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1.
基因组偏好影响细菌直系同源蛋白质组成 总被引：1，自引：1，他引：0
从KEGG数据库中获得69种细菌的139组直系同源蛋白质序列,对它们的氨基酸组成及全基因组GC%含量与氨基酸组成关系进行各种分析。结果表明：核酸组成偏好对直系同源蛋白质的组成有极显著影响;不同功能类型的直系同源蛋白质氨基酸组成均受核酸GC%含量影响,氨基酸的组成受到选择压力与突变压力的双重影响。同时还指出,亲缘关系近的物种之间具有比全基因组GC%含量相近的物种之间更相似的直系同源蛋白质氨基酸组成。研究结果对于今后在各种研究中使用直系同源序列进行各种生物信息等相关分析,选择合适的物种材料具有重要的指导意义。 相似文献
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在选择的思想下,建立了蛋白质氨基酸序列的进化动力学方程,提出了一个新的蛋白质氨基酸序列的进化距离———选择进化距离,该距离统一了前人提出的各种氨基酸序列的进化距离;将该动力学方程转换为线性模型后,利用最小二乘法可实现模型中参数b的估计;最后,通过17个物种的细胞色素b的氨基酸序列说明了该选择进化距离的计算方法,并根据自展法比较了不同进化距离得到的物种进化树。结果表明,利用选择进化距离构建的进化树与其他几种进化距离得到的进化树的拓扑结构一致。选择进化距离为估计蛋白质氨基酸序列的进化距离提供了新方法。 相似文献
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《西南农业学报》2016,(5)
应用计算机技术和生物信息学的方法,采用Signal P4.0、Lipo P1.0、Target P1.0.1、TMHMM2.0蛋白质分析软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum Po82质粒基因组的1680个ORFs编码的分泌蛋白信号肽氨基酸序列进行预测分析。结果表明,质粒基因组的1680个ORFs中有102个ORFs所编码的蛋白质具有N-端信号肽序列,包括85个Ⅰ型信号肽,1个Ⅱ型信号肽,15个Prepilin-like信号肽和1个细菌素和信息素信号肽,所有的分泌蛋白中具有RR-motif信号肽结构的有14个,且均为Ⅰ型信号肽。在102个具有可切割信号肽的分泌蛋白中,有50.98%的蛋白质为胞外分泌型(S型),33.33%为线粒体分泌型(M型),6.87%为叶绿体分泌型(C型),8.82%为其他类型的分泌蛋白。信号肽切割位点的氨基酸组成中非极性氨基酸为53.27%,极性氨基酸为18.79%,带负电荷的酸性氨基酸为19.12%,带正电荷的碱性氨基酸为8.82%。比较R.solanacearum GMI1000和R.solanacearum Po82质粒基因组信号肽类型的区别,发现这2种菌在信号肽类型上存在很大差异。文章通过对R.solanacearum Po82质粒基因组信号肽分泌蛋白的研究,揭示了该病原菌与寄主互作的致病机制在长期进化中的独特地位。 相似文献
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《延边大学农学学报》2015,(3)
为将玉米高蛋氨酸蛋白基因在原核细胞中加以表达、培育高蛋氨酸水平的益生菌并用于提高动物饲料的蛋氨酸含量,本研究采用PCR克隆的方法,从玉米自交系B73中克隆出目的基因dzs18。结果表明:目标DNA序列长度729bp;目的基因编码由211个氨基酸组成的富含蛋氨酸的18kDδ-zein,其蛋氨酸残基数(50)占总氨基酸数量的23.7%。该蛋白质氨基酸序列的中部,即第75个氨基酸到第167个氨基酸之间,存在1个由93个氨基酸序列构成的蛋氨酸高密区,蛋氨酸残基数(41)所占比率为44.1%。利用所克隆的B73-dzs18,成功构建出dzs18基因的原核表达载体pGEX4T1-dzs18;目的基因正确插入到载体中GST标签基因的下游;序列测定证明,目的基因dzs18与GST标签基因构成具有无移码突变、连读阅读的GST-dzs18融合基因。 相似文献
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[目的]研究HDS基因间的同源性及其进化关系。[方法]以毛果杨的HDS基因为研究对象,利用生物信息学软件及网站对其进行碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、保守区以及二级结构和三级结构的预测与分析。,并与其他10个物种的HDS基因序列进行多重比对与进化分析。[结果]毛果杨HDS基因的单链mRNA序列长1 956 bp,编码由656个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质相对分子质量为72 937.03,其中含量最高的是Leu,为10.50%;整个多肽中疏水性氨基酸只占39.63%,有10个亲水区和6个疏水区;与其他10个物种同源性多重比对发现同源性最高达99%。[结论]毛果杨HDS基因处于稳定状态,编码的蛋白为亲水性蛋白,在进化过程中是保守的;试验中获得的保守区段序列信息为新基因的克隆奠定了基础。 相似文献
