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1.
牛催乳素受体基因遗传多态性及其与部分精液品质性状的关联分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用PCR-SSCP方法对种公牛群体的催乳素受体基因(PRLR)所有外显子及5′UTR多态性进行检测。结果表明:外显子1及外显子8分别检测到了2种等位基因A、B和C、D,其中A、C为群体中优势基因,其他外显子及5′UTR没有遗传多态性;相关性分析表明,第1外显子位点AA型鲜精顶体完整率显著高于AB型(P=0.012),第8外显子位点CD型冻精活力显著高于CC型和DD型(P=0.004)。初步推断PRLR为影响种公牛繁殖性状的一个候选基因。 相似文献
2.
为了寻找影响奶牛产奶性状的候选基因,采用PCR-SSCP分子标记方法,对中国荷斯坦奶牛LOX-1基因3′非编码区进行了多态性分析。结果表明,在中国荷斯坦奶牛中检测的LOX-1基因3′UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型,其频率分别为0.1374,0.3130和0.5496;不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂率之间有显著的相关性(P<0.05),但对乳蛋白率、产奶量和体细胞评分(SCS)影响不大,未达到显著水平。初步认为LOX-1基因可能是控制中国荷斯坦奶牛产奶性能的一个候选基因,或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。 相似文献
3.
4.
为研究绵羊乙酰辅酶A酰基转移酶1(Acetyl-Coenzyme AAcyltransferase 1,ACAA1)基因多态性对绵羊肉质性状的影响。以68只杜泊羊×小尾寒羊杂交后代为研究对象,采用PCR扩增和Sanger测序技术检测绵羊ACAA1基因单核苷酸多态性（SNP）位点。结果显示,绵羊ACAA1基因存在2个SNPs位点：3′非翻译区（UTR）A/G突变,存在3种基因型AA、AG和GG,2个等位基因A和G,其中AG为优势等位基因型,G为优势等位基因;内含子14处C/T突变,存在3种基因型CC、CT和TT,2个等位基因C和T,其中CT为优势等位基因型,C型为优势等位基因;A/G和C/T 2个SNPs位点均处Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;上述2个SNPs位点在该群体内变异较小且均处于中度多态（0.250.05）。ACAA1基因多态性对绵羊肉质性状有一定影响,为后续... 相似文献
5.
利用直接测序法研究猪C-X-C基序趋化因子10(C-X-C motif chemokine ligand 10,CXCL10)基因5′侧翼区域多态性,并开展5′侧翼区域和3′UTR遗传变异位点群体遗传结构分析及其与哺乳仔猪腹泻和生长性状关联分析.发现在CXCL10基因5′侧翼区域存在13个SNPs位点,建立针对5′侧翼区域SNP rs337535939 NdeⅠPCR-RFLP分型技术.在民猪和长白猪群体中作SNP rs337535939和SNP c.407T>C与表型性状关联分析.结果表明,G等位基因在民猪和长白猪群体中基因频率分别为0.51和0.82;GG型民猪和长白猪35日龄断奶重和日增重显著高于AA型个体.GG型长白猪具有低腹泻指数.SNP c.407T>C对民猪和长白猪腹泻和生长速度无影响.综上,选育GG型个体可降低腹泻发生率,提高仔猪日增重,有望作为新遗传标记. 相似文献
6.
《南京农业大学学报》2021,44(2)
[目的]本研究旨在了解苏淮猪骨形态发生蛋白7(BMP7)基因3′-UTR序列特征,以及突变位点多态性与繁殖性状、3′-UTR活性的关系,为解析猪BMP7基因3′-UTR的调控机制提供参考。[方法]采用PCR扩增和测序等技术获得苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,利用生物信息学方法分析其序列特征;池DNA测序筛选苏淮猪BMP7基因3′-UTR上的突变位点,直接测序法对突变位点进行基因分型,采用线性模型分析突变位点多态性与繁殖性状的关系;构建突变位点不同等位型BMP7基因3′-UTR报告载体,用双荧光素酶报告基因系统分析突变位点对BMP7基因3′-UTR活性的影响。[结果]获得639 bp的苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,与其他猪种序列的同源性较高;序列中含有AU-富集元件(ARE)和miRNA应答元件(MRE)等经典的顺式作用元件。在苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列的273 nt处发现1个AG突变,命名为c.*273AG突变。在苏淮猪群体中BMP7基因c.*273AG位点有3种基因型,其中AA型为优势基因型,A为优势等位基因。关联分析发现该突变位点多态性与初产产仔数显著关联,其中AG型母猪比GG型每胎高0.83头。荧光素酶活性分析发现A等位型3′-UTR报告载体的荧光素酶活性高于G等位型,但差异不显著。[结论]BMP7是苏淮猪繁殖性状的候选基因。 相似文献
7.
