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为了研发具有自主知识产权的猪源性成分检测的引物和探针,比对猪、牛、羊、马、鸡、鸭、兔、鹅等8种动物的线粒体基因组,筛选并设计猪特异性的引物和探针组合进行荧光定量PCR。研究结果表明,所研发的猪源性成分检测的引物和探针仅对猪相关DNA模板有典型扩增曲线,对其他动物来源的DNA模板无扩增,具有高度的猪源性特异性。灵敏度实验表明,利用此引物和探针的检测方法具有高度的灵敏度,可达1 pg级。肉制品中猪源性定量检测实验说明此方法具有较好的定量检测能力。此引物和探针组合适用于猪源性食品和农畜产品的检验检测。 相似文献
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为建立一种敏感、特异的检测疫苗中猪肺炎支原体污染的方法,设计了猪源支原体PCR通用外套引物和猪肺炎支原体种特异性内套引物及地高辛标记寡核苷酸探针,建立了PCR-斑点杂交技术,应用于猪瘟活疫苗中猪肺炎支原体污染的检测,并与套式PCR技术进行比较研究.结果显示,探针最低检出DNA量为23.4 pg,比套式PCR(最低检出量为62.5 pg)敏感性更高,且探针与鸡毒支原体和大肠杆菌DNA无交叉反应.对来自6个生产厂家共90批疫苗的检测结果显示,PCR-斑点杂交法比套式PCR法对疫苗猪肺炎支原体污染的检出率高10%.以上结果表明PCR-斑点杂交法具有更高的敏感性和特异性,在疫苗猪肺炎支原体污染的检测中具有推广应用价值. 相似文献
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【目的】甜瓜细菌性叶斑病是危害甜瓜的重要种传细菌病害,是由丁香假单胞杆菌流泪病致病变种甜瓜菌株(Pseudomonas syringae pv.lachrymans)引起的。论文旨在建立高效、快捷、操作简单的检测技术以防止此病原菌传播。【方法】以Gen Bank公布的甜瓜细菌性叶斑病菌的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因序列为靶标,设计甜瓜细菌性叶斑病菌特异性锁式探针,建立锁式探针与斑点杂交技术结合的检测体系。以保存的目的菌株为材料,提取DNA作为模板进行锁式探针连接反应、酶切反应和扩增反应,并将锁式探针连接反应、酶切反应和扩增反应的反应温度和反应时间分别进行优化。利用优化的锁式探针连接反应、酶切反应和扩增反应分别对健康的甜瓜种子、带有甜瓜细菌性叶斑病的甜瓜种子、无菌水及25株其他参试菌株进行检测,测定该体系的特异性。将甜瓜细菌性叶斑病菌的DNA按10倍梯度稀释,依次稀释为1 ng·μL~(-1)、100 pg·μL~(-1)、10 pg·μL~(-1)、1 pg·μL~(-1)、100 fg·μL~(-1)、10 fg·μL~(-1)和1 fg·μL~(-1)作为模板,利用优化的锁式探针连接反应、酶切反应和扩增反应,测定灵敏度。将探针与斑点杂交技术结合建立高通量检测体系,将上述反应过程中的扩增产物固定于尼龙膜上,将锁式探针上Zipcode序列的反向互补序列合成c Zipcode(检测探针),检测探针(c Zipcode)用地高辛标记后与产物进行杂交。锁式探针结合斑点杂交技术分别进行特异性检测和灵敏度测定。探针与斑点杂交技术结合建立的高通量检测体系进行人工模拟种子带菌检测,进一步验证该体系的可靠性。利用建立的高通量检测方法对205份市售疑似带病的甜瓜种子进行检测。【结果】锁式探针特异性测定结果表明,26株甜瓜细菌性叶斑病菌均能得到一条105 bp的特异性条带,而剩余25株参试菌株及无菌水均无扩增产物产生。灵敏度测定结果表明,当目的菌株的浓度稀释为1 pg·μL~(-1)时均能检测到一条105 bp的特异性条带,所以探针的检测灵敏度为1 pg·μL~(-1)。探针与斑点杂交技术结合建立的检测甜瓜细菌性叶斑病菌高通量体系能将甜瓜细菌性叶斑病与所有的参试菌种区分开,26株甜瓜细菌性叶斑病菌杂交后出现了显色反应,而25株参试菌株及无菌水均没有发生显色。锁式探针结合斑点杂交的灵敏度检测同样达到1 pg·μL~(-1)。将锁式探针结合斑点杂交进行人工模拟种子带菌检测,能将1粒带菌种子从1 000粒健康的种子检测出来,模拟种子带菌检测率都能达到0.1%(1/1 000)。从205份市售甜瓜种子中成功检测到7份市售种子带菌。将带菌种子分别加入一定量的无菌水浸泡4 h,提取悬液DNA,将悬液DNA进行PCR扩增后测序,NCBI比对后确定为甜瓜细菌性叶斑病菌。【结论】基于锁式探针结合斑点杂交技术的检测体系能够快速、准确地识别甜瓜细菌性叶斑病。 相似文献
