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分别利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR标记和18对SRAP标记对海南岛69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425个多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC)值为0.928,可鉴别的种质资源数25～67份；18对SRAP引物共检测到894个多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC)值为0.936,可区分的种质资源数为17～63份。综合各项指标利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。同时该DNA指纹图谱还可为下一步红毛丹种质资源鉴定、利用、品种权保护和分子育种等提供了理论依据。 相似文献
2.
为了开发适用于栽培金鸡菊的EST-SSR分子标记,采用二代高通量测序技术对剑叶金鸡菊‘斯丹泰勒’（Coreopsis lanceolata ‘Sterntaler’）的叶片进行转录组测序。结果表明：通过转录组测序共得到42 958条Unigene,利用MISA软件共检测出个6 546个SSR位点,平均分布距离6.36 kb。除单核苷酸外,重复类型以二核苷酸和三核苷酸为主,分别占总数的19.28%和30.13%,二者优势重复单元和占比分别为AG/CT （57.30%）和AAT/ATT （27.94%）。通过Primer3软件设计得到4 499条引物,在随机筛选的50对引物中成功开发出22对多态性较好的引物,扩增出的166个条带全部具有多态性。通过UPGMA聚类分析,在遗传距离为0.460时可将100个栽培金鸡菊种质划分为7类,其遗传相似系数介于0.542 2~1之间,平均为0.747 6。金鸡菊组、两色组、歧序组和轮叶组相关的种质可作为金鸡菊远缘杂交育种的材料。本研究为栽培金鸡菊的分类鉴定、杂交育种和绘制指纹图谱提供了理论依据。 相似文献
3.
高密度SNP芯片及其对肉牛育种影响的研究进展 总被引：1，自引：1，他引：0
近年来先进的测序和基因分型技术促进了肉牛育种方法的革新。从过去低通量、耗时的限制性片段多态标记(RFLP)到如今高通量、高密度的单核苷酸多态性(SNP)标记,基因检测效率大幅提高。随着肉牛基因组序列图谱及SNP图谱的完成,基于高密度SNP标记的牛全基因组选择成了牛育种的新热点。作者立足高密度SNP芯片对肉牛育种的影响,综述高密度SNP芯片及和下一代测定技术及肉牛全基因组选择的研究进展,阐明高密度SNP芯片对多品种全基因组选择的模型的建立及准确的预测基因组育种值极其重要。 相似文献
4.
转录组测序是一种获得生物组织或细胞几乎所有转录本的高通量测序技术,测序所得的基因编码序列可用于研究植物在不同条件下的基因表达、调控方式及后续的功能基因发掘与遗传进化分析。随着分子标记技术的快速发展,转录组测序数据也可作为标记开发的重要来源,为牧草开展种质资源遗传多样性评价、遗传变异分析、居群结构研究和育种提供有效工具。本文综述了基于转录组测序的牧草分子标记如EST-SSR和SNP的开发及应用现状,以期为牧草分子标记开发提供重要参考。 相似文献
5.
沙打旺是一种高产优质、抗逆性强的多年生异花授粉豆科牧草,但分子标记的缺乏限制了其在遗传育种等方面的研究和利用。本研究旨在开发大量沙打旺EST-SSR分子标记,为沙打旺种质改良和遗传多样性分析提供参考资源。首先利用De novo转录组测序技术对两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)进行RNA-seq测序,并对测序数据进行拼接获得总长度为190587631 bp的151516个unigenes。进一步在其中的30262个unigenes中检测到39163个EST-SSR位点,SSRs分布频率为25.85%。其中6635 (21.93%)条unigenes含有两个及以上SSR位点,复合SSRs有3514个(11.61%)。对所有EST-SSR位点进行引物设计,共得到22367对特异性引物。利用两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)对随机合成的100对引物进行初步筛选,其中90对可扩增出目的特异性条带。随机选择其中51对引物对27个沙打旺种质的遗传多样性进行评估,结果表明:51对引物的平均等位基因数、平均多态性信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为8.750、0.682、0.719和0.730。主成分及聚类分析结果揭示不同生态型(匍匐或直立)沙打旺种质的遗传分布具有明显的种质特异性,且聚类结果与其地理来源之间具有较高的相关性。新开发的EST-SSR分子标记可促进沙打旺遗传改良和基因组学研究,有助于沙打旺分子标记辅助育种、QTL定位和遗传变异分析。 相似文献
6.
苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。 相似文献
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蜜蜂全基因组存在丰富的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分子标记,SNP分子标记的基因分型有多种方法,其操作难度、费用及所需时间都有差异,建立合适、易行、廉价的分型方法在分子辅助育种的实际应用中具有重要意义。本研究利用高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)法对意大利蜜蜂幼虫抗白垩病相关单核苷酸多态性位点C2587245T进行检测,结果表明HRM法能够有效的对该位点进行基因分型,为意大利蜜蜂抗白垩病分子辅助选育提供较方便的检测方法,具有重要的理论价值和应用前景。 相似文献
8.
形态与分子标记用于羊草种质鉴定与遗传评估的研究 总被引：21，自引：11，他引：10
利用分子标记与形态标记对随机抽取的17份禾草种质进行了种质评估的比较研究，结果表明，2种方法均在17份供试材料中鉴别出9份羊草种质，占供试样品的53％，说明分子标记方法用于羊草种质资源鉴定是可行的，并具有快速，准确，不受环境条件限制等优点，在40个10Mer的随机引物当中新筛选出21个有效引物，以其对9份羊草材料进行RAPD分析，共扩增出115条带，DNA片段大小在0．2kb-5.5kb之间，其中95条带表现出多态性，多态比率82．61％，平均每个引物扩增的多态性带为4．5条，研究表明，S1213－900，S1213－1700，S1215－S500，S1396－1370，S1384－900，S1202－5180，S1220－2200，S1381－1580，S1211－2800，S1211－800为羊草种质所具有的10个特异性标记，据此可将羊草种质与披肩草，赖草加以区分，同时在羊草种内亦发现13条可区分供试羊草种质的特有标记，形态标记与分子标记相关性分析结果显示：羊草种质的小穗数，种子千粒重，叶色，有性繁殖量和结实率5个形态学指标与遗传多样性指标－特有带百分率及遗传距离之间，存在一定相关性，可以用于羊草种质的遗传评估，笔者对羊草种质资源在收集和评价过程中存在的问题进行了探讨。 相似文献
9.
本研究利用EST-SSR分子标记,对国内的52份老芒麦(Elymus sibiricus)材料进行遗传多样性的研究,并构建了7个老芒麦品种及栽培材料的DNA指纹图谱。20对EST-SSR引物共产生204个条带,平均每对引物扩增出10.2条带,176(86.27%)条带为多态性条带,表明供试材料具有较高水平的多态性。同时,引物Elw404和Elw195构建的指纹图谱较为容易地将品种和栽培材料与其他材料区别开。分子方差分析(AMOVA)表明,老芒麦地理区域内(73.94%)的遗传变异远高于地理区域间(26.06%)。结构分析将52份材料分为5组,主成分分析(PCoA)结果与之相似。与品种及栽培材料相比,野生材料具有更高的遗传多样性[多态性条带数(NPB)为174,多态性百分比(PPB)为85.29%,香农多样性信息指数(I)为0.296 6,Nei’s基因多样性(H)为0.179 8,观察等位基因数(Na)为1.852 9],可作为重要的遗传资源用于后续的育种工作。本研究结果表明,EST-SSR分子标记可以有效地评价老芒麦种质遗传多样性及进行品种鉴定。研究结果为制定老芒麦种质原位和非原位保护策略提供参考。 相似文献
10.
