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为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响,本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序,测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上,并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示,甲基化测序共获得308.15 Gbp测序数据,平均测序深度31×,平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析,共发掘出76 422个差异甲基化位点、3 737个差异甲基化区域、1 950个差异甲基化基因。功能分析发现,差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示,差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中,有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因,如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础,为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。 相似文献
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为探讨饲喂蚕豆（ Vicia faba）对草鱼（ Ctenopharyngodon idellus）肠道菌群的影响,采用PCR-DGGE技术比较了饲喂蚕豆的草鱼（脆肉鲩组）及饲喂配合饲料的草鱼（普通草鱼组）肠道微生物菌群的异同。结果显示, DGGE图谱上出现了20条明显条带,表明脆肉鲩组及普通草鱼组肠道中均存在大量细菌群落。对这20条条带测序后,获得了其中17条条带的序列,这17条条带中有9条是尚未被培养的细菌。经分析发现,这17条条带分属于变形菌门（ Proteobacteria ）、放线菌门（ Actinobacteria ）、厚壁菌门（ Firmicutes ）、拟杆菌门（ Bacteroidetes ）及未分类的细菌,其中变形菌门为两组肠道的优势菌。实验还发现,饲喂蚕豆对肠内容物菌群的影响大于对肠壁菌群的影响。结果表明,饲喂蚕豆不改变草鱼肠道菌群的种类,但对肠道菌群的相对丰度有一定影响。 相似文献
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益生菌制剂在水产动物疾病防治应用的研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
近十年来 ,随着我国水产养殖规模的日益扩大 ,水产动物的病害成为了水产养殖业发展的瓶颈问题 ,水产动物传染性疾病蔓延越来越快 ,发病率越来越高 ,危害越来越严重。目前在水产动物疾病防治中主要使用广谱抗生素 ,虽然使用抗生素能够有效地控制疾病的发生和蔓延 ,但是它干扰养殖环境中和水产动物肠道中有益微生物菌群的正常生长和繁殖 ,导致水产动物对病原微生物的易感性 ,更严重的是病原菌的耐药性增强。另外抗生素的使用还会导致其在水生动物体内的残留、富集 ,最终将危害人类的健康 ,因此使得水产品质量降低 ,成为了水产品销售量和出口贸… 相似文献
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为研制可降解污染物的高效微生物制剂,本研究从污水中分离到多株可高效降解化学耗氧量(COD)的菌株。通过16S rDNA测序及生理生化分析,鉴定出其中一株为枯草芽孢杆菌,命名为Bacillus subtilis H2。对其进行进化树构建,发现该菌株与B. subtilis strain SCUT09的同源性高达98.8%。细菌最适生长条件探究发现,该菌株的最适生长条件,温度为42°C、pH值为6.5、盐度为1。耐受性实验发现,该菌具有较强的盐度代谢能力和温度及酸碱度胁迫耐受性,可以适应不同的温度和盐度环境。为了探究该菌在水产养殖中的作用,将该菌株进行灌胃草鱼处理后,再利用嗜水气单胞菌攻毒,H.E染色观察草鱼的肠道组织变化。结果显示,灌胃枯草芽孢杆菌处理后,草鱼肠道的完整性得到显著的保护。为了进一步探究该菌株的作用机理,本研究测定了B. subtilis H2的全基因组,结果显示,基因组全长为4 111 243 bp,GC含量为43.46%,编码4 213个基因,其中包含31个核糖体rRNA和87个tRNA基因,编码序列占整个基因组序列的87.67%。比较基因组学分析显示,该菌株和B. subtilis 168全基因组共有基因有3 551个。研究表明,本研究分离出的枯草芽孢杆菌在污水处理和水产养殖中具有重要的应用意义。 相似文献
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近来,世界卫生组织再次呼吁,为控制致病菌对抗菌素(抗生素)耐药性,人类应做更大的努力,追踪和控制耐药性问题的扩散,避免不断出现的"超级细菌"的危害。现在已经有一些抗生素被我国农业部允许在水产养殖动物疾病的防治中使用。由于各种原因,水产养殖业者在使用这些抗生素药物中也存在不少的误区。误区一、将抗生素用于病毒病的治疗将用于对付致病性细菌的抗生素,用于对草鱼出血病等病毒性疾病的治疗,就属于对抗生素药物的"越级"使用。抗生素对病毒性疾病的治疗是"无能为力"的。 相似文献