为探索SLC27A1基因对牛肉质性状的影响,选取中国西门塔尔牛太行类群牛公牛、阉牛各20头为研究对象,采用PCR法分析SLC27A1的基因遗传多态性。检测到SNP位点为S5650:TC,该位点存在有3种基因型,其中CC基因型频率较高(62.5%),TT基因型频率最低(12.5%)。采用GLM对肉质相关性状与SLC27A1基因进行关联分析,结果表明,剪切力、肉色a、肉色b表型中,CC与TT及CT与TT差异均极显著(P0.01),其他性状间差异不显著(P0.05),阉牛与公牛间对肉质的弹性与咀嚼性差异显著(P0.05)。采用Real-time PCR分析,CC基因型在肌肉与脂肪中的表达量比基因型CT与TT差异显著(P0.05),阉牛与公牛之间的表达量在肌肉中差异极显著(P0.01)。SLC27A1基因S5650:TC位点突变对中国西门塔尔牛太行类群肉质性状存在一定的遗传效应。 相似文献
8.
[目的]了解威宁黄牛SOCS4基因多态性及其与生长性状的关联性,为深入研究SOCS4基因遗传效应及其功能和调控机制奠定基础.[方法]随机抽取106头威宁黄牛,采集血样后提取总DNA,利用PCR-SSCP检测SNP位点及基因型,并分析SOCS4基因SNP位点与不同个体生长性状的相关性.[结果]在SOCS4基因中共发现两个SNP位点,分别是第1内含子的T+435C和3+UTR的G+13700C,均有3种基因型.在威宁黄牛群体中,T+435C位点是以T为优势等位基因,G+13700C位点则以C为优势等位基因,但只有T+435C位点与威宁黄牛的生长性状存在显著关联(P＜0.05,下同),且在公牛和母牛中呈不同关联性特征.在公牛中,T+435C位点与胸围显著相关,TT型个体胸围均值显著高于CC型个体;而在母牛中,T+435C位点与管围、胸深、腰高和坐骨端宽等生长性状显著关联,且均以CC型个体值高于其他基因型个体.[结论]威宁黄牛SOCS4基因多态性不丰富,且只有内含子区的T+435C位点与其生长性状存在明显关联,即T+435C位点可作为威宁黄牛生长性能的辅助选择分子标记. 相似文献
9.
为了寻找影响奶牛产奶性状的候选基因，采用PCR-SSCP分子标记方法，对中国荷斯坦奶牛LOX-1基因3′非编码区进行了多态性分析。结果表明，在中国荷斯坦奶牛中检测的LOX-1基因3′UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型，其频率分别为0．1374，0.3130和0．5496；不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂率之间有显著的相关性（P〈O．05），但对乳蛋白率、产奶量和体细胞评分（SCS）影响不大，未达到显著水平。初步认为LOX-1基因可能是控制中国荷斯坦奶牛产奶性能的一个候选基因，或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。 相似文献
10.
通过研究PRLR基因多态性与母猪产仔性能的关系,为该基因在标记辅助选择中的应用提供依据。采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪5个品种(系)共计323个个体PRLR基因3′-UTR的多态性.并采用单变量动物模型,分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因3′- UTR存在多态性,在所研究的群体中检测到A、B两个等位基因和AA、AB、BB三种基因型。在马身猪和山西白猪中,A等位基因占优势,频率分别为0.97和0.88;而在大白猪、长白猪和山西黑猪中,A、B两个等位基因的频率基本相似,分布在0.47～0.53之间。PRLR基因3′-UTR多态位点对母猪产仔性能无显著影响(P>0.05),不同基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数均没有显著差异,但均表现出AB>AA>BB的趋势。 相似文献
11.
