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相似文献
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1.
腐霉根腐病严重影响着大豆种子发芽和植株的生长,谷胱甘肽转移酶是植物与生物胁迫和非生物胁迫相互作用的主要酶,在失活有毒化合物,保护植物细胞免受氧化损伤等方面扮演着十分重要的角色。本研究从腐霉菌侵染的抗病大豆灰不支黑豆中分离出Gm GST26基因,采用生物信息学方法对大豆Gm GST26的序列特征、结构、大豆Gm GST家族基因的进化关系及表达数据进行分析;利用荧光定量PCR技术和DGE表达谱数据分别对Gm GST26基因在不同抗病品种中的表达特点及在抗病大豆互作过程中的表达模式进行分析。研究结果表明,腐霉菌侵染大豆后Gm GST26基因上调表达,Gm GST26编码225个氨基酸,等电点为6.92,具有明显的GSTs蛋白的典型结构域,属于GSTs家族中Tau亚家族,与Gm GST7的相似性为98.22%,属旁系同源基因。组织特异性表达分析,主要在根部表达,其次为花,该基因在腐霉菌、疫霉菌与大豆互作过程中的表达模式为应激反应上调基因,且防卫反应负调控。  相似文献   

2.
磷是植物生长发育的必需元素之一,紫色酸性磷酸酶能够参与植物体内有机磷的降解,在油菜抗低磷胁迫中具有潜在的应用价值。本研究从甘蓝型油菜中克隆获得编码紫色酸性磷酸酶的基因BnPAP17_A05,生物信息学分析发现该基因具有3个外显子和两个内含子,编码含有337个氨基酸的蛋白质,且该蛋白质在第7~29个氨基酸的位置有一个跨膜结构域。本研究构建了过表达载体2X35S::BnPAP17_A05,并成功完成在甘蓝型油菜中的遗传转化,获得了11个转基因阳性株系,为深入研究BnPAP17_A05在油菜抗低磷胁迫中的作用提供材料,也为油菜抗低磷胁迫的分子育种提供一定理论基础和实践意义。  相似文献   

3.
GPAT9基因是参与植物体中油脂代谢的重要基因之一,在甘蓝型油菜中该基因还未被深入研究。为了研究甘蓝型油菜中GPAT9基因,通过查找拟南芥At GPAT9基因(At5G60620),并以At GPAT9基因编号到Brassica Database数据库检索到白菜、甘蓝GPAT9基因序列,然后对拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9序列进行比对。根据比对结果设计出一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中克隆得到一条长度为1 131 bp大小的GPAT9 CDs序列,将其命名为Bn GPAT9。Bn GPAT9基因共编码376个氨基酸,相对分子量为43.25 k D,等电点为8.97,不稳定系数为46.46;Bn GPAT9编码的蛋白有三个跨膜结构域,没有信号肽;该蛋白的二级结构中α螺旋为38.03%,β折叠为21.28%,β转角为9.04%,无规则卷曲为31.65%。分析表明:无论核苷酸序列还是氨基酸序列聚类均显示Bn GPAT9与拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9亲缘关系近;Bn GPAT9具有溶血磷脂酰基转移酶(LPLAT)的结构域LPCAT1-like和GPAT9特有的活性位点。从序列分析、理化性质分析、二级结构预测、亚细胞定位和功能结构域分析等都表明克隆到的基因为甘蓝型油菜Bn GPAT9基因,属于GPAT基因家族成员。  相似文献   

4.
为了分析油菜MAP激酶3对各种环境胁迫信号的表达响应,以甘蓝型油菜中双9号为试材,采用同源克隆法克隆了甘蓝型油菜MAP激酶3基因(Bn MPK3)的c DNA序列。序列分析表明,Bn MPK3编码一条370个氨基酸残基的蛋白序列,这个序列含有1个高度保守的TEY磷酸化位点和一个CD锚定区域,与At MPK3的序列相似性达到94%。烟草瞬时表达分析显示,Bn MPK3是1个细胞核定位蛋白;荧光定量PCR分析显示,Bn MPK3在茎以及花和叶组织器官中特异性表达,并且对Na Cl溶液、4℃低温、PEG溶液和K2Cr2O7溶液以及甲基茉莉酸(Me JA)和乙烯前体(ACC)等的处理显著上调表达。结果表明,Bn MPK3是高盐、低温、干旱、重金属以及JA和ET等各种环境胁迫因子的响应基因,建议Bn MPK3可能在调控油菜对各种环境胁迫防御的过程中位于JA和ET相关的信号网络中,数据将为进一步研究Bn MPK3在油菜抗逆中的功能及其机制提供理论线索。  相似文献   

