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橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库的构建与EST测序分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1.87×105,重组率大于95%。定量RT-PCR检测表明,橡胶树胶乳2个高丰度表达基因,即小橡胶粒子蛋白(SRPP)和橡胶延长因子(REF)基因,在均一化cDNA文库中的表达量均下降了约1 000倍。【结论】构建了均一化效果良好的橡胶树胶乳全长cDNA文库,并对文库中随机的12 000个克隆进行了测序,获得高质量的有效EST(expressed sequence tag)序列为11 951条,经拼接共获得单一基因(unigene)为3 394个,其中包括片段重叠群(contig)2 061个和单一EST序列(singlet)1 333个。此cDNA文库将可用于橡胶树功能基因组研究、新基因筛选、高通量EST测序以及橡胶树胶乳cDNA芯片的制备。 相似文献
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小橡胶粒子蛋白(SRPP)是巴西橡胶树中参与橡胶生物合成的重要蛋白因子之一。SRPP的氨基酸序列与橡胶延长因子(REF)和菜豆胁迫相关蛋白(PVSRP)的同源性分别为72%和68%。为了进一步研究SRPP基因表达及其调控的机制,作者采用接头连接介导的PCR散步法(ligation-mediated PCR),克隆了SRPP基因的启动子。序列分析表明,SRPP基因启动子中与光诱导相关的顺式元件占39%,可能属于光诱导型启动子,因此,SRPP基因的表达可能受光信号的调控。此外,SRPP基因启动子还具有热激响应元件(HSE)、干旱胁迫响应元件(MBS)、防卫和胁迫响应元件(TC-richrepeats)、脱落酸响应元件(ABRE)、赤霉素响应元件(GARE)和激发子响应元件(EIRE,Wbox)等,这表明橡胶树SRPP基因不仅参与调控橡胶生物合成,而且可能是橡胶树中响应逆境信号的抗性基因,在橡胶树抵御逆境胁迫的生理过程中发挥重要作用。 相似文献
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【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子,蛋白序列含195～552个氨基酸,有保守基序及氨基酸位点;基因在染色体上分布不均匀;大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40,属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现：大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定,获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员,分为30个亚组,映射于7条染色体上,该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。图7表1参36 相似文献
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【目的】研究和检验利用Mascot程序与家蚕EST数据解析质谱分析的结果,鉴定目标蛋白的方法。【方法】将家蚕5龄起蚕中肠总蛋白进行二维电泳分离,并运用质谱对80个蛋白点进行肽指纹图谱分析,利用Mascot程序和经自主编制软件Transeq翻译的EST序列数据库对所得质谱数据进行鉴定。【结果】鉴定出其中41个蛋白,并利用EST电子克隆在其余39个蛋白中得到19个蛋白的全长或较长cDNA。【结论】本文提出的利用家蚕EST数据来解析家蚕蛋白质谱结果的方法,能够鉴定仅利用公共数据不能鉴定的蛋白,并能鉴别基因可变剪接后产生蛋白异形体的问题。 相似文献
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【目的】从橡胶树中克隆Glutathione-S-transferase（GST）基因的cDNA和基因组DNA,进行序列、结构和系统进化分析,研究胁迫条件和激素处理下的表达谱。【方法】利用产排胶机理课题组构建的胶乳EST数据库,通过PCR技术克隆橡胶树GST基因的cDNA和基因组DNA;在线预测蛋白质保守功能域和亚细胞定位,构建系统进化树,利用实时荧光定量PCR分析割胶、伤害、低温、激素和死皮病等因素对该基因表达的影响。【结果】从橡胶树胶乳中克隆到1个GST基因的全长cDNA（793 bp）,编码25.4 kD（219aa）蛋白,命名为HbGSTU1;克隆了HbGSTU1的基因组DNA（1 313 bp）,包含1个内含子（520 bp）和2个外显子。HbGSTU1属于GST Tau家族,推测是一种无信号肽的细胞质蛋白,其N端结构域包含结合GSH的G位点,C端结构域包含特异结合底物的H位点;HbGSTU1与一个蓖麻GST蛋白的亲缘关系最近,氨基酸序列的一致性为85%;HbGSTU1的表达受割胶、伤害、低温、2,4-D、乙烯利和死皮病等因素调控,但对JA、SA和ABA处理的应答不明显。【结论】HbGSTU1是一个典型的GST Tau家族蛋白,可能在橡胶树抗逆过程中起作用,可作为橡胶树抗逆分子育种的靶标基因。 相似文献
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【目的】探索建立有效的梨叶片蛋白质组双向电泳体系,为梨蛋白质组的后续研究提供参考。【方法】以早酥梨叶片为材料,比较蛋白质提取方法、蛋白质裂解时间、IPG胶条的pH梯度和长度、等电聚焦程序及SDSPAGE电泳参数对梨叶片蛋白双向电泳结果的影响。【结果】采用第2种改良的三氯乙酸（TCA）/丙酮沉淀法提取梨叶片总蛋白,蛋白质裂解1 h,选用长17 cm、pH 4～7的IPG 胶条及聚焦程序Ⅱ进行等电聚焦,于100 V 30 min、180 V 6 h条件下进行SDS-PAGE垂直电泳,可以获得背景清晰、重复性好的双向电泳图谱。【结论】建立并优化了适用于梨叶片蛋白质组分析的双向电泳体系。 相似文献