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[目的]研究HDS基因间的同源性及其进化关系。[方法]以毛果杨的HDS基因为研究对象,利用生物信息学软件及网站对其进行碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、保守区以及二级结构和三级结构的预测与分析。并与其他10个物种的HDS基因序列进行多重比对与进化分析。[结果]毛果杨HDS基因的单链mRNA序列长1956bp,编码由656个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质相对分子质量为72937.03,其中含量最高的是Leu,为10.50%;整个多肽中疏水性氨基酸只占39.63%,有10个亲水区和6个疏水区;与其他10个物种同源性多重比对发现同源性最高达99%。[结论]毛果杨HDS基因处于稳定状态,编码的蛋白为亲水性蛋白,在进化过程中是保守的;试验中获得的保守区段序列信息为新基因的克隆奠定了基础。 相似文献
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卵黄蛋白原在系统进化中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
卵黄蛋白原是广泛地存在丁卵生脊椎和无脊椎动物体内的雌性特异性蛋白。研究显示几乎所有动物的卵黄蛋白原基因都起源于一个共同的祖先基因。通过Blast搜索,从GeneBank中得到了18种节肢动物门的卵黄蛋白质序列数据和1种线虫的卵黄蛋白原序列数据,用ClustalX软件进行序列的比对分析,并用MEGA-II构建分子树,结果表明有卵黄蛋白原的序列数据可以很好的用于进化关系较近和较远物种的系统进化研究,是一个用于系统进化分析很好的分子标记。 相似文献
8.
为研究生物填料上生物膜的细菌群落组成及其在循环水养殖系统中的应用,选择3种生物填料构建生物滤池,采用细菌16S rRNA基因片段扩增和Illumina高通量测序法,分析了循环水养殖系统中填料上生物膜和对应生物滤池水体中的细菌群落种类组成。结果表明:3种生物填料均有富集微生物生长的作用,生物填料上生物膜的细菌种类和多样性大于对应的生物滤池水体;在门分类水平,3个生物滤池水体中的优势菌相同,均为厚壁菌门,3种生物填料上生物膜的优势菌不尽相同,聚乙烯小球生物膜的优势菌为厚壁菌门,陶瓷环和弹性毛刷生物膜的优势菌为变形菌门;弹性毛刷生物膜的细菌种类最多、多样性指数最高,由变形菌门的26个属细菌组成,聚乙烯小球生物膜的细菌种类组成最少、多样性指数最低,由厚壁菌门的23个属组成,细菌丰度指数最低。 相似文献
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吐尔逊阿依·麦麦提依明 玛依古丽·库尔班 马丽艳木·阿木东 米尔班古丽·阿卜杜如苏力 努斯热提古丽·安外尔 艾克拜尔·木哈塔尔 祖丽皮亚·玉努斯 艾尔肯·热合曼 《新疆农业科学》2016,53(5):921
[目的]研究新疆塔里木河中游的Kiyik废弃古河道天然胡杨林地可培养细菌群落结构和多样性.[方法]从Kiyik废弃古河道胡杨林两个采样点(采样点Ⅰ,采样点Ⅱ)采集样品,采用LB、TSA和YPG等3种不同培养基分离纯化细菌,并对它们进行16 S rDNA测定和系统进化分析.[结果]108株菌来自于采样点Ⅰ,85株菌来自于采样点Ⅱ,共分离纯化了不同表型的193株菌.16 S rDNA序列分析结果表明193株菌分别属于5个大类群:厚壁菌门(Firmicutes)占59.6;,γ-变形菌纲(Gamma-proteobacteria)占29.5;,放线菌门(Actinobacteria)占7.3;,β-变形菌纲(Beta-proteobacteria)占2.6;,α-变形菌纲(Alpha-proteobacteria)占1.6;,26个属,62个种.其中有34株菌的16 S rDNA相似率＜98.0;,分别属于11个属的25个物种,是胡杨林本源的潜在新菌种.假单孢菌属(Pseudomonas,34.3;)是采样点Ⅰ中分离到的优势细菌属,而采样点Ⅱ的优势细菌属为芽孢杆菌属(Bacillus,54.1;).芽孢杆菌属和微杆菌属(Microbacterium)是两个采样点共有的属,在物种水平上仅有芽孢杆菌属的4个物种为两个采样点共有,而其他菌种仅发现于单个样点.[结论]在两个采样位点中分离到的可培养细菌具有较高的多样性,两个样点菌种分布的差异极显著.存在的潜在新细菌菌种资源较丰富,具有进一步发掘的潜力. 相似文献
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基于20个氨基酸的3个理化性质,给出了一种蛋白质序列的三维图形表示。在此基础上,进一步利用数学方法对所得到的蛋白质序列曲线进行了数值刻画;最后,基于这种数学描述,对9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶进行了相似性分析。 相似文献