5.
B-box型锌指蛋白参与植物多种生长发育和非生物逆境胁迫响应过程。笔者通过RT-PCR克隆得到甘蓝型油菜2个B-box型锌指蛋白基因Bn STO-1和Bn STO-2。Bn STO-1的ORF长度为723 bp,推测编码240个氨基酸,定位于A8染色体。Bn STO-2的ORF长度为726 bp,推测编码241个氨基酸,定位于C8染色体。2个基因均由3个外显子和2个内含子构成,在氨基酸水平上的相似性达到了96.68%。系统进化分析表明Bn STO与拟南芥At STO的亲缘关系较近,同源性较高。荧光实时定量PCR结果表明Bn STO在检测的各个组织中均有表达,其中叶和蕾中的表达量最高;高盐、干旱和高温能显著诱导Bn STO-1和Bn STO-2的表达,但出现峰值的时间不同,推测2个基因均可能参与了油菜的非生物逆境胁迫响应。  相似文献   

6.
为探究谷胱甘肽硫转移酶Sigma家族中Sigma 1基因的分子特征,从黄野螟成虫转录组文库中鉴定获得了GST Sigma 1基因全长c DNA,命名为Hv GSTs1(Gen Bank:MF521977)。并对该基因进行生物信息学分析,并使用RTq PCR对Hv GSTs1在其不同发育阶段、幼虫不同部位及成虫不同部位的相对表达量进行检测。结果表明,该基因全长1 054 bp,共编码204个氨基酸。序列分析显示,Hv GSTs1蛋白氨基酸序列含有N端结构域GST_N_Sigma_like和C端结构域GST_C_Sigma_like等2个结构域,Hv GSTs1的氨基酸序列与二化螟同源性最高,为76%。系统发育树分析显示,黄野螟与二化螟处于同一分支。用RT-q PCR分析了Hv GSTs1基因的相对表达量,结果显示,Hv GSTs1在蛹中的表达量高于其他发育阶段;Hv GSTs1在幼虫脂肪体中表达量最高,在中肠表达量最低;Hv GSTs1在成虫中腹部和胸部表达量最高,足部表达量最低,各部位均有表达,且有显著差异(P0.05)。研究结果为以后深入探讨黄野螟Sigma家族GST的生理功能奠定了基础。  相似文献   

7.
为了进一步研究小麦谷胱甘肽-S-转移酶基因(TaGST)的功能,采用RT-PCR方法分离了小麦谷胱甘肽-S-转移酶基因(TaGST)的ORF全长c DNA,并进行了生物信息学分析。结果表明:小麦TaGST基因的ORF全长690 bp,编码229个氨基酸;TaGST蛋白分子质量为25.81 k Da,p I为5.29。系统进化分析表明,该基因编码蛋白与水稻OsGST蛋白的氨基酸同源性最高,与已知植物GST家族成员的氨基酸序列聚类分析将TaGST聚为Phi类GST。构建原核表达载体p ET32-TaGST,对TaGST基因进行原核表达,SDS-PAGE结果表明,其所表达蛋白与预期蛋白大小一致。为进一步研究该基因的特性和功能奠定了理论基础。  相似文献   