利用ISSR、核基因ITS2、叶绿体基因psbA-trnH和trnL-F三种分子标记对100个国内外广为种植的栽培金鸡菊(Coreopsis)种质进行遗传多样性和亲缘关系分析，以期为栽培金鸡菊的分类鉴定、育种及指纹图谱构建提供更多分子依据。结果表明：三种分子标记均显示沙漠金鸡菊与其余材料亲缘关系较远；12条ISSR引物扩增出总条带153个，多态性条带149个，多态性条带百分比为97.39%，在遗传距离为0.664处整体可划分为4类；ITS2,psbA-trnH和trnL-F序列大小分别为171bp~175bp,252bp~426bp和698bp~703bp；基于psbA-trnH和trnL-F序列的母系溯源整体可分为6类，二者合并后定义了9个单倍型，两色组和歧序组是具有特殊舌状花色的金鸡菊品种重要的母系材料，轮叶金鸡菊‘月光’和短毛金鸡菊‘虹光’等品种源于远缘杂交；ITS2序列将整体划分为5类，定义了63个单倍型，大部分单倍型只对应一个种质，ITS2序列有望作为金鸡菊品种鉴定的DNA条形码。 相似文献
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草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点。多态信息含量PIC的分布范围为0.239~0.855,平均值为0.468。206对多态性引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为0.169和0.239。本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础。 相似文献
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旨在建立快速、高效、精准检测FecB突变的荧光qPCR技术,为滩羊多羔性能研究、群体改良及肉用多羔滩羊新品系培育提供技术支撑。基于荧光qPCR技术基本原理,设计特异性引物对,开发基于荧光qPCR检测绵羊FecB突变的方法;对85只已知FecB基因型的健康、适繁雌性滩羊血液基因组DNA样品分别采用PCR-Sanger测序法、TaqMan探针法和荧光qPCR法进行FecB基因分型,统计3种方法的准确率;采用开发的荧光qPCR方法对939只健康、适繁滩羊进行FecB基因分型,统计不同FecB基因型经产母羊的产羔率。结果表明,使用TaqMan探针法、PCR-Sanger测序法和开发的荧光qPCR法对已知FecB基因型样品检测的比较中,荧光qPCR法对各基因型鉴定的准确度均达100%,高于前两者。939只滩羊FecB基因分型结果显示,6只滩羊为FecB突变纯合型（BB）、57只为杂合型（B+）、876只为野生型（++）,BB型、B+型和++型滩羊的基因型频率分别为0.64%、6.07%和93.29%,其中B等位基因频率为0.04,+等位基因频率为0.96;监测母羊群体的产羔数发现,FecB突变纯合型滩羊产羔率为166.67%,突变杂合型滩羊产羔率为153.12%,野生型滩羊产羔率为105.78%,纯合突变型和杂合突变型母羊群体的产羔率极显著高于野生型群体（P<0.01）。综上所述,与TaqMan探针法及PCR-Sanger测序法相比,本研究建立的绵羊FecB突变荧光qPCR分型方法具有简便易行、廉价高效的优点,在绵羊的分子选育中具有较高应用价值;同时本研究证实了滩羊FecB突变可显著提高母羊产羔率,为多羔滩羊的分子选育提供了坚实的技术支撑。 相似文献
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Heaton MP Keen JE Clawson ML Harhay GP Bauer N Shultz C Green BT Durso L Chitko-McKown CG Laegreid WW 《Journal of the American Veterinary Medical Association》2005,226(8):1311-1314
OBJECTIVE: To determine whether a selected set of 20 single nucleotide polymorphism (SNP) markers derived from beef cattle populations can be used to verify sample tracking in a commercial slaughter facility that processes primarily market (ie, culled) dairy cows. DESIGN: Prospective, blinded validation study. ANIMALS: 165 cows and 3 bulls from 18 states (82% Holstein, 8% other dairy breeds, and 10% beef breeds). PROCEDURE: Blood was collected by venipuncture from randomly chosen animals just prior to slaughter. The purported corresponding liver samples were collected during beef processing, and genotype profiles were obtained for each sample. RESULTS: On the basis of SNP allele frequencies in these cattle, the mean probability that 2 randomly selected individuals would possess identical genotypes at all 20 loci was 4.3 x 10(-8). Thus, the chance of a coincidental genotype match between 2 animals was 1 in 23 million. Genotype profiles confirmed appropriate matching for 152 of the 168 (90.5%) purported blood-liver sample pairs and revealed mismatching for 16 (9.5%) pairs. For the 16 mismatched sample pairs, 33% to 76% of the 20 SNP genotypes did not match (mean, 52%). Discordance that could be attributed to genotyping error was estimated to be < 1% on the basis of results for split samples. CONCLUSIONS AND CLINICAL RELEVANCE: Results suggest that this selected set of 20 bovine SNP markers is sufficiently informative to verify accuracy of sample tracking in slaughter plants that process beef or dairy cattle. These or similar SNP markers may facilitate high-throughput, DNA-based, traceback programs designed to detect drug residues in tissues, control of animal diseases, and enhance food safety. 相似文献
