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1.
为掌握安徽地区犬细小病毒(CPV)的遗传变异情况,采用PCR法扩增2018—2019年安徽地区收集的10株CPV全基因组,采用生物信息学分析安徽地区CPV遗传进化特点与VP2抗原的变异情况。遗传进化分析发现,安徽地区分离的10株CPV主要以CPV-2c亚型为主,起源于CPV-2aB004(EF011664)和CPV-LZ1(JQ268283)株,正在形成一个独立的分支;NS1基因和VP2基因在遗传进化分支中出现不同步现象,为CPV基因重组提供了依据。VP2蛋白保守性分析发现,安徽分离的CPV毒株的VP2蛋白存在部分氨基酸位点的突变,是否对VP2蛋白的结构和功能产生影响需进一步探究。本研究通过分析安徽地区CPV的遗传进化特点与VP2蛋白氨基酸位点突变特征,为CPV的研究提供了参考。 相似文献
2.
【目的】分析广州地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus,FPLV)的自然重组、跨宿主传播以及流行变异情况。【方法】采集疑似感染猫泛白细胞减少症病毒的猫粪便样品进行细胞分离,并对阳性病料提取基因组DNA,PCR扩增获得病毒的全基因组序列,并与Gen Bank中相关的参考毒株序列进行遗传进化分析,同时对VP2基因与NS1基因的主要氨基酸位点进行差异分析。【结果】成功获得2株猫泛白细胞减少症病毒及其全基因组序列。遗传进化分析显示,广州地区分离的猫泛白细胞减少症病毒FPLV-GZ01、FPLV-GZ02与我国其他分离毒株FPLV-XJ01、FPLV-HRB属同一分支,提示FPLV-GZ01、FPLV-GZ02由FPLV-XJ1进化而来;NS1基因系统进化树显示,FPLV存在与CPV-447重组的可能。主要氨基酸位点分析显示,FPLV在VP2基因中的主要氨基酸位点上的遗传变异比CPV保守;在NS1基因上发现FPLV-GZ01、FPLV-GZ02分别存在不同程度的氨基酸位点突变。【结论】广州地区分离的猫泛白细胞减少症病毒仍在不断地重组进化。 相似文献
3.
肖博仁 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2012,38(3):296-299
从感染犬细小病毒(CPV)的长沙病犬粪便中分离CPV,采用同步接毒方式,将病毒悬液接种到猫肾细胞(F81),经PCR鉴定,从10份阳性样品中分离到9株CPV,血凝试验显示9株CPV均能凝集猪红细胞,血凝价均超过了27。为进一步分析CPV长沙毒株的VP2分子生物学特征及抗原变异规律,对9个CPV毒株的VP2基因进行克隆、测序及序列分析,结果表明:CPV长沙毒株与全国及世界各地CPV毒株相比,其VP2基因序列同源性超过97%,其VP2基因推导的氨基酸序列同源性超过94%;其VP2基因推导的氨基酸序列有独特的变异,且有独特变异的毒株在基因进化树上处于同一个分支。 相似文献
4.
采用F81细胞从患有肠炎的果子狸粪便样品中分离出2株病毒,经形态学、血清学、生物学和病毒分子生物学鉴定分离的病毒为CPV突变株。对2株细小病毒VP2基因进行克隆和基因进化分析表明,2株病毒与肉食动物细小病毒有很高的同源性。属于CPV-2a突变株,分别命名为PV／PL/HeN02／08和PV／PL／HeN03／08。进一步分析表明,PV／PL/HeN03／08株接近于CPV-2a型毒株,仅在第297位氨基酸发生A→突变;PV／PL/HcN02／08株在第300位氨基酸发生G→A突变,第305位氨基酸发生Y→D突变,除第87位氨基酸外,该毒株更接近于CPV-2型毒株。 相似文献
5.
