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1.
《中国奶牛》2017,(3)
本研究采用PCR-SSCP技术对303头奶牛的乳铁蛋白基因5’UTR区进行遗传多态性检测,以确定其等位基因数以及核苷酸变异位点,探讨其遗传特性结果表明,LF基因在扩增区域的64bp处发生G→C的突变,形成AA、AB、BB三种基因型,其基因型频率分别为0.2541、0.4455和0.3004,等位基因A和B的频率分别为0.4796和0.5231。群体遗传学分析发现荷斯坦牛LF基因的有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别是0.4989、0.4455和0.3745。经卡方适合性检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。中国荷斯坦牛LF基因5’UTR区的多态性相对较高,遗传变异相对较大,提示该位点有望作为荷斯坦牛乳腺炎抗病育种的标记位点之一。 相似文献
2.
利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05). 相似文献
3.
试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。 相似文献
4.
为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点（SNPs）与生长性状的关联性，本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点，采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、遗传杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和Hardy-Weinberg平衡状态；应用PIC软件计算多态性信息含量（PIC），应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平；应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明，贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G，且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态，偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明，PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明，贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关，存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标，且等位基因间存在协同效应，杂合型群体AG较纯合型... 相似文献
5.
通过PCR-SSCP方法对7个品种285匹马的生长激素基因做了多态性分析,在所检测的5′端侧翼区、第一内含子、第二外显子和第五外显子4个位点中,仅第五外显子检测到多态,该多态位点由A和B两种等位基因控制.GH基因第1 719处1个T→C的突变和1 743处G→A的突变,导致等位基因B变为等位基因A.除纯血马外,A基因在各品种中均为优势等位基因,B基因为纯血马的优势基因.在此多态位点,乌珠穆沁马、乌审马和巴尔虎马处于Hardy-Weinberg平衡状态,纯血马、三河马和锡尼河马则未达到Hardy-Weinberg平衡状态. 相似文献
6.
牛趋化因子受体基因1第2外显子的单核苷酸多态性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用DNA测序、巢氏PCR和CRS-PCR方法对中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛的趋化因子受体基因1(CXCR1)的单核苷酸多态性(SNPs)进行研究,在第2外显子上发现了4个SNPs,分别为291 bp(C/T)、333 bp(C/T)、337 bp(A/G)和365 bp(C/T),这4个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛群体中均达到中度多态(0.25PIC0.5),优势等位基因分别为C、C、A、C,等位基因频率分别为0.82/0.67/0.65、0.80/0.74/0.71、0.70/0.65/0.82、0.56/0.58/0.56。经χ2适合性检验,渤海黑牛所有位点全部达到Hardy-Weinberg平衡状态;荷斯坦牛在突变位点291 bp(C/T)、333 bp(C/T)和337 bp(A/G)达到Hardy-Weinberg平衡状态;鲁西黄牛仅在365 bp(C/T)位点达到Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
7.
《中国畜牧杂志》2017,(8)
采用PCR-RFLP法对甘孜藏猪、合作猪、滇南小耳猪、荷包猪、五指山猪和巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2多态性进行分析。结果表明:经RsaⅠ酶切检测到5种等位基因,14种RFLP带型,遗传杂合度(He)在0.538~0.729,多态信息含量(PIC)在0.488~0.728,该位点表现为高度多态;χ~2适合性检验显示,甘孜藏猪、巴马小型猪和五指山猪3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。经HinfⅠ酶切检测到3种等位基因,6种RFLP带型,He在0.315~0.524,PIC在0.291~0.461,在该位点表现为中度多态。χ~2适合性检验显示,甘孜藏猪、滇南小耳猪、巴马小型猪、荷包猪4个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。因此,6个小型猪种的SLA-DQB基因外显子2多态性丰富且存在明显差异。 相似文献
8.
采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变. 相似文献
9.
高原型藏绵羊KAP 基因单核苷酸多态性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP 3.2、KAP 7基因部分序列和KAP 8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP 3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP 7和KAP 8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP 3.2和KAP 8基因座达中度多态,而在KAP 7基因座为低度多态,在KAP 3.2和KAP 8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP 3.2和KAP 8基因上分别存在1个C→T（271 bp）和1个T→C(1122 bp）的突变,均属于同义突变,KAP 7基因5′调控区存在1个T→C（102 bp）的突变。 相似文献
10.