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取巴西橡胶树新鲜橡胶胶乳,利用改良CTAB法提取胶乳总RNA,反转录合成cDNA。根据GenBank中REF基因序列的报道,设计特异性引物,Taq酶扩增,获得REF基因并构建DHN pBin 438-REF植物表达载体。利用叶盘转化法侵染橡胶草无菌幼嫩叶片,通过RT-PCR方法鉴定阳性植株,对其可溶性糖、胶乳和蛋白质含量等进行检测。结果表明,转基因橡胶草可溶性糖质量浓度为0.053 8g/L,约是野生型橡胶草的2倍;橡胶是野生型植株橡胶的1~3倍;而转基因橡胶草中REF基因在蛋白质水平高效表达,其中根和花梗中REF基因高效表达。本研究通过农杆菌介导的遗传转化,获得5株阳性转基因橡胶草植株,分子生物学结果表明,REF基因可在橡胶草中稳定表达,并显著地提高橡胶草中合成天然橡胶的生物量。 相似文献
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大豆LEA基因家族全基因组鉴定、分类和表达 总被引：3，自引：1，他引：2
【目的】鉴定大豆全基因组中的LEA家族基因,对其进行定位、分类以及组织表达分析,为植物LEA基因的功能研究与利用提供基础。【方法】利用大豆基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定并获得大豆LEA家族基因的全序列、定位和拷贝数信息;通过序列比对进行进化和分类分析;利用大豆发育表达芯片数据、NCBI中UniGene的EST表达数据进行组织表达谱分析。【结果】系统地分析鉴定了36个大豆的LEA家族基因,根据结构域的差异和系统发育分析将这些LEA基因分成8个亚家族。基因定位分析结果表明,这些基因分布于大豆的16条染色体上,启动子分析表明,几乎全部LEA基因的启动子区含有逆境反应顺式作用元件。各个发育阶段表达谱的分析结果表明,多数成员至少在一个组织中表达,10个差异表达的基因中有5个在种子发育时期优势表达,另外5个在其它部位优势表达。【结论】通过全基因组扫描,获得大豆基因组的36个LEA家族基因,它们分属于8个不同的亚家族,分布于16条大豆染色体上,启动子区含有逆境相关顺式作用元件,基因表达具有一定特异性。 相似文献
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【目的】鉴定在广东、海南和云南三省橡胶树苗圃病害调查时发现的引发橡胶树叶枯新病害——毛色二孢叶斑病的致病菌。【方法】采用组织分离法对从苗圃采集到的8份橡胶叶褐斑病病叶进行分离,获得10株病原菌菌株。通过形态学、生理生化、分子系统学(r DNA-ITS和EF1-α基因的PCR扩增、序列分析和系统进化树的构建)和致病性测定对病原菌进行了鉴定。【结果】该病原菌的菌落特征、显微形态特征和生理生化特性与可可毛色二孢菌(Lasiodiplodia theobromae)相一致,且该菌与其他作物可可毛色二胞菌株聚在系统发育树的1个分支上。【结论】经鉴定该橡胶树叶斑病的病原菌为可可毛色二孢菌(L.theobromae),这是首次在中国橡胶树上发现由该病菌引起的病害。 相似文献
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小麦叶片蛋白质组的2D-LC分离及Nano LC-MS/MS分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】二维液相色谱（2D-LC）与双向电泳（2-DE）技术具有互补性,本文旨在探讨利用2D-LC和纳升级液相色谱串联质谱（Nano LC-MS/MS）技术分离鉴定小麦叶片蛋白质组的新方法。【方法】小麦叶片蛋白经提取、脱盐后,进行第一维阴离子交换分离;收集洗脱组分进行SDS-PAGE分析,并对非高丰度蛋白组分进行第二维反相液相色谱分离;随机选择含较低吸收峰的部分组分经胰蛋白酶水解后进行Nano LC-MS/MS 分析;将串联质谱数据通过MASCOT搜索NCBInr和EST数据库,并对二级质谱获得的蛋白序列进行MS BLAST分析。【结果】经第一维阴离子交换色谱分离,收集得到15个组分,其中第15组分包含小麦叶片丰度最高的蛋白——1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶（RuBisCO）;其余14个组分经反相液相色谱分离,共收集1 551个组分,获得1 867个色谱峰;随机对其中6个含较低吸收峰的收集组分酶解和Nano LC-MS/MS 检测,9种蛋白得到鉴定。【结论】结果初步表明,利用2D-LC和Nano LC-MS/MS技术可有效地分离和鉴定小麦叶片蛋白质组,为更深入全面地研究小麦叶片蛋白质组奠定基础。 相似文献
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[目的]对橡胶树不同品系橡胶粒子蛋白进行比较研究。[方法]以11个橡胶树品系为试材,采用不同离心速度分级分离方法,获得不同直径大小的纯化橡胶粒子,分别洗脱其膜蛋白并作电泳SDS-PAGE分析,并比较了高产品系和低产品系胶乳中的大橡胶粒子膜蛋白质谱。[结果]14.5、24.02、7.0、32.0、34.0和49.0 kD等蛋白条带的含量在不同直径大小的橡胶粒子上有明显变化,其中14.5 kD蛋白是橡胶延长因子,24.0 kD蛋白是小橡胶粒子蛋白。橡胶树各个品系具有各自独立的特征蛋白谱带,主要表现为在品系之间存在某些谱带表达量上的差异,其中27.0 kD橡胶粒子膜蛋白在耐乙稀利刺激的PR107中的丰度要显著高于不耐乙稀利刺激的海垦1号。[结论]橡胶粒子膜表面的一些蛋白条带可能跟橡胶粒子直径大小或发育相关。 相似文献
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橡胶延长因子基因的原核表达及其多克隆抗体的制备(英文) 总被引：6，自引：1，他引：5
