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《中国果树》2020,(3)
采用RT-PCR方法对从内蒙古呼和浩特地区采集的29份表现花叶症状的海红果(Malus micromalus Makino)叶片样品进行了苹果坏死花叶病毒(ApNMV)的检测,ApNMV的检出率为100%,说明ApNMV在呼和浩特地区表现花叶症状的海红果上普遍发生。分别克隆并测序了29份海红果样品中ApNMV的全长外壳蛋白(CP)基因,结果表明,29个ApNMV分离物CP基因间核苷酸序列一致性为94.1%～99.8%,与NCBI数据库中其他19个ApNMV分离物全长CP基因核苷酸一致性为86.1%～97.1%。利用ApNMV CP基因的全长序列构建了系统发育树,48个ApNMV分离物共分成5个组,本研究中的29个ApNMV分离物与2个日本分离物LC108995和NC040470聚集在一起,形成组Ⅰ;其余ApNMV分离物分别形成了组Ⅱ～组Ⅴ。 相似文献
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《中国南方果树》2016,(2)
把柑桔黄龙病(Citrus Huanglongbing,HLB)阳性核酸样品进行梯度稀释后,分别采用HLBp、CQULAP两组TaqMan水解探针法和以rpl基因为目的片段的SYBR Green染料法进行HLB实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)检测,结果发现,HLBp探针法可以从稀释105倍的阳性叶片核酸样品(病菌拷贝数约为60个)中检测到病原菌,高于CQULAP探针法和SYBR Green染料法。将3种qPCR检测体系用于赣州安远县、寻乌县和赣县送检的60份田间样品检测,结果发现,HLBp探针法的阳性率为86.7%,CQULAP探针的阳性率为60.0%,SYBR Green染料法的阳性率为68.3%。 相似文献
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葡萄病毒A实时荧光定量RT-PCR检测技术的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据文献报道和GenBank已登录序列设计引物建立了葡萄病毒A（Grapevine virus A,GVA）SYBR GreenⅠ染料法实时荧光定量RT-PCR检测技术体系。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈现良好线性关系,扩增效率为99.2%,决定系数为0.999,可特异性检测GVA,灵敏度高（达常规RT-PCR的100倍）,重复性好。对不同季节、不同品种以及不同部位葡萄样品（嫩叶、嫩叶柄、老叶、老叶柄、卷须和休眠枝条）中GVA的检出率普遍高于常规RT-PCR。不同季节间比较,对秋、冬季样品检测效果最好,除嫩叶外其余部位检出率均达100%,春夏季检出率为10% ~ 100%。不同部位间比较,老叶柄和休眠枝条检测效果最好,检出率均达100%,其次为老叶（80% ~ 100%）,其余部位样品检出率为10% ~ 100%。在大量田间样品检测中,休眠枝条样品检测结果与常规RT-PCR一致,而秋季老叶柄样品检出率明显高于常规RT-PCR。 相似文献
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柑橘褪绿矮化相关病毒LAMP检测体系的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank登录的柑橘褪绿矮化相关病毒(Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV)的移动蛋白(MP)基因序列设计了一组特异性引物,经体系优化,建立了CCDaV的环介导等温核酸扩增(LAMP)检测方法。结果显示该方法能特异扩增CCDaV,与其他5种柑橘病原物(柑橘衰退病毒、柑橘碎叶病毒、柑橘裂皮病类病毒、温州蜜柑萎缩病毒和柑橘黄龙病菌)不发生反应;灵敏度为PCR的100倍,与实时荧光PCR的灵敏度相同。用LAMP方法对50个田间样品进行检测,与PCR和实时荧光PCR的检测结果一致,证明该方法可用于田间样品的检测。该LAMP检测方法可特异、灵敏、快速地对CCDaV样品进行检测。 相似文献
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【目的】近年来，苹果病毒病的发生日趋严重，对产业的健康发展造成了严重影响，但是其在苹果新品种瑞阳、瑞雪、瑞香红上的发病状况尚不明确。【方法】在2021—2022年采用RT-PCR方法对白水地区198份新品种样品进行病毒病检测，并对感染苹果锈果类病毒（apple scar skin viroid,ASSVd）植株的果实症状进行了调查和基因克隆、测序。【结果】检测结果显示白水地区新品种潜隐性病毒的感病率显著高于非潜隐性病毒，其中苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV）的检出率最高，达到了91.72%，其次是苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）和苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV），检出率分别达到了77.16%、37.13%，苹果坏死花叶病毒（apple necrotic mosaic virus,ApNMV）的检出率为30.31%，苹果锈果类病毒和苹果凹果类病毒（apple dimple fruit viroid, ADFVd）的检出率接近10%；通过对新品种... 相似文献
