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试验旨在对羊白介素1受体颉颃因子(interleukin-1receptor antagonist,IL-1Ra)基因进行全长cDNA克隆及生物学分析。根据布鲁氏菌感染羊白细胞层SSH cDNA文库中的IL-1Ra基因序列信息及已知核苷酸序列(GenBank登录号:KC425613.1)设计引物,利用RT-PCR结合RACE方法扩增并克隆IL-1Ra基因,对其进行序列及相关分子特性分析。结果表明,羊IL-1Ra基因全长为1 228bp,可编码174个氨基酸,含有1个完整的IL-1保守结构域和1个IL-1Ra结构域(PHA02651结构域)。IL-1Ra分子质量为19 765.8u,等电点(pI)为5.72,其分子式为C_(88)5H_(1385)N_(235)O_(256)S_(11),且含有信号肽。二级结构分析显示,IL-1Ra分子存在较多的β折叠及受体结合位点,与三级结构预测结果一致,且与人/鼠IL-1Ra分子的空间结构相似度极高,达到90%以上。羊IL-1Ra有IL-1特有的三叶草结构,其酶结合结构域位于TYR~(47)至GLU~(66)之间。将羊IL-1Ra与牛、虎鲸、宽吻海豚、猪、家犬、人、鼠等14个物种进行蛋白质同源性比对,发现在各物种间存在5个高度同源的半胱氨酸位点。系统进化树分析发现,羊IL-1Ra基因全长cDNA所编码的氨基酸序列同山羊、牛单独形成一个分支。本研究结果为今后深入研究IL-1Ra基因的生物学功能奠定了基础。 相似文献
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本研究旨在克隆小尾寒羊钙粘和蛋白1(Calcium and integrin binding protein 1,CIB1)基因cDNA全长,并在原核载体中表达.参照已发表的CIB1基因的核苷酸序列,设计了1对特异性引物,采用RT-PCR法,从小尾寒羊睾丸组织中扩增获得CIB1基因全长cDNA.将其克隆到pMD19-T载体,并进行测序分析.将该基因编码区重组于融合表达质粒pET32a中,构建了重组原核表达载体(pET32a-CIB1).将其转化到BL21(DE3)pLysS宿主菌中,用IPTG进行诱导表达.结果表明,克隆的CIB1基因cDNA与GenBank上登录的牛、猪、猕猴、人、小鼠、大鼠、黑猩猩等动物该基因序列的同源性达90%以上,编码氨基酸的同源性在93%以上,并且该序列包含有完整的开放阅读框,大小为576 bp.实现了高效特异性融合表达,表达产物的分子质量约为38 ku.本研究结果为进一步研究CIB1蛋白功能打下良好的基础. 相似文献
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《动物营养学报》2015,(9)
本试验采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆花鲈(Lateolabrax japonicus)调控摄食因子雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、核糖体蛋白S6激酶beta-1(S6K1)、神经肽Y前体(NPY precursor)和脑肠肽前体(preproghrelin)cDNA全长序列。结果显示:花鲈mTOR(GenBank登录号KJ746670)cDNA全长8 296bp,开放阅读框7 551bp,编码2 516个氨基酸,预测其分子质量为286.14ku,与其他物种的相似性为62.0%~98.0%;S6 K1(GenBank登录号KJ746671)cDNA全长2 232bp,开放阅读框1 539bp,编码512个氨基酸,预测其分子质量为56.87ku,与其他物种的相似性为80.4%~84.9%;NPY precursor(GenBank登录号KJ850326)cDNA全长676bp,开放阅读框300bp,编码99个氨基酸,预测其分子质量为11.26ku,与其他物种的相似性为53.6%~99.0%;preproghrelin(GenBank登录号KJ850327)cDNA全长1 201bp,开放阅读框324bp,编码107个氨基酸,预测其分子质量为12.03ku,与其他物种的相似性为19.6%~85.0%。花鲈摄食调控因子cDNA全长序列地获得将为进一步研究其摄食调控机理奠定基础。 相似文献
