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1.
rhg1和Rhg4是抗大豆胞囊线虫病种质所具有的主要的抗性基因,利用与rhg1和Rhg4位点紧密连锁的SSR标记和SNP标记对15份抗感病大豆种质进行基因分型。结果表明:rhg1位点连锁SSR标记Satt309对抗病种质的检出率为55.56%,Rhg4位点连锁SSR标记Sat_162对抗病种质的检出率为66.67%;rhg1位点序列引物PCR产物630bp位置存在腺嘌呤与胞嘧啶(A/C)突变,感病等位为A碱基,抗病等位为C碱基,在Rhg4位点标记引物SHMT的PCR产物上2 749 bp位置存在胞嘧啶和鸟嘌呤(C/G)突变,感病等位为C碱基,抗病等位为G碱基。rhg1和Rhg4位点内SNP对抗病种质的检出率分别为77.78%和100%。利用高分辨率溶解曲线法设计rhg1和Rhg4位点SNP标记,在扫描温度为65℃起始,60℃保持,94℃终止时可得到理想的分型结果。 相似文献
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高分辨率熔解曲线分析法可准确检测单核苷酸多态性,具有稳定性和高效性的特点.建立基于HRM的SNP检测方法,确立最佳的反应体系和反应条件是后续基因分型研究的前提和基础.Fad3a基因为大豆脂肪酸合成的关键酶基因,以Fad3a基因为研究对象,通过测序获得大豆品种合丰25(亚麻酸含量5.94％)和L-5(亚麻酸含量2.75％)在Fad3a基因序列上的单核苷酸多态性位点,根据这2个品种的Fad3a基因测序结果,利用Lighter scanner primer design软件设计产物长度不同的SNP突变引物5对,探索PCR产物长度和不同的退火温度对HRM分型结果的影响.结果表明:HRM分型的扩增子适宜长度应小于150 bp,且在扩增成功的基础上使用相对较高的退火温度可使待测PCR产物熔解峰单一,熔解曲线平稳. 相似文献
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《中国油料作物学报》2015,(4)
应用高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve,HRM)技术进行基因分型简单有效,灵敏度高、特异性强。优化并建立基于HRM的大豆SNP基因分型体系,是准确进行SNP研究的前提和基础。本研究利用添加内标后的小片段法进行SNP基因分型体系优化研究,结果表明在设计SNP引物时,最好使其PCR产物长度为50~80bp,熔解温度在72~82℃,Tm值介于55~62℃之间;10μL PCR反应体系中应包含25ng DNA模板,0.6pmol SNP引物,1μL LC Green染料;PCR反应后,应在各点样孔分别加入3pmol的高、低温内标,然后进行变性处理和HRM分析。同时利用建立的基因分型体系对重组自交系群体(RIL)进行了基因分型检测,能完全将其分成亲本的两种基因型,提高了SNP基因分型的准确性和效率。本研究建立的SNP基因分型体系为今后进行大豆SNP标记开发、高密度遗传图谱构建、QTL定位等研究提供了基础。 相似文献
4.
利用多重PCR技术快速检测五个转基因大豆品系 总被引：2，自引：0，他引：2
转基因大豆305423、MON89788、CV127、GTS40-3-2、356043作为商品化应用最为广泛的大豆品系,种植面积占世界转基因大豆总种植面积的80%以上。根据大豆内标准基因Lectin和5种转基因大豆品系的边界序列设计特异性引物。通过验证引物的适用性、特异性和灵敏度,优化多重PCR检测体系中不同引物的用量及反应退火温度,建立了能同时扩增大豆内源基因Lectin和5个转基因大豆品系的六重PCR检测体系。结果表明:确定的大豆内源基因和5个转基因大豆品系的引物具有很好的特异性,引物之间无交叉扩增和非特异性扩增,多重PCR方法的检测灵敏度达到0.1%。该方法可作为转基因大豆及其产品成分检测的辅助手段,快速检测转基因大豆及其产品中的相应品系。 相似文献
5.
玉米抗粗缩病基因STS分子标记的筛选 总被引：5，自引：4，他引：1
对与玉米抗粗缩病相关基因共分离的RAPD标记S37和S86扩增的产物进行克隆与测序,设计多对引物,以感病自交系478和抗病自交系齐319、P138和H21为材料进行PCR扩增。结果表明:根据RAPD产物1300bp片段转化的STS引物在感病自交系中扩增出特异带,而在抗病自交系中无此特异PCR扩增带。根据2000bp片段转化的STS引物同样在抗感病自交系中存在特异性差异。进一步用设计的两对STS-PCR引物Ⅰ-2和Ⅱ-4对20个感病自交系和34个抗病自交系进行验证,卡方测验表明,STS标记Ⅰ-2和Ⅱ-4与自交系抗感病的相关性达到极显著水平。STS-PCR标记Ⅰ-2和Ⅱ-4可直接用于玉米抗粗缩病的分子标记辅助选择育种。 相似文献
6.
