occludin基因CDS,长度为1 569 bp,共编码522个氨基酸。序列比对结果显示,陆川猪Occludin基因与参考序列的同源性为99.7%,存在3个差异位点,其中第16 bp处C→T为错义突变,引起第6位的亮氨酸变成苯丙氨酸;第1 059 bp处A→G和第1 218 bp处C→T均为同义突变,该错义突变位点可能是陆川猪肠道屏障功能与其他猪种不同的原因。同源性比对结果显示,陆川猪Occludin基因与小鼠、牛、人、果蝇、猕猴和犬的同源性分别为83.8%、89.5%、88.1%、84.1%、88.3%和86.6%。系统进化树分析发现,陆川猪与牛的遗传距离最近,与犬的遗传距离最远。Occludin蛋白分子质量为59.13 ku,氨基酸组成中丝氨酸含量较高（9.2%）,在肽链N端为Met,Occludin蛋白在水溶液中280 nm消光系数为96 415,不稳定指数为62.85,属于不稳定蛋白。疏水性分析结果表明,Occludin蛋白是亲水性蛋白。陆川猪Occludin蛋白存在5个跨膜螺旋区,不存在信号肽,包含2个超家族结构域：MARVEL超家族结构域和Occludin-ELL超家族结构域。二级结构预测结果显示,陆川猪Occludin蛋白中α-螺旋、延伸链及无规则卷曲分别占41.00%、5.36%和53.64%,三级结构与二级结构相一致。本试验成功克隆了陆川猪Occludin基因CDS并进行了生物信息学分析,为深入探讨Occludin基因对地方猪种肠道屏障功能的影响提供参考。  相似文献   

金荞麦查尔酮合成酶基因CHS的克隆及序列分析     

蒙华  李成磊  吴琦  邵继荣  陈惠 《草业学报》2010,19(3):162-169

采用同源克隆的方法获得金荞麦查尔酮合成酶基因(CHS)的保守片段554bp,进一步采用染色体步移法(genome-walking)和RT-PCR技术克隆到CHS基因的全长DNA序列和cDNA开放阅读框(ORF)序列。序列分析结果表明,金荞麦CHS基因DNA全长1650bp,含一个462bp的内含子;其cDNA编码区全长1188bp,编码395个氨基酸,命名为FdCHS,NCBI登录号为GU169470。该氨基酸序列与同为蓼科的掌叶大黄、虎杖CHS的氨基酸序列同源率分别达到94%和93%,且含有CHS活性位点和底物结合口袋位点等保守位点。  相似文献   

塔里木马鹿干旱环境适应相关基因的筛选、克隆及生物信息学分析     

塔依尔江·麦麦提  苏比奴尔·艾力  布威海丽且姆·阿巴拜科日  马合木提·哈力克 《中国畜牧兽医》2021,48(6):1906-1917

为了探讨塔里木马鹿（Cervus elaphus yarkandensis）干旱环境适应相关基因的结构特征和相关功能,从前期的塔里木马鹿全基因组重测序结果中,筛选获得塔里木马鹿过氧化物氧化还原酶3（thioredoxin-dependent peroxide reductase,PRDX3）基因的序列,对该基因在塔里木马鹿不同组织中的表达情况进行分析,同时对塔里木马鹿PRDX3基因编码区（CDS）序列进行克隆测序,运用相关软件进行同源性比对、构建系统进化树及生物信息学分析。结果显示,塔里木马鹿PRDX3基因在肾脏组织中的基因表达水平极显著高于肺脏和肝脏组织（P<0.01）;塔里木马鹿PRDX3基因CDS序列长660 bp。同源性比对和系统进化树分析结果表明,塔里木马鹿与白尾鹿（GenBank登录号：XM_020875097.1）同源性最高,且遗传距离最近;与褐家鼠（GenBank登录号：NM_022540.1）同源性最低,且遗传距离最远。塔里木马鹿PRDX3蛋白分子质量为24.42 ku,由220个氨基酸组成,不稳定系数为25.36,理论等电点（pI）为5.82,脂溶系数为85.50,总平均亲水性为-0.05,存在O-糖基化位点,具有丰富的磷酸化位点,但是不存在N-糖基化位点、跨膜区及信号肽,最可能位于线粒体中,二级结构和三级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,包含PRX_Typ2cys超家族保守结构域,与多种蛋白存在相对较强的相互作用。本研究为后续的塔里木马鹿功能基因的研究奠定基础。  相似文献   