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本试验采用简并引物反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆西伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏糖异生途径关键酶———C型和M型磷酸烯醇式丙酮酸羧基酶(PEPCK-C和PEPCK-M)、果糖-1,6-二磷酸酶(FBPase)和葡萄糖-6-磷酸酶(G6Pase)基因cDNA全长序列。结果显示:西伯利亚鲟PEPCK-C基因(GenBank登录号JQ995143)cDNA全长2 598 bp,开放阅读框1 869 bp,编码622个氨基酸,预测其分子质量为69.62 ku,与其他物种的相似性为77.3%～80.5%;PEPCK-M基因(GenBank登录号JQ995142)cDNA全长3 277 bp,开放阅读框1 935 bp,编码644个氨基酸,预测其分子质量为71.11 ku,与其他物种的相似性为64.6%～78.3%;FBPase基因(GenBank登录号JF834908)cDNA全长1 372 bp,开放阅读框1 017 bp,编码338个氨基酸,预测其分子质量为36.60 ku,与其他物种的相似性为73.4%～88.7%;G6Pase基因(GenBank登录号JF834907)cDNA全长2 625 bp,开放阅读框1 080 bp,编码359个氨基酸,预测其分子质量为40.62 ku,与其他物种的相似性为67.2%～72.7%。西伯利亚鲟糖异生途径关键酶基因全长cDNA序列的获得将为进一步研究其糖异生调控机理,比较其与典型肉食性鱼类和哺乳动物的异同奠定基础。 相似文献
6.
金荞麦查尔酮合成酶基因CHS的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用同源克隆的方法获得金荞麦查尔酮合成酶基因(CHS)的保守片段554 bp,进一步采用染色体步移法(genome-walking)和RT-PCR技术克隆到CHS基因的全长DNA序列和cDNA开放阅读框(ORF)序列.序列分析结果表明,金荞麦CHS基因DNA全长1 650 bp,含一个462 bp的内含子;其cDNA编码区全长1 188 bp,编码395个氨基酸,命名为FdCHS,NCBI登录号为GU169470.该氨基酸序列与同为蓼科的掌叶大黄、虎杖CHS的氨基酸序列同源率分别达到94%和93%,且含有CHS活性位点和底物结合口袋位点等保守位点. 相似文献
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本试验通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆西伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏中过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、脂蛋白脂酶(LPL)、肝脂酶(HL)基因全长cDNA序列。结果显示:西伯利亚鲟肝脏中PPARα基因(GenBank登录号KJ534588)cDNA全长1 736 bp,包括158 bp的5’非翻译区、1 401 bp的开放阅读框及177 bp的3’非翻译区;开放阅读框编码1个由466个氨基酸组成的蛋白质,预测其分子质量为52.3 ku,与其他物种的相似性为75.5%~82.4%。LPL基因(GenBank登录号KJ720972)cDNA全长1 760 bp,包括163 bp的5’非翻译区、1 506 bp的开放阅读框及91 bp的3’非翻译区;开放阅读框编码1个由501个氨基酸组成的蛋白质,预测分子质量为57.1 ku,与其他物种的相似性为48.7%~67.0%。HL基因(GenBank登录号KJ720973)cDNA全长1 740 bp,包括124 bp的5’非翻译区、1 500 bp的开放阅读框及116 bp的3’非翻译区;开放阅读框编码1个由499个氨基酸组成的蛋白质,预测分子质量为56.4 ku,与其他物种的相似性为55.4%~67.1%。通过构建系统发育进化树发现,西伯利亚鲟PPARα与高等脊椎动物的亲缘关系较近,LPL、HL与鱼类亲缘关系较近。本试验通过对西伯利亚鲟PPARα、HL、LPL基因同源性、系统进化地位的分析,为进一步研究西伯利亚鲟脂肪代谢调控机制奠定了分子生物学基础。 相似文献
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通过对鸽脑垂体cDNA文库进行筛选,获得过氧化物还原酶(Peroxiredoxins,Prx)基因的全长cDNA序列,Prx 基因编码区781 bp编码254个aa,该序列的GenBank登录号为JQ364950.聚类结果表明:鸽子、鸡、斑胸草雀首先聚在一起,与啮齿类动物、草食动物、灵长类动物的遗传距离逐渐增大.本研究对鸽Prx基因的全长cDNA序列克隆和分析,为深入探讨Prx对蛋白酶体诱导细胞分化凋亡的作用机制提供理论和试验参考. 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2010,(21)
为了对长白猪白细胞介素-2(IL-2)基因的生物学作用进行研究,试验将长白猪外周血淋巴细胞在刀豆素A(ConA)的刺激下培养24 h后,提取总RNA,应用RT-PCR技术扩增IL-2 cD-NA,克隆到pMD19-T载体并测序。对构建好的T载体双酶切并回收目的片段,将回收片段与pcD-NA3.1(+)载体连接并转化到Top 10中构建真核表达载体。结果表明:克隆的IL-2 cDNA全长为526 bp,ORF全长为465 bp,编码154个氨基酸,与GenBank公布的猪IL-2比对同源性为100%,进而证明成功地克隆了长白猪IL-2 cDNA;并且真核表达载体双酶切及测序表明成功构建了长白猪IL-2真核表达载体。 相似文献
