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1.
槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长性状的相关性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]揭示α-肌动蛋白1（actin alpha 1,ACTA1）基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA1基因存在2个SNP位点,分别位于第5内含子与第6外显子,水牛ACTA1基因变异与体重、管围等性状存在显著相关.[结论]本研究首次检测了槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长发育性状的关联关系,为槟榔江水牛遗传资源保护利用及标记辅助选择提供了理论依据. 相似文献
2.
为研究牛CSN1S2、CSN3基因启动子多态性.选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计特异性引物分别扩增2个牛种CSN1S2、CSN3基因5’调控区及第1外显子部分序列.结果表明:CSN1S2基因5’调控区存在3个SNPs位点:A-253T、A-317G、A-407G,CSN3基因5,调控区发现4个SNPs:T-79G、G-415G、T-421C、T-658G,2个牛品种在不同位点的多态性有显著差异.生物信息学软件预测CSN1S2、CSN3基因核心启动子区及转录因子结合位点,CSN1S2基因A-253T、A-317G位于预测核心启动子区.SNP位点造成CSN3基因7个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点.对于CSN1S2、CSN3基因,突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列均未发现CpG岛.研究结果为进一步确定其启动子功能奠定试验基础. 相似文献
3.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(21)
为了分析ASB12基因在牛生长发育中的作用,试验以延边黄牛为研究对象,采用RT-PCR技术克隆ASB12基因的编码区序列及部分基因组序列,利用生物信息学方法对ASB12基因进行分析,同时采用半定量方法检测ASB12基因在不同组织的表达情况。结果表明:所克隆的牛ASB12基因编码区序列长度为1 055 bp,部分基因组序列长度为1 598 bp(Gen Bank登录号为HQ608159),包含1个内含子。生物信息学分析显示,该蛋白可能存在3个N-糖基化位点,3个豆蔻酰化位点,2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,1个蛋白激酶C磷酸化位点;存在1个保守的结构域,与蛋白ANK具有较高的同源性。组织表达谱分析显示,牛ASB12基因在肌肉等多种组织中均有表达。 相似文献
4.
编码乳蛋白的基因位于常染色体上,呈共显性遗传.牛酪蛋白基因位于基因组第6号染色体上,编码4种酪蛋白的基因在染色体上的位置依次是αS1-酪蛋白、β-酪蛋白、αS2-酪蛋白和γ-酪蛋白,表明这4种酪蛋白基因的表达受到共同的启动元件和调控元件的调控[1].研究通过数字化差异显示技术分析发现,牛αS1-酪蛋白基因在牛泌乳前后的乳腺组织中的表达量发生着显著的变化,表明αS1-酪蛋白可能与牛的泌乳调控有关.因此,试验克隆了牛αS1-酪蛋白基因5′调控区域,并进行了多种生物信息学分析,现报道如下. 相似文献
5.
为了研究L型钙离子通道α1亚单位(CACNA1S)编码基因与动物肌肉收缩和发育的关系,试验采用PCR-SSCP技术,首次对萧山鸡、仙居鸡、灵昆鸡、萧山鸡×仙居鸡杂交F1代、爱拔益加鸡(AA鸡)CACNA1S基因5’-调控区(5’-UTR)和外显子1进行多态性检测,同时结合屠体性状进行关联分析。结果表明:试验群体CACNA1S基因5’-UTR和外显子1存在2个单核苷酸多态性(SNPs)位点与屠体性状关联;SNPs716位点JJ基因型的胸肌率极显著大于KK基因型(P<0.01),SNPs1711位点YY基因型的胸肌率极显著大于XY和XX基因型(P<0.01),YY基因型的半净膛率极显著大于XX基因型(P<0.01)。初步推断CACNA1S基因可能是影响鸡部分屠体性状(全净膛率、半净膛率、胸肌率、腿肌率)的主效基因或与主效基因连锁,并且这些突变位点可能作为分子遗传标记用来选择鸡的屠体性状。 相似文献
6.