8.
《分子植物育种》2021,19(16):5307-5317
谷胱甘肽硫-转移酶(glutathione-S-transferase, GST)是一类重要的多功能蛋白酶(EC 2.5.1.18),可参与解毒作用、抵御生物与非生物胁迫以及次级代谢物质运输。本研究以石榴(Punica granatum)为材料,在其全基因组中共鉴定到44个Pg GSTs基因家族成员。44个成员编码蛋白氨基酸长度为103~417 aa,分子量为11.87~47.42 kD,理论等电点在4.96~9.34,大部分成员定位于细胞质。进化分析显示,Pg GSTs可以划分为8个亚家族,石榴U型和F型亚家族成员居多数。其中43个基因家族成员均含有GST_N保守基序motif 1和motif 2。染色体定位与共线性分析显示,44个成员在8条染色体不均匀分布,存在10处串联重复,并与苹果MdGSTs具有更近的基因进化起源关系。上游2 kb区域顺式作用元件分析表明,该基因家族成员能够响应非生物胁迫、植物激素等刺激。转录组表达分析显示Pg GST有一定的组织表达特异性,其中PgGSTF3可能参与了成熟花和果实外种皮花青苷转运积累过程。本研究可为深入研究石榴GST基因家族生物学功能提供理论基础。  相似文献   

9.
CNGC是植物中普遍存在的环核苷酸门控通道,对植物的逆境响应有重要作用。系统分析甘蓝型油菜BnCNGC基因家族成员全基因组分布、结构、进化及其响应不同逆境胁迫的表达特性,对于阐明其生物学功能具有重要意义。本研究利用拟南芥和甘蓝CNGC蛋白保守结构域及特异基序氨基酸序列在全基因组水平鉴定了甘蓝型油菜BnCNGC家族成员,分析其基因结构、染色体定位、蛋白理化性质、蛋白保守结构域、系统进化及启动子顺式作用元件等。利用转录组数据,筛选甘蓝型油菜逆境响应候选BnCNGC成员,并采用实时荧光定量PCR分析其在核盘菌、PEG模拟干旱胁迫下的表达模式。结果显示,共鉴定到49个甘蓝型油菜BnCNGC成员,分布于除A08、C06的17对染色体上,含有5~10个内含子,其上游1500 bp包含大量逆境胁迫响应元件。BnCNGC家族成员编码的蛋白质含413~801个氨基酸,相对分子量(MW)范围47.62~110.58kD,等电点(pI)范围6.10~9.88。系统进化分析表明,BnCNGC分为Group Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ四类。转录组数据分析表明, BnCNGC9、BnCNGC27和BnCNGC48均参与逆境胁...  相似文献   

10.
甘蓝型油菜GPDH基因克隆及其生物信息学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了进一步研究甘蓝型油菜GPDH基因,通过从拟南芥GPDH基因与甘蓝型油菜的共线性分析发现:拟南芥GPDH基因(At2g41540)在甘蓝型油菜A基因组和C基因组中有4个拷贝,分别为:GSBRNA2T00132785001、GSBRNA2T00024258001、GSBRNA2T00058395001、GSBRNA2T00019118001。从Gen Bank分别下载了它们的DNA序列和c DNA序列,c DNA序列依次命名为GPDH1、GPDH2、GPDH3、GPDH4。根据序列信息设计了4对不同的引物,从甘蓝型油菜湘油15号c DNA全长序列中扩增出了4条片段,分别命名为Bn GPDH1、Bn GPDH2、Bn GPDH3、Bn GPDH4。利用生物信息学软件和在线系统进行核苷酸序列分析和蛋白进化分析。结果显示:4条片段大小依次为1 395,1 395,1 389,1 536 bp。其中,Bn GPDH4翻译成氨基酸时序列中间出现终止密码子,不能合成有效蛋白。3个Bn GPDH蛋白的氨基酸数目为464,464和462个,理论分子量为51.584 4~51.829 7 k Da,二级结构α螺旋和无规则卷曲所占比例在42%左右,其次是延伸链所占比例约为15%。三者的跨膜结构总体来说是相同的。3个蛋白都由保守结构Gps A、NADB_Rossmann superfamily和NAD_Gly3P_dh_C superfamily组成,属于GPDH超基因家族。同源建模分析表明3个蛋白均能适用甘油3磷酸脱氢酶(Glycerol-3-phosphate dehydrogenase,GPDH)模型。对其进行亚细胞定位预测在细胞质膜的概率为79.0%。从序列分析、核苷酸聚类、理化性质预测、二级、三级结构预测、亚细胞定位预测、氨基酸聚类分析得出结论,它们具有GPDH基因家族的特征,为甘蓝型油菜GPDH基因家族中的成员。  相似文献   