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猪病毒性繁殖障碍病低密度基因芯片诊断方法的建立 总被引：11，自引：2，他引：11
应用PCR(或RT-PCR)分别扩增猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒-2型、日本乙型脑炎病毒和猪瘟病毒的一段保守序列,克隆到pMD 18-T Simple Vector构建重组质粒,用于制备各病毒的探针。将各探针按一定的阵列点加到硝酸纤维素膜上并加以固定,制备成低密度检测基因芯片。在多重PCR扩增过程中用生物素标记的dUTP(Bio-11-dUTP)对待检样品进行标记,扩增产物与芯片杂交,用扫描仪对杂交结果进行扫描分析。经对68份样品检测结果证明,该方法可以同时检测待检样品中上述6种病毒核酸的存在情况,与PCR方法相比,显示了较高的灵敏度。该方法的建立,为大批量快速诊断、普查猪病毒性繁殖障碍疫病提供了保证。 相似文献
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【目的】建立H5和H9亚型禽流感病毒的反向斑点杂交鉴别诊断方法。【方法】在H5和H9亚型禽流感病毒血凝素基因的保守区段内,选择设计2对引物,RT-PCR扩增后将目的片段克隆到pGEM-T载体中,得到重组质粒pGEM-T-H5与pGEM-T-H9。以重组质粒为模版,选择合成寡核苷酸探针与生物素标记引物。将探针通过紫外交联方法固定在带正电荷的尼龙膜上,用生物素标记引物扩增特异性片段,扩增产物经热变性后与探针进行杂交,杂交后显色,出现明显蓝紫色斑点的判定为阳性,无斑点判定为阴性。【结果】利用建立的反向斑点杂交方法检测,H5、H9亚型禽流感病毒的血凝效价分别可达到2-9.6和2-11.9,杂交特异性好,且2亚型间无交叉反应。【结论】建立了H5和H9亚型禽流感病毒的反向斑点杂交检测方法,该方法灵敏度高、特异性好,可以实现H5与H9亚型禽流感病毒的鉴别诊断。 相似文献
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根据已发表狂犬病病毒(RV)的序列,设计合成扩增高度保守核(N)蛋白片断的引物.通过生物素标记的RT-PCR技术和微量点样技术,将高度保守N蛋白基因片段作为探针点,在硝酸纤维素膜上制成16点阵的低密度诊断基因芯片.提取160份可疑犬的血液,以核酸作模板进行RT-PCR扩增,将其产物分别用琼脂糖凝胶电泳和低密度芯片检测;同时采用蔗糖密度梯度离心和凝胶层析纯化狂犬病病毒作抗原,建立间接ELISA的检测方法.试验结果表明,RV低密度基因芯片的检测率比ELISA方法和RT-PCR方法灵敏度高、特异性强,完全可以作为临床诊断的一种方法. 相似文献
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【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列,设计特异性引物和探针,建立猪源性成分Real-time PCR检测方法,采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量,计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA（Accession EF172428）,根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带,其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25 μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分,百分误差分别约为1.32%和1.06%—7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。 相似文献
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以地高辛(DIG)标记H3亚型猪流感病毒(SIV)HA基因的保守片段制成核酸探针,与H3及H1亚型的猪流感病毒(SIV)的cDNA、猪呼吸与繁殖综合征病毒(PRRSV)的cDNA、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的DNA、猪瘟病毒(CSFV)cDNA、猪伪狂犬病病毒(PRV)的DNA进行斑点杂交,检测探针的特异性.结果显示,该探针仅与H3亚型的猪流感病毒(SIV)的cDNA杂交呈阳性,与其余病毒杂交呈阴性;敏感性试验结果显示,探针最低能检出约6 pg/μL的H3亚型的SIV RT-PCR产物.应用该探针对35份疑似SI临床病料进行检测,结果检出4份阳性病料,与RT-PCR检测结果一致.研究表明,建立的DIG标记的核酸探针特异性强,敏感性高,适合于对H3亚型SI的诊断和流行病学调查. 相似文献