11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究 总被引：1，自引：3，他引：1
利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。 相似文献
7.
水牛α-乳清蛋白基因部分序列的测定与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据奶牛α-乳清蛋白基因序列设计引物,用PCR方法扩增并克隆了包含水牛(Bubalusbubalis)α-乳清蛋白基因的5′侧翼序列(709bp)和第1外显子(160)、第1内含子(337bp)和部分第2外显子(73bp)的序列。将该序列与牛的相应序列进行比较表明,尽管具有非常高的同源性(97.6%),但仍然存在一些碱基差异,这些碱基差异导致了一些转录调控因子识别序列的产生或消失以及转录调控因子识别位点之间的距离的变化,这可能是导致这两个物种中该基因表达存在明显表达差异的原因之一。 相似文献
8.
肝脏X受体α(LXRα)基因是核受体超家族的成员之一,可由巨噬细胞、脂肪细胞、骨骼肌细胞、肠细胞等脂类代谢旺盛的细胞产生.LXR是调控胆固醇降解、吸收、从外围细胞中逆向转运、脂肪酸代谢及脂肪生成的关键酶.研究基于牛的LXRα基因序列,应用RT-PCR技术从西农萨能奶山羊乳腺组织中克隆LXRα基因编码区序列(CDs),并对测序结果进行生物信息学分析.LXRα基因完整编码区全长1 344 bp,编码447个氨基酸,西农萨能奶山羊LXRα基因CDs区核苷酸序列与牛、猪、小鼠、大鼠、人LXRα转录本1、2、3的LXRα基因CDs区核苷酸序列的分别为98%、93%、87%、87%、90%、79%、90%,山羊LXRα基因与牛LXRα基因存在23个核苷酸位点差异和6个氨基酸差异. 相似文献
9.
为了探究梅花鹿1-磷酸鞘氨醇受体1(S1PR1)基因的结构与功能,并为研究S1PR1在鹿茸快速生长机制中发挥的作用提供数据支持,试验利用PCR法对梅花鹿鹿茸的S1PR1基因进行克隆,使用ORF Finder工具查找其ORF,对S1PR1基因进行序列分析并构建系统进化树,利用生物信息学工具对S1PR1编码蛋白的基本理化性质和结构进行初步分析。结果表明：从鹿茸中成功克隆了梅花鹿S1PR1基因,编码序列长度为1 149 bp,编码382个氨基酸;梅花鹿S1PR1基因与加拿大马鹿相似性最高。S1PR1蛋白为疏水性不稳定碱性蛋白;无信号肽,不属于分泌蛋白,存在于内质网的概率最大;S1PR1蛋白具有1个7TM结构域、7个跨膜螺旋区;S1PR1蛋白二级结构中无规则卷曲和α-螺旋占比较高,分别为43.72%、40.84%;S1PR1蛋白序列与模板蛋白(7evz.1D)的相似度为93.77%,并且其三级结构模型与加拿大马鹿间的原子位置均方根偏差为0.01;S1PR1蛋白存在39个磷酸化位点、4个N-糖基化位点和1个乙酰化位点;S1PR1基因与细胞迁移的正调控、跨膜信号受体活性等多个生物过程和功能相关并且... 相似文献
10.
