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基于ITS序列分析18个茶树菇菌株的亲缘关系 总被引：1，自引：0，他引：1
《西南农业学报》2016,(9)
采用ITS序列分析方法,对供试18株(4株野生菌株、7株工厂化栽培菌株、5株经钴60辐照诱变菌株和2株搭载神十的航天诱变菌株)茶树菇菌株进行研究。结果表明,供试菌种的ITS序列长度为703~721 bp,与Gen Bank数据库中茶树菇菌种的ITS序列相似度为99%以上,在种的水平上证明供试菌种为茶树菇。运用构建的系统发育树将供试菌种聚为6个类群,其中Cha3与Cha3shen,AS-2与AS-2-600,AS-1与AS-1shen、AS-1-700,分别聚在了不同的类群,说明这7株茶树菇菌株可能由于辐照或航天诱变后使得ITS序列存在着种内的变异。ITS序列分析结果从系统发育角度反映出了研究菌株的遗传关系,是进行茶树菇菌株遗传分析及科学鉴定的重要工具。 相似文献
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[目的]通过形态学特征明确四株马铃薯甲虫致病菌分类地位,探讨利用18S及ITS核酸序列鉴定四株致病菌的可行性.[方法]通过传统形态学特征及18S、ITS序列分别对四株马铃薯甲虫白僵菌1572、1573、1576和1577进行鉴定.[结果]孢子形态、产孢结构、菌落等形态学特征表明四菌株均为球孢白僵菌.四菌株18S rDNA序列分析获得1 665个共同碱基,在GenBank比对,从结果中选择相似度大于98;的序列与四菌株一起构建系统发育树I,发现白僵菌属归于一个分支,四菌株均归属于白僵菌属球孢白僵菌.剔除遗传关系比较远的、冗余的属外菌重新构建18S系统发育树Ⅱ,结果四菌株都与Beauveria bassiana(登录号为EU334676.1)分到一个枝上.ITS核酸序列分析获得513个共同碱基,在GenBank比对,显现的序列均属白僵菌属,下载这些序列与四菌株构建ITS系统发育树I,发现球孢与布氏白僵菌归属在一个分支.选取Stephen A.Rehner注册的白僵菌属六个分支的代表种及数据库中部分球孢和布氏白僵菌与四菌株一起构建ITS系统发育树Ⅱ,四菌株与代表种Cordyceps bassiana(AY532041.1)分到一个枝上,但在该枝上有三株布氏白僵菌,球孢与布氏白僵菌不能完全区分开.[结论]利用18S和ITS核酸序列均可将白僵菌鉴定到属,根据ITS序列可以确定四株白僵菌归属于球孢白僵菌的分支. 相似文献
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在传统真菌形态学分类研究的基础上,运用遗传学、分子生物学研究手段,结合生物信息学方法对具有诱导植物增产抗病的蛋白激发子产生菌链格孢(Alternaria spp.)JH505菌株进行了分子系统学研究.克隆了该菌株长度为1 267bp的rDNA序列.结果表明,rDNA包含部分18S rRNA、28S rRNA序列及完整的5.8S rRNA、转录外间隔区(ITS1、ITS2)rRNA序列,与A.tenuissima、A.cinerariae、A.dianthi、A.brassicae、A.zinniae相应的rDNA分别具有100%、98%、97%、97%和96%的相似性.结合菌落形态、孢子特征以及rDNA分析.鉴定该菌株为细极链格孢菌(A.tenuissima). 相似文献
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从浙江省台州地区柑橘园中采集的柑橘木虱（Diaphorina citri）虫体中分离得到一株虫生真菌,将其命名为GJMS032,就该菌株对柑橘木虱的致病性、培养特征和形态特征进行了测定,并对其ITS1 58S rDNA ITS2基因序列进行了分析。结果显示,该菌株对柑橘木虱具有较强的致病性,柑橘木虱经浓度为10×109 spores·mL-1的菌株GJMS032的分生孢子悬浮液处理后7 d,其校正死亡率达98%。该菌株的培养特征、形态特征与曲霉属真菌Aspergillus westerdijkiae较为一致,其ITS1 58S rDNA ITS2序列也与A. westerdijkiae表现出100%的相似性,因此将菌株GJMS032初步鉴定为A. westerdijkiae。 相似文献
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20株土壤粘细菌系统发育研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对从不同采集地土壤样本中分离的20株粘细菌菌株进行了系统发育分析及G+C mol%测定,以确定其系统发育地位。结果表明:供试菌株分属粘球菌属(Myxococcus)和珊瑚球菌属(Corallococcus)2个属的6个种,其中18株属于粘球菌属(Myxococcus),2株属于珊瑚球菌属(Corallococcus)。各供试菌株与已知相关菌株16SrDNA序列相似性在98.9%~100%之间。各供试菌株G+C mol%在63.12%~73.78%之间,除菌株93357的G+C mol%为63.12%,较其最近相关菌株黄色粘球菌(Myxococcus xanthus)DSM16526低5.26%外,其余同种内菌株的DNA的G+C mol%差异未超过5%,可作为粘细菌16S rDNA序列分析结果的验证性指征。 相似文献