为探明北京某犬场犬的死亡原因,从患有肠道出血的犬肛拭子中分离出1株犬细小病毒,试验通过PCR、血凝和间接免疫荧光试验方法对毒株进行鉴定,并对VP2基因进行克隆测序和序列分析,确定其遗传分支。结果表明,该分离株属于犬细小病毒CPV-2c型,命名为CPV-BJ21株。应用犬细小病毒单克隆抗体进行间接免疫荧光检测,结果为阳性;基因序列分析表明,分离株与犬细小病毒为同一进化分支,VP2基因核苷酸序列与中国四川的CPV-2c(MH476581.1)同源性达99%,与亚洲分离的犬细小病毒之间亲缘关系较近。VP2氨基酸序列在第A5G、S297A、D426E位出现了氨基酸突变;在F81细胞上传3代后,病毒液的血凝效价稳定于210。本研究可为犬细小病毒的流行情况及新疫苗的研究提供参考依据。 相似文献
6.
犬细小病毒BJ5株分离和VP2序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从北京地区疑似犬细小病毒感染的病死犬血样粪便中分离1株犬细小病毒并进行VP2基因扩增和序列分析,命名为CPV—BJ5株。应用CrFK细胞分离病毒,经2次传代后出现稳定的血凝特性（HA）;免疫荧光试验表明,感染分离毒的细胞与抗CPV单克隆抗体反应并出现特异性的胞浆荧光;试验犬接种分离病毒后14d内均表现为体温升高、食欲减退、腹泻及血便等典型发病症状;序列测定结果表明分离病毒的VP2基因与CPV-15、CPV-020、CPV-NJ、CPV—HLJ-JQ株的核苷酸相似性分别为99．2％、99．5％、99．1％、99．9％,氨基酸相似性分别为99．5％、100％、100％、99．3％;与CPV—Northern、CPV-39株的VP2基因核苷酸相似性为98．9％、98．1％,氨基酸相似性为98．8％、99．5％。表明该分离病毒与CPV-15、CPV-020、CPV—NJ、CPV—HU—JQ株在基因型上同属于CPV-2a毒株。 相似文献
7.
【目的】探究河南省新乡地区犬细小病毒（Canine parvovirus，CPV）的流行和遗传变异进化情况，为有效防控区域性 CPV 流行提供参考。【方法】对从新乡地区宠物医院收集的 23 份疑似患犬细小病毒病的病犬粪便样品和眼、鼻、口、肛拭子预处理后进行 PCR 检测。将 PCR 检测结果为阳性的样品采用浸泡、过滤除菌处理后接种于单层猫肾细胞 CRFK 进行病毒增殖培养，将分离的病毒置于透射电子显微镜下观察。参考 GenBank中已收录的国内外 CPV 不同亚型的毒株序列，经 PCR 分段扩增、测序后拼接获得病毒全长基因，利用分子生物学软件对病毒基因进行序列分析和氨基酸序列同源性分析。【结果】从送检的样品中成功分离出 1 株 CPV，命名为 XX-2022 株。该病毒株能使 CRFK 细胞产生明显病变，导致细胞出现变圆、拉网和脱落。通过透射电镜可观察到典型的病毒粒子，呈圆形或六边形，直径约 25 nm，无囊膜。通过 PCR 分段扩增拼接后获得的病毒全基因组序列全为长 4 588 bp，CPV 系统进化分析结果显示，XX-2022 株与 Canine/SH/1/2019（MN840830.1）株的亲缘关系较近。利用 MegAlign 软件对 XX-2022 株 VP2 基因推导的氨基酸序列进行分析，该毒株与 YANJI-5（MW715601）的 VP2 氨基酸序列在同一小分支，氨基酸同源性为 99.7%。根据 CPV 的基因分型原则，最终确定 XX-2022 株 CPV 属于 CPV-2a 型。【结论】从临床病料中成功分离出 1 株 CPV，经分析确定为 CPV-2a 型，研究结果可为新乡地区 CPV 的流行病学、致病性及生物学特性研究提供依据，为 CPV 的区域流行及有效防控提供参考，为新疫苗的研发提供地方种毒。 相似文献
8.
