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1.
本研究利用PCR-SSCP技术结合DNA测序确定UCP2基因SNP位点,检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性,并分析其与生长性状的关联性。结果表明,UCP2基因第1外显子存在3个SNPs位点,分别为T632C、A655G和A689C,结合PCR-SSCP结果分析后,分为AA、BB、AB 3种基因型。不同月龄体高、体重、胸围、体斜长,总体呈AA>AB>BB。AA基因型个体在不同月龄体高、胸围显著或极显著高于BB基因型（P < 0.05;P < 0.01）,与AB基因型之间存在差异,但差异不显著（P > 0.05）。可以确定,T632C位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义,AA基因型个体可作为后期选育方向。 相似文献
2.
湖羊瘦素基因内含子2多态性及其与体重性状的相关性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用测序和PCR-RFLP技术对85只湖羊个体瘦素(leptin)基因第2内含子进行多态性分析,检测到A99G和C150T两个SNPs,两座位的优势基因型均为野生基因型,基因型频率分别为0.7882和0.8000,突变纯合型均未检测到;卡方检验结果表明,两座位的基因型频率处于哈代—温伯格平衡(P＞0.05);统计分析结果表明,A99G和C150T座位的不同基因型与初生重、3月龄体重、6月龄体重之间的相关关系不显著(P＞0.05)。 相似文献
3.
为了解苏香杂交猪生长休止基因(GAS7基因)SNPs与生长性状的相关性,试验以61头F1代苏香杂交猪为研究对象,应用PCR扩增及直接测序技术对杂交猪GAS7基因进行多态性检测,并进行SNPs与生长性状各指标的相关分析。结果表明:在GAS7基因外显子2中共发现3个SNPs,39位T位点,45位T位点,93位G位点;GAS7基因外显子2中的3个SNPs与2,3,4,6月龄时的体高均存在显著正相关(P0.05),且纯合基因型均高于杂合基因型。说明GAS7基因外显子2的SNPs可作为体高性状的候选基因。 相似文献
4.
《畜牧兽医学报》2016,(5)
本研究旨在探讨TXNRD1多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状之间的关联性,以期找到与乌珠穆沁绵羊生长有关的分子标记。采用DNA混池测序技术筛选TXNRD1基因外显子突变位点,并采用质谱分型技术检测343头乌珠穆沁绵羊群体突变位点的基因型,并对其单个SNP及多个SNPs位点之间的组合基因型与生长性状之间进行关联分析。结果发现:在该基因第1外显子处发现1个C→T的错义突变(RS10);在第10外显子发现1个A→C同义突变(RS17);在第12外显子处发现1个T→C同义突变(RS18)。χ~2适合性检验表明,3个位点均处于HardyWeinberg平衡状态(P0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明:RS10-RS17,RS10-RS18两个位点之间可能存在强连锁,RS17-RS18之间弱连锁。CAT是优势单倍型,其频率为0.356。关联分析发现,每个位点的3种基因型的个体在4月龄体重和胸围上均有显著差异(P0.05)。RS10位点3种基因型的个体在6月龄体重、体高、胸围及胸宽上差异显著(P0.05),RS17位点3种基因型的个体在6月龄体高上差异显著(P0.05),RS18位点上3种基因型的个体在6月龄体重、体高、体斜长和胸围上有显著性差异(P0.05)。组合基因型关联分析发现,不同多态位点之间的组合基因型在乌珠穆沁绵羊不同生长性状之间差异显著(P0.05)。综上所述,可以将TXNRD1基因的多态性位点作为分子标记,在乌珠穆沁绵羊的选育中进行探索和尝试。 相似文献
5.
本研究旨在分析UCP2基因SNPs及其单倍型与肉牛饲料转化率和体尺等生长相关性状的相关性。以118头西门塔尔牛为试验材料,利用DNA池和PCR-RFLP方法检测UCP2基因G118A、C161T、C215G、C305T位点多态性,构建单倍型并与生长性状进行相关分析。结果表明,G118A、C161T和C305T位点均与饲料转化率显著相关(P<0.05),其中杂合个体均值显著高于纯合个体且料肉比较高,而纯合个体之间差异不显著。位点C161T和C305T对胸围和腹围发挥主要影响作用,在差异显著表型性状中,TT基因型显著大于CC基因型个体。所构建的单倍型与单个SNP分析结果较为一致。综合考虑饲料转化率、平均日增体质量、胸围和腹围,建议将C161T和C305T位点的纯合个体TT基因型作为提高肉牛生长性状的候选分子标记。 相似文献
6.
旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA混池测序结果,运用质谱分型技术对227头德州驴群体中的SNPs位点进行基因型检测,分析基因型与初生、3月龄、6月龄3个时期相关生长性状的关联性。结果表明:1)通过DNA混池测序发现,NCAPG基因上的SNPs位点包括第9内含子上rs1(T>C),第11内含子上rs2(A>G),第19内含子上rs4(C>G),第8内含子上rs5(C>G);DCAF16基因第2外显子发现一个同义突变,即位点rs008(A>G)。2)初生时期的关联分析显示,rs1位点基因型CC个体的平均尻长显著高于CT型个体(P<0.05);3月龄时期各基因型的表型平均值无显著差异(P>0.05);在6月龄阶段,基因型为TT个体的平均胸宽与CC个体相比差异极显著(P<0.01),TT和CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P<0.05)。3)rs4位点的关联分析揭示了GG基因型个体在初生时期的平均胸深显著高于GC基因型(P<0.05),3月龄时期各基因型之间的平均表型值无显著差异(P>0.05);CC基因型个体6月龄时期的平均胸宽和管围显著高于GG基因型(P<0.05)。4)rs008位点关联分析结果表明,各基因型之间初生时期的表型值无显著差异(P>0.05);AA、GA基因型个体3月龄时期的体重、体高和尻高都显著高于GG基因型(P<0.05);AA、GA基因型个体6月龄时期的体高和胸围都极显著高于GG基因型个体(P<0.01),GA基因型与GG基因型个体间的胸深、尻高的差异达到极显著水平(P<0.01),GA基因型个体的尻宽显著高于GG和AA基因型(P<0.05)。5)根据连锁不平衡分析结果,rs1、rs2、rs4和rs5的组合基因型在德州驴群体中有5种。关联分析结果揭示了TTAACCCC组合基因型个体6月龄时期的平均胸宽显著高于CCGGGGGG组合基因型(P<0.05)。综上,德州驴群体中NCAPG-DCAF16基因区域5个SNPs位点对生长性状均有显著影响,特别是rs008位点与德州驴体重、体高等重要生长性状极显著相关,可用于德州驴的分子标记辅助选择,提高德州驴育种效率。 相似文献
7.
为探讨GDF5基因外显子2的SNPs以及与鸡胫骨长的关联性,以兴义矮脚鸡GDF5基因为研究对象,采用基因克隆技术得到外显子2序列,直接测序后检测SNPs,并与胫骨长进行相关性分析。结果表明,共检测到5个SNPs,前4个位点(C146A、C296T、G326A和C578G)均为两种基因型,第5位点(C704T)为三种基因型。基因型与胫骨长性状关联分析显示,C578G位点CC基因型个体胫骨长显著高于GC型个体(P0.05),其余SNPs均差异不显著(P0.05)。研究表明,GDF5基因可能是影响鸡胫骨长的主效基因或与主效基因相连锁,C578G位点有望成为胫骨长性状选择的分子遗传标记,为家禽的选育提供理论依据。 相似文献
8.
利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术对549只西农萨能和关中奶山羊群的AGPAT6基因遗传多态性与生长性状(体高、体长和胸围)的相关性进行研究.结果表明AGPAT6基因存在4个单核苷酸多态性:P1、P2、P4与P10位点分别位于5′UTR (g.152G＞C)、内含子2(g.8124G＞A)、外显子4(g.9263C＞G)和3′UTR(g.16436G＞A).经关联分析,P2、P4和P10三位点在西农萨能奶山羊和关中奶山羊品种中都属于中度多态,4个SNPs的不同基因型对两个奶山羊品种的生长性状影响均不显著(P＞0.05). 相似文献
9.
应用PCR—RFLP技术检测猪磷脂转移蛋白（PLTP）基因内含子4多态性。结果表明：凉伞猪、龙潭猪群体中PLTP基因内含子4经HaeⅢ酶切后均有A和B2个等位基因存在。利用最小二乘分析研究该多态位点对初生质量、45日龄质量、60日龄质量、4月龄质量、6月龄体质量、6月龄体高、6月龄体长、6月龄胸围等生长性状的影响。结果显示：aa与AA基因型个体间在4月龄体质量上存在极显著差异（P〈0．01）,同样在6月龄体高上存在显著差异（P〈0．05）,Aa基因型个体在初生质量上显著高于AA基因型个体（P〈0．05）。由此可知,猪PLTP基因不同基因型对生长性状有着重要的影响,是猪育种应用中的一个潜在的遗传标记。 相似文献
10.
