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1.
为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。 相似文献
2.
为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。 相似文献
3.
试验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联性。选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用PCR直接测序法查找NR5A2基因6个外显子的SNP位点,通过HRM分型技术分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因SNP位点多态性与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性。结果显示,松辽黑猪NR5A2基因第6外显子上存在1个SNP位点（C99T）,检测到3种基因型：CC、CT和TT。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,该SNP位点在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,但C/T突变位点杂合度相对较低,在松辽黑猪群体中的变异较小,属于中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联性分析结果表明,在NR5A2基因C99T位点上,CC基因型个体的总产仔数、产活仔数及断奶仔猪数均最高,且显著高于TT基因型（P<0.05）,产活仔数及断奶仔猪数均显著高于CT基因型（P<0.05）;各基因型仔猪初生重、3周龄重、断奶重及乳头数均无显著差异（P>0.05）。综上所述,NR5A2基因第6外显子存在突变位点C99T,与松辽黑猪产仔数存在显著关联性,但该突变位点能否作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,需要对更大的群体进行进一步研究。 相似文献
4.
《中国畜牧兽医》2020,(8)
为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性(SNP),分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.01);C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为:GGGAAA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型(P0.05);GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型(P0.05);GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型(P0.05);各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异(P0.05)。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异(P0.05)。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。 相似文献
5.
为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。 相似文献
6.
试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。 相似文献
7.
《中国畜牧杂志》2021,(9)
实验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联性。选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用Sanger直接测序法检测NR5A2基因内含子6的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因内含子6的SNP与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性。结果显示,松辽黑猪群体中NR5A2基因第6内含子存在T/C突变,共检测到3种基因型分别是TT、TC、CC,其中CC为优势基因型、基因型频率最高,等位基因C为优势基因。NR5A2基因突变位点遗传纯合度(He)相对较低,表明其在松辽黑猪群体中的遗传变异偏低。经χ~2适合性检验,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,多态信息含量(PIC)为0.294 7(0.25PIC0.5),表现为中度多态,说明该SNP位点可以提供遗传信息。总产仔数、产活仔数及断奶仔猪数TT基因型均最高,其中总产仔数及产活仔数TT基因型显著高于CC基因型,断奶仔猪数TT基因型均显著高于TC及CC基因型;各基因型仔猪初生重,3周龄重、断奶重无显著差异;初生重,3周龄重及断奶重CC基因型均高于TT基因型及TC基因型,又因CC基因型为优势基因,此基因型对松辽黑猪母猪的选育具有一定的意义。综上所述,NR5A2基因第6内含子存在突变位点T/C,不同基因型之间在松辽黑猪产仔数存在显著差异,但该SNP位点是否可作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记还需要进一步验证。 相似文献
8.
【目的】分析肝素结合型表皮生长因子样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor, HBEGF)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在松辽黑猪中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。【方法】选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用Sanger直接测序法检测HBEGF基因的SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析HBEGF基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数和乳头数)的相关性。【结果】在松辽黑猪HBEGF基因第5外显子及第2、3、4、5内含子上共发现22个SNPs位点,其中有8个SNPs位点与繁殖性状存在显著关联。g.142114384 A>G和g.142104389＿142104388ins A>G位点存在AA、AG和GG 3种基因型;g.142114375 C>A位点存在CC、CA和AA 3种基因型;g.142111433 C>T位点存在CC和CT 2种基因型;g.142106003 G>A和g.1421... 相似文献
9.
【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4，PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象，采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点，分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs；PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C），且引起编码氨基酸的改变，存在GG、GC和CC 3种基因型；PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T），在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型；在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示，中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05），第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；群体遗传参数分析发现，第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25），等位基因数为1.1429，表明其在中国草原红牛中的变异较小；第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5），等位基因数分别为1.6431和1.6447，说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明，PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）；第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）；GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）；GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05），C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关，可作为肉质性状的候选基因。 相似文献
10.
试验旨在探讨PRKAA2基因在摩拉水牛群体中的遗传多态性及其与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为摩拉水牛的分子标记辅助选择提供理论依据。利用DNA测序法等技术进行候选基因PRKAA2外显子4及部分内含子3单核苷酸多态性（SNPs）检测,并采用生物信息学方法结合统计软件分析PRKAA2基因与摩拉水牛生长性状的关联性。结果显示,摩拉水牛PRKAA2基因中共检测到4个SNPs位点：c.462 G>A、IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡。4个SNPs位点在水牛群体中均为中度多态,可以构建3种单倍型,T-C-G-G为优势单倍型,其中IVS3.560 C>T与c.462 G>A位点之间存在完全连锁不平衡,关联分析结果显示,单倍型H2与摩拉水牛体斜长和腰角宽呈显著相关（P<0.05）。c.462 G>A位点与摩拉水牛体高、十字部高、尻长、坐骨端宽和腰角宽呈显著相关,其中GG和AA基因型个体的体高和十字部高均显著高于GA基因型个体,GG基因型个体的尻长显著高于GA和AA基因型个体,AA基因型个体的坐骨端宽和腰角宽显著高于GA基因型个体（P<0.05）;IVS3.557 T>C位点与摩拉水牛的生长性状指标未达到显著相关（P>0.05）;IVS3.560 C>T位点与摩拉水牛体高、十字部高和尻长呈显著相关,其中CC和TT基因型个体的体高和十字部高均显著高于CT基因型个体,CC基因型个体的尻长显著高于CT基因型个体（P<0.05）;IVS3.565 G>A位点与体斜长呈显著相关,其中GG和GA基因型个体的体斜长显著高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,PRKAA2基因的c.462 G>A、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A位点对摩拉水牛部分生长性状均有显著影响,可作为摩拉水牛品种早期选育的候选基因和分子辅助标记。 相似文献
11.