The complete mitochondrial genome of the domestic red deer (Cervus elaphus) of New Zealand and its phylogenic position within the family Cervidae     

Kenta WADA  Kazuhiro OKUMURA  Masahide NISHIBORI  Yoshiaki KIKKAWA  Michinari YOKOHAMA 《Animal Science Journal》2010,81(5):551-557

We determined the complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of the semidomestic red deer (Cervus elaphus) of New Zealand. The genome was 16 357 bp long and contained 13 protein‐coding genes, 12SrRNA, 16SrRNA, 22 tRNAs and a D‐loop as found in other mammals. Database homology searches showed that the mitochondrial DNA (mtDNA) sequence from the New Zealand semidomestic deer was similar to partial mtDNA sequences from the European, Norwegian (C. e. atlanticus) and Spanish red deer (C. e. hispanicus). Phylogenetic analysis of the mitochondrial protein‐coding regions revealed two well‐defined monophyletic clades in subfamilies Cervinae and Muntiacinae. However, red deer and Sika deer were not found to be close relatives. The analysis did identify the red deer as a sister taxon of a Samber/Sika deer clade, although it was more closely related to the Samber than the Sika group.  相似文献   

鹿茸尖端组织核心蛋白多糖基因全长cDNA的克隆及其表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

郝丽 《畜牧兽医学报》2011,42(6)

为了进一步了解鹿源DCN基因的结构与功能,揭示该基因在鹿茸尖端不同组织层的表达规律,本研究从梅花鹿鹿茸尖端组织cDNA文库中首次克隆具有完整编码区的DCN基因全长cDNA序列,并结合生物信息学方法和实时荧光定量RT-PCR技术对该基因的氨基酸序列结构和表达特征进行分析.结果表明,梅花鹿DCN基因cDNA全长为1 831 bp,编码360个氨基酸;其编码蛋白具有N端信号肽,相对分子质量为39.9 ku,理论等电点为8.8,其一级结构中亮氨酸所占比例最高(12.5%);梅花鹿与绵羊DCN氨基酸序列的相似性最高(98%).实时荧光定量RT-PCR分析表明,DCN在间充质层的表达显著高于其他3层组织,提示DCN的抗纤维化活性可能是维持鹿茸间充质层快速生长的重要调节因素.  相似文献   

山羊碱性氨基酸转运载体基因SLC3A1cDNA序列克隆及表达     

周英昊  高晔  刘林丽  曾洁  杨雨鑫  张恩平  陈玉林 《中国畜牧兽医》2015,42(10):2513-2520

试验旨在克隆山羊碱性氨基酸转运载体基因SLC3A1 cDNA序列,探究其表达的组织特异性及其在小肠中的表达发育模式。参考GenBank已发表的绵羊、牛SLC3A1基因mRNA序列设计引物,克隆山羊SLC3A1基因的cDNA序列,采用实时荧光定量PCR的方法分析其在1日龄山羊11种组织及其在1日龄、6月龄、8月龄、10月龄、12月龄山羊十二指肠、空肠、回肠中的mRNA表达情况。结果表明,成功克隆得到了山羊SLC3A1基因cDNA序列,其与绵羊、牛、野猪、人、小鼠、大鼠的同源性分别为99%、97%、88%、86%、80%和79%。SLC3A1基因转录表达有明显的组织特异性,其在1日龄山羊肾脏、回肠、空肠、结肠中表达量依次降低(P<0.05),其他组织中表达量很低。同一月龄山羊,SLC3A1基因在不同肠段的表达量数值上回肠>空肠>十二指肠。SLC3A1基因在不同月龄山羊十二指肠表达量以1日龄山羊为最高(P<0.05),6~12月龄山羊相同肠段之间表达量无显著差异(P>0.05);空肠表达量随山羊年龄的增加均呈现逐步降低的趋势;回肠表达量在各个月龄山羊之间差异不显著(P>0.05)。结果说明,山羊碱性氨基酸转运载体基因SLC3A1的主要表达部位在肾脏和肠道,推测b^0,+碱性氨基酸转运系统转运氨基酸的主要部位为肾脏和肠道。SLC3A1基因在山羊小肠受肠段和发育阶段的影响,具有不同的表达发育模式。  相似文献   

