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1.
《水产科学》2015,(12)
采用特异性引物对中华刺鳅基因组DNA进行扩增和测序,获得了江苏5个湖泊的中华刺鳅线粒体16SrRNA基因1006bp的序列。分析表明,142尾中华刺鳅共获得16SrRNA基因单倍型28个,变异位点31个,其中单倍型Hap1分布广泛,可能为祖先型单倍型。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性指数分别为0.411和0.00071,遗传多样性较低。群体间遗传分化系数为0.0247,绝大多数的遗传变异均来自群体内部,而群体间的遗传分化极小。构建的系统进化树未出现明显的以单个湖泊群体的聚簇,5个湖泊的种群间基因交流极其强烈。研究结果表明,当前中华刺鳅遗传多样性水平比较低,亟待加强保护。 相似文献
2.
洞庭湖水系鳜遗传结构 总被引：1，自引：0，他引：1
测定了采自洞庭湖水系6个地理位置(湘江常宁、沅江洪江、沅江桃源、澧水石门、洞庭湖万子湖和南岳坡)共100尾鳜(Siniperca chuatsi)的线粒体Cyt b基因DNA序列。结果显示:1 140 bp的Cyt b基因共检测到55个变异位点,100个样本得到9个单倍型。单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.777±0.033和0.019 70±0.000 74。洞庭湖的万子湖和南岳坡2个群体遗传多样性指数最高,湘江常宁群体遗传多样性指数最低。分子变异分析(AMOVA)结果显示:FST=0.098 03(P>0.05),9.8%的变异来自群体间,91.2%的变异来自群体内。除常宁群体分化显著外,其它群体没有出现明显遗传分化(两两之间FST在-0.065～0.024之间)。 相似文献
3.
长江上游长薄鳅Cytb基因的序列变异与遗传结构分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用线粒体DNA序列对长江上游长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)长江干流、岷江、赤水河和嘉陵江的8个群体176尾样本的遗传结构进行了分析,长薄鳅cyt b基因序列分别检出了25个变异位点和25个单倍型,单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(π)分别为0.608 52和0.000 89。单倍型网络结构图和N J树均未显示与地理种群相关的信息。分子变异方差分析结果表明长薄鳅种群内的变异大于种群间的变异,变异主要来自种群内部,群体遗传分化不显著(F st<0.05),种群基因交流十分频繁(N m>1)。中性检验值(Tajima’s D=-2.279 09,P<0.01;Fu and Li’s D*=-4.670 47,P<0.02;Fu and Li’s F*=-4.470 16,P<0.02)和单倍型错配分布结果显示长薄鳅经历了最近的种群扩张事件。 相似文献
4.
三种体色黄鳝群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用线粒体Cyt b基因部分序列测序技术研究3种体色黄鳝Monopterus albus群体(深黄斑鳝、青黄斑鳝、青斑鳝)的遗传多样性与遗传差异。结果显示:三个群体黄鳝共有变异位点53个,单倍型36个;平均单倍型多样性分别为0.9153、0.7517、0.9457;平均核苷酸多样性分别为0.00426、0.00211、0.00601。群体间遗传分化指数(Fst)较小(0.00282~0.04970),分子方差分析(AMOVA)中仅有2.10%的变异来自群体间,表明三种不同体色黄鳝群体间未有明显遗传分化。群体遗传距离的聚类分析结果显示:深黄斑鳝与青黄斑鳝群体间亲缘关系最近,深黄斑鳝与青斑鳝亲缘关系最远。 相似文献
5.
为探讨长江流域大眼鳜(Siniperca kneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素 b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对 4 个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计 79 尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长 1141 bp 的 Cyt b 基因全序列,共检测到 26 种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为 0.685 (CS)~0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为 0.176%(CS)~0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在 0.002~0.003。(2)获得了长度为 834~840 bp 的 D-loop 全序列,在 79 尾个体中共检测到46 种单倍型。单倍型多样性指数为 0.754 (CS)~0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为 0.548%(CS)~1.412%(YC)。群体内遗传距离在 0.005 (CS)~0.014 (YC),群体间遗传距离在 0.008~0.012,提示 4 个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。 相似文献
6.