《中国草食动物科学》2017,(3)
利用PCR-SSCP技术,对中国荷斯坦奶牛脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)基因第34外显子进行多态性分析。结果显示:该区域存在A、B两种等位基因和AA、BB、AB三种基因型,其中等位基因A和B的频率分别为0.890 8和0.109 2,基因型AA、BB和AB的频率分别为0.908 0、0.011 5和0.195 4。A为优势等位基因,AA为优势基因型。群体遗传学分析发现,荷斯坦奶牛FASN基因的有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(He)、遗传纯合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为0.184 5、0.195 7、0.804 3和0.175 6。卡方检验表明,该群体已经极显著地偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。说明中国荷斯坦奶牛FASN基因exon34区存在遗传多态性。 相似文献
11.
【目的】 研究泛酰巯基乙胺酶-1(panthenoyl mercaptoethamine-1,VNN1)基因多态性与F3代波杂山羊产羔数的关系,从而从分子水平指导F3代波杂山羊的育种工作。【方法】 选取107只F3代波杂山羊,采集血样提取DNA,根据VNN1基因(登录号:NC_030816.1)外显子序列设计7对引物,进行PCR扩增及测序,运用DNAStar软件分析测序结果,对可能存在的单核苷酸多态性(SNP)位点外显子全群进行PCR扩增测序,并进行Hardy-Weinberg平衡状态及遗传多样性分析;应用SPSS 16.0统计学软件对VNN1基因不同基因型与F3代波杂山羊产羔数进行关联分析。【结果】 在VNN1基因在第5和7外显子中共发现7个SNPs位点:g.10956 A→G、g.11010 C→T、g.11103 C→T、g.11284 C→A、g.11313 T→C、g.18094 C→T和g.18158 G→C,且每个位点均存在3种不同基因型。χ2检验显示,g.10956 A→G、g.11010 C→T、g.11103 C→T、g.11313 T→C和g.18094 C→T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,g.11284 C→A和g.18158 G→C位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。多态信息含量均为中度多态((0.25<PIC<0.5)。关联分析发现,g.11010 C→T和g.11313 T→C位点与F3代波杂山羊产羔数显著相关,其中g.11010 C→T位点CC基因型产羔数显著低于CT和TT基因型,g.11313 T→C位点TT基因型产羔数显著低于TC和CC基因型(P<0.05);g.10956 A→G、g.11103 C→T和g.18158 G→C位点对F3代波杂山羊产羔数均无显著影响(P>0.05)。【结论】 VNN1基因在第5和7外显子中共发现7个SNPs位点,其中g.11010 C→T和g.11313 T→C位点对F3代波杂山羊产羔数有显著影响,VNN1基因可作为F3代波杂山羊的候选基因。 相似文献
12.
撒坝猪及长撒二元杂交猪SLA-DQA基因PCR-RFLP多态性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
根据SLA-DQA基因cDNA序列和已报道的引物序列,在猪中成功扩增了一个731bp的片段,该片段包括猪SLA-DQA基因的大部分第2外显子、完整第2内含子和少部分第3外显子.采用限制性内切酶EcoR1对撒坝猪和长撒二元杂猪SLA-DQA基因的扩增产物进行多态性分析,结果2个猪种在酶切后出现2个等位基因,3种基因型:654 bp/77 bp(AA)、731 bp(BB)和731 bp/654 bp/77 bp (AB).分析发现,A等位基因在群体中占优势,经X2适合性检验,撒坝猪和长撒二元杂交猪SLA-DQA基因在EcoR1酶切位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态. 相似文献
13.
猪干扰素-γ基因单核苷酸多态性分析 总被引：3，自引：2，他引：1
干扰素-γ（interferon-gamma,IFN-γ）在调节机体免疫应答及抵抗病毒感染等方面有着重要的作用。为探索IFN-γ基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对包括军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481个个体的IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行分析。结果在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4上各发现了一个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。各个突变位点的多态信息含量均小于0.25,呈低度多态,说明猪IFN-γ基因较保守。 相似文献
14.
采用测序和PCR-RFLP方法,分析171头中国荷斯坦牛BMP7基因第5内含子和USP26基因外显子的单核苷酸多态性,并分析其基因多态性与精液品质性状的相关性。结果表明,BMP7基因的76 045bp位点发生A→G突变,USP26基因的1 156bp位点发生C→T突变,这2个位点均是沉默突变,未引起氨基酸序列的改变。经χ2适合性检验,试验牛群在BMP7基因A76045G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,在USP26基因C1156T未达到Hardy-Weinberg平衡状态;群体基因座不同基因型与采精量、鲜精密度、鲜精活力、冻精活力相关性分析的结果表明,BMP7和USP26基因的SNP位点与采精量和精子冻后活力相关性不显著,BMP7SNP位点基因型与鲜精活力相关性显著(P=0.0417),USP26SNP位点基因型与鲜精密度相关性显著(P=0.0485)。BMP7和USP26基因可作为影响中国荷斯坦牛精液品质性状的候选基因。 相似文献
15.