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为探究延边黄牛脂蛋白脂肪酶（lipoprteinlipase,LPL）基因遗传多态性及其对肉质性状的影响,本试验以80头健康的30月龄延边黄牛背最长肌作为试验材料,运用PCR直接测序法和高分辨率熔解曲线技术（HRM）对LPL基因的SNP位点进行检测,分析了试验群体的遗传效应,并与延边黄牛的肉质性状数据进行关联分析。PCR直接测序结果表明,延边黄牛LPL基因存在2个多态性位点（g.6215 A>G和g.18341 C>T）,其中g.6215 A>G位点表现为2种基因型：AA与AG,优势等位基因为A;g.18341 C>T位点表现为2种基因型：CC和CT,C为优势等位基因;对文献中2个位点的检测结果表明,g.355427 T>A位点表现为2种基因型：AA与AT,A为优势等位基因;c.322 G>A位点的HRM分型结果显示并未分型。这些多态性位点全部呈中度多态（0.25<PIC<0.5）,并处于Hardy-Weinberg平衡状态。HRM分型结果显示,这3个SNPs位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关：g.6215 A>G位点与延边黄牛胴体重及脂肪、蛋白、水分含量有显著关联,表现为AG基因型个体胴体重、脂肪含量显著高于AA基因型个体（P<0.05）,AA基因型个体蛋白及水分含量显著高于AG基因型个体（P<0.05）;g.18341 C>T位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及背膘厚有显著关联,表现为CT基因型个体这些性状均显著高于CC基因型个体（P<0.05）;g.355427 T>A位点AT基因型个体宰前活重、背膘厚和脂肪含量均高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,LPL基因g.6215 A>G、g.18341 C>T和g.355427 T>A位点对延边黄牛的肉质有显著影响,LPL基因可以作为延边黄牛品种选育改良工作的优势候选基因和有效分子标记。 相似文献
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Combined use of principal component analysis and random forests identify population‐informative single nucleotide polymorphisms: application in cattle breeds 
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下载免费PDF全文 F. Bertolini G. Galimberti D.G. Calò G. Schiavo D. Matassino L. Fontanesi 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2015,132(5):346-356
The genetic identification of the population of origin of individuals, including animals, has several practical applications in forensics, evolution, conservation genetics, breeding and authentication of animal products. Commercial high‐density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping tools that have been recently developed in many species provide information from a large number of polymorphic sites that can be used to identify population‐/breed‐informative markers. In this study, starting from Illumina BovineSNP50 v1 BeadChip array genotyping data available from 3711 cattle of four breeds (2091 Italian Holstein, 738 Italian Brown, 475 Italian Simmental and 407 Marchigiana), principal component analysis (PCA) and random forests (RFs) were combined to identify informative SNP panels useful for cattle breed identification. From a PCA preselected list of 580 SNPs, RFs were computed using ranking methods (Mean Decrease in the Gini Index and Mean Accuracy Decrease) to identify the most informative 48 and 96 SNPs for breed assignment. The out‐of‐bag (OOB) error rate for both ranking methods and SNP densities ranged from 0.0 to 0.1% in the reference population. Application of this approach in a test population (10% of individuals pre‐extracted from the whole data set) achieved 100% of correct assignment with both classifiers. Linkage disequilibrium between selected SNPs was relevant (r2 > 0.6) only in few pairs of markers indicating that most of the selected SNPs captured different fractions of variance. Several informative SNPs were in genes/QTL regions that affect or are associated with phenotypes or production traits that might differentiate the investigated breeds. The combination of PCA and RF to perform SNP selection and breed assignment can be easily implemented and is able to identify subsets of informative SNPs useful for population assignment starting from a large number of markers derived by high‐throughput genotyping platforms. 相似文献
