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1.
为查明崇明白山羊群体的遗传多样性水平和亲源关系,应用ISSR分子标记技术,使用12条多态性较好的ISSR引物对206只崇明白山羊进行PCR扩增。结果表明:总计扩增出181条谱带,平均每条引物扩增产生15.08条,其中含有多态性条带163条;经统计分析,崇明白山羊呈现出丰富的多样性,检测到的观测等位基因数(Na)为1.900 6±0.300 1,有效等位基因数(Ne)为1.477 8±0.365 6,Nei's基因多样度(h)为0.278 5±0.184 9,多态位点百分率(PPB)为90.06%,Shannon's信息指数(I)为0.418 6±0.251 0,群体总基因多样性(Ht)为0.279 7±0.034 0,群体内基因多样性(Hs)为0.226 7±0.025 8,遗传分化值(Gst)为0.189 4,崇明白山羊的遗传变异81.06%来源于种群内部。崇明白山羊的基因流(Nm)为2.1397,说明崇明白山羊群体间存在一定的基因流。UPGMA聚类分析显示:样本相似系数为0.519 3-0.989 0,206个个体可分为11个群体,个体间虽然呈现差异,但具有较好的同质性。 相似文献
2.
[目的]分析野生大麻居群的合理取样样本量,为全面了解我国大麻资源的遗传多样性及制定野生大麻保护策略提供参考依据.[方法]随机抽取96个辽宁科尔沁沙地野生大麻自然居群个体,采用计算机模拟方法从中随机抽取不同样本量(分别为5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90和96个个体)的抽样群体各20次,利用ISSR分子标记对其遗传多样性进行分析,确定合理的取样样本量.[结果]利用从60条ISSR引物中筛选出的9条引物对随机抽取的96个野生大麻个体进行PCR扩增,共获得76个位点,其中多态位点48个,多态率达63.16%,观测等位基因数(Na)为1.632,有效等位基因数(Ne)为1.250,Nei's基因多样性指数(H)为0.156,Shannon's信息指数(I)为0.245.由各遗传参数拟合曲线变化趋势分析结果可知,初始的4种抽样群体(分别为5、10、15和20个个体)遗传多样性水平呈急速增加趋势,之后随着样本量的加大,遗传多样性水平增加趋势明显变缓.当抽样群体样本量超过25个个体时,Na、Ne、H和I均包含了野生大麻居群90%以上的遗传变异.[结论]采用ISSR分子标记评估野生大麻群体遗传多样性时,群体取样样本量不宜小于25个个体才能较好地反映该居群总体的遗传多样性水平. 相似文献
3.
观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解观赏石榴种质资源遗传多样性及其亲缘关系,对35个观赏石榴品种利用ISSR标记技术进行遗传关系分析。筛选出多态性高的8条ISSR引物,共扩增出168个DNA位点,其中多态性DNA位点有158个,多态性位点比率(PPB)为94.05%。平均观察等位基因数(Na)为1.940 5,平均有效等位基因数(Ne)为1.678 5,平均Nei's基因多样性指数(He)为0.379 9,平均Shannon信息指数(I)为0.553 0。品种间遗传相似系数(GS)介于0.416 7~0.922 6,表明观赏石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似性系数(GS)0.668为阈值,将35个观赏石榴品种分为6个类群。 相似文献
4.