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为了加快我国内羊产业发展,提高肉用绵羊的繁殖力,试验以蒙古羊为研究对象,以FSHβ基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,采用RT-PCR技术对蒙古羊FSHβ基因的部分序列进行了克隆与序列分析.结果表明:克隆得到的蒙古羊FSHβ基因全长870 bp,其编码区为250 bp,共编码83个氨基酸,3'非编码区620 bp;采用DNASTAR软件分析得到FSHβ基因序列中的A、T、G、C比例分别为27.36%、21.61%、24.94%、26.09%,G+C含量(51.03%)高于A+T的含量(48.97%);通过与GenBank中其他物种的FSHβ基因cDNA序列进行同源性比较发现,蒙古羊FSHβ基因cDNA序列与牛、山羊、猪和人的同源性分别为95%、98%、92%和75%;由进化树可以看出蒙古羊与牛的亲缘关系最近,与鸡最远. 相似文献
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为研究小尾寒羊绵羊白细胞抗原Ⅰ（Ovis aries leukocyte antigen classⅠ,OLAⅠ）轻链四聚体前体链β2微球蛋白（β2-microglobulin,β2m）的结构和功能,根据GenBank中公布的绵羊β2m基因设计特异性引物,提取小尾寒羊全血中的RNA并运用RT-PCR方法扩增绵羊β2m基因,将扩增的绵羊β2m基因克隆到pMD18-T载体,筛选出阳性克隆菌pMD18T-OLAⅠ-β2m,经双酶切后与表达载体pET-28a（+）连接,再转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞中构建pET-28a（+）-OLAⅠ-β2m重组表达菌,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE检测目的蛋白大小及表达情况;运用SOMPA在线软件预测OLAⅠ-β2m蛋白的二级结构。PCR扩增结果显示,目的基因大小为357 bp,与理论值相符,扩增片段成功克隆到pMD18-T载体,经EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ双酶切筛选及测序,成功获得阳性克隆菌株pMD18-T-OLAⅠ-β2m,插入的目的片段大小为357 bp。阳性克隆菌株与表达载体pET-28a（+）经EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ双酶切后连接,转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞后获得pET-28a（+）-OLAⅠ-β2m重组表达菌,经IPTG诱导表达,Western blotting检测目的蛋白大小为17.3 ku,目的蛋白在大肠杆菌中主要以包涵体的形式表达,经洗涤、变性、纯化、初步获得SDS-PAGE纯化的OLAⅠ-β2m蛋白;PORTER在线软件预测OLAⅠ-β2m蛋白的二级结构元件α-螺旋（Hh）、β-折叠（Ee）和无规则卷曲（Cc）分别占22.03%、22.03%和55.93%。本研究成功构建了小尾寒羊β2m基因的pET-28a（+）重组表达体系,运用SOMPA在线软件预测OLAⅠ-β2m的二级结构,为下一步绵羊OLAⅠ类分子四聚体的构建奠定基础。 相似文献
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【目的】 分析肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因内含子Ⅱ的多态性及其对绵羊生长性状的影响,筛选对绵羊生长发育有显著影响的分子标记,以期为绵羊的分子育种提供参考。【方法】 选取大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊5种绵羊为研究对象,采用PCR-RFLP技术对MyoG基因内含子Ⅱ(Eco72 Ⅰ)进行基因分型,利用PopGene32软件计算绵羊MyoG基因内含子Ⅱ的群体遗传多样性,利用SPSS 17.0软件对不同基因型与绵羊生长性状进行关联分析。【结果】 小尾寒羊、杜泊羊、湖羊群体中MyoG基因内含子Ⅱ均存在3种基因型:AA(368/540 bp)、AB(908/368/540 bp)和BB(908 bp);大尾寒羊和豫西脂尾羊群体中仅检测到2种基因型:AB(908/368/540 bp)和BB(908 bp)。大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊的AB基因型频率分别为0.845、0.633、0.917、0.706和0.811,BB基因型频率分别为0.155、0.033、0.083、0.176和0.054,AA基因型频率分别为0、0.333、0、0.118和0.135。小尾寒羊的杂合度最低(0.455),杜泊羊的杂合度最高(0.497),表明杜泊羊的遗传多样性要高于其他群体;5个群体多态信息含量(PIC)均为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联分析发现,小尾寒羊MyoG基因内含子Ⅱ BB基因型个体胸围、胸宽、头长、颈长均显著低于AA、AB基因型(P<0.05)。【结论】 MyoG基因内含子Ⅱ Eco72 Ⅰ位点可作为影响绵羊生长性状的分子标记,结果可为今后绵羊生长性状的分子标记辅助选择提供参考。 相似文献