利用多重PCR技术快速鉴定番木瓜性别 总被引：3，自引：0，他引：3
利用鉴定番木瓜雄性性别的特异基因片段(1 001 bp)的引物和鉴定番木瓜雄性、两性性别的特异基因片段(225 bp)的引物,分别以5个品种番木瓜的3种性别植株的总DNA为模板进行多重PCR扩增,结果表明:以雄株总DNA为模板得到1个1 001 bp和1个225 bp的扩增产物,以雌株总DNA为模板没有得到扩增产物,以两性株总DNA为模板得到1个225bp的扩增产物,根据多重PCR扩增结果,可以将番木瓜3种性别植株一次性鉴定出来. 相似文献
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以精选表型和基因型丰富的29份代表性玉米自交系以及三联体验证材料,基于叶绿体基因组中11个InDel位点进行引物设计、筛选评估,确定2对玉米S型不育鉴定特异引物。两对引物CPMIDP01CE和CPMIDP02CE的多态分别为83个和5个碱基的插入缺失变异,属于trnS-trnG和ndhJ-ndhK基因间区。CPMIDP01CE和CP?MIDP02CE引物的扩增产物如果含有83 bp插入序列(片段长度为339 bp),不含有5 bp的插入序列(片段长度为239 bp),所分析样品即为S型胞质不育材料。两对特异鉴定引物基于变性荧光毛细管、非变性凝胶毛细管、琼脂糖等不同电泳平台均建立了检测方法,并且具有兼容更高效的KASP、TaqMan等技术体系的潜力。 相似文献
9.
茶树简化EcoTILLING技术的建立 总被引：3，自引：2，他引：1
EcoTILLING(Ecotype Targeting Induced Local Lesions IN Genomes)可快速检测自然群体中的SNP(Single Nucleotide Polymorphism)等DNA变异。第一次建立了简化的茶树EcoTILLING技术体系:首先筛选扩增目的基因的特异PCR引物;然后通过CELⅠ酶切PCR产物优化实验,确定酶切时间20 min、10×buffer组成为250 mmol/L Tris-HCl(pH7.4)、150 mmol/L KCl、15 mmol/L MgSO4、4μg/mL BSA和0.04%Triton x-100,反应温度为47.5℃,酶量为1.8μL CJE(Celery Juice Extract)/10μL反应体系时,酶切的谱带信号较强、特异性高;初步确定合适的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测条件为凝胶浓度5%、上样量4～5μL、有效分离长度要达到15 cm。利用上述简化的EcoTILLING对6份茶树种质870 bp的PPO基因片段实现了分型,经测序验证酶切产生的谱带与6份种质内部或不同种质间的SNP位置吻合。 相似文献
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稻螟赤眼蜂rDNA特异引物设计及诊断引物在赤眼蜂分子鉴定中的应用 总被引：2，自引：0，他引：2
根据稻螟赤眼蜂(Trichogramma japonicum)的rDNA ITS2序列,利用软件Primer Premier 5.0设计出该寄生蜂的特异引物。通过PCR条件的优化,设计的引物能稳定地扩增出稻螟赤眼蜂的特异性条带,大小为256 bp。应用设计的稻螟赤眼蜂特异引物以及报道的松毛虫赤眼蜂(T. dendrolimi)、玉米螟赤眼蜂(T. ostriniae)和螟黄赤眼蜂(T. chilonis)特异引物对赤眼蜂样品进行PCR扩增分析。结果表明,4对特异引物可从单头蜂稳定地扩增出各自蜂种的目的DNA条带,并且分子鉴定结果与形态学鉴定结果完全一致。 相似文献
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水稻抗稻瘟病基因Pi-ta共显性分子标记的建立 总被引：6，自引：1，他引：6
根据抗病基因Pi-ta和感病等位基因pi-ta在DNA序列上的单核苷酸长度多态性（single nucleotide length polymorphisms，简称SNLP）设计了3个特异性引物YL155、YL183和YL200，并分别用蓝色和绿色染料将YL155和YL183进行标记，而YL200不标记。在一个PCR反应中同时加入这3对引物，并应用ABI自动分析仪对PCR产物进行分析，结果发现，抗病基因Pi-ta纯合的样品获得一个峰值为181 bp的图谱，感病等位基因pi-ta纯合的样品获得一个峰值为183 bp的图谱，而抗病基因Pi-ta处于杂合状态的样品出现两个峰。由此建立了水稻抗稻瘟病基因Pi-ta的共显性分子标记。以杂交组合Katy/RU9101001的12个F2单株和15个水稻品种为材料，利用已建立的显性分子标记和稻瘟病菌人工接种试验对共显性标记的正确性进行了验证，结果发现三者的实验结果完全吻合，因此该共显性标记可应用于水稻抗病基因Pi-ta的分子标记辅助选择。 相似文献
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Yan Lu Peng Xiao Yafang Shao Gan Zhang Thanwanit Thanyasiriwat Jinsong Bao 《Journal of Cereal Science》2010,52(3):438-443
Gelatinization temperature (GT) is an important quality predictor that determines the cooking quality of rice. GT is genetically controlled by the starch synthase IIa (SSIIa) gene. Two functional single nucleotide polymorphisms (SNPs) inside the SSIIa have already been found to be responsible for the variation of GT. One of these, GC/TT SNP at 4329/4330 bp, could be genotyped by four primers in a single PCR ( Bao et al., 2006a), but another one, G/A SNP at 4198 bp, has not been detected by a PCR-based marker. Here, we developed cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) and derived cleaved amplified polymorphic sequence (dCAPS) markers to detect these SNPs. A dCAPS marker that the PCR products were cleaved by the BseR I restriction endonuclease was designed to detect GC/TT SNP. Both CAPS and dCAPS markers were designed to detect G/A SNP using the restriction endonuclease Nla III and Tsp45 I, respectively. All the markers developed were co-dominant. It was known that the A allele of G/A SNP was rare among rice germplasm, but it was still in use by rice breeders. 