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天津市周边地区养殖凡纳滨对虾肠道菌株的分离鉴定及耐药性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
随着抗生素在水产养殖业中的普遍应用,细菌耐药性成为环境和食品安全的主要问题。本文旨在通过对天津地区养殖凡纳滨对虾体内细菌的耐药信息进行分析统计,为凡纳滨对虾养殖业的疾病控制和提高水产品安全性提供理论指导。本研究对天津市津南区、汉沽区及西青区等对虾养殖基地取样的凡纳滨对虾进行肠道微生物的分离培养,抗生素药敏实验以及抗生素抗性基因的检测。共获得菌株1 219株,选取其中有代表性的215株菌株进行鉴定,结果显示,所鉴定菌株属于56种不同种属,主要以芽孢杆菌、副溶血性弧菌、葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、席罗弧菌、溶藻弧菌、格氏乳球菌、希瓦氏菌、霍氏肠杆菌、库特氏菌、施氏假单胞菌、荚膜红细菌、液化沙雷氏菌、不动杆菌、假单胞菌、假交替单胞菌及霍乱弧菌等为主。所鉴定菌株的抗生素药敏实验分析结果发现,凡纳滨对虾肠道微生物普遍存在抗生素抗性,其中β-内酰胺类的氨苄西林、糖肽类的杆菌肽、喹诺酮类的罗美沙星和磺胺类的磺胺抗药性最为明显。因此本文进一步对其中耐药种类较多且耐药性较强的82株细菌对四大类抗生素(链霉素类、磺胺类、四环素类和青霉素类)的抗性基因(str A-str B,sul II,sul II,sul III,tet A,tet C,tet G,blao XA-1,bla PSE-1,bla TEM)以及整合子(in T1和in T2)携带情况进行检测。研究结果表明,所检测耐药菌株均携带抗性基因,其中磺胺类抗性基因的检出率最高,可达63%,其次是青霉素类抗性基因,检出率为61.4%,整合子基因平均检出率为42.1%,四环素类相对较少为35.4%,且四环素类只检测出tet A抗性基因,其中67.1%的菌株存在多种耐药基因。 相似文献
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正随着水产养殖业的发展和养殖强度的增加,水产动物病害爆发频繁。传统的抗生素药物虽然对治疗疾病有积极效用,但长期使用会产生巨大的负面效应:病原菌产生耐药性,效力下降[1];药物残留干扰水产动物肠道内有益微生物菌群的生长和繁殖,影响水产动物的健康;残留在水体中的抗生素破坏养殖生态环境,水产品质量下降。近年来,我国水产品因药物残留而出口受阻的事件屡见不鲜,给我国水产业造成巨大损失。1974年Parker[2]首创益生菌一词,最早提出益 相似文献
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<正>农业部为了贯彻落实《遏制细菌耐药性国家行动计划(2016-2020年)》,在全国范围内开展对动物源细菌耐药性的监测工作,并于今年2月9日颁布了《2017年动物源细菌耐药性监测计划》。本文结合自2015年以来,在全国水产养殖业比较发达的12个省、市,开展的"主要水产养殖动物病原菌耐药性普查项目"的工作内容,介绍对水产养殖动植物病原细菌耐药性普查工作的意义,尝试对农业部开展 相似文献
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在水产养殖中,大量使用抗生素会改变水域中的菌落结构,并会诱导产生抗生素抗性菌,对养殖生物及人类健康构成潜在威胁。为初步掌握当前我国沿海养殖密集水域抗性菌的多样性概况,对我国沿海11个典型养殖区的底泥进行采样,选用常见的6种抗生素对菌株进行筛选,并基于Illumina MiSeq测序平台对抗性菌进行多样性分析。结果显示:1)不同养殖水域,其底泥中抗性菌的多样性存在一定的差异; 2)在大部分养殖水域,抗性菌属于变形菌门和厚壁菌门; 3)养殖水域底泥中细菌的多样性在不同抗生素的作用下差异显著。研究结果表明,海水养殖中使用抗生素对抗性菌多样性影响显著。研究结果有助于全面了解水产养殖活动对我国沿海典型养殖区抗性细菌多样性的影响,并可为抗生素使用的生态风险评估和应对策略提供参考。 相似文献
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自环洞庭湖区精养鱼池患病草鱼肠道中分离获得4种病原菌,进行16S rRNA基因和gyrB基因序列测定和在线比对,并对草鱼进行回归感染。随后进行4种病原菌的药敏特征、溶血活性试验,并利用PCR方法检测了6种毒力因子的携带情况。试验结果表明,病原菌分别为温和气单胞菌、异常嗜糖气单胞菌、类志贺邻单胞菌和格氏乳球菌;4种病原菌回归感染草鱼,均能使草鱼患病致死,自死亡的草鱼体内均能分离得到相应感染的病原菌;4种病原菌对多种抗生素具有耐药性,且在脱纤维绵羊血血平板上检测到了温和气单胞菌、异常嗜糖气单胞菌AaB007的溶血活性;PCR结果表明,4种病原菌携带多种毒力因子。研究结果可为环洞庭湖区草鱼精养鱼池健康养殖及病害防治提供科学依据。 相似文献
