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1.
《西南农业学报》2020,(1)
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。 相似文献
2.
利用线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,对东方白鹳的遗传多样性进行了研究。35条长为335bp的mtDNA控制区序列存在11个核苷酸变异位点,定义10种单倍型,序列差异3.28%,核苷酸多态性(Pi)为0.00760,单倍型多态性(Hd)为0.859,核苷酸差异均数(К)为2.545。通过与鹤形目和鹳形目的某些濒危物种线粒体DNA控制区核苷酸多样性进行比较发现,东方白鹳遗传多样性相对较高。 相似文献
3.
采用线粒体Cyt b和D-loop 2种分子序列标记,比较分析了鲫(Carassiu auratus)4个群体(野生鲫,养殖群体彭泽鲫、方正鲫、异育银鲫)的碱基组成、遗传多样性和群体遗传结构等。通过PCR扩增与测序技术,分别获得了长度为1 120 bp的Cyt b部分序列和长度范围为907~925 bp的D-loop全序列。较之Cyt b,各群体D-loop区具有更高的A+T含量,更低的G+C含量,还具有更高的核苷酸多样性,但两者在各群体中均具有相似的单倍型多样性,显示了D-loop比Cyt b更适合于研究鲫群体遗传结构的分子标记。不同群体间相比较,野生鲫群体具有较高的遗传多样性,养殖群体多样性较低;野生鲫和3种养殖群体鲫间均存在显著的遗传差异。 相似文献
4.
【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。 相似文献
5.
基于线粒体DNA D-loop序列分析刀鲚与短颌鲚的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2017,(20)
以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究4个刀鲚群体(长江口刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚、鄱阳湖湖区刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚幼鱼)及鄱阳湖短颌鲚群体的遗传多样性。结果显示:刀鲚的D-loop序列长1 212~1 293 bp,短颌鲚的序列长1 210~1 252 bp;在5个群体的55尾个体中,共检测到变异位点72个,其中单一多态位点50个,简约信息位点22个;共检测到45个不同的单倍型,单倍型多态性为0.989,核苷酸多样性为0.009 1,平均核苷酸差异数(K)为10.079。5个群体的遗传多样性丰富程度排序为鄱阳湖刀鲚幼鱼鄱阳湖湖口刀鲚鄱阳湖短颌鲚鄱阳湖刀鲚长江口刀鲚;不同单倍型间的遗传距离为0.014~0.728,平均遗传距离为0.188。此外,系统发育树也表明,刀鲚、短颌鲚共同构成1个单系群,为2种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化。 相似文献
6.
基于线粒体DNA D-loop序列分析养殖刀鲚与湖鲚的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究了灌江纳苗养殖刀鲚Coilia nasus子三代(F3)和湖鲚Coilia nasus taihuensis在淡水生活环境下两个群体的遗传多样性.结果显示:养殖刀鲚的D-loop序列长度为1 210 ～1 252 bp,湖鲚的序列长度为1 252～1 290 bp;在两个群体19个个体中,共检测到变异位点(S) 35个,其中单一多态位点14个,简约信息位点21个;有12种不同的单倍型,单倍型多态性(H)为0.924;核苷酸多样性(π)为0.0099,平均核苷酸差异数(K)为4.154;养殖刀鲚群体内的各遗传多样性参数稍高于湖鲚,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,保持着较高的遗传多样性;养殖刀鲚与湖鲚的平均遗传距离(0.0148)要远小于它们与七丝鲚Coilia grayi的平均遗传距离(0.0528、0.0537),同时系统发育树也表明,养殖刀鲚和湖鲚共同构成1个单系群,为两种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化. 相似文献
7.
以浙江近海三疣梭子蟹大螯肌肉的线粒体DNA作为模板,对4群体共67个个体的控制区（D-loop）序列进行了PCR扩增。通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了控制区3’端的rRNA部分序列（64 bp）、D-loop全序列（1179 bp）及控制区5’端tRNA-Ile部分序列（73 bp）。经DNASP软件分析得知,67个D-loop序列定义了65个单倍型,在65个单倍型中,除去插入/缺失位点,所有单倍型共检测到344个多态位点,主要发生在D-loop序列的中间区域;D-loop序列检测到26个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在中央后端区域,以13 bp重复片断插入的形式进行。每个个体含有0～3个连续重复片断。通过对三疣梭子蟹的遗传多样性分析发现,D-loop序列的单倍型多样性为0.982～1.000,核苷酸多样性指数为0.02770～0.03633,平均核苷酸差异数为31.790～43.304。综合分析,三个成蟹群体的遗传多样性相近,都低于仔蟹的遗传多样性,说明经过遗传育种,可以提高三疣梭子蟹的种质情况,真正实现对三疣梭子蟹的科学利用。 相似文献
8.