11 rice accessions including landrace and breeding lines with A allele of G/A SNP were detected. The F2 individuals from two crosses were used to analyze the co-segregation between the SNP alleles and the GT. The segregation ratio of two SNPs did not conform to the expected Mendelian ratio of 1:2:1, but the SNPs were co-segregated with GT. The markers developed in the present study would be useful in molecular breeding for the improvement of the quality of rice grain. 相似文献
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茶树EST-SSR的信息分析与标记建立 总被引：37，自引：1，他引：37
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06βbp,平均分布频率是1/2.61βkb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43βDNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%; 进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。 相似文献
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Harumitsu Sasaki Rena Sanetomo Kazuyoshi Hosaka 《American Journal of Potato Research》2017,94(5):513-523
As in autoteraploids, five genotypes are possible in a biallelic locus, allele dosage could be useful for variety identification in potato. DNA sequences of 13 genes associated with tuber yield, tuber starch content or late blight resistance were surveyed for single nucleotide polymorphism (SNP) in eight tetraploid varieties. A total of 193 potential SNPs was found by Sanger-sequencing, of which 58 were measured for nucleotide frequencies using a pyrosequencer. Of the 58 SNPs, 35 yielded distinct clusters, corresponding to allele dosages. Among these, six were highly correlated with another, leaving 29 independent SNP loci for use in variety discrimination. By using dosage scores at the 29 SNP loci, it was possible to differentiate 115 varieties, except for a sport with red tuber skin color, with at least three different SNP dosages. Therefore, using SNP dosages is a simple, fast and reliable tool for variety identification. 相似文献
16.
华南农业大学根系生物学研究中心采用拟南芥的紫色酸性磷酸酶基因AtPAP15转化大豆品系粤春03－3（YC03-3）,获得了酸性磷酸酶活性明显提高、可高效利用土壤磷素的转基因大豆新品系AP15-1。以AP15-1为研究对象,应用TAIL－PCR技术,根据载体序列设计特异引物,获得了转化载体左侧插入的旁邻序列。设计事件特异性检测引物,进行PCR扩增,只能在AP15-1的样品中扩增出特异性条带,进一步用实时荧光定量PCR作分析,结果显示,该引物对重复性好,融解曲线显示只有一个特异峰值。本实验应用该引物对建立的检测方法,检测的灵敏度可以达到0.01%,实时荧光定量PCR检测的极限值可以达到9个基因组的拷贝数,能够满足对转基因大豆新品系AP15-1及其衍生品种检测的需要。 相似文献
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引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件（LightPrimer）。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载（https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git）。 相似文献
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以通辽市科左后旗查金台牧场野生大豆和栽培品种大白眉种间杂交后代为材料,通过SRAP分子标记鉴定其真实性并构建杂交后代指纹图谱,首先从234对引物中筛选出15对扩增条带较多、信号强、背景清晰的引物组合,再利用2个亲本对引物进行筛选,筛选出10对能扩增出父本特异性条带的引物。对50个杂交后代进行真实性鉴定,鉴定结果为50个杂交后代中有2个后代未扩增出父本特征带,被鉴定为假杂种。用筛选出的15对引物组合对大豆各株系进行PCR扩增,共扩增出347个位点,其中有265个为多态性位点,多态性位点的百分率为76.37%。结果表明,SRAP分子标记可以用于鉴定大豆杂交后代的真实性,所筛选出的15对引物组合可以有效地应用于杂交大豆种质资源的SRAP分析。 相似文献