11.
了解异源四倍体甘蓝型油菜中AMT基因家族的功能,为进一步克隆和利用基因改良甘蓝型油菜的氮素利用效率和铵毒抗性提供一定的理论基础。利用生物信息学的方法鉴定出20个BnaAMTs基因,其中14个为AMT1亚家族成员,6个为AMT2亚家族成员,它们不均匀地分布在油菜的12条染色体上。进化与保守基序分析结果表明,BnaAMTs蛋白亚家族内的蛋白质序列保守性较高,但亚家族之间的差异较大。BnaAMTs基因在油菜不同组织中的表达谱显示,该基因家族表达具有组织特异性。利用转录组测序结果分析发现,根部在供应高浓度的铵态氮和硝态氮时,BnaA7.AMT1;3表达量最高;在硝态氮缺乏条件下,BnaA5.AMT1;1表达量最高;在上述几种处理下,BnaC6.AMT1;1都是地上部表达量最高的拷贝。在缺硼或缺磷条件下,油菜BnaAMTs基因整体呈现表达上升的趋势;但在盐胁迫条件下,表达量下降;镉胁迫对BnaAMTs基因的表达影响较小。这些基因可能在铵态氮与其他必需营养元素的互作、镉胁迫、盐胁迫等逆境响应中发挥一定的作用;并为进一步深入解析甘蓝型油菜AMT家族基因的分子功能奠定了基础。  相似文献   

12.
谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)是谷胱甘肽结合反应的关键酶,催化谷胱甘肽结合反应的起始步骤,主要存在于胞液中,有多种形式,其在病理学上有一定的重要性。本研究通过克隆GST基因以及对其进行相关的生物信息学分析。利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术扩增该基因,经分析该基因可编码219个氨基酸,并且通过相关分析得到这219个氨基酸组成的蛋白为稳定的亲水性蛋白,有一个明显的区段存在信号肽,在该蛋白中α-螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构方式,根据序列同源比对,蓖麻、麻疯树和榴莲聚类到一起,说明相对于其他物种,它们的同源性较高。这些分析结果为蓖麻谷胱甘肽S-转移酶生物合成及其功能的进一步研究提供一定的理论与实践依据。  相似文献   

13.
谷胱甘肽(glutathione, GSH)在生物体内具有抗氧化、抗衰老和重金属解毒等重要的生理功能。谷氨酸半胱氨酸连接酶(glutamate cysteine ligase, GCS)是合成谷胱甘肽的关键酶,又名γ-谷氨酰基半胱氨酸合成酶(γ-glutamylcysteine synthetase, γ-ECS)。本研究利用RT-PCR技术从甘蓝型油菜(Brassica napus L.)镉低积累品种‘美国油王88’中克隆到谷胱甘肽合成酶基因GCS的2个拷贝,分别命名为Bn-GCS-1和Bn-GCS-2。序列分析表明Bn-GCS-1的ORF长度为1 536 bp,推测编码蛋白含有511个氨基酸,分子量为57.58 kD,等电点为6.02;Bn-GCS-2的ORF为1 545 bp,推测编码514个氨基酸,分子量为57.95 kD,等电点为5.90。氨基酸序列比对和进化树分析发现,Bn-GCS-1和Bn-GCS-2与其他植物同源蛋白具有较高的一致性,且与白菜型油菜和甘蓝型油菜归为一类,亲缘关系最近。2个蛋白都由保守结构谷氨酸-半胱氨酸连接酶,γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶组成,属于谷氨酰半胱...  相似文献   

14.
锌(Zn)是重要的微量元素之一,但土壤中过量的锌累积会影响植物的生长发育。本研究以不同遗传来源的140份甘蓝型油菜为材料,利用芸薹属60K SNP芯片对锌胁迫下(30 mg L-1)甘蓝型油菜发芽期相对下胚轴长(RHL)进行全基因组关联分析,筛选与甘蓝型油菜发芽期下胚轴长度显著关联的SNP位点及候选基因。群体结构分析表明,供试的140份甘蓝型油菜被分为2个亚群,其中89%材料间亲缘关系小于0.1,说明供试群体材料亲缘关系比较远。GWAS分析共检测到8个与RHL显著关联的SNP位点,单个SNP位点分别可解释22.0%~33.2%的表型变异。转录组分析获得的差异基因GO富集分析结果表明,上调表达基因主要参与氧化还原反应、离子转运、胁迫反应、防御反应和硫化合物转运。综合全基因组关联分析和转录组测序结果,共鉴定到19个与锌胁迫相关的候选基因,包括编码锌指蛋白家族成员(B-box型和ZFP1)、谷胱甘肽转移酶GSTU21、过氧化物酶家族蛋白、ABC和MFS转运蛋白及细胞壁相关激酶蛋白和一些重要的转录因子(BnaA07g27330D、BnaA02g30270D、BnaA07g27840D、BnaA07g31860D和BnaA07g28000),为深入解析油菜锌胁迫分子机制提供了参考。  相似文献   