牦牛源BVDV非结构蛋白NS5A的原核表达及抗原表位分析     

王慧慧  冯茜莉  蒲飞洋  李易聪  汪梦竹  周小凯  赵泽阳  马忠仁  李倬  马晓霞 《中国畜牧兽医》2022,49(8):3180-3189

【目的】利用原核表达系统体外表达牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)NS5A基因,获得非结构蛋白NS5A,对其进行核苷酸、氨基酸序列分析,以解析BVDV非结构蛋白NS5A的功能。【方法】参考BVDV-1型毒株V006的NS5A基因序列(GenBank登录号:KX170647)设计并合成1对特异性引物,以分离到的牦牛BVDV GSTZ毒株cDNA为模板,PCR扩增NS5A基因片段,并克隆至表达载体pET-28a (+)中,构建重组原核表达载体pET28a-NS5A。经酶切初步鉴定及测序鉴定正确后,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,然后利用IPTG诱导表达。经10% SDS-PAGE电泳及Western blotting分析鉴定重组蛋白的表达,并根据NS5A基因的序列构建遗传发育进化树,利用DNAStar软件预测NS5A蛋白的亲水性、表面可塑性和抗原性等特性,并结合二级结构的预测对NS5A蛋白的B细胞抗原表位进行预测。【结果】PCR扩增NS5A目的基因片段为1 488 bp,双酶切和测序鉴定结果证明,重组质粒pET28a-NS5A构建成功。经10% SDS-PAGE电泳及Western blotting鉴定重组蛋白,表达出了大小为55 ku的目的蛋白,大小与预期结果相符。通过对不同BVDV毒株NS5A基因序列构建遗传发育进化树,显示GSTZ毒株NS5A在遗传进化特征上属于BVDV-1型。NS5A蛋白的亲水性主要位于12—21、32—69、75—113、120—135、143—147、152—163、165—180、215—230、265—274、296—340、348—378、389—447、455—463、469—495位氨基酸处,表面可塑性主要位于14—18、37—42、76—81、86—109、154—160、169—178、218—228、297—309、348—358、365—373、414—442、430—437、454—460位氨基酸处,柔性区域较多,主要位于14—21、37—43、67—82、86—93、97—110、152—158、169—179、218—231、240—255、296—310、313—328、344—359、364—373、413—422和472—483位氨基酸处。NS5A蛋白的B细胞抗原表位主要位于15—18、76—81、154—158、169—178、218—228、297—309、348—358、365—373和414—422位氨基酸处。【结论】成功表达并鉴定了牦牛源BVDV的非结构蛋白NS5A,系统发育进化树表明BVDV GSTZ株基因型属于BVDV-1型,NS5A蛋白具有良好的抗原性,为深入解析BVDV非结构蛋白NS5A的自身结构功能、免疫学特性以及进一步研究非结构蛋白对病毒复制的影响提供参考。  相似文献   

Cloning and Expression of Caprine Cationic Amino Acid Transporter Gene SLC3A1 cDNA Sequence     

ZHOU Ying-hao  GAO Ye  LIU Lin-li  ZENG Jie  YANG Yu-xin  ZHANG En-ping  CHEN Yu-lin 《中国畜牧兽医》2015,42(10):2513-2520

The objective of this study was to clone caprine cationic amino acid transporter gene SLC3A1 and investigate its mRNA expression in different tissues and its development regularity in small intestine.The cDNA sequence of caprine SLC3A1 gene was cloned with the primer which was designed according to mRNA sequence of Ovis aries and Bos taurus in GenBank.Then its expression was quantified by Real-time PCR in 11 tissues from goats at the age of day 1 and duodenum,jejunum and ileum from goats at the age of day 1,month 6,month 8,month 10 and month 12.The results indicated that cDNA sequence of SLC3A1 gene was obtained,and its homology with SLC3A1 gene in Ovis aries,Bos taurus,Sus scrofa,Homo sapiens,Mus musculus and Rattus norvegicus were 99%,97%,88%,86%,80%,79%,respectively.SLC3A1 gene was expressed in all of these collected tissues,whereas the expression level varied from tissues.Specifically,its expression in kidney,jejunum,ileum and colon were significant higher than that in other tissues at the age of day 1 and decreased systematically (P<0.05).The expression of SLC3A1 in small intestine at the same age of goat was ileum>jejunum>duodenum.SLC3A1 gene expression in duodenum at the age of day 1 was significant higher than that at the other ages (P<0.05),it decreased with age in jejunum,and there was no significant difference among ileum with age (P>0.05). In conclusion,SLC3A1 gene and b^0,+ cationic amino acid transporter system were mainly expressed in kidney and intestine.The expression of SLC3A1 gene was differentially regulated and distributed by developmental stages and segments of small intestine in goat.  相似文献   

