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基于EST-SSRs的巴西橡胶树魏克汉种质核心种质构建研究 总被引：1，自引：0，他引：1
橡胶树魏克汉种质是目前橡胶树栽培品种的主要来源,主要来源于魏克汉培育46株母树繁殖的后代,亲缘关系较近.通过对289份资源EST-SSRs分析及基于EST-SSRs位点的多样性,结合种质资源来源和特殊农艺性状,构建包含27份种质的橡胶树魏克汉种质核心种质库,占原群体10％,主要来源于中国(16份)和巴西(6份).核心种质库与原群体相比,总等位基因数保持不变,遗传多样性指数、多态信息含量、杂合度等高于原群体,基因型数目和主要等位基因频率较原群体低,较好地代表了原群体的遗传多样性.同时,核心种质农艺较为丰富,包含了高产、速生、抗寒等种质. 相似文献
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利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构 总被引：11，自引：1，他引：10
利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。 相似文献
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用EST-SSR标记分析巴西橡胶树的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：0
利用19对EST-SSRs引物对41份巴西橡胶树材料(6个野生材料和35个栽培种)进行遗传多样性分析.结果表明:19对引物均获得了预期的扩增结果,得到92个多态性位点,每对引物检测到的等位基因数为2～7个,平均为4.84个.在相似系数为0.64的水平上,野生材料和栽培种区分开来,在相似系数0.75的水平上,又可将栽培种材料分为四个类群;栽培种和野生材料间的遗传距离在0.11～1.16之间,栽培种间遗传距离较小,野生材料间遗传距离相对较大.在栽培种和野生材料之间,遗传距离最大的是AC/T/15/114与PR261(1.16),最小的是保亭155与热研7-20-59(0.11). 相似文献
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利用EST-SSR标记研究黄金茶群体遗传多样性及遗传分化 总被引：7，自引：2，他引：5
利用19对茶树EST-SSR引物对黄金茶群体的38个单株进行了遗传多样性和亲缘关系分析。19对引物共检测到等位位点37个,每个引物1~3个,平均1.95个;期望杂合度(He)在0.03~0.65之间,平均值0.32;观测杂合度(Ho)在0~0.97之间,平均值0.33;群体内的Shannon指数0.55。以上结果均说明黄金茶群体的遗传多样性较低。基于EST-SSR数据以SAHN邻接法对供试种质资源进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数0.77可将参试的38份种质资源分为六大类。根据不同单株间的相似系数可为黄金茶群体的遗传改良提供一定参考。同时,AMOVA分析表明,黄金茶群体的遗传变异21.77%发生在种群间,78.23%发生于单株间,不同区域的种群间基因流为1.80,这可以为黄金茶群体的保护提供一定理论依据。 相似文献
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为明确蓖麻种质资源的遗传多样性和群体遗传结构,利用SSR分子标记结合PopGene1.32软件、MEGA7.0软件和Structure2.3.4软件等,对来源于国内5个地区(16个省市)和国外3个国家的191份蓖麻种质进行遗传多样性和群体遗传结构分析.结果表明:86对SSR引物共检测出194个等位变异,其中平均等位基因... 相似文献
6.
为了探究多胚甜菜种质资源间的遗传多样性与亲缘关系。本文利用SSR分子标记对33份优良多胚甜菜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，37对SSR引物总共扩增出173条带，其中141条为多态性条带，多态占比为81.5%,平均每对引物扩增出4.68条带。平均每对引物扩增出的有效等位基因数为1.928 1,Shannon’s多样性指数为0.681 7,Nei’s期望杂合度为0.476 7,群体间遗传分化指数(Fst)为0.181 4,居群间基因流(Nm)为1.128 3。利用MEGA软件得出33份种质间的遗传距离介于0.111～0.398,平均为0.230。在遗传距离为0.150处时，可将参试材料分为两个亚群，其中32号(2B32)单独为一个亚群，其他的为一个亚群。研究结果表明本次参试群体间存在着一定程度的遗传分化，甜菜的遗传基础较狭窄，亲缘关系很近，通过本次研究了解了甜菜种质资源之间的遗传差异，为我国多胚甜菜种质资源评价利用及育种提供了理论基础。 相似文献
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120份小桐子种质的分子遗传多样性分析 总被引：5，自引：0，他引：5
应用32条ISSR引物对13个自然居群的小桐子(Jatropha curcas Linnaeus)共120个个体进行遗传多样性分析.结果表明:(1)小桐子的遗传多样性水平很高.在物种水平上,平均每个位点的多态位点百分率PPB=90.68%,有效等位基因数Ne=1.4005,Nei遗传多样性He=0.2430,Shannon多态信息指数Ho=0.3743;在居群水平上,PPB=69.64%,Ne=1.1138,He=0.1098,Ho=0.163 3.(2)居群间的遗传分化低于居群内的遗传分化.居群间遗传多样性分化系数Gst=0.4718,居群间遗传分化占总遗传变异的47.18%,居群内的遗传变异为52.82%,基因流Nm=0.5598.导致居群内高的遗传变异水平原因主要是有限的基因流和遗传漂变.根据Nei遗传多样性分析和主成分分析结果,居群间的地理距离与遗传一致度不存在相关性. 相似文献
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273份水稻种质资源的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】评估273份水稻种质资源的遗传多样性和群体结构,为今后利用这些水稻种质资源进行遗传育种和关联分析提供参考。【方法】利用214个分子标记对来自14个国家的273份水稻地方品种和育种材料进行基因型检测,分析其遗传多样性、群体结构、连锁不平衡程度。【结果】群体结构分析将供试群体划分为2个亚群(SG1、SG2)以及1个混合群(AD),聚类分析和主成分分析结果与群体结构分析结果一致;遗传多样性分析结果显示,214个标记共检测到524个等位变异,变幅为2~5个,平均遗传多样性指数为0.44,平均多态性信息含量(PIC)为0.355,SG2群遗传多样性指数和PIC高于SG1群;分子方差分析表明34%的变异来源于种群内,66%的变异来源于种群间,SG1与SG2群体间存在显著的遗传分化(Fst=0.725,P<0.01);连锁不平衡分析结果显示,整个群体中存在较高程度连锁不平衡,平均r2为0.33,SG1和SG2中连锁不平衡衰减到75%以下所延伸的最小距离分别为13.7 Mb和90.5 kb。【结论】273份水稻种质资源群体内具有丰富的遗传变异,该群体适合通过关联作图来挖掘优异等位基因。 相似文献
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四川省稻瘟病菌群体遗传结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
由稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)侵染引起的稻瘟病是全球水稻生产上最严重的病害之一。利用6对SSR荧光标记对采自四川绵阳、营山、雅安、北川和武胜地区的5个稻瘟病菌群体的遗传结构进行分析。结果表明,在124个稻瘟病菌中检测出43个等位基因,平均每个位点的观测等位基因数为7.2,有效等位基因数为3.1,所有位点均显著偏离HardyWeinberg平衡。5个群体的平均观测杂合度(0.374)低于期望杂合度(0.502),暗示群体内存在因近交而导致的杂合子缺失。AMOVA分析显示,绝大多数遗传变异(81.17%)存在于群体内个体间,仅有18.83%的变异来自于群体间的差异。5个地理群体间呈现高水平的遗传分化(遗传分化系数为0.057~0.528)。Mantel检验表明,群体间的遗传距离与地理距离相关未达显著水平,说明稻瘟病菌的遗传变异呈现随机分布的空间模式。群体遗传学数据分析表明5个群体间存在不同程度的基因流(基因流水平为0.472~4.347),基于贝叶斯聚类法的Structure分析也证实了这一结果。 相似文献