[目的]筛选更优的ISSR-PCR扩增产物电泳检测方法,分析我国华东地区野生菰种质资源遗传多样性,为建立和完善菰植物种质库及合理开发与利用菰资源提供理论依据.[方法]挑选7条ISSR引物对华东地区9个野生菰居群104份材料基因组DNA进行PCR扩增,其ISSR-PCR产物分别采用2%琼脂糖凝胶电泳和5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测.[结果]2%琼脂糖凝胶电泳检测结果显示,华东地区野生菰的多态性位点百分率(PPB)为63.49%、观测等位基因数(Na)为1.6349、有效等位基因数(Ne)为1.3012、Nei's基因多样性指数(He)为0.1871、Shannon's信息指数(I)为0.2908、居群间遗传分化系数(Gst)为0.3922、遗传相似系数(Gs)变化范围在0.8293~0.9775;其聚类分析结果表明,当遗传相似性系数阈值为0.885时,9个野生菰居群被分为两大类,SH(上海)和PYH(鄱阳湖)居群归为一类,其他7个居群归为另一类.5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,华东地区野生菰的PPB为78.03%、Na为1.7803、Ne为1.2762、He为0.1804、I为0.2914、Gst为0.5086、Gs变化范围在0.7679~0.9837;其聚类分析结果表明,当遗传相似性系数阈值为0.850时,9个居群也被分为两大类,其中PYH居群单独为一类,其他8个居群归为另一类.[结论]我国华东地区野生菰种质资源遗传多样性丰富,居群间和居群内变异显著,基于ISSR分子标记的野生菰遗传多样性采用5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测可获得更可靠的遗传图谱,而2%琼脂糖凝胶电泳检测更适合早期的ISSR分子标记引物筛选. 相似文献
5.
3 个中华鳖群体遗传多样性的微卫星标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了给武昌湖中华鳖的遗传资源保护和利用提供较为准确的基础数据,利用微卫星标记技术,对中华鳖武昌湖野生群体和2个养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:武昌湖鳖群体、日本鳖群体、黄沙鳖群体的平均等位基因数(Na)分别为11.5、9.1、7.9,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.3、3.7、3.1,平均观测杂合度(Ho)分别为0.5667、0.5222、0.4462,平均期望杂合度(He)分别为0.6987、0.5953、0.5648,多态信息含量(PIC)分别为0.6672、0.5551、0.5303,武昌湖群体遗传多样性较高。基于Nei's遗传距离和遗传分化指数显示,目前武昌湖群体中华鳖种质资源保存较好。 相似文献
6.
利用ISSR技术研究了豚草5个居群的遗传多样性水平和遗传结构.结果显示:用6条引物对5个居群75个样品进行扩增,共得到29条清晰的扩增条带,其中25个位点为多态性位点;在物种水平上,多态位点百分率(P％)为86.21％,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.3125,Nei指数(h)为0.2545,表明豚草在物种水平上有较高的遗传多样性;种群基因分化系数(Gst)为0.2961,居群间的遗传变异占总变异的29.61％,有70.39％的变异发生于居群内.UPGMA聚类分析结果显示,5个居群中,长沙两居群与临湘居群先聚为一支,江永居群与零陵居群聚为另一支,最后再与前一支聚合,表明遗传距离与地理距离有关. 相似文献
7.
基于SRAP分子标记技术研究浙产栀子遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究浙产栀子种质遗传多样性,进一步开展该物种保护及品种选育,利用SRAP分子标记技术,从多态性检测、遗传多样性水平及聚类分析揭示栀子种质遗传多样性。结果表明:从88对SRAP引物中筛选6对引物用于浙江居群、华中居群、西南居群的21份栀子的SRAP-PCR,共获得98条扩增条带,其中多态性条带87条,在物种水平上,多态性比率(PPB)为88.78%,平均有效等位基因数(Ne)为1.515 2,Nei's基因多样性指数(H)为0.308 9,Shannon's指数(I)为0.465 1;在居群水平上,PPB为53.06%~77.55%,H为0.212 0~0.258 1,I为0.309 4~0.390 4;3个居群的基因分化系数(Gst)为0.235 6,即76.44%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为1.621 8,证明居群间存在一定的基因流动(Nm>1);UPGMA聚类结果表明,21份样品分成4组,华中和西南居群各聚成一支,浙江居群被分成二支。本研究表明,栀子具有较高的遗传多样性水平,居群间存在一定的基因交流,可为栀子新品种选育工作提供参考。 相似文献
8.