【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品，利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株，经过全基因组测序，分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2021。通过分析同源性和构建遗传进化树分析PPV1全基因组、NS1基因、VP2基因的变异情况，并且比对分析NS1蛋白和VP2蛋白的氨基酸变异情况及非编码区基因缺失情况。【结果】2条序列的核苷酸相似性为99.9%;与46株国内外PPV1流行毒株全基因组的核苷酸同源性为93.5%～99.9%;NS1基因核苷酸同源性为98.6%～99.9%,NS1蛋白氨基酸同源性为98.2%～99.9%;VP2基因核苷酸同源性为98.4%～99.9%,VP2蛋白氨基酸同源性为98.3%～99.9%,说明本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性。本研究鉴定株与湖南及吉林毒株亲缘关系最近，而与河南原有毒株亲缘关系较远。在对NS1蛋白与VP2蛋白的氨基酸变异分析中发现，NS1蛋白发生6处突变，VP2蛋白发生7处突变，均在经典突变位点范围内，符合PP... 相似文献
9.
《南京农业大学学报》2016,(1)
[目的]本文旨在了解H9N2亚型禽流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传特点和变异情况。[方法]选择2008—2013年从江苏、安徽和浙江省家禽中分离的11株H9N2亚型禽流感病毒,用RT-PCR方法对NA基因片段进行扩增、克隆和序列测定,并对其核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性及遗传进化分析。[结果]11株毒株的NA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为86.2%~99.5%和86.9%~99.1%,均属于欧亚分支。其中9株鸡源毒株属于Y280-like亚系,在NA蛋白颈部63~65位点缺失了3个氨基酸;2株鸭源毒株属于G1-like亚系,在颈部39~40位点缺失了2个氨基酸。11株分离株除了69、146、200、234位点处潜在的N-糖基化位点比较保守以外,其余的糖基化位点都出现了变异情况。红细胞结合位点(HB)在431~433位点区域比较保守,但在366~373和399~404位点区域的氨基酸发生了明显的变异。抗原决定簇中部分氨基酸序列变异也较为活跃,推测与使用疫苗后的抗体选择有关。NA蛋白酶活性位点处的氨基酸非常保守,没有发生与抗神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。[结论]江苏、安徽、浙江等省养殖鸡群中的H9N2亚型禽流感病毒仍以Y280-like分支较为常见,鸭群中出现G1-like分支应引起人们的注意。NA基因存在一定的变异,应加强对该类病毒的分子流行病学监测。 相似文献
10.
2006~2007年间，从中国农业大学动物医院采集的犬细小病毒粪便样本中随机抽取20份，采用PCR技术，扩增了这20份样本的犬细小病毒VP2全基因序列。经核苷酸及推导的氨基酸序列分析发现，20个样本中，有19个样本属于CPV-2a，1个为CPV-2b，且所有病毒样本的297位均发生Ser→Ala的置换；基因型为CPV-2a病毒样本的555位均发生回归性置换(Ile→Val)。与经典的CPV-2a/b毒株比较，部分样本还出现了新位点氨基酸置换现象。其中，样本CPV/BJ005/07与CPV/BJ008/07 VP2的139位氨基酸残基由Val置换为Ile；80%（16/20）的样本在324位有Tyr→Ile的置换；样本CPV/BJ004/07和CPV/BJ050/07分别在226（Ser→Asn）与382(Arg→Lys)位发生置换。运用DNAStar软件对上述置换的氨基酸残基进行综合分析发现，除Ile-139突变意义不大外，Ile-324、Asn-226和Lys-382均处在VP2蛋白潜在的抗原表位区域，有着重要的生物学意义。 相似文献
11.
12.
《江苏农业学报》2019,(5)
对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。 相似文献
13.