【目的】分析位置候选基因SLCO1C1与绿壳蛋形成的关系,为绿壳蛋鸡提纯提供参考。【方法】以江西东乡绿壳蛋鸡为研究对象,以同群体的褐壳蛋鸡为对照,检测SLCO1C1基因上游6.5kb区域内的序列变异情况;采用Real-time PCR法检测SLCO1C1在蛋鸡脑、肝、脾、蛋壳腺中的表达情况,用3′RACE法克隆SLCO1C1 3′UTR,用PCR-RFLP法检测Ala528Glu错义突变基因型。【结果】在SLCO1C1基因上游6.5kb区域内共发现了33个单核苷酸变异(SNP),这些SNP与绿壳性状显著关联(P<0.05)。表达结果显示,SLCO1C1基因只在蛋鸡脑中表达,且在绿壳蛋鸡(n=5)与褐壳蛋鸡(n=5)间的表达无显著差异(P>0.05)。序列比对结果显示,绿壳蛋鸡与褐壳蛋鸡的SLCO1C1 3′UTR同源性为100%。在SLCO1C1基因11号外显子上发现了一个错义突变Ala528Glu,Glu突变与绿壳性状显著关联(P<0.05),且Glu突变在其他产绿壳蛋的鸟类中也存在。【结论】SLCO1C1可能通过间接途径影响胆绿素的转运,从而影响绿壳蛋的形成。SLCO1C1基因内存在大量的与绿壳性状显著关联的SNP,表明控制绿壳性状的O基因很可能就在SLCO1C1附近。 相似文献
12.
【目的】寻找与文昌鸡繁殖性能相关的遗传标记。【方法】以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序分析,对FSHR基因所有外显子及部分内含子区域进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,收集文昌鸡繁殖性能指标,分析FSHR基因多态性与繁殖性状的关系。【结果】共发现4个区域存在SNPs位点,分别为:区域4中exon 4编码区43bp处的T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变;区域2中exon 2编码区5′端-49bp处的C→T突变;区域6中exon 6编码区3′端+12bp处的A→G突变;区域9中exon 8编码区3′端+38bp处的G→T突变。对以上4个区域不同基因型与繁殖性状的相关性分析表明,文昌鸡FSHR基因第4外显子呈现的3种基因型(CC/CD/DD)多态性,与文昌鸡300日龄产蛋数及平均联产天数显著相关(P<0.05)),而且CD杂合基因型的300日龄产蛋数及平均联产天数显著高于其他基因型(P<0.05)。【结论】FSHR基因可作为影响文昌鸡产蛋数的候选基因。 相似文献
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【目的】研究绵羊生肌因子6（myogenic factor 6,MYF6）基因的多态性,分析其对羔羊胴体瘦肉性状的影响。【方法】以215只新西兰罗姆尼公羔为对象,采集其血样,屠宰后测定其后腿、腰部和肩部瘦肉量等胴体指标。提取血样基因组DNA,采用PCR-SSCP检测MYF6基因5′UTR和第1外显子2个区域的多态性,分析核苷酸序列变异对羔羊胴体瘦肉性状的影响。采集绵羊乳腺、肝脏、心脏、背最长肌、脾脏、肺脏、卵巢和肾脏组织,以β-actin为内参基因,用RT-qPCR等方法检测MYF6基因的相对表达量。【结果】在第1外显子区域,检测到1个SNP（c.129 C>T）,有A和B 2种等位基因,存在AA和AB 2种基因型。在5′UTR区域检测到1个3 bp的碱基缺失（c.-589~-590 del ATA）,有C和D 2种等位基因,存在CC和DD 2种基因型。2个区域的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MYF6基因第1外显子的基因型极显著影响了羔羊后腿、腰部和肩部3个部位的瘦肉量,以及总瘦肉量和腰部瘦肉比例（P<0.01）。MYF6基因在绵羊乳腺、肝脏、心脏等8个组织中均有表达,但以背最长肌中的表达量最高（P<0.05）。【结论】绵羊MYF6基因具有丰富的多态性,其基因型对胴体瘦肉性状有显著影响。 相似文献
14.