利用PCR-SSCP技术对版纳微型猪、西藏小型猪、军牧猪和大白猪4个品种的IGF-1基因进行了多态性分析.结果表明,在外显子3上存在1个SNP(G201A),在外显子4上存在2个SNPs(A440G和T455C).各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示,在G201A位点,A为大型猪的优势等位基因;在A440G和T455C位点,AT为大型猪的优势等位基因,小型猪的上述2个位点均没有共同的总体特征;2个等位基因型分布差异极为显著(P＜0.01),西藏小型猪的多态信息含量最低,而军牧猪的杂合程度最高. 相似文献
11.
利用PCR-SSCP技术对萨福克、道塞特、特克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在99位碱基由A突变为G;115位碱基由G突变为A;150位碱基由C突变为T;171位碱基由C突变为T。外显子3上,存在271位碱基由G突变为A,使编码的Arg转变为Gln;316位碱基由C突变为A,使编码的Pro转变为Gln;387位碱基由G突变为T,使编码的Val转变为Leu。 相似文献
12.
为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考. 相似文献
13.
试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282 bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为：T10C、C119T（Trp→Arg）、G215C（Gln→Glu）、A238G、T245G（Ser→Ala）、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异（P > 0.05）;进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点（T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T）与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
14.
4个绵羊品种Callipyge基因和Meg3.1、DLK1-INTR1.1位点的SNPs分析 总被引：1，自引：1，他引：0
对宁夏滩羊(TAN,n=87),特克塞尔(TX,n=73),萨福克(SF,n=70)和无角道塞特(PD,n=112)4个绵羊群体DLK1-GTL2印记化结构域的Callipyge、Meg3.1和DLK1-INTR1.1基因座位进行SNP检测,并对Callipyge基因进行PCR-RFLP分析。结果表明:Callipyge基因没有发现A→G的突变,但在该位点其上游35bp处检测到1个C→T的突变。在Meg3.1位点附近发现了2个呈紧密连锁的突变,在DLK1-INTR1.1座位附近发现了5个SNP位点。提示,上述绵羊群体在DLK1-GTL2印记化结构域表现丰富的SNP多态,基因及基因型频率群体间差异显著。 相似文献
15.
本研究旨在探讨甘南藏系绵羊(欧拉羊、甘加羊和乔科羊)及滩羊DGAT1基因16-17外显子多态性,为开展藏系绵羊遗传分化、藏系绵羊与其他绵羊的亲缘关系、藏系绵羊DGAT1基因与肉质性状关联等方面的研究提供参考.采用PCR-RFLP方法,检测501只绵羊DGAT1基因16-17外显子SNP,并对主要遗传参数进行统计学分析.结果表明:①藏系绵羊DGAT1基因16-17外显子均具有Alu Ⅰ酶切多态性,存在TT、TC、CC 3种基因型,其中CC基因型频率最高,为优势基因型;C等位基因频率高于T等位基因频率,为优势等位基因.②欧拉羊在DGAT1基因16-17外显子处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),而甘加羊、乔科羊在DGAT1基因16-17外显子处于Hardy-Weinberg不平衡状态(0.01＜P＜0.05).③独立性检验结果表明:各藏系绵羊间基因型分布差异不显著(P＞0.05),而滩羊与乔科羊之间差异极显著(P＜0.01),滩羊与欧拉羊、滩羊与甘加羊之间差异显著(0.01＜P＜0.05).④藏系绵羊在DGAT1基因16-17外显子Alu Ⅰ酶切位点均表现为中度多态.结果提示:在DGAT1基因16-17外显子Alu Ⅰ酶切位点上藏系绵羊之间基因型分布差异不显著(P＞0.05),而滩羊和藏系绵羊差异显著(0.01＜P＜0.05)、亲缘关系较远. 相似文献
16.
试验旨在研究DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。通过PCR-SSCP技术对146只布鲁氏菌阴性哈萨克羊血液样本和28只布鲁氏菌阳性哈萨克羊血液样本中的白细胞表面抗原DQB2基因外显子2的多态性进行研究,挑取不同的等位基因进行克隆测序,经卡方检验分析每个SNP位点的基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,应用生物信息学软件分析与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性相关的不同等位基因的mRNA二级结构及蛋白质的二级结构、三级结构和抗原表位。结果发现,在270 bp的外显子2序列中共检测到33个SNPs,其中C9G、A180G位点的基因频率在病例组和对照组中的分布具有极显著性差异（P<0.01）,其基因型频率在病例组和对照组中存在显著差异（P<0.05）;A13T、C133G位点的基因频率在病例组和对照组中存在显著差异（P<0.05）;进一步分析发现,A180G突变位点的最小自由能最低,其mRNA二级结构最稳定;A13T和C133G 2个突变位点均引起mRNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构和抗原表位的改变。本试验结果表明DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关。 相似文献
17.