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试验旨在对小尾寒羊特异性蛋白1（specificity protein 1,SP1）基因进行克隆和序列分析,并研究SP1基因对前体脂肪细胞分化的影响。选取1月龄小尾寒羊尾部脂肪组织进行前体脂肪细胞的分离、培养和诱导分化;用重叠PCR法克隆SP1基因编码区（coding DNA sequence,CDS）;用生物信息学软件分析SP1基因CDS,并对其编码蛋白的结构、功能结构域、亚细胞定位、翻译后修饰进行预测;用慢病毒包装SP1基因过表达、干扰及对照质粒转染293T细胞后,收取病毒液感染小尾寒羊前体脂肪细胞;用油红O染色检测脂滴沉积能力;用实时荧光定量PCR检测SP1基因和成脂标志基因的mRNA表达量。结果表明,小尾寒羊SP1基因CDS全长2 340 bp,编码779个氨基酸;序列相似性分析显示,小尾寒羊SP1基因CDS及其编码序列与绵羊、山羊的相似性最高,其次是牛、马、猪、人、小鼠、大鼠,与鸡的相似性最低,系统进化分析结果与之相符;SP1蛋白定位于细胞核,有109个磷酸化位点,其二级结构由α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链4种结构组成,所占比例分别为16.94%、8.60%、54.17%和20.28%,二级结构和三级结构均存在3个锌指结构域;过表达、干扰及对照质粒转染293T细胞,每组细胞皆出现较强绿色荧光,载体成功转染至293T细胞;病毒液感染小尾寒羊前体脂肪细胞并分化12 d后,过表达组SP1基因表达量极显著高于对照组（P<0.01）,干扰组SP1基因表达量极显著低于对照组（P<0.01）;过表达SP1基因极显著上调成脂标志基因mRNA的表达量（P<0.01）,产生更多脂滴;干扰SP1基因则结果相反。因此,SP1基因对小尾寒羊尾部前体脂肪细胞分化具有正向调控的作用。 相似文献
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Lixia Gao Hongbin Li Lixin Du Xuemei Song Zhenzu Li Shangang Li and Caihong Wei 《中国畜牧杂志》2010,1(2):70-74
A single nucleotide polymorphism (SNP) of 805 bp region in the intron 6 of transforming growth factor β1 (TGF-β1) gene was identified by polymerase chain reaction-single-strand composition polymorphism (PCR-SSCP) in 196 sheep among Small-tailed Han sheep, Tong sheep, Tan sheep and Oula sheep. Comparative sequence analysis of cloned products revealed an AGAC deletion at 294 bases upstream of exon 7 of the TGF-β1 gene (site 14201 in gi76871756). Statistical results of the genotype and allele frequencies in different breeds showed that genotype AB was dominant in the Small-tailed Han sheep. Genotype BB, however, was in majority in low-fecundity sheep. The results of a Chi-square test indicated that all the populations were in Hardy-Weinberg equilibrium. 相似文献