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Grass carp, Ctenopharyngodon idellus, harbours complex intestinal bacterial communities, which are important in several physiological processes of their host. Intestinal microbiota of grass carp have been previously described in numerous studies. However, an overview on the bacterial community diversity, including their establishment, their functions in host's nutritional processes and immune‐related responses, and use as probiotics, is absent. This study aimed to summarize the current understanding of the grass carp intestinal microbiota. In this review, we provide general information on the establishment and composition of intestinal microbial communities and factors influencing the diversity of gut microbiota. Also, this review covers the dietary effects of probiotics, prebiotics and/or synbiotics on the grass carp intestinal microbial communities and physiological characteristics. Although our knowledge of the grass carp intestinal microbiota is expanding rapidly, further studies on the factors affecting the diversity of intestinal microbes, interactions between intestinal microbiota and their hosts and application of probiotics/prebiotics/synbiotics in aquaculture industry, are needed. 相似文献
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研究草鱼肠道不动杆菌,为鱼类肠道细菌的分离鉴定与微生态机制研究积累资料。从草鱼肠道中分离纯化获得1株细菌,编号为SW-2,采用细菌形态观察、生理生化特性分析、16S rDNA克隆测序及系统发育树构建等进行研究。结果表明SW-2菌株为革兰氏阴性短杆菌,对葡萄糖、甘露糖、木糖、枸椽酸盐利用等均为阴性;PCR方法扩增SW-2菌株16S rDNA并亚克隆至pMD18-T载体,测序获得序列长度为1 503 bp,与约氏不动杆菌(Acinetobacter johnsonii)序列相似性最高为99.7%;进一步构建系统发育树显示与A.johnsonii亲缘关系最近,自然聚类为一支,从而确定为约氏不动杆菌(A.johnsonii);药敏试验结果显示SW-2菌株对庆大霉素、羧苄青霉素、阿莫西林、氨苄西林、卡那霉素等药物敏感。人工回归感染草鱼7 d后未出现发病死亡现象,但是否为条件致病菌有待进一步研究。 相似文献
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生物絮团养殖模式下益生菌添加对异育银鲫生长、消化酶活性及肠道组织结构的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
前期研究表明,生物絮团技术(biofloc technology,BFT)适于异育银鲫(Carassius auratus gibelio)养殖。为进一步优化BFT养殖模式,本研究设置3个实验组:BFT模式下EM菌添加组(BB组)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)添加组(BI组)和BFT对照组(B组),以均体重(1.60±0.50)g的异育银鲫为研究对象,探讨BFT模式下外源添加益生菌对养殖动物生长、消化酶活性及肠道组织结构的影响。结果表明:(1)益生菌添加组异育银鲫增重率和特定生长率显著高于对照组(P0.05),BB和BI组的增重率分别提高了216.70%和184.04%,特定生长率分别提高了141.18%和125.49%,BB和BI组间差异不显著(P0.05);(2)益生菌添加组(BB组和BI组)的消化酶(淀粉酶、脂肪酶和胃蛋白酶)活性均显著高于对照组(B组)(P0.05)。益生菌添加组间,BB组淀粉酶活性显著高于BI组(P0.05),脂肪酶和胃蛋白酶活性亦高于BI组,但差异不显著(P0.05);(3)益生菌添加组肠道肌层厚度和黏膜下层厚度显著高于对照组(B组)(P0.05),BB组异育银鲫肠道黏膜皱襞高度和皱襞间质宽度与BI和对照组相比,均无显著差异(P0.05)。研究表明,BFT养殖模式下外源添加益生菌可以更好地促进异育银鲫生长。 相似文献