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[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。 相似文献
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毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析 总被引：1，自引：0，他引：1
提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符. 相似文献
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为厘清锦香草及其近缘种的亲缘关系,为其杂交育种提供数据基础,收集我国锦香草及其近缘种短毛熊巴掌与长柄熊巴掌等样品46份,对供试样品核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分析,并构建系统进化树,对其系统发育关系进行研究。结果表明:供试材料的ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为246、230、160~161 bp;ITS1与ITS2序列存在变异位点426个,信息位点232个;5.8S序列存在202个变异位点,信息位点84个。根据ITS序列构建进化树:供试材料可分为2支,锦香草与短毛熊巴掌在进化树中聚为一支,分支内部互相嵌入;长柄熊巴掌单独聚成一支。以上结果显示,锦香草、短毛熊巴掌亲缘关系较近,它们与长柄熊巴掌亲缘关系较远,该结果支持《Flora of China》将短毛熊巴掌处理为锦香草的异名,长柄熊巴掌为独立种。 相似文献
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为明确桑黄菌株的种属,对采集自国内不同地区的11个桑黄类似菌株开展分子鉴定和形态学特性观察,主要采用核糖体基因rDNA内转录间隔区(ITS)对桑黄菌株进行基因鉴定和遗传性状分析,运用Mega7.0软件的neighbor-joining(NJ)法构建基于桑黄rDNA ITS序列的系统发育进化树,结合桑黄菌株的形态学观察(菌丝生长情况、菌丝的显微结构、孢子形态特征、子实体电镜扫描结构)进行分析鉴定。结果表明：11个桑黄菌株分为两大类群,其中菌株SH-1为一类,属于纤孔菌属(Inonotus);其他菌株(SH-2、SH-3、SH-4、SH-5、SH-6、SH-7、SH-8、SH-9、SH-10、SH-11)属于另一类,为桑黄孔菌属(Sanghuangporus),菌株SH-3和SH-6属于桑树桑黄(S.sanghuang),其余8个菌株属于暴马桑黄(S.baumii)。通过rDNA ITS序列分析技术结合桑黄菌丝形态特征、孢子形态特征和子实体显微结构特征分析,能明确桑黄的种属与遗传性状,可为今后桑黄品种选育与人工规模化生产提供理论依据。 相似文献
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[目的]对二氧化氯消毒低温冷库中储藏甜瓜黑斑病原菌进行分离与鉴定.[方法]采用回接感染进行致病性测定.4株真菌中发现XJU8能使甜瓜产生黑斑,对其形态特征、生理生化特性、26 S rDNA D1/D2区碱基序列、全细胞脂肪酸等进行分析.[结果]形态特征观察以及生理生化特性的测定结果表明,菌株XJU8 与链格孢属有很大的相似性;26S rDNA D1/D2区序列序列进行碱基序列分析比对表明,与交链格孢Alternaria alternata IFM53800具有99;的序列同源性;系统进化树也表明XJU8和已知的交链格孢(A. alternata)聚类在同一分支上;全细胞脂肪酸分析结果显示XJU8的主要脂肪酸组分为C18∶2 CIS 9,12/18∶0a(52.83;),C16∶0 (19.19;) 和Sum In Feature 8 (16.41;),与链格孢属的脂肪酸特性相同,并与链格孢属中其它种具有51.8;的相同脂肪酸成分.[结论]置菌株XJU8属于链格孢属交链格孢菌的新变种,该菌种被命名为Alternaria alternata XJU8,菌株保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏编号为:CCTCC AF 207029. 相似文献