WANG Yuan-yuan YAN Guo LUO Cheng QI Jiang-jiao ZHOU Guang-pu TAN Jun GAO Jian-feng 《中国畜牧兽医》2017,44(12):3543-3553
This study was aimed to investigate the association between the polymorphism of DQB2 gene exon 2 and the susceptibility to Kazakh sheep brucellosis. The DQB2 gene exon 2 of Kazakh sheep lymphocyte antigen was amplified by PCR-SSCP method from 146 healthy and 28 infected with Brucella Kazakh sheep, and the single nucleotide polymorphisms (SNP) was analyzed, then the different alleles were selected for cloning and sequencing. In order to analyze its correlation with brucellosis susceptibility, the differences in gene frequency and genotype frequency of each SNP locus were analyzed by Chi-square test. Bioinformatics softwares were used to analyze the secondary structure of mRNA, the secondary structure, tertiary structure and epitope of protein. The sequencing result showed that 33 SNPs were detected in 270 bp DNA sequence, the gene frequencies of C9G and A180G were extremely significantly different in case group and control group (P<0.01), and its genotype frequencies presented significantly difference (P<0.05). Similarly, A13T and C133G loci were significant difference in case group and control group (P<0.05). Further analysis result showed that the minimum free energy of the A180G mutation site was the lowest and its mRNA secondary structure was the most stable; Both A13T and C133G mutation sites caused the changes of mRNA secondary structure, protein secondary, tertiary structure and antigenic epitope of protein, respectively. The results showed that the polymorphism of DQB2 gene exon 2 might be significantly correlated with brucellosis susceptibility in Kazakh sheep. 相似文献
18.
研究以5头北京黑猪和5头东北民猪DNA混合池为模板,采用测序的方法研究猪红细胞生成素受体（erythropoietin receptor,EPOR）基因外显子区序列遗传变异。研究结果发现,EPOR基因外显子区共存在3个SNP位点,其中g.1147C＞G位于外显子2,可导致第50位氨基酸改变（Leu＞Val）;g.1645G＞A位于外显子3,可导致第92位氨基酸改变（Arg＞His）;g.4953C＞T位于外显子8,为同义突变。经检测,在一个30头的北京黑猪群体中,除g.1147C＞G位点外,另外2个位点均处于哈代－温伯格平衡状态。 相似文献
19.
本研究旨在检测水牛二酰甘油酰基转移酶2（diacylglycerolacylt-ransferase,DGAT2）基因的单核苷酸多态性（SNP）,探究摩拉水牛多态性位点的群体遗传特征。以广西水牛研究所的57头摩拉水牛为材料,PCR扩增DGAT2基因的部分序列（外显子2及内含子2、3）,通过常规测序法检测其SNP,并运用遗传多样性分析软件（POPGENE）和SPSS软件对群体的多态性位点进行基因频率、基因型频率、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数（Ne）及遗传杂合度（He）的检测。结果表明,在摩拉水牛DGAT2基因外显子2和内含子2、3上共发现了9个SNPs位点（IVS2.54 G > A、IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、EVS2.228 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.444 A > G、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T、IVS3.521 C > T）,其中EVS2.191 A > G位点的突变导致氨基酸由异亮氨酸突变为缬氨酸,突变位点间存在一定程度的连锁遗传但接近连锁平衡状态。从基因频率上看,IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T和IVS3.521 C > T 6个SNPs位点的两个等位基因频率有较大差异,提示等位基因频率较大的基因个体可能更适合生存。9个SNPs位点在摩拉水牛品种上多处于高度多态,杂合度在0.1744~0.4975之间,说明摩拉水牛群体中DGAT2基因遗传多态性丰富,具有较大的育种价值和性状改良潜力。 相似文献
20.
WANG Wen-wen XU Wan-yun HU Meng-wei LI Jian-hua LIU Peng-tao GAO Jian-feng 《中国畜牧兽医》2015,42(6):1495-1503
The single nucleotide polymorphisms (SNPs) of ovine lymphocyte antigen DQB1 (OLA-DQB1) gene exon 2 was amplified by PCR-SSCP method from 148 healthy and 60 infected with Brucella Chinese Merino sheep and then PCR products of different alleles were sequenced to determine the polymorphism loci of the gene.The differences in gene frequency and genotype frequency of each SNP loci were analyzed statistically to analyze its correlation with brucellosis susceptibility.The sequencing result showed that 43 SNPs were detected in 270 bp DNA sequence,the gene frequencies of G196A allele had extremely significant difference in case and control samples (P< 0.01),and its genotype frequencies presented significant difference (P< 0.05).Similarly,C211T allele was significantly different in case and control samples (P< 0.05).The results showed that the polymorphism of OLA-DQB1 gene exon 2 might be a significant association gene with brucellosis susceptibility. 相似文献