长江上游特有鱼类红唇薄鳅线粒体控制区遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了2个谱系,表明红唇薄鳅群体发生了同域遗传分化。AMOVA分析结果显示,采样点和采样时间的群体间没有发生遗传分化。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析表明红唇薄鳅Lineage 1种群在距今0.007 5~0.055 Ma(百万年)期间发生过种群选择或扩张事件。 相似文献
7.
三峡库区3种银鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列多态性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对三峡库区大银鱼(Protosalanx chinensis)、太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)和短吻间银鱼(Hem isalanxbrachyrostralis)共78尾个体的Cyt b基因全序列(1141bp)进行了分析。结果显示,序列有16个变异位点,总变异率为1.4%,其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型,太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型,短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数(h)分别为0.804±0.032,0.671±0.061,0.385±0.149;核苷酸多样性指数(π)分别为0.00146±0.00009,0.00228±0.00024,0.00067±0.00026。3种银鱼群体的遗传距离在0.12461~0.23796之间,净遗传距离在0.12274~0.24418之间。基于Cyt b基因序列,利用K imura-2模型构建的NJ树表明:大银鱼与太湖新银鱼种群的亲缘关系最近,两者与短吻间银鱼种群的亲缘关系较远。研究结果表明,三峡库区3种银鱼的遗传多样性低。 相似文献
8.
有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002（CO I）、0.003~0.004（Cyt b）,总的遗传分化指数为-0.00468（P>0.05）（CO I）、0.03180（P>0.05）（Cyt b）,差异均不显著,群体间基因流为14.69～41.47（CO I）、5.49～40.47（Cyt b）,分子方差分析（AMOVA）结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。 相似文献
9.
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况，采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记，对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示，鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点，定义24种单倍型，平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高，分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低，分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明，长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示，单倍型划分为2个谱系，但没有形成明显的地理聚群。歧点... 相似文献
10.
怒江濒危鱼类角鱼种群遗传结构研究 总被引：3，自引：0，他引：3
测定了怒江角鱼(Epalzeorhynchus bicornis)4个群体共70尾个体的线粒体DNA cytb基因序列,以探讨种群遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140 bp的cytb基因共检测到13个变异位点,70个样本得到16个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.579,核苷酸多样性(π)为0.00070,遗传多样性表现为较低。木城群体和泸水群体之间的遗传距离最远0.00080,泸水群体和道街群体之间的遗传距离最近为0.00059。Fu′Fs中性检验和碱基岐点分布分析暗示了角鱼在历史上曾经历过遗传瓶颈和种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间总遗传分化系数Fst=0.0049(P>0.05),几乎所有变异均来自于群体内,群体间未出现遗传分化,提示群体内存在广泛的基因交流。 相似文献
11.
为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。 相似文献
12.
采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶Ⅰ基因,COⅠ)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究.形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异.经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COⅠ基因序列,2个群体的COⅠ基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％).28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825.单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COⅠ基因单倍型聚为2个明显分支.分子方差分析(AMOVA)结果显示,Fst=0.21736 (P＜0.01),21.74％的变异来自群体间,78.26％的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化.研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护. 相似文献
13.
为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(Fst)为0.06199(P<0.01),两两群体间的Fst显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。 相似文献
14.