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在水产养殖中,抗生素是用来治疗细菌性疾病最有用的药物。但近些年的研究发现,过度使用抗生素,反而诱导产生了一系列带有抗性基因的致病菌,严重制约了水产养殖业的发展。本文以近15年来国内外相关研究的文献为依据,概括介绍了抗生素抗性基因(ARGs)的产生及其传播途径、ARGs污染的危害性、国内外ARGs污染研究现状及加强ARGs污染研究的必要性等4个方面的研究进展,围绕抗性基因的检测、ARGs的传播、扩散及作用机制和控制、消除ARGs的方法等方面进行了后续研究重点的展望,以期为我国水产养殖行业的可持续发展提供依据。 相似文献
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Yan Jiang Caixia Xie Guimei Yang Xiaoling Gong Xinjun Chen Liuxiong Xu Baolong Bao 《Aquaculture Research》2011,42(4):499-505
Herbivorous grass carp (Ctenopharyngodon idella) has a powerful capability to digest aquatic weed. Cellulase activity or cellulase‐producing bacteria were found in the gut of grass carp. However, it remains uncertain whether the cellulase‐producing bacteria were a part of indigenous intestinal microbiota that the fish harboured or were introduced with food. In the present study, the bacterial diversities and population abundance in the gut of starved grass carps have been investigated by sequencing 16S rRNA gene libraries. The 16S rRNA gene libraries revealed that 28 parasitic bacteria from gut were affiliated to seven genera of Vibrio, Acinetobacter, Providencia, Yersinia, Pseudominas, Morganella or Aeromonas, respectively, and Aeromonas was identified as the most dominant genus in the gut of C. idella. All of cellulase‐producing bacteria isolated from the gut of C. idella in this research belonged to Aeromonas. On the whole, the results in this research showed that cellulase activity within C. idella should be at least partially resulting from bacteria of Aeromonas with cellulase‐producing capabilities, which were indigenous and dominant intestinal species. 相似文献
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不同月份养殖草鱼幼鱼消化道微生物群落动态变化研究 总被引：2，自引：1，他引：1
为了评估草鱼消化道微生物群落结构在草鱼食性转化后的变动情况,实验对食性转换完成后的草鱼消化道微生物群落结构进行了PCR-DGGE分析。结果显示,不同月份采集草鱼消化道微生物群落结构存在明显差异(Monte Carlo检验,A:F=3.41,P=0.002;B:F=3.58,P=0.002),而被广泛认为影响宿主消化道微生物群落结构的宿主大小、丰满度等因素则在短期内并没有发现会对草鱼消化道微生物群落结构产生影响。实验表明,短期内环境因素可能是造成草鱼消化道微生物群落结构变动的主要因素。本实验结果将为深入阐述草鱼消化道微生物群落结构的变化规律、消化道益生菌的作用机理、消化道微生物群落结构变动与草鱼疾病的关系等问题积累基础材料。 相似文献
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Xiangbei Tang Jianzhou Tang Yi Zhou Fufa Qu Jun Zou Tiaoyi Xiao Zhen Liu 《Aquaculture Research》2021,52(1):309-322