为了解湖北鸡源禽流感病毒的遗传进化和氨基酸变异情况,将分离到的2株禽流感病毒进行全基因组测序及遗传进化分析。利用RT-PCR扩增流感病毒基因组片段,PCR扩增流感病毒片段、克隆至pMD18-T载体,并对序列特征进行生物信息学分析。结果表明:分离到的2株病毒高度同源,其HA和NA基因属于Y280谱系,PB1、PA、NP和NS基因属于SHF98-like谱系,PB2和M基因属于G1-like谱系;HA裂解位点均为-RSSR↓GLF-,具有低致病性流感病毒的分子特征;在HA蛋白上比当前流行株Y280多了一个潜在糖基化位点313(NCS);在234位点(对应H3编号中的226)产生了从Q到L的突变;在M2蛋白的31位点均产生了从S到N的突变。该2株H9N2亚型流感病毒为Y280谱系的病毒,这提示湖北地区可能也流行Y280-like分支禽流感病毒,虽然属于低致病性禽流感病毒(Low pathogenic AIV,LPAIV),但具有感染哺乳动物的潜在风险。 相似文献
14.
犬细小病毒HL-01株的分离鉴定及VP2基因真核表达质粒的构建 总被引：4，自引：0，他引：4
从临床发病犬采集粪便样品,以F81传代细胞进行病毒分离,经血球凝集实验(HA)和血球凝集抑制实验(HI)初步鉴定为犬细小病毒。为进一步确诊,根据Genbank中已发表的犬细小病毒VP2基因序列设计并合成一对引物,通过聚合酶链反应(PCR)扩增出CPV VP2基因,酶切,测序加以鉴定。其序列与国际已发表的CPV-d(type 2)、CPV-1(5 type 2a)、CPV-3(9 type 2b)VP2序列同源性分别为98.97%,98.75%,98.69%,氨基酸序列的同源性分别为98.12%,97.60%,97.60%,从而证明此分离株为犬细小病毒。在获得VP2基因的基础上,为实现VP2蛋白的表达,构建了真核表达质粒pMel BacC-VP2。 相似文献
15.
根据GenBank中登录的猪细小病毒(PPV)VP2基因序列设计引物,扩增HN-2011河南分离株的VP2基因片段,并将其克隆到pMD-18T载体中.序列分析结果表明,HN-2011分离株VP2基因长度为1 740 bp,编码580个氨基酸.利用MAGE 5.0软件绘制PPV系统发育进化树,结果显示,PPV毒株可以划分为4组,我国的PPV毒株主要集中在A和B两组,仅JY毒株位于C组;PPV VP2蛋白3维结构显示,氨基酸变异的多态性位点主要集中在病毒衣壳蛋白的表面.以上遗传进化关系表明,PPV HN-2011株是我国PPV的流行毒株. 相似文献
16.