[Objective] The aim of this study was to prepare the recombination protein of rubber elongation factor and its polyclonal antibodies.[Method] The encoding gene of rubber elongation factor(REF)was amplified by RT-PCR,and cloned into the prokaryotic expression vector pDEST17 to transform into Escherichia coil BI2I-AI.The recombinant protein induced by L-Arabinose was purified by the affinity chromatography.As the immunogen,the recombination protein was used to immunize mice for preparing polyclonal antibodies,while ELISA and Western blot hybridization were used to detect the titers and specificity.[Result] The purified recombination protein of REF with high expression was used to immunize house mice for preparing polyclonal antibodies with high titer and specificity.The western blot hybridization showed that the antibody could recognize the natural REF from latex.[Conclusion] The recombination protein of REF was successfully obtained and the mouse anti REF antibody with high titer and specificity was prepared,which lays a basis for further studies on biological functions of rubber elongation factor and other membrane proteins in rubber particles. 相似文献
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[Objective] The aim of this study was to prepare the recombination protein of rubber elongation factor and its polyclonal antibodies.[Method] The encoding gene of rubber elongation factor(REF)was amplified by RT-PCR,and cloned into the prokaryotic expression vector pDEST17 to transform into Escherichia coil BI2I-AI.The recombinant protein induced by L-Arabinose was purified by the affinity chromatography.As the immunogen,the recombination protein was used to immunize mice for preparing polyclonal antibodies,while ELISA and Western blot hybridization were used to detect the titers and specificity.[Result] The purified recombination protein of REF with high expression was used to immunize house mice for preparing polyclonal antibodies with high titer and specificity.The western blot hybridization showed that the antibody could recognize the natural REF from latex.[Conclusion] The recombination protein of REF was successfully obtained and the mouse anti REF antibody with high titer and specificity was prepared,which lays a basis for further studies on biological functions of rubber elongation factor and other membrane proteins in rubber particles. 相似文献
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《（《农业科学与技术》）编辑部》2008,(4)
