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《江苏农业科学》2015,(9)
采用EST-SSR标记构建中国常熟尚湖牡丹园引栽的21个日本牡丹品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。以筛选出的10对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建日本牡丹21个品种DNA指纹图谱,用NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性。结果表明,10对EST-SSR引物在21份材料中共扩增出47个多态性基因型,平均每对引物扩增4.7个,变幅1~11个;10对引物的多态性频率(FP)平均值为0.522,变幅0.227~0.950;筛选出的2对核心引物可以将21个牡丹品种完全区分,以遗传相似系数0.55为阈值可将21个供试牡丹品种分成2类。由结果可知,EST-SSR标记在供试牡丹品种间多态性差异较大,适合用于牡丹的DNA指纹图谱的构建。 相似文献
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新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。 相似文献
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利用杨树基因组序列设计的SSR引物对11份杨树品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,共27对引物具有多态性,引物多态性比率占69.23%;获得多态性谱带38个,多态性比率为84.4%。SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.578 9,基因多样性指数平均值为0.321 7,Shannon多样性指数平均值为0.471 4。11份杨树品种的遗传距离0.53～0.93,平均值为0.73。聚类分析表明,在遗传距离0.76处可将所有供试材料分为5个类群,分别包含2、4、2、1、2份供试材料。研究表明,供试材料遗传多样性较高;利用SSR标记构建了不同杨树利用的指纹图谱,可用于杨树品种间的鉴定。研究结果可为杨树品种知识产权保护和杂交育种提供理论依据。 相似文献
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药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为挖掘苦参优异种质资源,利用大宗药材苦参现有的EST资源开发EST-SSR标记,分析不同地理种源苦参的遗传多样性,构建其特有的DNA指纹图谱。通过生物信息学手段对NCBI数据库中苦参EST序列进行SSR查找,利用Primer 5.0软件设计EST-SSR引物,筛选多态性引物检测苦参样本DNA差异,采用UPGMA聚类分析样本的遗传多样性,并构建DNA指纹图谱。经分析得到92条Unigene,从中发掘出126个EST-SSR位点分布于61条Unigene上。SSR检出率为66.30%,平均分布距离为0.512kb;共搜索到61种EST-SSR的重复基元,五核苷酸和六核苷酸重复是主要的重复类型,二者出现频率分别为68.25%和25.40%,没有三核苷酸出现,AAAAT/ATTTT与AAGTGG/CCACTT是五、六核苷酸的优势重复类型;设计出65对苦参的EST-SSR引物,随机合成26对,筛选出18对多态性引物可用于苦参样本遗传多样性分析,共检测出77个等位变异,平均每对引物检测出4.3个基因位点,引物多态性比率为69.2%;聚类分析结果表明:苦参材料首先按照居群聚类,在相似系数为0.73处,供试材料按亲缘关系远近分为5大类,相同或相近产地来源的苦参样本聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律;筛选到2对核心引物DYH011与DYH018,构建了苦参样本的DNA指纹图谱,作为对不同产地来源苦参鉴定和溯源的依据。 相似文献
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[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱. 相似文献