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苏云金芽孢杆菌cry基因芯片检测方法的研究 总被引：7，自引：0，他引：7
建立了一种不经PCR扩增而直接应用寡核苷酸芯片从苏云金芽孢杆菌总DNA中检测cry基因的方法。对探针长度、浓度、总DNA含量、标记方法以及灵敏度等条件进行了研究。结果表明,用高浓度Klenow酶随机标记高浓度的总DNA与寡核苷酸探针(40～50mer、40μmol·L-1)杂交可用于检测Bt菌株中含有的cry基因;不同长度探针之间对杂交信号的影响存在显著性差异(P<0.01),而不同浓度的探针之间没有显著性差异。此方法的其它条件为杂交温度42℃、时间3h;检测的样品总DNA的灵敏度约为2.5μg;标记产物杂 相似文献
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从猪血中分离附红细胞体,提取其基因组DNA,用EcoRI对基因组DNA进行酶切,将酶切片段进行琼脂糖电泳,得到一个1.8 kb的DNA片段,根据DNA序列分析与GenBank已知基因比较和PCR方法确定该片段具有特异性,以该片段为模板进行PCR,并将其扩增产物与其它猪的其他细菌DNA扩增产物相比较,建立一种检测猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法,并通过斑点杂交试验检测该产物特异性,通过临床应用检验该法的适用性。结果表明:扩增产物大小为782 bp,其序列与已知附红细胞体序列同源性为100%,斑点杂交试验证实该产物为附红细胞体特异性产物,将该方法应用于检测10头临床症状典型的感染猪和10头健康猪的血液,所有感染和隐性带菌猪的PCR检测结果为阳性,健康猪为阴性。猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法适用于检测无临床症状的隐性带菌动物。 相似文献
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根据羊特异性线粒体DNA片段,设计合成一对引物,并以生、熟羊肉为材料,建立了肉制品中羊源性成分的PCR检测方法,并用于生、熟羊肉的鉴定。PCR扩增产物DNA片段大小为295 bp。用Sau3AⅠ限制性内切酶进行酶切鉴定,酶切产物为204 bp和91 bp。PCR产物和酶切产物的片段大小与预期目标相符,其检测灵敏度达到0.225 pg DNA。合成的羊源性DNA引物可以扩增出羊肉的目的 DNA片段,而对马、狗、驴、兔和猪等14种动物DNA无扩增效果。利用该法对83份羊肉制品进行鉴定,检出率为100%。结果表明,该法快速简便,且具有较高的特异性和敏感性,可用于市售牛肉制品中牛源性成分的鉴定。 相似文献
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利用RT-PCR或PCR技术扩增出新城疫病毒（newcastle disease virus）、低致病性禽流感病毒（avian influenza）、传染性支气管炎病毒（infectious bronchitis virus）、减蛋综合征（egg drop syndrome）、传染性喉气管炎病毒（infectious laryngotracheitis）、鸡毒支原体（mycoplasma gallisepticum）基因的各一段保守序列,以纤维素膜作为生物芯片制作的基质,通过微量点样技术产生二维DNA探针阵列,即基因芯片（gene chip）。从可疑病料中提取病原核酸,通过RT-PCR掺入法标记bio-11-dUTP,将获得的标记PCR产物和基因芯片进行杂交,通过检测杂交信号的强弱来实现对生物样品的快速、高效检测及分析。芯片灵敏度高于RT-PCR和病毒分离,分别为RT-PCR和病毒分离的102倍和104倍,有忠实的特异性,动物实验结果符合率在95%以上。 相似文献
