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[目的]利用生物信息学方法初步探讨虫草属日本拟青霉的分类地位。[方法]提取日本拟青霉的基因组,并利用通用引物ITSL和ITS4采用PCR技术扩增rDNA18S-28S ITS序列。采用Clustalx1.83和MEGA5软件构建系统发育树,生物信息学比较分析确定其分类地位。[结果]PCR扩增产物为603 bp。将日本拟青霉重新命名为雪花高雄山虫草(Cordyceps takaomontana strain JLsnow)。将虫草重新分类,并对该类群及其特征进行了描述。[结论]从分子水平上说明日本拟青霉与其他虫草之间的差异,该研究为虫草属真菌的分类提供新思路。 相似文献
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《西南农业学报》2015,(2)
为了鉴定2株从四川省成都市法国梧桐树干上采集到的耐高温野生大型真菌,为其开发利用与驯化栽培奠定基础。在形态学特征观察的同时提取了子实体基因组总DNA,并对其模板进行ITS序列的扩增、测序及系统发育地位分析,并将形态学特征和系统发育地位结合来鉴定其准确分类。结果表明:从形态学上可初步鉴定2个菌株均为伞菌目(Agaricales)球盖菇科(Strophariaceae)田头菇属(Agrocybe)大型真菌;系统发育地位研究进一步确定2株野生大型真菌为柱状田头菇。结合形态学和分子生物学的方法能准确对柱状田头菇进行分类和鉴定,能显著提高大型野生真菌鉴定的准确率。 相似文献
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[目的]从DNA水平揭示整个榕属植物的分类及系统发育规律。[方法]应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对粤西地区常见榕属植物进行基因组DNA多态性分析。[结果]结果表明,榕属植物多态性占72.93%,显示出榕属植物丰富的遗传多样性。[结论]RAPD技术可以从分子水平鉴定榕属植物品种,揭示榕属植物种质资源的亲缘关系以及遗传背景,为榕属植物的栽培育种及资源的合理保护提供科学依据。 相似文献
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本文通过形态学及系统发育学方法对采自中国山西省不同地区的58份壳囊孢属真菌标本进行分类学研究。从形态学上观察子实体、孢子及纯培养物形态,可将其分为5个形态学类群;系统发育学分析分别基于单基因(ITS)和3个基因片段数据集(ITS、LSU和TEF),通过最大简约法(MP),最大似然法(ML)和贝叶斯分析(BI)分别构建系统发育树,结果显示来自山西的壳囊孢属真菌为5个独立分支,进一步支持了形态学分析结果所得出的结论。本文结合传统形态学及现代分子系统学方法对山西省不同寄主壳囊孢属真菌多样性进行调查和分类研究,经分析该5个类群分别是榆树壳囊孢、金黄壳囊孢、核果壳囊孢、苹果壳囊孢、槐壳囊孢,分布于山西省5个市的11种寄主植物上,其中广玉兰、山楂、白蜡、丝绵木、红瑞木为该类真菌新记录寄主,为该省病害防治及后续病原病理学研究奠定基础。 相似文献
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牡丹红斑病是危害牡丹的最重要病害之一.本研究欲通过对病原菌进行鉴定并明确其分类地位.采用形态学方法结合分子标记法对牡丹红斑病病原进行鉴定,利用Mega5软件对枝孢霉属进行系统发育树分析.结果表明：该病致病菌为牡丹枝孢霉,序列与GenBank登录号为GQ395812.1的ITS序列同源性最高,同源性大于99％.聚类分析发现,枝孢霉属可分为7个聚类组,样品菌株与牡丹枝孢霉为一类.分子鉴定与形态学鉴定结果一致,该研究为牡丹红斑病的快速诊断与防治提供了依据,并为枝孢属的系统发育和分类鉴定提供了参考. 相似文献
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[目的]通过形态学特征明确四株马铃薯甲虫致病菌分类地位,探讨利用18S及ITS核酸序列鉴定四株致病菌的可行性.[方法]通过传统形态学特征及18S、ITS序列分别对四株马铃薯甲虫白僵菌1572、1573、1576和1577进行鉴定.[结果]孢子形态、产孢结构、菌落等形态学特征表明四菌株均为球孢白僵菌.四菌株18S rDNA序列分析获得1 665个共同碱基,在GenBank比对,从结果中选择相似度大于98;的序列与四菌株一起构建系统发育树I,发现白僵菌属归于一个分支,四菌株均归属于白僵菌属球孢白僵菌.剔除遗传关系比较远的、冗余的属外菌重新构建18S系统发育树Ⅱ,结果四菌株都与Beauveria bassiana(登录号为EU334676.1)分到一个枝上.ITS核酸序列分析获得513个共同碱基,在GenBank比对,显现的序列均属白僵菌属,下载这些序列与四菌株构建ITS系统发育树I,发现球孢与布氏白僵菌归属在一个分支.选取Stephen A.Rehner注册的白僵菌属六个分支的代表种及数据库中部分球孢和布氏白僵菌与四菌株一起构建ITS系统发育树Ⅱ,四菌株与代表种Cordyceps bassiana(AY532041.1)分到一个枝上,但在该枝上有三株布氏白僵菌,球孢与布氏白僵菌不能完全区分开.[结论]利用18S和ITS核酸序列均可将白僵菌鉴定到属,根据ITS序列可以确定四株白僵菌归属于球孢白僵菌的分支. 相似文献
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[目的]探讨更为客观的木霉菌鉴定手段。[方法]在形态分类的基础上结合分子鉴定手段(rDNA-ITS序列分析),对3株茶藨生柱锈重寄生木霉菌进行分类鉴定。[结果]依据TR1的培养性状和显微特征描述,初步鉴定该菌株为深绿木霉(T.atroviride);TR2、TR3的培养性状和显微特征在一定程度上相似,依据其形态特征,初步鉴定这2个菌株为绿色木霉(T.viridePers.ex Fr.)。从Genbank中深绿木霉和绿色木霉的6个菌株与TR1、TR2T、R3所作的系统发育树可知,TR1应该归为深绿木霉,TR2和TR3属同种真菌,应该归为绿色木霉,这与形态学观察结果一致。[结论]形态特征结合ITS序列分析可作为木霉菌分类鉴定的依据。 相似文献