陆川猪种群线粒体DNA遗传多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
利用线粒体控制区(mtDNA D-loop)5’端564 bp的片段,对6个陆川猪种群共74个个体的遗传多样性进行研究。在74个序列中共发现20个变异位点,产生7个单倍型,其中1个为优势单倍型。总的单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.530和0.00326,表明陆川猪种群遗传多样性偏低。6个种群中,仁厚镇福绵种群的单倍型多样性和核苷酸多样性较高,乌石镇种群单倍型和核苷酸多样性均较低。将优势单倍型H1与已报道的其他21个中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,结果显示陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有更近的亲缘关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远。 相似文献
9.
基于mtDNA Cytb序列分析养殖与野生刀鲚群体的遗传多样性 总被引：4，自引：0，他引：4
为比较刀鲚(Coilia nasus)的人工养殖群体与野生群体的遗传结构差异,为刀鲚的种质资源保护和养殖业的可持续发展提供科学依据,应用线粒体DNA细胞色素b基因的序列分析法研究了灌江纳苗养殖刀鲚子三代(F3)、洄游刀鲚(长江野生群体)和湖鲚3个淡水生活环境下的群体遗传多样性.结果显示:刀鲚线粒体DNA细胞色素b基因大小为1 141 bp;在3个群体22尾个体中,找到12种不同的单倍型,单倍型多态性(h)为0.922,多态位点(S)为18,其中单一多态位点9个,简约信息位点9个,核苷酸多样性(π)为0.0041,平均核苷酸差异数(K)为4.714,平均遗传距离为0.0042.洄游刀鲚和养殖刀鲚群体的核苷酸多样性、遗传距离都比湖鲚高,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,仍保持着较高的遗传多样性. 相似文献
10.
普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。 相似文献
11.
通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种(樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭)20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列.通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的"Pairwisedistance"计算个体间的相对遗传距离.结果表明:其序列差异在0.000～0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并构建了系统发育树.运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.01911、0.9842和13.3588.研究结果表明:鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小.但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析. 相似文献
12.
《江苏农业学报》2015,(4)
为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 141 bp)。在35条同源cyt b基因序列中,A、T、G和C碱基的平均含量分别为21.67%、29.25%、16.71%和32.36%,A+T的含量(50.92%)略高于G+C的含量(49.07%)。Cyt b中共检出13个变异位点,总变异率为1.14%,其中9个为简约信息位点,4个为单一信息位点。35条cyt b序列共定义12个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,NJ法构建的单倍型系统进化树显示所有单倍型聚为一支,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.850±0.045和0.002 96±0.000 17,平均核苷酸差异数为3.378。中性检验分析结果显示Tajima’s D值为0.224 52,且差异不显著(P0.10),这表明太湖大银鱼种群稳定,没有经历种群扩张。 相似文献
13.
关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。 相似文献
14.
应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小. 相似文献
15.
用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小. 相似文献
16.
《江苏农业科学》2020,(5)
华鳈(Sarcocheilichthys sinensis)是一种兼具食用和观赏价值的小型鲤科鱼类。采用Cytb和D-loop 2个线粒体DNA序列对洪泽湖、千岛湖和西湖3个群体的45尾华鳈样本进行了遗传变异与遗传结构分析。结果显示,在长度为404 bp的Cytb序列中,共检测出变异位点22个(5.4%),定义了10种单倍型;在998 bp的D-loop序列中,变异位点有40个(4.0%),构成了7种单倍型。2个标记在华鳈群体中的平均单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为0.840±0.033、0.012±0.002、4.759±1.660(Cytb)和0.755±0.036、0.006±0.002、6.430±2.241(D-loop),表现了较高的遗传多态性。遗传多样性大小顺序为洪泽湖西湖千岛湖,3个群体间基因交流较少,表现出极大的遗传分化,此外,分子变异分析结果表明华鳈变异的主要来源为群体内变异。本研究结果将为了解我国东部地区华鳈的遗传多样性现状提供基础资料,同时为华鳈种质资源保护与合理利用提供参考。 相似文献
17.
[目的]对大海马D-loop和Cyt b序列进行遗传变异分析。[方法]基于D-loop和Cyt b部分序列对东山岛(20尾)和泉州市(20尾)养殖场大海马进行遗传变异分析。[结果]获得的D-loop和Cyt b序列分别为707~709 bp和404 bp,且2种序列在2个大海马群体之间极其保守。D-loop和Cyt b序列G+C含量明显低于A+T含量,C含量也低于G含量,Cyt b序列第3位密码子G含量最少。东山岛和泉州市的大海马(各20条)D-loop序列的平均核苷酸差异数分别为0.489和0.958,且分别定义了3种和6种单倍型,东山岛和泉州市的大海马(各20条)Cyt b序列在2个群体之间相似度为100%,只定义了1种单倍型。[结论]研究表明D-loop和Cyt b序列在2个大海马群体中变异较小。 相似文献
18.
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象. 相似文献
19.
涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究 总被引：2，自引：1，他引：1
利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。 相似文献
20.
为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体... 相似文献