《中国草食动物科学》2016,(6)
胰岛素样生长因子1(IGF1)是动物生长发育等生命过程中的重要调节因子,目前关于家兔IGF1基因序列扩增和多态性的研究还很少。该研究以安徽皖南黄兔为试验动物,通过PCR方法扩增其IGF1基因编码区全序列,利用混合DNA池测序和生物信息学方法分析了IGF1基因扩增区域的遗传变异特性。结果获得皖南黄兔IGF1基因包含第1~5外显子的基因组序列5条,长度分别为316、657、691、757和403 bp,与种子序列一致性分别为100%、99.5%、99.9%、99.7%和99.8%;5个外显子组成432 bp的CDS序列,编码143个氨基酸残基组成的蛋白质。测序和生物信息学分析结果则表明,在皖南黄兔IGF1基因内含子1中存在3个多态位点(3056GA、3107TC和3164 GA),3个位点并不位于剪接位点,但分别位于MZF1、ATF4、CEBPA、HLF和NKX2-8顺式作用元件位置,因而可能影响基因表达。该研究成功扩增获得皖南黄兔IGF1基因全部5个外显子序列,拼接获得基因编码区全序列,并利用混合DNA池测序法发现了内含子3个新的SNP位点,研究结果为揭示肉兔IGF1基因功能奠定了基础。 相似文献
11.
采用PCR-RFLP技术,检测了大通牦牛α_(S1)-酪蛋白(α_(S1)-casein,α_(S1)-CN)基因、κ酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因和生长激素(growth hormone,GH)基因部分序列的遗传多态性。结果表明大通牦牛群体中α_(S1)-CN基因PCR-RFLP位点呈单态;κ-CN基因和GH基因2个PCR-RFLP位点均呈多态性。κ-CN基因PCR-RFLP位点等位基因A和B的基因频率分别为0.1117和0.8883;GH基因PCR-RFLP位点等位基因A和B的基因频率分别为0.1755和0.8255。适合性卡方检验结果表明,大通牦牛GH基因和κ-CN基因PCR-RFLP位点的基因型分布均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡定理(P<0.01);该3个位点平均基因一致度和基因多样度分别为0.8374和0.1626。 相似文献
12.
牛TRAF6基因位于15号染色体上,含有七个外显子,共编码902个氨基酸,是生长发育相关的候选基因。本研究旨在分析陕西地区秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状之间的关系。本研究针对秦川牛TRAF6基因外显子及部分非编码序列设计引物,利用DNA池做为模板扩增测序,在第六内含子17 628bp处发现1个SNP。通过运用PCRRELP方法对该位点多态进行分析,结果发现存在2种基因型,分为TT和TC。TT的基因型频率为0.9574,TC的基因型频率0.0426;等位基因T的频率为0.9787,等位基因C的频率为0.0213,TT的基因型频率显著高于基因型TC,为优势基因型,TT基因型个体各体尺性状数据普遍高于TC基因型个体。本研究首次对陕西地区秦川牛的TRAF6基因进行了多态性分析,在第六内含子处发现了基因突变位点,且该突变位点与秦川牛体尺和体重等重要生长性状有关,可以作为分子标记辅助选择的参考。 相似文献
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利用家鹅Myostatin基因第1外显子设计上游引物,第2外显子设计下游引物,两两配对形成4对引物,PCR法首次获得家鹅该基因内含子1全长2106bpDNA序列。该序列碱基组成中,A+T含量为61.21%,G+C为38.60%,另有4个碱基的序列未检出;比对发现其与家鸡的同源性高达82.7%。利用10个物种Myostatin内含子1构建的基因进化树表明,功能基因的非编码区能够为物种进化提供一定信息。 相似文献
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本研究根据普通牛的κ-酪蛋白基因设计一对引物,首次成功扩增出了水牛的κ-酪蛋白外显子4基因,并经序列分析,结果表明κ-酪蛋白外显子4基因片段长780 bp。利用GenBank上的Blast进行比较,中国水牛κ-酪蛋白外显子4序列与地中海水牛、牛、牦牛的κ-酪蛋白外显子4序列同源性分别为99.5%、96.4%、95.9%;氨基酸同源性比较,中国水牛、地中海水牛、牛、牦牛均编码260个氨基酸,中国水牛与地中海水牛、牛、牦牛同源性分别为98.9%、92.0%和91.2%。核苷酸和氨基酸序列同源性结果显示,中国水牛和地中海水牛κ-酪蛋白基因变异不大。但由于在碱基230 bp处发生了一个碱基(A→C)的变化,从而导致其氨基酸也发生了变化,即K(Lys赖氨酸)→R(Arg精氨酸)。本研究为进一步对该基因的功能奠定基础。 相似文献