Sodium butyrate is one of the most popular feed additives in animal husbandry. In recent years, sodium butyrate has been increasingly used as supplement in aquaculture. The present study is to investigate the intestinal mRNA and microRNA response to diet with sodium butyrate in grass carp (Ctenopharyngodon idella), an important aquaculture species in China. mRNA and microRNA profiles of intestine of grass carp fed with diet contained 0, 1.0, 2.5, 5.0, 7.5 and 10.0 g/kg sodium butyrate were obtained by RNA‐seq using Illumina Hiseq 2,500 platform. The feeding trial was performed using 18 individuals of 1‐year‐old grass carp (n = 3 for each group) and lasted for 40 days in tanks in laboratory. A total of 349,860,852 sequence reads were generated from six intestinal libraries. Functional analysis of differentially expressed genes showed that genes participated in immune pathways tend to be activated by sodium butyrate supplementation. A total of 700 microRNAs were obtained, including 275 conserved microRNAs and 425 novel microRNAs which are potentially involved in regulating 14,300 genes. Spearman's correlation analysis identified 18 pairs of microRNA‐mRNA associated with immune pathways (p < .01 and R<?0.5). The potential genes targeted by microRNAs include CXCL12, AKT1S1, Cab39 and MHCII which are important genes associated with intestinal immune pathways. To our knowledge, this is the first integrated profiling of both mRNA and microRNA in intestine with supplementation of sodium butyrate in grass carp. The present results suggest that sodium butyrate affects intestinal immune system by regulating microRNA‐mRNA interaction in fish. 相似文献
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在水温25~30℃下,将体质量为(110.23±0.43)g的草鱼饲养在3.0 m×2.0 m×1.2 m的加盖网箱中,分别投喂添加0%(对照组)、0.5%和2%的由芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌复配且以麸皮为载体制成的微生态制剂(8.0×10~9 cfu/g)的膨化饲料饲养60 d,探究微生态制剂对草鱼生产性能和肠结构、菌群及酶活性的影响。试验结果显示,饲料中添加2%微生态制剂显著提高草鱼质量增加率、特定生长率(P<0.05),显著降低饲料系数、脏体比(P<0.05);饲料中添加2%微生态制显著提高肠伸展率、中肠肌层厚度和绒毛高度(P<0.05),提高中肠淀粉酶和脂肪酶活性(P<0.05)。饲料中添加微生态制剂增加草鱼肠道菌群α多样性、丰富度;改变草鱼肠道微生物组成,门水平上,对照组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(63.56%、32.52%)。0.5%添加组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(61.82%、20.27%)。2%添加组的草鱼肠道微生物中厚壁菌门含量最高(64.20%)。属水平上,2%添加组草鱼肠道优势菌属直接发生改变,Paeniclostridium和Erysipelatoclostridium丰度大幅上升。随着微生态制剂添加量的增加,肠道微生物的代谢功能增强,组成中与无机离子转运和代谢、碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢等功能相关的菌群丰度升高。综上可知,饲料中添加芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌等组成的微生物制剂可作为生产草鱼绿色饲料的重要措施。 相似文献