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本研究以卷曲相关同源蛋白（FRZB）基因作为候选基因,以同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊4个品种共计582只绵羊个体为试验材料,利用琼脂糖凝胶电泳结合DNA测序技术对FRZB基因的InDel进行筛查,旨在寻找与4个品种绵羊生长性状相关的InDel位点。结果表明,绵羊FRZB基因第1内含子上检测到一段14 bp的InDel突变;FRZB基因内含子区InDel突变位点在同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊群体中均存在II、ID、DD 3种基因型;关联分析表明,FRZB基因中检测到的InDel突变对同羊生长性状有显著影响（P<0.05）,其中II基因型的体长、背高、荐高、距骨宽度、尾长和尾宽在同羊群体中显著优于DD基因型,可以作为候选分子标记用于同羊分子标记辅助选择。这些结果提示,绵羊FRZB基因第1内含子上一个14 bp的插入突变可显著影响同羊生长性状,可以作为绵羊育种中生长性状的潜在分子标记。 相似文献
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Lixia Gao Hongbin Li Lixin Du Xuemei Song Zhenzu Li Shangang Li Caihong Wei 《畜牧与生物技术杂志(英文版)》2010,1(2):70-74
A single nucleotide polymorphism(SNP)of 805 bp region in the intron 6 of transforming growth factor β1(TGF-β1)gene was identified by polymerase chain reaction-single-strand composition polymorphism(PCR-SSCP)in 196 sheep among Small-tailed Han sheep,Tong sheep,Tan sheep and Oula sheep.Comparative sequence analysis of cloned products revealed an AGAC deletion at 294 bases upstream of exon 7 of the TGF-β1 gene(site 14201 in gi76871756).Statistical results of the genotype and allele frequencies in different breeds showed that genotype AB was dominant in the Small-tailed Han sheep.Genotype BB,however,was in majority in low-fecundity sheep.The results of a Chi-square test indicated that all the populations were in Hardy-Weinberg equilibrium. 相似文献
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本研究旨在克隆新吉细毛羊和小尾寒羊的角蛋白关联蛋白2（keratin-associated protein 2,KAP2）基因并对其进行生物信息学分析,并初步探讨KAP2基因与羊毛毛用性状分子的关系。分别提取新吉细毛羊和小尾寒羊皮肤组织中总RNA,用RT-PCR方法扩增KAP2基因,将PCR产物克隆于pMD19-T载体,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆。提取扩增后的重组质粒pMD19-T-KAP2并进行PCR扩增、双酶切鉴定、序列测定及蛋白质结构预测。结果表明,试验成功克隆了大小为463 bp的KAP2基因,开放阅读框架（ORF）长414 bp,编码137个氨基酸。测序结果比对发现,与小尾寒羊KAP2基因相比,新吉细毛羊的KAP2基因中存在1个由G→A的碱基突变,编码氨基酸由精氨酸（Arg）变为谷氨酰胺（Gln）,属于错义突变。新吉细毛羊和小尾寒羊的KAP2蛋白的分子质量分别为14.81和14.84 ku,等电点分别是9.67与9.82,两种绵羊KAP蛋白的基本理化性质无明显差异,同属于碱性疏水性、跨膜蛋白;预测到蛋白二级结构均由α螺旋、延伸链、无规则卷曲等构成,新吉细毛羊和小尾寒羊KAP2蛋白三级结构中存在一个由α螺旋引起的空间结构的差异位点。综合以上结果推测KAP2基因可能是影响羊毛性状的差异基因,本试验结果可为探讨两种绵羊毛用性状表型差异的分子遗传奠定理论基础。 相似文献