试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。 相似文献
12.
LIANG Jing WANG Hong-wei CHENG Li-an ZHANG Long-chao WANG Li-gang LIU Xin SHI Guo-hua YANG Hong-ping LIU Xian-ce SHI Hui-bi ZHANG Yue-bo ZHANG Tian WANG Li-xian 《中国畜牧兽医》2015,42(7):1793-1799
The objective of this study was to analyze the association of a missense mutation G32E in the first exon of peroxisome proliferator-activated receptor delta (PPARD) gene with fat deposit related traits in Beijing Black pigs.Detected the genotype at G32E site in Beijing Black pig population and several Chinese and foreign pig populations using Sequenom mass spectrometry,and analyzed polymorphism with backfat thickness and IMF in Beijing Black pig population.The results indicated that backfat thickness of individuals with genotype GG was extremely significant higher than those individuals with genotypes GA and AA (P<0.01) in Beijing Black pig population,but no significant different of IMF was found (P>0.05).Allele A was high in Chinese local pigs Meishan and Erhualian.But in Minzhu,Laiwu,Yacha,and foreign commercial pigs Duroc,Landrace,Large White,mainly was allele G.The result suggested that polymorphism of PPARD gene G32E site had significant impact on backfat thickness,and no effect on IMF trait. 相似文献
13.
This study was aimed to find the molecular markers significantly associated with litter size traits and uniformity of the piglet's birth weight,and provided a basis for genetic improvement of reproductive traits in pigs.This study was based on the genome-wide selective sweep analysis of pig conducted by the research group in the previous studies,two SNPs (rs338309012 and rs335824784) on porcine chromosome 3 were selected,and the genotyping-in-thousand by sequencing was used,the relationship between two SNPs and litter size traits (including total number born,total number born alive,number of stillborn pigs and number of mummified pigs,etc.) and the uniformity of the piglet's birth weight was association analyzed in Danish Yorkshire and American Yorkshire pigs.The results showed that rs338309012 were significantly associated with the total number born and the number of mummified pigs (P<0.05),and the total number born and the number of mummified pigs of AC genotype sows was significantly higher than CC genotype (P<0.05).rs335824784 was significantly associated with the effective number of born alive and the number of mummified pigs (P<0.05),and was also extremely significantly associated with the total number born alive and the number of stillborn pigs (P<0.01).The effect of different genotypes on the total number born alive and effective number of born alive were GG > CG > CC.On the contrary,the effect of different genotypes on the coefficient of variation of the birth weight of piglets,the number of dead and mummified fetuses were GG < CG < CC.Thus,the GG genotype sows with rs335824784 not only had more total number born alive,but also had regular piglet's birth weight and lower number of stillborn and mummified pigs,which could be used as a molecular marker to improve the litter size traits and uniformity of the piglet's birth weight. 相似文献
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美丽臀(callipyge,CLPG)及肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)是全世界公认的与肌肉生长发育相关的基因,突变后分别产生“美丽臀”和“双肌”的优良性状。为研究国外进口品种澳洲白绵羊是否携带2种基因的突变位点,本试验以澳洲白绵羊为试验动物,采用PCR-RFLP技术对CLPG、MSTN基因的多态性进行分型。结果发现:CLPG基因上有1个C→T的SNP位点,澳洲白绵羊群体中有CC和CT 2种基因型;MSTN基因在3'-UTR区发现1个G→A的SNP位点,澳洲白绵羊群体中有GG和GA 2种基因型。用R语言程序对所测数据进行性别间不同基因型与生长发育状况的单因素方差分析得知,CLPG和MSTN基因不同基因型对澳洲白公羊体重、体高、体斜长、尻宽、背膘厚和眼肌面积均无显著性影响(P>0.05);CLPG基因CT基因型在母羊体重上显著高于CC基因型(P<0.05),在体斜长上极显著高于CC基因型(P<0.01),MSTN基因GA基因型母羊眼肌面积极显著高于GG基因型(P<0.01)。澳大利亚进口澳洲白绵羊中筛选到含有CLPG和MSTN基因的突变位点,且该突变位点对绵羊体尺性状有显著性作用,因此澳洲白绵羊引进后可以作为改良本地羊品种、基因聚合及三元配套系的终端父本。 相似文献