为评估增殖放流对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)群体遗传多样性的影响,本研究分析了放流前捕捞渔获群体(FLQ)、放流后捕捞渔获群体(FLH)以及放流虾苗群体(FLXX)的遗传多样性水平。3个群体共测定了135尾日本囊对虾的线粒体D-loop序列,经比对分析确定测得的序列长度为938 bp,检测到237个变异位点,177个简约信息位点,定义了100种单倍型。经分析,核苷酸多样性指数由大到小依次为FLQ、FLH、FLXX,单倍型多样性指数大小为FLQ=FLHFLXX。AMOVA分析表明FLQ和FLH群体的遗传分化系数(F_(st))值为0.00629,其小于0.05,表明变异主要来自于群体内,且群体间无分化。FLH与FLXX的F_(st)值为0.08151(P0.01),其大于0.05,表明遗传变异大多发生在群体内,但群体间呈低度分化。Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结果均为负值,表明这3个群体偏离了中性模式,可能受到群体扩张和自然选择的作用。综上所述,增殖放流前后日本囊对虾群体均保持较高的遗传多样性水平,变异不存在显著性差异,且群体间无分化,说明增殖放流是目前维持日本囊对虾种质资源量较为有效的措施之一。 相似文献
15.
基于Cytb基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌鱼的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象的种质遗传状况,通过PCR和测序技术,获得保护区翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)等3种鲌属鱼类的细胞色素b(Cytb)基因序列,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示,3种鲌鱼的Cytb基因全长为1 141 bp,碱基组成相似,均表现为A+T的含量(56.4%)高于G+C的含量(43.6%)。翘嘴鲌的Cytb基因有16个变异位点,定义14种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.907和0.002 4;蒙古鲌的Cytb基因有8个变异位点,定义6种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.863和0.002 4;达氏鲌的Cytb基因有10个变异位点,定义7种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.573和0.001 2。整体来看,3种鲌鱼均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传多样性模式,暗示3种鲌鱼群体在历史上经历过种群扩张,与中性检验结果和歧点分布图分析结果相一致。翘嘴鲌和蒙古鲌的种内遗传距离为0～0.006,达氏鲌的种内遗传距离为0～0.004,... 相似文献
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为了解长江下游地区10个水体脆弱象鼻溞群体的遗传结构,研究测定了脆弱象鼻溞(Bosmina fatalis)线粒体16SrRNA基因序列,结果显示,100个样本中共有8个变异位点,定义了9个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.284)和核苷酸多样性(Nd=0.000 76)均较低。AMOVA分子变异分析结果表明,脆弱象鼻溞遗传分化主要来自群体内,占93.33%,群体间的变异低,占6.67%。Fst值统计检验表明,各水体之间遗传分化不显著。系统发育树和中介网络图说明脆弱象鼻溞单倍型间关系较近,未形成明显谱系地理格局。中性检验和错配分布结果说明脆弱象鼻溞出现过群体扩张现象。 相似文献
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基于CO I序列,对中国沿海5个平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析,84个样本中共检测出单倍型41个,多态性位点117个。总体来说,平疣桑椹石磺具有高的单倍型多样性(0.835±0.039)和核苷酸多样性(0.0572±0.0060)。分子方差分析(AMOVA)表明,65.98%的变异存在于种群间,34.02%的变异发生在种群内。群体间遗传分化固定指数(Fst)、基因流(Nem)及遗传距离分析表明,平疣桑椹石磺已产生了明显的群体间分化。厦门(XM)、湛江(ZJ)和广西(GX)群体间无明显分化,基因流较大(Nem5),而海南(HN)、苍南(CN)群体分别与其他群体存在显著的分化。单倍型网络图及谱系树同样证实了群体遗传差异的存在。遗传距离模式(IBD)检测显示出,平疣桑椹石磺群体的遗传距离与地理距离之间不存在明显的线性关系。中性检验及历史动态检验推断,ZJ和GX群体可能经历过历史上的瓶颈效应,XM群体经历过历史上的种群扩张,扩张时间推测大约为0.12 Ma BP,可能伴随更新世冰期的气候变暖,海平面上升发生。本研究通过对平疣桑椹石磺mt DNA的CO I基因进行分析,探讨其遗传多样性及遗传分化过程,旨在为该物种种质保护,资源合理开发及生物进化方面研究提供基础资料和理论依据。 相似文献