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《中国牛业科学》2017,(6)
探索MT1及MT2基因对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响,为中国荷斯坦牛泌乳性状的提升提供理论基础。本试验采用直接测序法,将测序结果运用生物信息分析软件进行对比分析,寻找突变位点;将检测到的SNP位点与中国荷斯坦牛泌乳性状进行关联性分析。通过扩增MT1的第2外显子区域,检测到1个SNP位点;扩增MT2基因内含子区域,检测到2个SNP位点。将其与中国荷斯坦牛泌乳性状关联分析,结果显示:MT1基因g.22354GA位点,GG基因型乳脂率、乳蛋白率、总蛋白、总乳脂均值均显著高于AA基因型均值(P0.05);MT2基因的g.13647TA与g.13810TA位点,各基因型的泌乳性状之间差异均不显著(P0.05)。MT1基因可以作为影响泌乳性状的候选基因,为中国荷斯坦牛辅助标记育种提供理论依据。 相似文献
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含第1内含子的猪生长激素cDNA基因的构建 总被引：3，自引：0，他引：3
以 PCR方法扩增了猪生长激素 ( p GH)基因的第 1内含子 ,经测序表明 ,扩增的 p GH基因第 1内含子的序列与 Vize发表的序列存在 6个碱基的差异 ,同源性达 97.5%,说明 p GH基因第 1内含子具有多态性。此外 ,还发现此内含子存在有转录因子 ATF的结合位点。利用第 2外显子的 Hinf 位点 ,采用将 3个 DNA片段一步连接的方法 ,将扩增的第 1内含子插入到 p GHc DNA的正确位置上 ,从而构建出含第 1内含子的p GHc DNA。 相似文献
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以LYST基因作为候选基因,基于GeneBank提供的序列,以鲁西牛、南阳牛、秦川牛、郏县红牛4个品种共计602个个体为试验材料,利用DNA池测序结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对LYST基因的插入缺失(InDel)进行探索验证,并对不同个体进行基因分型,再结合体尺数据分析不同基因型与生长性状的关系。结果表明:(1)黄牛LYST基因的第44内含子上检测到一段InDel,片段长度为22bp;(2)LYST基因内含子区P2InDel突变位点在郏县红牛、秦川牛、鲁西牛群体中均存在II、ID、DD共3种基因型,而在南阳牛群体中仅存在野生纯合基因型DD和杂合子ID两种基因型,无II基因型存在;(3)LYST基因第28号内含子区InDel位点多态性与郏县红牛的体高、胸围、体重、重高比及体躯指数之间存在显著相关性,可以作为候选分子标记用于郏县红牛分子标记辅助选择。结论:本研究在LYST基因第28内含子发现一个能显著影响郏县红牛生长性状的22bp插入突变,该突变可作为郏县红牛生长性状的潜在分子标记。 相似文献
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为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。 相似文献
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探讨德宏奶水牛（摩拉水牛×德宏水牛）DGAT1基因多态性与产奶性状的关系,以期为德宏奶水牛产奶性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。以81头泌乳的德宏奶水牛为研究对象,利用PCR—SSCP方法结合候选基因直接测序法检测DGAT1基因第8外显子及第8内含子区的多态性,并采用最小二乘法分析DGAT1基因多态位点对产奶量、乳脂率及乳蛋白率的影响。结果在德宏奶水牛群体中共检测到CTGG,CCGG和CCGT三种基因型,测序结果显示,在检测的群体中未发现K232A位点的突变,而在DGAT1基因第8内含子的第14位检测到C→T突变,第35位检测到G→T突变。多重比较表明,CCGT基因型对德宏奶水牛的乳脂率有显著影响（P〈0．05）。 相似文献