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[目的]开发一种用于牛源性成分检测的荧光实时定量检测方法。[方法]通过序列比对后,以牛源性线粒体DNA中cytb基因为模板,设计特异性的引物和探针,并以不同来源的DNA为模板,分析引物和探针的特异性。对牛源性DNA进行梯度稀释后,分析不同浓度下扩增曲线,分析检测方法的灵敏度。以牛源性DNA稀释液为模板,进行10个平行扩增试验,分析检测方法的精密度。[结果]该研究所用的引物和探针对牛源性DNA具有明显的扩增曲线,而对非牛源性(鸡、鸭、猪、人)DNA模板不进行扩增。灵敏度分析结果显示,该检测方法对浓度仅为24.4 pg/μL牛源性DNA模板仍进行阳性扩增。精密度分析显示,10个平行试验扩增曲线相似,Ct值的标准差(SD)仅为0.41,精密度(CV)也仅为1.6%。[结论]该研究开发的牛肉成分检测的荧光实时定量方法特异性高,仅对牛源性DNA发生扩增。同时该方法灵敏度也很好,检出限为24.4 pg/μL,精密度也很高,重复性良好,适用于市场上肉制品中牛源性成分的检测。 相似文献
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为获得多浪羊IFN-γ地高辛探针,并对其标记效率进行检测。将多浪羊pMD-18T-IFN-γ克隆菌进行PCR扩增,经切胶回收及目的基因浓缩后获得目的基因IFN-γ,然后用地高辛标记和检测试剂盒对IFN-γ基因进行标记,获得IFN-γ地高辛探针。IFN-γ的PCR扩增产物经8g/L琼脂糖电泳分离后转移至Hybond N+膜,膜上显影后进行敏感性检测并计算探针质量浓度,结果显示,IFN-γ地高辛探针在杂交液中的质量浓度为30μg/L。Southern杂交显示,Hybond N+膜上有IFN-γ基因的双链DNA,且浓缩后的DNA(2.5μg)标记的特异性探针质量浓度较高,可以在Hybond N+膜上呈现出清晰的杂交条带,证明获得的探针质量浓度符合要求。 相似文献
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建立了一种可同时检测9种转基因玉米(Zea mays L.)的可视化膜芯片检测方法。该方法利用紫外交联技术,将9种转基因玉米特异性探针及内源性玉米醇溶蛋白基因(Zein)探针和杂交质控探针固定于尼龙膜表面制成检测芯片。通过多重PCR同时扩增多重靶标片段,生物素化产物与检测芯片杂交。阳性结果由链酶亲和素-碱性磷酸酶及显色底物NBT/BCIP的显色反应在芯片表面形成裸眼可见的点。应用商业化转基因玉米(Bt176、Bt11、MON810、GA21、T25、TC1507、DAS-59122、NK603、MIR604)、转基因棉花(MON1445、MON15985)、转基因大豆及非转基因材料检验了芯片的性能,结果表明,制备的检测芯片具有良好的特异性和重复性,检测限为0.5%。芯片鉴定结果与PCR产物测序结果一致。 相似文献
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【目的】建立鼻气管鸟杆菌(Ornithobacteriumrhinotracheale,ORT)快速、准确的检测方法。【方法】利用PCR扩增鼻气管鸟杆菌16 S rRNA基因的671 bp特异性片段,经回收纯化后用地高辛标记,建立了地高辛标记探针诊断ORT的方法。【结果】特异性试验表明,地高辛标记探针可与ORT不同血清型参考菌株的核酸发生特异性杂交,而与鸡大肠杆菌、副鸡嗜血杆菌、鸡白痢沙门氏菌、禽多杀性巴氏杆菌的核酸杂交均为阴性;敏感性试验结果表明,地高辛标记探针对ORT的最低检出量为100 pg/μL;利用该探针对分离菌株和疑似病料进行检测,结果均与PCR检测结果一致。【结论】建立了地高辛标记探针检测ORT的方法,为ORT的诊断提供了一种敏感性高、特异性强、简便且易行的方法。 相似文献
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【目的】对前期构建的猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和A型猪轮状病毒(PoRVA)共检cDNA芯片进行技术创新和关键参数优化。【方法】根据靶基因PEDV(S和M)、TGEV(N和S)以及PoRVA的(VP7和NSP4)分别设计6对特异性引物,扩增探针制备芯片阵列。重点改进了样品标记技术,引物直接标记与不对称PCR扩增结合,确定了不对称PCR扩增体系;并对点样缓冲液、水合时间、探针浓度、杂交时间和温度、清洗和干燥方式等条件进行优化。【结果】当博奥和百傲两种缓冲液比例为1∶1,水合时间为4 s,探针浓度为600 ng/μL,不对称PCR上下游引物比为1∶40,在48℃杂交3 h,用0.2%SDS清洗,1 000 r/min离心,该cDNA芯片效果最佳。【结论】本研究确定了PEDV-TGEV-GAR共检cDNA芯片的关键技术参数,为开展基因芯片的标准化制备和应用奠定了基础。 相似文献