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两步多重RT-PCR快速检测苹果潜隐性病毒 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为建立检测3种苹果潜隐性病毒更为快速准确的方法,【方法】以携带苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的成龄苹果树韧皮部为试材,根据基因库中苹果茎痘病毒(Apple stempitting virus,ASPV)的外壳蛋白基因序列,设计合成了2对特异性引物,分别与合成的苹果茎沟病毒(ASGV)引物和苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)的引物组合配伍,筛选出最佳的引物对组合。对cDNA的合成所用引物和总RNA模板进行遴选和量化,对PCR过程中cDNA的用量、引物对的终浓度、退火温度等主要影响因素进行优化。【结果】结果表明,反转录引物为Oligo(dT)18、总RNA 0.1～3.0μL时,可以得到较好的cDNA;ASPV-FR与ASGV-Pch、ACLSV-Pch引物组合优于ASPV-Pch,并且筛选出4组最佳的终浓度处理组合;cDNA用量为2.0~4.0μL、退火温度为50.0~52.9℃、循环数为35时,扩增效果较好。采用优化的多重RT-PCR体系对采自陕西和山东两省的样品进行检测,并用3种病毒的单重RT-PCR体系进行验证。【结论】结果呈现高度一致性,充分印证了该多重RT-PCR体系的准确性,适用于大量样品的快速检测。 相似文献
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3种苹果潜隐病毒多重RT-PCR检测体系的建立 总被引：3，自引：0，他引：3
研究建立了能同时检测苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV) 、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV) 和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 的多重RT-PCR方法。以复合感染3种病毒的苹果‘望山红’组培苗为试材, 对影响多重PCR的反应条件进行了一系列的调整和优化。多重RT-PCR体系灵敏性测验显示, 最低能从RNA总量187.5 ng的样品中检测3种病毒的存在。多重RT-PCR产物的序列与报道的病毒序列有较高的同源性, 12个田间苹果样品的多重RT-PCR检测结果与单一PCR的结果一致, 初步证明了多重RT-PCR检测的准确性。 相似文献
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针对我国西南地区葡萄园中卷叶相关病毒3(grapevine leafroll-associated virus 3,GLRaV-3)和茎痘相关病毒(grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPaV)发生普遍的情况,在单一PCR检测的基础上,分别从引物浓度和退火温度对双重PCR体系进行优化,建立了同时检测GLRaV-3和GRSPaV的双重PCR技术。建立的双重PCR反应体系最适退火温度为56.1℃,20μL PCR反应体系中10μmol/L浓度的混合引物最适用量为0.1μL;该方法能够检测出GLRaV-3和GRSPaV的cDNA最低浓度分别为0.99pg/μL和99.43ng/μL,且特异性良好。应用该双重PCR方法检测了来自贵州凯里和遵义地区"南玉""温克""摩尔多瓦"葡萄品种疑似病株样品,GLRaV-3检出率为100%,部分样品检出GRSPaV。通过核苷酸序列克隆测序和对比发现,贵州检测出的GLRaV-3与美国分离株(AJ748523)相似度最高,为99.82%;贵州检测出的GRSPaV与巴西分离株(KT008370)相似度最高,为99.08%。 相似文献
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《中国果树》2015,(5)
为了开发苹果锈果类病毒(ASSVd)快速、准确的RT-PCR检测方法,以感染苹果锈果类病毒的田间苹果枝条为试材,对苹果锈果类病毒RT-PCR反应体系和程序进行选择和优化,利用优化的检测体系对保定市曲阳县苹果园苗木及3~5年生母本树苹果锈果病的发生情况进行检测,验证该体系的可靠性。结果表明:自行设计引物ASSVd QCxin3特异性最好,优化体系灵敏度达到能够检测3.75 ng新鲜样本中的病毒,可准确、灵敏检测苹果锈果类病毒田间样本;曲阳县苹果园48株苗木中携带苹果锈果类病毒13株,带毒率为27.1%;18株母本树中携带苹果锈果类病毒5株,带毒率为27.8%。 相似文献
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《果树学报》2016,(3)