[目的]采用ISSR分子标记对13份广西收集引进和选育的香蕉种质资源进行遗传多样性分析,为广西香蕉品种改良及枯萎病抗性育种提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性引物进行PCR扩增,利用PoPgen 1.32计算遗传多样性指数,DICE法计算遗传相似系数.利用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]共筛选出8条扩增产物条带清晰、多态性好的ISSR引物,利用其从13份香蕉种质材料中扩增出234条条带,平均每条引物扩增出29.25条条带,其中多态性条带229条,多态性比率97.86%,平均观察等位基因数(Na)1.9786、有效等位基因数(Ne)1.4023、Shannon多样性信息指数(I)0.2603、Nei's基因多样性指数(H′)0.4135.13份香蕉种质材料的遗传相似系数为0.50~0.90,其中,巴贝多与GK1的遗传相似系数最小,为0.50,抗枯1号与抗枯5号的遗传相似系数最大,为0.90.在遗传相似系数0.59处可将13份香蕉种质资源聚成四大组,其中第Ⅱ组在相似系数0.74处被分为a和b亚组.在遗传相似系数0.90处可将13份香蕉种质材料完全区分开.[结论]广西香蕉种质资源的遗传多样性非常丰富.利用ISSR分子标记可将遗传背景及形态特征不同的香蕉种质资源进行有效分类,可用于香蕉种质资源分类、亲缘关系鉴定及辅助育种等研究. 相似文献
9.
采用ISSR分子标记技术对云南省3个大果木莲天然居群进行遗传多样性分析。结果表明,在物种水平上,大果木莲的多态位点百分率(PPB)为70.71%;有效等位基因数(Ne)为1.4121;Nei′s基因多样性指数(H)为0.2433;Shannon信息指数(I)为0.3651。在居群水平上,其PPB为44.1%;Ne为1.2704;H为0.1573;I为0.2343。通过Nei′s遗传多样性分析得到居群间的遗传分化系数(Gst)为0.3595,由遗传一致度进行了3个居群的UPGMA聚类。 相似文献
10.
球孢白僵菌是一种广谱性虫生真菌,在害虫种群的自然控制中发挥着重要作用。为弄清云南省球孢白僵菌种群的遗传多样性,丰富云南虫生真菌多样性内容,本研究采用ISSR分子标记技术对云南不同地区及不同寄主来源的39个球孢白僵菌菌株的遗传多样性进行了分析。结果表明,有11个ISSRs可用于39个球孢白僵菌菌株群体PCR扩增,每个引物扩增5～15条DNA带。供试39个球孢白僵菌菌株群体的多态位点百分率(PPL)达99.09％,不同寄主来源亚种的Nei基因多样性(He)为0.3478,居群间的基因分化系数(Gst)为0.0724,总基因多样性(Ht)为0.3518,亚种群内基因多样性(Hs)为0.3263,不同寄主亚种群间的基因流(Nm)为6.4044;不同地理来源白僵菌种群Nei基因多样性指数He为0.3444,Shannon 指数I为0.5152;总基因多样性Ht为0.3473,亚种群内基因多样性Hs为0.2131,亚种群间的基因分化系数Gst为0.3862。综合遗传多样性结果,云南省球孢白僵菌种群遗传结构复杂、遗传异质性明显,从寄主来源来看,居群间遗传变异较小,居群内遗传分化较大;从地理来源来看,居群间遗传变异较大,居群内表现遗传变异较小。 相似文献
11.