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A unique, species-specific amino acid composition is identified with each of 16 species of planktonic Foraminifera isolated from the tops of deep-sea sediment cores. This amino acid pattern appears to directly reflect the genotype. The total amino acid content ranges from 2.0 to 4.2 micromoles per gram of calcified tissue or 0.02 to 0.04 percent by weight. Analyses of two Early Miocene species indicate that characteristic compositional differences are sufficiently well preserved over geologic time to determine phylogenetic affinities among extinct species living at least 18 million years ago. 相似文献
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Phylogenetic techniques were used to estimate and reconstruct advertisement calls at ancestral nodes. These calls were used to investigate the degree of preference of female túngara frogs (Physalaemus pustulosus) for both extant and ancestral calls. Females did not discriminate between calls of males of their own species and calls at their most recent ancestral node. They also recognized calls of three extant species and at four ancestral nodes as the signals of appropriate mates. Both shared ancestral history, and call convergence might differentially influence call preferences. 相似文献
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为了解贵州黔东南棘蛙的肌肉营养价值,采用常规氨基酸分析方法测定黔东南棘胸蛙、棘侧蛙和棘腹蛙3种野生棘蛙肌肉的氨基酸组成与含量,并以鸡蛋蛋白质为标准蛋白,以WHO/FAO氨基酸参考模式为标准对其进行氨基酸营养评价。结果表明:黔东南3种野生棘蛙肌肉的氨基酸组成一致,其中含有苏氨酸、缬氨酸、蛋氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸和赖氨酸7种人体必需氨基酸,非必需氨基酸5种,天冬氨酸、谷氨酸、甘氨酸和丙氨酸4种鲜味氨基酸。棘胸蛙、棘腹蛙和棘侧蛙肌肉中氨基酸总量分别为84.19%、87.43%和86.12%。必需氨基酸含量占总氨基酸含量的比值分别为39.79%、40.07%和39.06%,在蛙科动物中均属于较高水平。3种棘蛙肌肉中,均以谷氨酸的含量最高,天冬氨酸的含量次之,蛋氨酸含量最低。氨基酸评分(AAS)和化学评分(CS)表明,棘蛙肌肉中第一限制性氨基酸为蛋氨酸,第二限制性氨基酸为缬氨酸。必需氨基酸指数(EAAI)显示,棘胸蛙为86.72、棘腹蛙为89.79、棘侧蛙为86.22。综合各项指标分析,贵州黔东南3种野生棘蛙具有较高的经济价值。 相似文献
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本文分析测定了甘肃不同类型产区(景泰、皋兰、榆中)滩羊羊毛氨基酸组成及其含量。测验结果表明:滩羊羊毛由胱氨酸等十八种氨基酸组成,其含量比例不同地区间无显著性差异。 相似文献
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人工养殖黑龙江茴鱼肌肉营养成分的分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用常规生化分析方法对人工养殖黑龙江茴鱼的肌肉营养成分进行了测定。结果表明,黑龙江茴鱼肌肉鲜样中水分含量为79%、蛋白质含量为17.93%、脂肪含量为1.57%、灰分含量为1.8%。黑龙江茴鱼肌肉含有18种氨基酸,总量占鲜样的18.28%,其中8种人体必需氨基酸含量占鲜样的7.68%,支链氨基酸与芳香族氨基酸的比值(F值)为2.34,4种鲜味氨基酸占鲜样的6.83%,其必需氨基酸构成比例符合FAO/WHO的标准;根据AAS,黑龙江茴鱼的第一限制性氨基酸为缬氨酸,第二限制性氨基酸为色氨酸;而根据CS,第一限制性氨基酸为色氨酸,第二限制性氨基酸为蛋+胱氨酸:必需氨基酸指数(EAAI)为89.50。综合分析认为,黑龙江茴鱼是一种食用安全、营养价值较高的鱼类,具有良好的开发利用前景。 相似文献