15.
克隆甘蔗谷胱甘肽硫转移酶(Glutathione S-transferase,GST)基因,并分析其序列特征和表达谱,为甘蔗抗旱育种提供基因来源。本研究采用电子克隆和RT-PCR技术从甘蔗品种‘新台糖22号’中克隆到一个甘蔗GST基因,命名为SoGST-1a。通过生物信息学软件分析其序列特征,采用实时荧光定量PCR检测其表达谱。序列分析表明该基因cDNA全长702 bp,编码224个氨基酸,预测的蛋白分子式为C1117H1750N300O328S6,蛋白分子量为24.82 kDa,等电点为5.96。蛋白疏水性分析推测其为亲水性蛋白。保守结构域预测表明SoGST-1a蛋白具有2个GST结构域。系统进化树分析表明该基因与玉米Zeta类GST蛋白亲缘关系最近。荧光定量PCR分析显示,干旱胁迫下SoGST-1a基因下调表达。研究结果表明,SoGST-1a基因可能在甘蔗干旱胁迫中并不发挥一定作用。这些结果为深入了解SoGST-1a基因的生物学功能奠定了基础。  相似文献   

16.
以阿蒂擎天凤梨乙烯处理和不处理的植株为材料建立的抑制性差减杂交文库中,筛选到的一个被乙烯诱导并与已知植物谷胱甘肽-S-转移酶(GST)同源的cDNA片段,通过RACE技术得到该基因的全长cDNA序列。序列分析表明,该基因可能属于thioredoxin-likesuperfamily和GSTC_family superfamily两个超家族中的成员。利用半定量RT-PCR检测该基因的表达量在乙烯处理后先会在1h显著升高,然后随时间逐步降低,说明乙烯作为一种逆境胁迫相关激素,可在短时间内诱导凤梨中GST的表达。推测其在受到外源乙烯信号诱导后,一方面可能参与了植物体内的解毒作用,另一方面可能参与了花青素的合成调控和运输。本实验中的GST作为观赏凤梨中一个新发现的GSTs家族成员,对于研究热带花卉中GSTs家族的特点和提高其抗逆性和品质具有重要的理论意义和实用价值。  相似文献   

17.
为了解甘蓝型油菜苹果酸脱氢酶(cyMDH)的生理特性、结构,同时探究cyMDH基因对干旱胁迫的响应规律。本研究以抗旱性强的甘蓝型油菜‘94005’为研究材料,在初花期采用盆栽控水试验,设置了4个干旱处理:轻度干旱(LD)、中度干旱(MD)、重度干旱(SD)和极度干旱(ED),以正常浇水作为对照(CK),测定叶片光合指标、cyMDH酶活性,通过实时荧光定量PCR (RT-qPCR)分析cyMDH基因的表达量,采用3'RACE方法克隆cyMDH基因全长序列,并对测序结果进行生物信息学分析,复水后生长至成熟期测定产量。结果表明,cyMDH基因序列全长1 440 bp,996 bp的开放阅读框(ORF)位于207~1 205区域,编码332个氨基酸(GenBank登录号MH316130);Softberry亚细胞定位分析表明该蛋白是亲水细胞质蛋白,无跨膜区域;cyMDH蛋白分子量为35.69 KD,等电点为6.11;蛋白的二级结构预测结果表明,cyMDH蛋白由α-螺旋(44.88%)、无规则卷曲(34.04%)、延伸链(17.17%)以及β-转角(3.92%)组成;甘蓝型油菜‘94005’的cyMDH与拟南芥的cyMDH同源性最高达到93%。随着干旱胁迫加剧MDH基因表达量无显著变化。干旱胁迫下cyMDH酶活性与甘蓝型油菜‘94005’叶片净光合速率、气孔导度、蒸腾速率、胞间CO2浓度、产量成负相关,与水分利用效率成正相关。本研究获得了甘蓝型油菜cyMDH基因,并对其理化性质、结构等进行了预测与分析,同时对干旱胁迫下cyMDH酶活性与油菜叶片光合特性进行相关性分析,为进一步研究油菜抗旱分子机制提供科学依据,同时为油菜抗旱品种的选育提供理论支持。  相似文献   