《贵州农业科学》2016,(4)
为了解贵州猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的变异情况,对分离PEDV的M基因进行了克隆测序和生物信息学分析。结果表明:分离的PEDV株(用N-GZ表示)与贵州省动物疫病研究室曾报道的PEDV株(用GZ表示)位于同一进化分支,与疫苗株CV777处于不同进化分支。N-GZ株与GZ株M基因的核苷酸序列相似性为98.5%,表明其亲缘关系较近,与CV777疫苗株的亲缘关系稍远。多重比较发现,N-GZ株与CV777株M蛋白的抗原表位区存在3个氨基酸的差异,与GZ株相比存在2个氨基酸的突变。M基因是PEDV的保守基因,但N-GZ株M基因在抗原表位区存在一定程度突变。 相似文献
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为了解贵州猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的变异情况,对分离PEDV的M基因进行了克隆测序和生物信息学分析.结果表明:分离的PEDV株(用N-GZ表示)与贵州省动物疫病研究室曾报道的PEDV株(用GZ表示)位于同一进化分支,与疫苗株CV777处于不同进化分支.N-GZ株与GZ株M基因的核苷酸序列相似性为98.5％,表明其亲缘关系较近,与CV777疫苗株的亲缘关系稍远.多重比较发现,N-GZ株与CV777株M蛋白的抗原表位区存在3个氨基酸的差异,与GZ株相比存在2个氨基酸的突变.M基因是PEDV的保守基因,但N-GZ株M基因在抗原表位区存在一定程度突变. 相似文献
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为了解目前河北地区流行的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的生物学特征及基因的遗传进化关系,从河北某地采集仔猪粪便或小肠内容物,病料处理后在PK-15细胞上进行盲传,通过RT-PCR、间接免疫荧光(IFA)验证,成功分离出1株猪传染性胃肠炎病毒,命名为HB-FP株。对HB-FP株S基因进行RT-PCR扩增,获得的分离株S全基因与国内外TGEV毒株进行序列比对和遗传进化分析:结果显示,HB-FP株S基因与其他参考毒株的核苷酸同源性为94.9%～98.8%,编码氨基酸同源性为65%～98%,与我国的TGEV JS2012(KT696544)株核苷酸同源性最高为98.8%,氨基酸同源性为98%。由进化树分析表明,HB-FP株除与英国TGEV株(AF104420)不在一个分支上外,与其他参考毒株都在同一分支上,中国的TGEV JS2012(KT696544)株、美国的TOY56-165(M94103)株、韩国的TGEV(AF298211)株与分离株HB-FP株亲缘关系最近。氨基酸变异情况分析表明,分离株与常用疫苗株相比在S蛋白的抗原表位区有7处点突变,这种抗原位点的突变对TGEV生物学特性的影响还有待进一步研究。本试验成功从河北省分离鉴定得到1株猪传染性胃肠炎病毒,为该地区TGEV防控及候选疫苗毒株的筛选提供了物质基础。 相似文献
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为了解河南地区鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)的流行特征,研究了分离于河南新乡地区某发病鸡场的1株IBDV(XX511毒株)VP2基因的分子流行病学特征。根据Gen Bank公布的IBDV基因组序列信息,设计合成特异性引物,应用RT-PCR方法对分离于新乡某发病鸡场的IBDV野毒株XX511的VP2高变区进行克隆及分析,并将XX511毒株的VP2高变区中与毒力相关的2个亲水区及七肽区与国内外其他参考毒株进行序列比对,绘制进化树。结果显示,XX511毒株与超强毒株D49706、AJ878898的VP2基因高变区氨基酸序列的同源性均为96.8%,与广东地区JQ911703毒株具有100%的同源性。与参照的经典毒株相比,XX511毒株在第一亲水区发生了1个氨基酸位点的突变。通过与国内外(包括河南地区)其他流行毒株的比对及进化分析发现,XX511毒株与2012年广东流行JQ911703毒株处于同一分支。 相似文献
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为了解近年来洛阳地区犬细小病毒(CPV)的感染情况,于2011年12月-2013年11月对该地区部分宠物医院的病犬进行流行病学调查.结果显示,该地区宠物犬中CPV阳性率为4.77％,其中秋季和冬季CPV感染率较高,分别为5.51％和7.21％;CPV在不同年龄犬中的检出率介于0.09％～14.23％,其中4月龄以内犬的发病率均高于10％,随着年龄的增长其发病率逐渐降低;未经过犬细小病毒弱毒疫苗系统免疫的犬占59.28％,而经过免疫的犬仅占3.62％;对CPV其中10个VP2片段部分序列进行测定和分析发现,其核苷酸同源性介于96.3％～100％,在进化谱中属于同一分支,与10个不同国家和地区的参考毒株核苷酸序列相比,亲缘关系最近的是来自泰国的KU146_09株和台湾的CPV-87株,最远的是来自四川的CPV-SC-JM株、法国的04S6株、厄瓜多尔的2c_ME1_ECU2012株. 相似文献