【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P... 相似文献
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【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体(鲁西牛、鲁杂牛(鲁西牛×西门塔尔牛)、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛)共779头3~4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3-′UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P<0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P<0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P<0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P>0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。 相似文献
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为了研究食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织中IRX3基因5′UTR区甲基化情况及IRX3基因mRNA表达情况,将雄性C57BL/6J小鼠进行食源性肥胖造模,采用RT-qPCR法检测IRX3 mRNA表达情况,BSP(Bisulfite sequencing PCR,BSP)法检测IRX3基因5′UTR区甲基化情况。结果表明,肥胖组小鼠腹部脂肪组织IRX3基因相对表达量极显著高于对照组(P0.01);小鼠腹部脂肪组织IRX3基因5′UTR区甲基化率差异不显著,但有2个位点(-128 bp和-116 bp处)和1个位点(-182 bp处)的甲基化率在所有肥胖小鼠中分别达到62.5%、62.5%和75.0%,极显著高于其他位点。小鼠发生食源性肥胖,IRX3基因mRNA表达上调;食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织IRX3基因表达上调与其5′UTR区甲基化率无关;食源性肥胖小鼠腹部脂肪组织IRX3基因5′UTR区3个特异位点的甲基化,可能参与了肥胖的发生。 相似文献
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以水稻籽粒产量相关的 OsDEP 1为候选基因,利用生物信息学分析方法获得了其在玉米中同源基因ZmDEP 1的全长并进行了基因结构划分和验证,将该基因与玉米粒重相关基因 QTL-q 300k 20和 QTL-qgrwt 6共定位。将 ZmDEP 1基因的3′端在一个由121份优良玉米自交系组成的关联群体中进行测序及多态性位点测定,结合北京和海南两个环境下的籽粒性状表型数据进行关联分析。发现该基因3′UTR 的一个单核苷酸多态性位点（SNP）S182,两种环境下都与粒重和籽粒体积相关,表明 S182可能是一个影响玉米粒重、体积的功能位点。 相似文献
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中国荷斯坦奶牛Leptin基因第2外显子多态性及其与产奶性状的相关性 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】研究中国荷斯坦奶牛Leptin基因第2外显子的多态性,分析其多态性与产奶性状的关系。【方法】以中国荷斯坦奶牛为材料,利用PCR-SSCP技术对瘦素基因(Leptin)第2外显子的遗传多态性及其与奶牛产奶性状的相关性进行了分析。【结果】中国荷斯坦奶牛Leptin基因第2外显子有2种等位基因A和B,等位基因频率分别为0.697 5和0.302 5,群体多态信息含量为0.333 0,杂合度为0.422 0,A等位基因是群体中的优势等位基因;BB型个体第1,2,3胎的乳脂率和乳蛋白率及第1,2胎的产奶量等产奶性状显著或极显著优于AA型(P<0.01或P<0.05);第1,2,3胎的产奶量及第1,2胎的乳脂率和第2胎的乳蛋白率也显著或极显著优于AB型(P<0.01或P<0.05)。【结论】Leptin基因可用于中国荷期坦奶牛产奶性状的辅助选择。 相似文献
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中国荷斯坦奶牛BLF基因5′侧翼区PCR-SSCP多态性及其与乳房炎的相关性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR-SSCP技术,对中国荷斯坦奶牛乳铁蛋白基因(Bovine lactoferrin,BLF)5′侧翼区的多态性进行了分析,并用最小二乘法拟合线性模型分析各种基因型与奶牛乳房炎的相关性。结果发现,中国荷斯坦奶牛BLF基因5′侧翼区存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.8805,0.0299和0.0896;AA基因型在-148位缺失G;与AA基因型相比,BB基因型在-149位发生C→T变异,-135位发生G→A变异;BLF基因5′侧翼区的χ2值为7.992 4(P<0.01),说明BLF基因5′侧翼区的突变处于Hardy-Weinberg非平衡状态,样本群体中AA基因型的SCSLAW最大,BB基因型的SCSLAW最小,两者差异极显著(P<0.01)。表明BLF基因5′侧翼区BB基因型可能与乳房炎的抗性有关,AA基因型可能与乳房炎的易感性有关。 相似文献
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利用microRNA靶位点预测网站结合小鼠胚胎着床芯片数据预测了mir-21的5个与着床相关的靶基因:Reck、F3、Upk1 b、Ggh、Tmed6,通过分别构建含有靶基因3′UTR的重组报告载体、pre-mir-21或/和mir-21inhibitor体外转染细胞、双荧光素酶活性分析初步确定mir-21的靶位点。pre-mir-21可显著降低转染上述5个重组载体的细胞内荧光素酶活性;mir-21 inhibitor可显著增加转染Reck、Upk1 b和Tmed63′UTR的重组载体的细胞内荧光素酶活性;pre-mir-21和mir-21 inhibitor共转染可分别显著增加转染含有Reck3′UTR、F33′UTR、Upk1 b3′UTR和Ggh3′UTR的重组载体的细胞内荧光素酶活性。Reck和Upk1b可能是mir-21的靶基因。 相似文献