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Lawrence R. Schaeffer Keng Pee Ang Jake A. K. Elliott Marine Herlin Frank Powell Elizabeth Grace Boulding 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2018,135(5):349-356
Genetic evaluations of individual fish were calculated for growth traits in North American Atlantic salmon with and without inclusion of genetic markers. The number of SNP markers was reduced to 6,000 and further to 270 in order to reduce the problem of overparameterization. SNP genotypes were predicted for all ungenotyped animals in the pedigree. Analysis of traits used a model with polygenic effects and SNP markers together. Polygenic effects refer to the additive genetic effects that remain after accounting for SNP genotypes. SNP marker genotypes were included as covariates to evaluate fish for growth traits (weight and length) in different environments (freshwater and seawater) with genders separated. Including regressions on SNP marker genotypes reduced the sum of squares of residuals by 2.7%–12.5% and increased the variability of Mendelian sampling effects (i.e., within‐family variation) compared to traditional animal model evaluations. Genetic evaluations may be carried out with a few hundred markers which may be more affordable for genotyping large numbers of fish. 相似文献
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利用ACGM和EST-SSR标记对云贵高原野生山蚂蝗属种质的遗传多样性分析 总被引：2，自引：2，他引：0
山蚂蝗属野生种质是一个具有巨大经济价值的资源。本研究利用基于基因表达序列数据库开发的２种分子标记ＡＣＧＭ 和ＥＳＴ ＳＳＲ 共８５对引物对山蚂蝗属９个种４６个野生种质资源进行多样性分析。结果显示,ＡＣＧＭ引物中有扩增产物的引物比例为８６．４９％,远高于ＥＳＴ ＳＳＲ 引物的５４．１７％。同时,ＡＣＧＭ 的多态性比率也大于ＥＳＴ-ＳＳＲ,可见ＡＣＧＭ 在山蚂蝗属野生种质中的转移性优于ＥＳＴ-ＳＳＲ。通过ＡＣＧＭ 和ＥＳＴ ＳＳＲ 分析得到的遗传相似性系数为０．５２３～０．９６７,平均相似系数为０．７０３,这表明山蚂蝗属野生种质资源间存在较高的遗传多样性。此外,ＡＣＧＭ 分析能有效区分４６ 个山蚂蝗属种质基因型,而ＥＳＴ-ＳＳＲ 只能区分绝大多数山蚂蝗属基因型。在ＵＰＧＭＡ 聚类图上４６个供试材料被分成９组,与传统分类结果不完全一致。说明基于禾本科和豆科基因表达序列开发的分子标记能用于山蚂蝗属植物的遗传分析,同时这也为其他野生种质资源的遗传多样性研究提供了有益的借鉴。 相似文献
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前期实验表明,变温处理(28 ℃ 12 h/16 ℃ 12 h)可显著提高羊草种子的萌发率,且羊草种子萌发中的第1天是接受变温信号的关键时期。以此为研究基础,结合羊草种子变温萌发的转录组测序数据,针对羊草种子萌发初期对变温处理的响应筛选出与种子萌发、休眠及低温相关的基因24个,利用测序结果中这些基因的RPKM值制作基因表达热图并分析其表达差异。以萌发率高、低的两种羊草种质的种子为材料,对24个基因在恒温12 h(28 ℃)和变温1 d(28 ℃ 12 h/16 ℃ 12 h)萌发处理中的表达分别进行了定量分析。结果表明,与恒温对照相比,变温处理12 h后,表达明显上调的基因有SAIN1,PP2C62,EXPB3,EXPB4,GA3ox,EXPA2和EXPA7,而表达明显下调的基因有bHLH49,GID1,ABI8,Chi1,11833,CBF3,NAC2,PP2C72,SAIN2和5423。通过进一步分析相关基因在高、低萌发率两个种质中表达的差异,筛选出其中可能与羊草种子萌发相关的基因有几丁质酶基因Chi1,转录因子基因CBF3,羊草新基因5423,赤霉素合成基因GA3ox,细胞松弛素蛋白基因EXPB4和羊草新基因SAIN1,将为下一步阐明羊草种子萌发的分子作用机理奠定基础。 相似文献
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GHSR基因编码促生长激素分泌素受体,被认为是生长性状的候选基因,但其在家兔上的研究甚少。本试验采用PCR产物直接测序法寻找GHSR基因遗传变异,应用HRM分型技术对新西兰兔、加利福尼亚兔和天府黑兔3个肉兔品种共176个个体进行基因型分析。结果表明:在GHSR基因外显子2中存在一个SNP多态位点,位于编码区918bp处(c.918C>T),该SNP为同义突变。c.918C和c.918T在3个品种中平均基因频率分别为0.704 5和0.295 5,3种基因型CC、CT和TT的频率分别为0.557、0.295和0.148。该位点在3个兔群体中均表现为中度多态(0.25相似文献