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为了明确引起云南省昆明市杨林镇烟草漂浮育苗过程中出现的根腐病的病原,在该烟草漂浮育苗基地取3点,分别在各点采集病株10个样本,烟草品种为NC297,对样本进行了病原菌分离、致病性测定、形态学鉴定和58 rDNA ITS序列分析。结果表明,致病性试验中烟苗发病率为100％;病原菌的58 rDNA ITS序列与GenBank: AY6660871（Pythium diclinum Tokunaga in Ito &; Tokunaga）同源性为99％;异丝腐霉通过黄瓜片诱导后能产生大量孢子;引起该烟草漂浮育苗根腐病的病原菌为异丝腐霉（Pythium diclinum）;根据症状和病原菌,将此病害定为由异丝腐霉（Pythium diclinum）引起的烟草漂浮育苗根腐病;异丝腐霉引起烟草根腐病为首次报道。 相似文献
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[Objective] The study aimed to identify Alternaria Nees. from some areas of China at molecular level by analyzing the rDNA ITS sequence.[Method] The DNA sequences coding for the 5.8S rDNA and the flanking internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) were amplified by PCR with universal primers ITS4 and ITS5 and subsequently sequenced for 34 Alternaria isolates from different areas of China.[Result] Sequences analysis showed that 5.8S rDNA was 159 bp and no variation in tested 34 isolates. There had variables sites in ITS. The isolates that had same sequences as A.tenuissima or A.alternata all put up eurytopicity to area and host. The variables sites of the isolates showed the diversity of Alternaria in the hosts of Oleaceae, Rosaceae and Solanaceae. At the same time that ITS could not clearly separated the isolates was indicated. The results indicated that the phylogenetic relationship were not closely related to the geographical origin and hosts of these isolates.[Conclusion] The sequence analysis of ITS region could provide theory basis for the identification of Alternaria Nees.. 相似文献
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竹材木质素选择性降解菌株的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
鉴定1株从腐竹中筛选的高效选择性降解竹材木质素的优良菌株ZNLD-18,为生物法提取可纺性竹原纤维奠定基础。利用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增并测定菌株的rDNA ITS区序列,序列总长541bp。把所得序列在GenBank中进行B1ast搜索得到同源性较高的同属不同种菌株序列。比较这些序列的遗传距离,显示菌株ZNL D～18与Trametes versicolor的ITS区序列同源性为99％以上。利用PAUP软件构建分子系统发育树,通过对该树的分析并综合菌株的形态特征,鉴定菌株ZNLD-18为白腐菌Trametes versicolor。 相似文献
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采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。 相似文献