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为研究出口级黄板鳅Paramisgurnus dabryanus、台湾泥鳅及其杂交种肌肉的营养价值与鲜美程度,采用国内外通用的营养测试方法测定了3种泥鳅(体质量9.56~94.02 g)的肌肉营养成分。结果表明:3种出口级泥鳅肌肉(鲜样)中水分的质量分数为70.62%~73.01%,粗蛋白质为18.60%~20.03%,粗脂肪为4.15%~7.85%,灰分为1.40%~1.84%,除水分含量外,各组间均有显著性差异(P0.05),黄板鳅是3种泥鳅中典型的高蛋白质低脂肪品种;试验共检测出18种氨基酸,其中人体必需的8种氨基酸总量为24.52%~28.89%(干样,下同),占氨基酸总量的39.56%~39.72%,3种出口级泥鳅肌肉中必需氨基酸组成均与FAO/WHO要求一致,必需氨基酸指数为81.24~83.54,限制性氨基酸均为色氨酸与缬氨酸,4种鲜味氨基酸总质量分数为37.61%~38.65%,各组间有显著性差异(P0.05),从各种氨基酸含量分析得出黄板鳅是相对组成最理想的品种;3种出口级泥鳅肌肉中脂肪酸含量丰富(22~24种),多不饱和脂肪酸含量高达40.66%~48.33%,其中DHA含量为2.03%~3.09%,各组间有显著性差异(P0.05),但黄板鳅保健价值更有优势;10种常见的矿物元素均被检测出来,锌、铁含量明显高于其他鱼类,且各组间有显著性差异(P0.05)。研究表明,3种出口级泥鳅均为营养价值高且具有养殖前景的鱼类,天津地区主产的黄板鳅综合指标最高,而杂交种营养指标大多介于父母本之间,杂交优势不突出。 相似文献
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为进一步丰富福建省毛木耳栽培品种,提高福建毛木耳生产品质,比较分析新引自台湾的褐色毛木耳与福建毛木耳主栽品种(漳耳43-28)的营养成分差异。结果表明:褐木耳的蛋白质、还原糖、维生素B1和维生素B2含量显著或极显著高于漳耳43-28,E/P值、Fe含量显著低于漳耳43-28(P0.05)。两种木耳的脂肪、灰分、膳食纤维、能量无显著性差异(P0.05);两种木耳均至少含18种氨基酸,褐木耳的单一氨基酸含量(除胱氨酸外)、必需氨基酸、非必需氨基酸、儿童必需氨基酸、氨基酸总量、甜味类氨基酸、酸味类氨基酸、苦味类氨基酸、呈味氨基酸、含硫氨基酸、支链氨基酸和芳香族氨基酸均显著高于漳耳43-28(P0.05);褐木耳的AAS、CS和SRCAA营养价值评价均高于漳耳43-28。说明漳耳43-28和褐木耳的营养特征存在明显的差异,褐木耳营养价值优于漳耳43-28。 相似文献
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甘肃不同产地兰州大接杏成分分析 总被引：6，自引：2，他引：6
以甘肃３个产地兰州大接杏为材料，进行基本成分、氨基酸及矿质元素分析。结果表明：水分含量在９０．１％～９１．６％之间，灰分含量在 ０．４６％～０．８９％之间，蛋白质含量在１．２２％～１．７３％之间，脂肪含量为０刀５％～０刀８％。维生素Ｃ的含量在１０９．３～２１５．９ ｍｇ／ｋｇ之间，胡萝卜素的含量在１９．０～３６．８ ｍｇ／ｋｇ之间，含酸量为 ０．７５％～１．２３％，含糖量为 ２．９６％～４．９８％。！８种氨基酸在杏中都含有，必需氨基酸以缬氨酸、苯丙氨酸和亮氨酸含量较高；非必需氨基酸以天门冬氨酸，谷氨酸和脯氨酸含量高。矿质元素以钾含量最高，磷、铁、锌、镁、钙等主要元素都可测出。不同产地杏的成分在含量上存在一定程度差异。 相似文献
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[目的]为松江鲈鱼的人工养殖和产品开发提供基础研究数据。[方法]用秦皇岛渤海湾的野生松江鲈鱼为试验样品,对其肌肉的一般营养成分、脂肪酸和氨基酸组成进行测定,并对其营养价值进行评价。[结果]松江鲈的蛋白质含量为17.72%,脂肪含量为1.24%,灰分含量为1.22%。肌肉中不饱和脂肪酸含量占脂肪酸总量的52.2%,含丰富的EPA和DHA,EPA＋DHA占脂肪酸总量的23.2%。鱼肉中含17种氨基酸（色氨酸被水解未测出）,其中含8种必需氨基酸,必需氧基酸含量占氨基酸总量的49.21%,鲜味氨基酸占氨基酸总量的39.72%,氨基酸指数77.18。根据AAS和CS,松江鲈的第1限制氨基酸为蛋氨酸＋半胱氨酸,第2限制氨基酸为缬氨酸。[结论]与其他淡水鱼类相比,松江鲈鱼肌肉蛋白质和氨基酸含量较高,氨基酸组成合理,富含不饱和脂肪酸,有较高的营养价值,是一种非常值得开发利用的淡水鱼类资源。 相似文献