[Objective] The aim of this study was to prepare the recombination protein of rubber elongation factor and its polyclonal antibodies.[Method] The encoding gene of rubber elongation factor(REF)was amplified by RT-PCR,and cloned into the prokaryotic expression vector pDEST17 to transform into Escherichia coil BI2I-AI.The recombinant protein induced by L-Arabinose was purified by the affinity chromatography.As the immunogen,the recombination protein was used to immunize mice for preparing polyclonal antibodies,while ELISA and Western blot hybridization were used to detect the titers and specificity.[Result] The purified recombination protein of REF with high expression was used to immunize house mice for preparing polyclonal antibodies with high titer and specificity.The western blot hybridization showed that the antibody could recognize the natural REF from latex.[Conclusion] The recombination protein of REF was successfully obtained and the mouse anti REF antibody with high titer and specificity was prepared,which lays a basis for further studies on biological functions of rubber elongation factor and other membrane proteins in rubber particles. 相似文献
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【目的】克隆薄壳山核桃MADS-box基因的保守片段,进行系统发育分析,为研究薄壳山核桃花发育相关MADS-box家族基因及其发育的分子机理奠定基础。【方法】以薄壳山核桃品种‘马罕’雄花花序为材料,提取总RNA反转录cDNA,采用RT-PCR克隆MADS-box基因的保守片段,并将其推导氨基酸序列与已知拟南芥的MADS-box家族基因进行系统发育分析。【结果】分离获得28条MADS-box基因的cDNA片段,片段长度均为137 bp,包含基因起始密码子,核苷酸序列同源性为65.7%~98.5%,其推导氨基酸序列中有11个存在差异。系统发育树分析结果表明,这些基因片段分别归入拟南芥MADS-box基因不同亚家族中,包含ABCDE模型中的各类基因。【结论】薄壳山核桃中存在多种MADS-box家族基因,克隆的片段包含ABCDE模型中的各类花发育基因。 相似文献
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新疆红肉苹果转录因子MsMYB10基因的克隆、序列分析及原核表达 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】克隆新疆红肉苹果[Malus sieversii f.neidzwetzkyana(Dieck)Langenf]MYB10转录因子基因,进行序列分析和原核表达研究,为进一步探索红色发育机理及选育新的栽培红肉苹果奠定理论基础。【方法】根据MdMYB10基因编码区设计1对特异引物,以新疆红肉苹果叶片总RNA为模板,通过RT-PCR获得1个约700bp的cDNA片段,T/A克隆后进行序列测定,并对该序列进行分析。随后将该基因片段连接到原核表达载体pET-30a(+)中,构建融合表达质粒,转化到E.coli BL21(DE3)中进行表达。【结果】测序结果显示,RT-PCR获得的cDNA全长包含完整的cDNA开放读码框732bp,编码244个氨基酸,命名为MsMYB10。MsMYB10分子量为28.56kD,等电点为8.41,GenBank登录号为GQ500894。该蛋白具有R2R3MYB结构域,结构域中有保守的色氨酸残基,在C端有1个富含酸性氨基酸的转录激活区。与已知MdMYB10的氨基酸序列的同源性为98%。另外,MsMYB10没有信号肽,具有核定位信号。进化树分析表明,MsMYB10与调控花青苷合成的转录因子MdMYB10亲缘关系最近,处在同一进化枝。SDS-PAGE电泳检测结果表明,表达蛋白与预期蛋白大小一致。【结论】克隆了新疆红肉苹果转录因子MsMYB10基因,并可在大肠杆菌中转化表达。为进一步纯化和鉴定目的蛋白及研究其功能奠定了试验基础。 相似文献
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Q型烟粉虱化学感受蛋白基因BtabCSP1的克隆与分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】克隆Q型烟粉虱（Bemisia tabaci）化学感受蛋白基因,分析其序列特征和表达特性,为深入研究该类基因功能奠定基础。【方法】根据桃蚜化学感受蛋白OS-D2a（ABM5558）的氨基酸序列,借助生物信息学搜索烟粉虱EST序列拼接了1个烟粉虱化学感受蛋白基因（BtabCSP1）,以烟粉虱mRNA为模板,采用RT-PCR扩增克隆烟粉虱化学感受蛋白cDNA。采用半定量RT-PCR对不同发育阶段的烟粉虱样品中BtabCSP1的表达模式进行研究。【结果】BtabCSP1完整阅读框全长为2 626 bp,包含2个外显子和1个内含子,编码131个氨基酸残基,其中含有1个CX6CX18CX2结构域,为化学感受蛋白的典型特征。BtabCSP1在供试样品中均有表达,并且在2龄、3龄和伪蛹阶段表达量更高。聚类分析结果表明,烟粉虱与果蝇、桃蚜等物种遗传关系较远,化学感受蛋白基因在物种进化过程中较为活跃。【结论】从Q型烟粉虱若虫中克隆了1个化学感受蛋白基因 BtabCSP1,该基因在烟粉虱不同发育阶段中均能表达,推测其对烟粉虱的生长发育具有重要的调控作用。 相似文献