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【目的】明确引起甜叶菊褐斑病的病原菌种类,分析MeJA在甜叶菊响应链格孢菌过程中的作用,为甜叶菊褐斑病的防治及抗病育种提供依据。【方法】对取自江苏省东台市富安镇甜叶菊生产基地的发病甜叶菊植株的叶片进行病原菌分离、纯化培养,观察菌落及分生孢子的形态、大小和病原菌的致病性。采用离体叶片接种的方法进行致病性测定。利用真菌通用引物ITS1和ITS4对7个致病菌株ST1-ST7的r DNA-ITS区进行扩增,对扩增产物进行回收和测序,并利用MEGA 7软件的邻接法(neighbor-joining,NJ)构建基于病原菌的r DNA-ITS序列和Gen Bank中相关链格孢菌序列的系统发育树,确定病原菌的种类。利用台盼蓝染色、光学显微镜观察分析链格孢菌分生孢子在甜叶菊叶片上的萌发状态及侵入叶片的方式。通过向马铃薯葡萄糖琼脂培养基(potato dextrose agar,PDA)上外源添加MeJA分析其对链格孢菌菌丝生长的影响;对甜叶菊离体叶片饲喂MeJA并接种链格孢菌,观察叶片对链格孢菌的抗性;采用q PCR方法分析JA通路相关基因在甜叶菊叶片接种链格孢菌前后的表达情况。【结果】从甜叶菊发病叶片上共分离到7个菌株,所有菌株在PDA培养基上呈近圆形等径辐射生长,气生菌丝较为发达,初期为白色,后期逐渐变为不同程度的灰黑色,分生孢子单生或成链,多为近球形、倒棒状或倒梨形,大小为(20.5—45.5)×(6.5—16.0)μm。将所分离得到的菌株接种于甜叶菊离体叶片上,发现7个菌株对甜叶菊叶片致病程度存在一定差异,ST2、ST3和ST7 3个菌株侵染叶片后病斑扩展速度快,致病力较强。3个致病力较强的菌株的r DNA-ITS序列长度分别为569、570和570 bp,通过系统进化树分析,ST2、ST3与菌株KY814634.1、DQ491089.1等(Alternaria alternata、Alternaria sp.,链格孢)的相似度达到99%—100%,ST7与菌株HQ402558.1(Alternaria tenuissima,细极链格孢)的相似度达到99%。对接种细极链格孢ST7分生孢子的甜叶菊叶片台盼蓝染色后的观察结果发现,分生孢子可以从孢子的头部、侧面、尾部多个位置萌发,从叶片的气孔和表皮细胞间隙侵入叶片表皮细胞内。外源施加浓度高于200μmol·L~(-1)的MeJA能有效抑制细极链格孢菌丝的生长;甜叶菊离体叶片饲喂100μmol·L~(-1)的MeJA后接种细极链格孢,病斑面积明显小于对照,表明MeJA可增强甜叶菊对细极链格孢的抗性;JA通路相关基因LOX3和JAR1在甜叶菊接种细极链格孢后上调表达,JAZ1和JAZ4反之下调表达,表明JA通路参与甜叶菊对细极链格孢的响应。【结论】江苏省东台市富安镇甜叶菊生产基地甜叶菊褐斑病的致病菌为链格孢菌。细极链格孢菌丝可以从叶片的气孔以及表皮细胞间隙侵入表皮细胞。外源施加MeJA能够有效增强甜叶菊叶片对细极链格孢的抗性,在甜叶菊褐斑病的防治中具有很好的应用前景。 相似文献
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水稻褐变穗病是黑龙江省水稻生产中主要穗部病害。利用形态学、分子生物学及致病性测定等方法确定黑龙江省水稻褐变穗病害病原种类。对采自黑龙江省14个市县水稻产区的水稻褐变穗病病样作单孢分离,共获得119个菌株。根据菌落与分生孢子形态特征,归类后获得3类菌株,主要为链格孢属(Alternaria sp.),共112株,其次为镰孢菌属(Fusarium sp.),共5株,再次为青霉菌(Penicillium sp.),共2株。选取不同地区3种具有代表性20个链格孢属(Alternaria sp.)菌株,5个镰孢菌属(Fusarium sp.)菌株,2个青霉菌(Penicillium sp.)菌株作致病力测定,其中20个链格孢属菌株均导致水稻发病,而镰孢菌属和青霉菌属菌株均未致病。对112个链格孢属菌株作形态学鉴定,并测定其代表性菌株ITS序列,确定水稻褐变穗病病原为链格孢(Alternaria alternata(Fr.)Keissl)。经生物学特性研究,该病原菌最适培养基为大米马铃薯煎汁培养基,菌丝生长最适温度为27℃,最适宜pH为6.5,最适光照条件为24h黑暗,病原菌孢子最适萌发温度为30℃,pH为7,光照条件为24h黑暗,最适碳源为果糖和蔗糖,最适氮源为胰蛋白胨和牛肉膏。 相似文献
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【目的】探讨叶绿体23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100％,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出-定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。 相似文献