【目的】建立葡萄炭疽病LAMP检测方法。【方法】在葡萄炭疽病菌ITS序列片段设计LAMP特异性引物,优化反应条件,建立葡萄炭疽病LAMP检测体系,并利用荧光显色剂(0.05 mmol·L-1钙黄绿素和0.5 mmol·L-1氯化锰混合液)实现检测结果的可视化;同时对该体系进行特异性和灵敏度的验证,对采集自5个地区的田间样品进行实测。【结果】除染病的待检样品有特异性反应,观察到亮绿色荧光信号外,其他供试菌株均无特异性扩增反应;对葡萄发病组织总DNA的检测灵敏分别是定量PCR和常规PCR的1/10和100倍,检测限达到了5×10-4mg·L-1;对来自福建等5个地区的样品进行实测,结果表明待检样品中有81.5%感染葡萄炭疽病菌,该检测结果与定量PCR的检测结果完全一致。【结论】本研究建立了一种基于荧光显色的可视化LAMP检测体系,该体系可用于葡萄炭疽病的田间样品检测。 相似文献
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根据GenBank数据库中的沙地葡萄茎痘伴随病毒（grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPaV）全基因组序列设计了2组巢式RT-PCR检测引物repF1/R1→repF2/R2和cp F1/R1→cpF2/R2，扩增片段分别为902 bp和438 bp。通过对第1轮PCR扩增中引物组合repF1/R1-cpF1/R1、dNTPs、Taq DNA聚合酶和c DNA用量的优化，以及第2轮PCR扩增中引物组合repF2/R2-cpF2/R2、dNTPs和Taq DNA聚合酶用量的优化，建立了GRSPaV双重巢式RT-PCR检测方法。采用该方法对109份葡萄样品进行检测，结果显示，2对普通PCR引物RSP 52/53和RSP 9F/9R的合计检出率为65.1%,2组单一巢式PCR引物repF1/R1→repF2/R2和cp F1/R1→cpF2/R2的检出率总和为93.6%，而双重巢式PCR引物组合repF1/R1-cpF1/R1→repF2/R2-cpF2/R2的检出率也达到93.6%。该技术在保证检测效率的基础上降低了检测... 相似文献
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苹果锈果类病毒实时荧光PCR检测方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】建立苹果锈果类病毒(ASSVd)检测灵敏的方法。【方法】根据Gen Bank中ASSVd的RNA序列设计特异性引物ASSVd-F和ASSVd-R,利用实时荧光PCR方法对其进行检测,并对体系的特异性、灵敏性及适用性进行验证。【结果】实时荧光PCR体系能检测至1×10-6的模板浓度,而常规RT-PCR只能检测至1×10-4,由此可知,实时荧光PCR体系灵敏度高于常规RT-PCR 100倍;引物特异性强,能特异检测ASSVd,对苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果茎痘病毒(ASPV)均不能检出;适用性广,可检测出植物不同部位的ASSVd。【结论】所建立的方法能够灵敏检测ASSVd,特异性强,适用性广。 相似文献
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建立了葡萄蚕豆萎蔫病毒（Grapevine fabavirus，GFabV）的实时荧光定量RT-PCR（RT-qPCR）检测技术。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系（扩增效率103.8%，相关系数0.998），灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍，并具有特异性。采用RT-qPCR和常规RT-PCR方法对葡萄不同发育时期及不同部位的316个样品进行检测，结果表明RT-qPCR方法对GFabV的检出率（96.8%）明显高于RT-PCR（70.8%）。RT-qPCR对休眠枝条中GFabV的检出率达100%，对其他部位样品的检出率均在92%以上，明显高于RT-PCR（42% ~ 97%）。各个发育时期样品GFabV的RT-qPCR检出率（85% ~ 95%）也普遍高于RT-PCR（70% ~ 90%）。该技术对于田间样品的检测适用范围广。 相似文献
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柑橘黄龙病、裂皮病和衰退病病原的多重RT-PCR检测 总被引：2，自引：0，他引：2
建立了一种同时检测柑橘黄龙病病原类细菌(Candidatus L iberibacter asiaticus, HLB) 、柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid, CEVd) 、柑橘衰退病病毒(Citrus tristeza virus, CTV) 的多重RT-PCR技术体系。运用根据3 种病原核苷酸保守区序列设计的特异性引物, 成功的对同一样品中的HLB、CEVd、CTV进行多重RT2PCR扩增, 得到1 160 bp、371 bp、273 bp 3条特异性大小与试验设计相符的条带。就影响多重PCR 的主要因素引物浓度和退火温度进行了一系列优化, 建立了能同时检测HLB、CEVd、CTV的多重RT2PCR技术体系。该体系最低能从10 pg总RNA中检测出黄龙病类细菌和柑橘裂皮类病毒, 从1 pg总RNA中检测到柑橘衰退病毒。对采自田间37份材料的实际检测表明: 存在两种或3种病原的复合侵染。 相似文献