18.
《分子植物育种》2021,19(8):2500-2511
海藻糖磷酸合成酶(TPS)在植物响应多种非生物胁迫及生物胁迫时起着重要的作用,但目前对甘蓝型油菜中TPS基因的了解甚少。本研究运用生物信息学方法在甘蓝型油菜基因组中筛选甘蓝型油菜TPS家族基因,对鉴定出的31个BnTPSs基因进行分子特征、蛋白特性、蛋白结构域、保守基序、顺式作用元件、KaKs、染色体定位、系统进化树构建等研究。系统发育分析表明,BnTPS家族分为Ⅰ和Ⅱ类,家族成员数明显比甘蓝、白菜和拟南芥中的TPS基因数多,不规则分布于染色体上。多数蛋白呈酸性,分别在N端和C端具有TPS和TPP结构域。顺式作用元件分析表明,TPS家族与植株抗逆境胁迫有关。KaKs分析表明,大多BnTPSs家族成员有多拷贝基因,基因在纯化选择压力下进化。本研究结果为进一步研究甘蓝型油菜TPS家族基因生物学功能尤其在响应逆境中的功能奠定理论基础。  相似文献   

19.
为明晰几种重要解毒酶在甜菜夜蛾针对甲维盐抗性形成过程中的可能作用,本文研究分析了甲维盐处理后甜菜夜蛾幼虫体内主要解毒酶活力及其对应基因表达量的变化趋势。结果表明,在甲维盐(剂量为:LC5、LC20、LC50)胁迫72 h后,甜菜夜蛾体内多功能氧化酶(MFO)比活力及Se CYP450表达量均较对照极显著上升(P0.01),且二者均随着处理浓度的增大而先上升后下降。同时,谷胱甘肽S-转移酶(GST)的比活力也呈现出相同的变化趋势。而Se GSTs与Se GSTs1在胁迫后的表达趋势与GST比活力的并不一致,Se GSTs表达量随着处理浓度的上升而极显著升高(P0.01),而Se GSTs1则随着处理浓度的上升而下降。在3个亚致死浓度甲维盐处理下,酯酶(EST)比活力均被显著抑制(P0.05),同样的趋势也反映在Se Car E表达量的显著变化上(P0.05)。此外,MFO、EST的比活力变化趋势与其对应基因Se CYP450、Se Car E表达谱之间存在极显著相关性(P0.01);而GST活力只与Se GSTs表达量具有极显著相关性(P0.01),与Se GSTs1表达量之间则不存在显著相关性。因此,MFO、GST及其相关基因Se CYP450、Se GSTs、Se GSTs1有可能参与到甜菜夜蛾对甲维盐抗药性的演化过程中。  相似文献   

20.
本研究以黄瓜低霜霉威残留品系‘D0351’为材料,克隆了在霜霉威胁迫后上调表达的基因Cs PYCR,并采用生物信息学方法对该基因进行分析,以明确该基因在降低黄瓜果实内霜霉威残留过程中的作用机制,为下一步通过遗传转化试验鉴定基因功能提供理论基础。结果表明:该基因全长831 bp,编码276个氨基酸,属于PLN02688蛋白家族。该基因编码的蛋白质有可能为细胞质中的疏水蛋白质,无明显信号肽,无跨膜结构。与甜瓜(XM_008457466.2)同源性较高。该基因启动子中包括与乙烯、脱落酸等激素相关的顺式作用元件以及防御和应激反应相关的顺式作用元件,且含有多个与逆境胁迫相关的MYB家族蛋白转录因子结合位点,推测其可能在降低黄瓜霜霉威农药残留过程中发挥重要作用。  相似文献   

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