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文章旨在探究绵羊FSTL3基因g.40674542C>T位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)FSTL3基因g.40674542C>T位点多态性进行了检测,并与小尾寒羊产羔数进行了关联分析。结果表明:FSTL3基因g.40674542C>T位点存在CC、TC和TT三种基因型,基因型频率和等位基因频率在两种发情模式绵羊品种间差异均不显著(P>0.05);g.40674542C>T位点在6个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25),经卡方适合性检验,该位点在小尾寒羊、湖羊和草原型藏羊中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05),在其余3个绵羊品种中处于哈代温伯格不平衡状态;g.40674542C>T位点不同基因型与小尾寒羊第一、第二以及第三胎产羔数均无显著关联(P>0.05)。说明FSTL3基因g.40674542C>T位点不适合用于小尾寒羊产羔数选育。 相似文献
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Yu Y Zhong Q Li C Jiang L Sun Y Wang X Wang Z Zhang Q 《Veterinary immunology and immunopathology》2012,146(3-4):270-276
As a member of the interleukin (IL)-1 family, IL-1β is a prototypical proinflammatory cytokine, which plays a crucial role in immune responses. Herein, we reported the full length cDNA of IL-1β in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). The csIL-1β cDNA contained a 130 bp 5' UTR, a 417 bp 3' UTR and a 741 bp coding sequence (CDS) that translated into a polypeptide of 246 amino acids. The protein sequence included a typical IL-1 family signature and lacked an interleukin-converting enzyme (ICE) cut site. RT-PCR analysis indicated a broad expression of csIL-1β, especially in immune-related organs. After injection with inactive Vibrio anguillarum, the expression of csIL-1β was induced in the head kidney and spleen and reached the highest level at 8 h post injection. Higher expression of csIL-1β was observed at gastrula stage, eye-bud stage and hatching stage and lower level of csIL-1β mRNA was detected at metamorphic stage. The expression of csIL-1β during development suggested IL-1β might be involved not only in immunity but also development. Taken together, the present study indicated that csIL-1β played an important role in immune responses and development like its mammalian counterparts, although species-specific features were present. 相似文献
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小尾寒羊微卫星DNA多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究利用5个微卫星标记BL1038、BM757、BM4621、OarFCB304、OarFCB48对小尾寒羊的遗传多样性进行了分析。结果表明,小尾寒羊群体在5个微卫星标记中共发现有57个等位基因,小尾寒羊群体的有效等位基因数(Ne)在5.7315~12.3025之间,5个微卫星标记的有效等位基因数平均达到7.4888个,其中OarFCB48的有效等位基因数最高为12.3025个。5个微卫星标记中平均杂合度为0.8559 ,其中OarFCB48的杂合度最高为0.9187。微卫星标记OarFCB48的多态信息含量(PIC)最高为0.9130,BM757的PIC最低为0.8091,平均PIC为0.8439。说明小尾寒羊群体属于多态信息含量较高的遗传群体。 相似文献