太行鸡CYP19A1基因克隆及生物信息学分析     

张辉  张清阳  李晨晨  杨俊琦  杜云良  李凯扬  刘玉芳 《中国畜牧兽医》2020,47(5):1489-1497

试验旨在克隆蛋鸡CYP19A1基因,对其遗传结构进行生物信息学分析并探究其在太行鸡不同组织中及不同产蛋量个体中的表达情况。以河北省太行鸡为研究对象,通过设计引物对CYP19A1基因CDS区进行克隆测序,运用生物信息学软件对其功能结构进行预测。结果显示,CYP19A1基因含有一个1 509 bp的开放阅读框（ORF）,编码502个氨基酸。同源性比对和系统发生树分析结果表明,太行鸡CYP19A1基因与鸭的同源性较高（90.7%）,并且在不同物种间高度保守。对CYP19A1蛋白理化性质进行预测分析发现,该蛋白为亲水蛋白,蛋白分子式为C₂₆₀₂H₄₁₀₃N₆₇₅O₇₁₉S₃₆,分子质量为57.51 ku,理论等电点为5.99,其中含量最高的是亮氨酸（为14.0%）。蛋白质二级结构由α-螺旋、延伸链、β-折叠及无规则卷曲4种结构组成,所占比例分别为58.95%、2.18%、3.93%和34.93%。组织表达谱分析发现,CYP19A1基因在不同组织中均有表达,但其在卵巢中表达量最高。实时荧光定量PCR结果显示,CYP19A1基因在太行鸡高产组卵巢中的表达量显著高于低产组（P<0.05）。上述结果为研究太行鸡CYP19A1基因提供了重要的研究数据,为进一步挖掘太行鸡高产基因提供了参考。  相似文献   

Detection of nucleolar organizer regions on chromosomes by flourescence in situ hybridization with human 28S rRNA gene and cloning of 28S rRNA gene in Sika deer     

Shuuhei KAGEYAMA  Emiko FUKUI  Midori YOSHIZAWA 《Animal Science Journal》2004,75(2):111-116

The number and loci of nucleolar organizer regions (NOR) on chromosomes in Sika deer (Cervus nippon centralis) were determined by fluorescence in situ hybridization with a human 28S ribosomal RNA (rRNA) gene as a probe. Sika deer that live in Nikko National Park and its neighboring areas (Asio and Seta) in Japan were used. All of the analyzed metaphases had three or four NOR at the end of the first and second longest telocentric autosomes. Nucleolar organizer region association, which is associated specifically on parts of NOR between chromosomes, was also observed clearly. A Sika deer 28S rRNA gene was produced by a polymerase chain reaction method. The nucleotide sequence of a Sika deer 28S rRNA gene determined by an automatic sequencer was 97 bp, and showed homogeneity of 88% for the human sequence.  相似文献   

Cloning and Bioinformatics Analysis of MARK2 and CREB5 Genes in Cattle     

YUE Ying-wei  WANG Xin  DU Miao  MA Wen-zhi  GUO Hong 《中国畜牧兽医》2016,43(2):311-318

This research aimed to clone and analyze the biological characteristics of MARK2 and CREB5 genes in cattle.In the GenBank database,MARK2 and CREB5 genes of human were chosen to blast and expressed sequence tags (ESTs) of cattle were got.Specific primers were designed and RT-PCR was used to clone the cDNA sequence from the scapula muscle of cattle with vacancy parts making up,and then MARK2 and CREB5 genes were successfully cloned.The results showed that MARK2 gene coding region was 2 076 bp,which encoded 691 amino acids.CREB5 gene coding region was 1 527 bp,which encoded 508 amino acids.The physical and chemical properties of protein prediction showed that MARK2 and CREB5 proteins were hydrophilic protein;The phosphorylation sites in threonine (Thr),serine (Ser) and tyrosine (Tyr) residues;The secondary structure of MARK2 and CREB5 proteins were maily composed of random coil and layed a foundation for the tertiary structure;Protein subcellular localization prediction showed that MARK2 and CREB5 proteins did not belong to the secretory protein;MARK2 protein contained a S_TKc domain and an UBA function structure,CREB5 protein contained a ZnF_C2H2 function structure,a BRLZ function structure and five low complexity regions and MARK2 and CREB5 proteins had no transmembrane structure.  相似文献