[目的]通过ISSR分析标记技术,分析新疆野杏种质资源的遗传多样性,为该资源的利用和保护提供理论依据和技术支持.[方法]利用ISSR分子标记对新疆伊犁霍城县大西沟的61份野杏单株进行遗传多样性分析.[结果]用21条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出437条条带,其中多态性条带408条,多态性条带比率为92.46;.通过软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(Ⅰ)分别为1.577 5、0.334 1、0.499 0.引物平均多样性信息指数(PIC)为0.91.说明野杏的遗传多样性较为丰富.利用NTSYS-PC2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.62～0.95.[结论]新疆霍城大西沟的野杏具有丰富的遗传多样性,遗传多态性比率达到90;以上,引物平均多样性信息指数(PIC)较高,接近1.61份野杏单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近. 相似文献
12.
《西南林业大学学报》2021,(2)
采用SRAP分子标记对6个居群不同干形云南松180份样品进行全基因组扫描,并对不同干形特有差异条带进行克隆及测序比对,预测调控干形变异的候选基因。结果显示:14对引物共扩增出584条带,多态带551条,多态带百分率为94.35%,平均每对引物扩增出41.7条带和39.4条多态带。6个居群云南松的有效等位基因数(N_e)为1.451 6～1.487 2,Nei's基因多样性指数(H)范围为0.270 3～0.290 4;2种干形云南松的有效等位基因数(N_e)介于1.365 5～1.454 1之间,Nei's基因多样性指数(H)变幅为0.218 1～0.268 7。居群间的遗传分化系数(G_(st))和基因流(N_m)分别为0.157 3和2.678 7,干形间的遗传分化系数(G_(st))和基因流(N_m)分别为0.008 7和56.700 2,表明居群间、不同干形云南松间的基因交流频繁,遗传分化较小。对26条不同干形云南松之间的特有差异条带序列分析表明,过氧化氢酶(kat A基因)、核酸内切酶、糖基水解酶和AN1锌指蛋白(SAP6)等可能参与了云南松干形发育的调控。 相似文献
13.
江苏地区5个三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)种群的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]利用ISSR技术分析江苏地区5个三角帆蚌种群的遗传多样性和亲缘关系。[方法]用10条ISSR引物对5个三角帆蚌种群基因组DNA进行扩增,选取其中5条扩增条带多、信号强、背景清晰的引物对5个群体（无锡太湖、洪泽湖、南京江浦、兴化1、兴化2）共121个个体进行扩增分析。[结果[通过ISSR扩增共获得70个DNA片段,大小在200～2000bp,其中61个位点表现多态性,多态位点比例为87．14％。5个种群的基因多样性指数在0．2599～0．3144,平均值为0．2901,Shannon信息指数在0．3922～0．4663。南京江浦养殖种群的2种遗传多样性指数最高分别为0．3144和0．4663,而无锡太湖野生种群的最低为0．2599和0．3922。[结论]三角帆蚌养殖种群的遗传多样性高于野生种群：5个三角帆蚌种群间的亲缘关系与地理位置无显著相关性。 相似文献
14.
利用基因组微卫星检测2个团头鲂(Megalobrama amblycephala)养殖群体的遗传多样性，18个位点共检测到126个等位基因，大小在135～362 bp。各位点观测等位基因数(Na)在3～15个，平均为7个；有效等位基因数(Ne)在1.250～6.979,平均为3.603。各位点检测到的香农信息指数(I)在0.417～2.213,平均为1.384。观测杂合度(Ho)在0.219～0.856,平均值为0.647;期望杂合度(He)在0.200～0.857,平均值为0.665。多态信息含量指数(PIC)在0.190～0.843,平均值为0.624。群体间的遗传分化指数(Fst)为0.070,群体间的基因交流(Nm)为1.59,说明HH和YH 2个群体之间有一定程度基因流。2个位点检测到的近交系数(Fis)>0,其他16个位点近交系数均<0。研究表明，HH和YH两个人工养殖群体中均有较高的遗传多样性，群体间有一定程... 相似文献
15.