Spot14基因是动物脂肪生成的关键基因,在朗德鹅肝脏脂肪沉积过程中发挥重要作用。本试验采用PCR-SSCP法检测了278只朗德鹅Spot14基因的多态性,并对基因多态性与屠体性状、产肝性能进行了关联分析。结果表明,在Spot14基因编码区210 bp处存在1个突变位点即A→G碱基突变;在朗德鹅群体Spot14基因A210G位点检测到AA、AB等2种基因型,AA为优势等位基因型,频率为0.856 1,A势等位基因,频率为0.928 1;χ2检验结果显示该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态;关联性分析发现,AB型朗德鹅体重显著高于AA型(P<0.05),AB型朗德鹅肝重比AA型高29.73 g,达到显著水平。 相似文献
16.
《畜牧与兽医》2015,(7):41-44
极低密度脂蛋白受体(VLDLR)主要功能是结合富含载脂蛋白E的脂蛋白参与甘油三酯的代谢。通过基因测序方法检测了高邮鸭VLDLR基因部分序列的多态性,并利用最小二乘法分析其与腹脂率的关联性。结果显示:在第244 bp处发现G/A转换,同时在第232 bp处发现C/T转换。群体中第244 bp处等位基因G为优势等位基因,基因频率为0.76,该位点属于同义多态;第232 bp处等位基因C为优势等位基因,基因频率为0.94,该位点属于同义突变。通过卡方检验,两位点均处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态(P0.05)。最小二乘法分析结果表明,高邮鸭VLDLR基因第244 bp处AG型平均腹脂率(1.52%)极显著低于AA型和GG型(P0.01);AA基因型腹脂率高于GG型,但两者之间差异不显著。这可能是一种杂合子优势,推测这种多态可能是通过改变VLDLR基因转录的效率而影响到脂肪沉积的。 相似文献
17.
为了研究宁夏地方品种鸡朝那鸡的黑色素皮质激素1受体(melanocortin 1 receptor, MC1R)基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联性,试验选择120日龄健康的朝那鸡150只(红羽、黑羽和白羽各50只)为试验对象,采用高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术对朝那鸡MC1R基因G274A和A427G位点进行基因型分型检测,并且对基因型和羽色性状进行了关联分析。结果表明：试验朝那鸡群体MC1R基因G274A位点有GG、GA、AA三种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,多态信息含量(PIC)为0.286 7,表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),说明MC1R基因位点为G274A的朝那鸡群体选育潜力较高;A427G位点有AA、AG两种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,PIC为0.062 3,表现为低度多态(PIC<0.25),说明MC1R基因位点为A427G的朝那鸡群体选育潜力较低;这两个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05... 相似文献
18.
本试验采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP技术对新西兰兔287个个体的BMPR-IB基因进行了多态性研究。结果表明:在BMPR-IB基因外显子1上检测到3个SNPs位点,分别为c.88 C>T、c.96 T>C和c.117 G>A。其中c.117 G>A位点GG基因型为优势等位基因型(0.5784),G等位基因为优势等位基因(0.7648)。多态性指标分析表明,c.117 G>A位点在新西兰兔中的杂合度(He)为0.3598,有效等位基因数(Ne)为1.5619,多态信息含量(PIC)为0.2950,表现为中度多态(0.25相似文献
19.
本试验采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP技术对新西兰兔287个个体的BMPR-IB基因进行了多态性研究。结果表明:在BMPR-IB基因外显子1上检测到3个SNPs位点,分别为c.88 C>T、c.96 T>C和c.117 G>A。其中c.117 G>A位点GG基因型为优势等位基因型(0.5784),G等位基因为优势等位基因(0.7648)。多态性指标分析表明,c.117 G>A位点在新西兰兔中的杂合度(He)为0.3598,有效等位基因数(Ne)为1.5619,多态信息含量(PIC)为0.2950,表现为中度多态(0.25相似文献
20.
贵州地方猪BF基因的群体遗传特性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以BF基因为候选基因,利用PCR和直接测序技术对贵州白香猪、可乐猪、大约克猪3个品种共95个个体BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析,并对不同品种进行群体遗传学分析。结果显示:在第16外显子45 bp处存在A→C的碱基突变,命名为BF-exon16-A45C,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp);在贵州白香猪和可乐猪群体内均检测到AA、AC和CC三种基因型,在大约克猪群体内只检测到AC和CC两种基因型,贵州白香猪处于低度多态,可乐猪和大约克猪处于中度多态。经χ2适合性检验表明:贵州白香猪在该位点偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡状态,可乐猪和大约克猪均处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。 相似文献