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两性生殖卤虫16S rDNA分子系统学研究 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]对两性生殖卤虫的分类地位和系统发育情况进行探讨。[方法]测定了中国分布的A.sinicatibetiana、未定名的新疆鲸鱼湖卤虫和青海小柴旦卤虫3种两性生殖卤虫的16SrDNA序列,测序结果与Genbank已发表的另外11个两性生殖种卤虫的16SrDNA序列进行分析比较,并选取丰年虫科Artemiopsisstefanssoni为外群,运用MEGA软件中的NJ法构建分子系统树。[结果]A.persimilis是卤虫属中原始的类群,A.franciscana和A.monica为进化类群,A.urmiana与A.s.sinica以及中国的其它种类有密切的亲缘关系。[结论]基于线粒体16SrDNA序列的两性生殖卤虫系统发育关系为：A.persimilis→A.urmiana、A.sinica和A.tibetiana→A.tunisiana→A.monica→A.Franciscan. 相似文献
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[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（cox1）。[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列。通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析。[结果]cox1基因编码框包含1531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成。利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异。[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础。 相似文献
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鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2 好的序列为ND5和ND4 ND4L、ND3和ATP8差 包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等 在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2 好的序列为ND2和cox1 ND6、ND3和ATP8差 包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。 相似文献
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[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（cox1）。[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列。通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析。[结果]cox1基因编码框包含1531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成。利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异。[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础 相似文献
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迷果芹多糖提取工艺研究 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]优化迷果芹根中多糖的提取工艺条件。为迷果芹的进一步研究提供参考。[方法]采用单因素和正交实验,考察了提取过程中提取温度、提取时间、提取次数和料液比对迷果芹多糖提取的影响,筛选迷果芹根中多糖的最佳提取工艺。[结果]单因素实验表明,当提取时间为2 h,浸提温度为90℃,料液比(g/ml)为1∶10和提取次数为2次时,迷果芹多糖的提取率最高。正交实验表明,影响迷果芹多糖提取率的因素的顺序是:提取温度>提取次数>料液比>提取时间;迷果芹多糖的最佳提取工艺为:提取温度90℃,提取时间2 h,提取次数为1次,加入10倍量的水。[结论]由方差分析可知,提取温度对迷果芹提取的影响作用最显著。其他3种因素均无显著性。 相似文献
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[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。 相似文献
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10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。 相似文献
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[目的]对动物组蛋白H3K4三甲基化转移酶MLL3进行生物信息学分析。[方法]利用生物信息学的方法,对小鼠MLL3的基因结构、氨基酸序列、系统进化树、染色体定位和共线性等问题进行分析。[结果]编码合成的小鼠MLL3蛋白质一级结构包括7个锌指结构域、1个HMG-box(高迁移率族蛋白)、1个FYRN(N-末端富含苯丙氨酸或酪氨酸区域)、1个FYRC(C-末端富含苯丙氨酸或酪氨酸区域)、1个SET域和1个postSET域;从序列对比和同源性上发现,该研究中的19种动物都基本上具有这些结构,说明这些结构在进化上是相对保守的,其中SET域具有高度的保守性,是维持组蛋白甲基化酶活性所必须的;从系统发生上看,19种动物在进化树上的位置与其分类地位相一致;在共线性分析中,虽然小鼠和人的MLL3基因位于不同的染色体上,但其上游和下游具有相同的基因,说明小鼠和人的MLL3基因具有共线性。[结论]不仅揭示了MLL3的核苷酸序列及其氨基酸序列的一级结构,为以后研究其高级结构和蛋白质的功能奠定了基础;同时也为后期进行小鼠MLL3基因的引物设计、启动子分析、基因的克隆、定位和表达的调控模式研究奠定了基础。 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。 相似文献