利用24对SSR引物对云南省保山市分别在原位和异位保存条件下的12个水稻品种进行遗传多样性分析。24对引物在原位居群共检测到等位基因（A）110个,平均等位基因数(Na)为4.58个,平均有效等位基因数(Ne)为3.08个,其中多态性位点百分率(P)为91.76%,香农指数(I)为1.17;异位居群共检测到等位基因88个,Na为3.67个,Ne为2.52个,P为100%,I为1.03。结果显示,原位居群的各遗传多样性参数均高于异位保存居群,这表明与异位保护相比,原位保护是维持种群遗传多样性的一种更好的方式。 相似文献
16.
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。 相似文献
17.
云南川百合DALP遗传变异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用DALP分子标记技术,对10个川百合居群进行DNA指纹检测,结果筛选出5个引物组合,扩增后共产生192条DNA基因片段,其中178条谱带具有遗传多态性,占92.71%;10个居群的总等位基凶数(Na)为1.9271、平均为1.0823,总有效等位基冈数(Ne)为1.4430、平均1.0533,基因多样性指数(H)为0.2673、平均0.0303,总Shannon多样性指数(I)为0.4105、平均为0.0447,基因分化系数(Gst)为0.8874.即遗传变异有88.74%发生在居群间、有11.26%发生在居群内,表明川百合居群间存在较大的遗传分化.此外,昆明市西山的川百合野生居群(DC)的遗传多样性明显高于栽培居群,这与川百合栽培品种长期人工驯化有直接关系.同时野生居群受到人为活动干扰严重.研究结果表明,DALP分析可为川百合遗传育种的可持续利用提供理论依据. 相似文献
18.
中华鳖两个地理种群遗传多样性的ISSR分析 总被引：2，自引：2，他引：0
利用ISSR分子标记技术对中华鳖2个不同地理种群(淮河群体、台湾群体)的群体遗传多样性进行分析研究。从32个ISSR引物中筛选出8个引物对2个中华鳖群体37个个体进行扩增,获得77个重复性好且谱带清晰的扩增位点,其中多态性位点47个,多态位点百分率为61.04%;2个群体的多态位点比例分别为59.57%和51.06%。Nei基因多样性分别为0.165 7和0.152 4,Shannon信息指数分别为0.216 4和0.197 7。淮河群体的遗传多样性略高于台湾群体,群体间遗传距离为0.083 7。UPGMA聚类分析显示37个个体聚成两个类群。分析结果表明2个中华鳖群体的遗传多样性相对贫乏,2个养殖群体经过较多世代的人工选育与繁殖可能形成了趋于稳定的独立遗传结构。 相似文献
19.
江西三清山华东黄杉种群遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用ISSR分子标记技术分析江西三清山5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构.用10个引物对5个居群共45个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中68个位点为多态性位点.在物种水平上,多态性百分率(PP8)为89.47%,Nei's基因多样性指数(H)为0.282 7,Shannon's信息多样性指数(I)为0.432 2.在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%,Nei's基因多样性指数为0.191 3～0.282 7,Shannon's信息多样性指数为0.290 5～0.432 2.物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化(Gst=0.209 0,Φst=14.05%).由UPGMA聚类分析可知,1(SGTH)和2(LQJ)两个居群优先聚类,4(LM)和5(YJF)聚为一支,居群的亲缘关系与地理距离及海拔高度有一定的相关性. 相似文献
20.
《四川农业大学学报》2016,(4):445-449
【目的】通过ISSR分子标记技术,分析宝华玉兰种质资源的遗传多样性,为该珍稀濒危植物的利用和保护提供理论依据和技术支持。【方法】利用ISSR分子标记对江苏句容宝华山的20个宝华玉兰单株进行遗传多样性分析。【结果】用筛选获得的6条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出50个清晰的扩增位点,其中多态性位点34个,多态性位点比率为(PPB)68%。通过POPGENE32软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(I)分别为1.406 8、0.235 6、0.351 2。利用NTSYSpc-2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.58~1.0。【结论】宝华玉兰具有丰富的遗传多样性,20个野生单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近。 相似文献