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【目的】利用新型分子标记EST-SSR,从分子水平上区分亲缘关系较近、形态上难以区分的5个美洲黑杨品种,并构建其指纹图谱。【方法】采用EST-SSR分子标记,从22对引物中筛选多态性引物,用以鉴别I-69杨、陕林3号、创新杨1号、南抗1号、北抗1号5个美洲黑杨品种,并根据多态性条带计算各品种间的遗传相似系数,构建各自的指纹图谱。【结果】从22对引物中筛选出的17对多态性引物共扩增出86条谱带,其中多态性条带69条,多态性比率为80.23%,有5对引物可以将5个美洲黑杨品种完全区分开;各品种间的遗传相似系数为0.444 4~0.717 2,平均相似系数为0.580 8;构建了各品种的EST-SSR特征指纹图谱。【结论】5个美洲黑杨品种间的遗传差异较小,其中创新1号与陕林3号遗传差异最大。 相似文献
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[目的]利用ISSR分子标记技术对选择的富士芽变优系和12个苹果品种为材料进行分子鉴定,构建指纹图谱,并且根据聚类分析的结果确定这13个苹果品种的亲缘关系.[方法]从100条ISSR引物中对供试样品进行PCR扩增筛选,采用NTSYSpc2.10t软件根据Nei's遗传相似系数采用UPGMA法进行聚类,此分析亲缘关系,并采用POPGENE1.32软件计算多态性位点数、多态性点百分率,最终筛选出条带清晰、多态性较高、稳定且重复性好的引物.[结果]从100个ISSR引物中筛选出3个多态性高、重复性好的引物,分别为UBC846、UBC881和UBC899,共在57个位点扩增出条带,其中50个为多态性位点,平均多态性位点百分率为86.11;.利用3条多态性ISSR引物构建的数字化指纹能够有效地区分出所有供试材料,且建立了13个苹果品种的亲缘关系聚类图,这13个品种的相似系数的变化范围在0.67 ～0.82,表现出较高的遗传多样性.[结论]ISSR分子标记技术可以有效地用于苹果种质资源评价、指纹图谱的构建和苹果芽变品种的鉴定,为苹果的种质资源鉴定、遗传多样性检测和栽培育种提供了分子生物学依据. 相似文献
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为了有效区分15份果桑种质资源,利用分子标记SRAP技术进行遗传差异分析并构建DNA指纹图谱。从42对SRAP引物组合中筛选出17对引物进行PCR扩增,得到306条清晰条带,其中多态性条带253条,多态性比率为82.68%,供试材料间的遗传相似系数(GS)在0.390 9～0.811 1之间。选用2对多态性引物（Me2/Em1 和Me7/Em5）,初步构建了15份果桑种质材料的DNA指纹图谱。经过非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,以遗传相似系数0.666为阈值,将供试材料分为3组;根据条带的有无转换为二进制编码形成数字指纹图谱,简便快速区分每份种质材料。采用SRAP分子标记建立的指纹图谱适合于果桑品种的分类和鉴定。 相似文献
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《沈阳农业大学学报》2016,(4)
为研究辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性水平并构建分子指纹图谱,为分子水平上鉴定槭属种质提供技术支撑,也为辽宁省槭属植物种质资源开发、保存利用及新品种选育奠定基础,本研究利用SRAP分子标记技术,对辽宁省内的11份槭属植物主栽品种和19份不同种源红花槭种质为材料,利用110对SRAP引物进行PCR扩增,产物用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,并统计多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性比率。利用NTSYS-pc2.1和Excel软件统计SRAP-PCR条带数据,按照相似系数法和非加权组平均法进行聚类分析,计算遗传相似性系数,绘制树状聚类图,并构建30份槭属种质资源指纹图谱。从110对SRAP引物中共筛选出36对多态性好且重复性高的引物,共扩增得到708条带,其中多态性谱带为542条,多态性比率为76.55%;30份槭属植物材料的遗传相似系数在0.235~0.954之间,其中19份不同种源红花槭的遗传相似系数在0.700~0.954之间,平均为0.849;通过聚类分析将30份材料划分为7个群,在11份本地材料间,假色槭与挪威槭之间遗传相似系数最小(0.235),国王枫与挪威槭相似系数最大(0.703)。SRAP引物ME6/EM3可有效区分所有材料,并构建出30份槭属材料种质资源特异性分子指纹图谱。结果表明:供试槭属植物材料间具有较丰富的遗传多样性水平,基于36对SRAP引物组合所构建的指纹图谱具有唯一性和高效性,SRAP标记适合用于槭属植物种质遗传多样性分析及品种鉴定。 相似文献
11.
亚麻EST-SSR标记开发 总被引：1，自引：0，他引：1
为了进一步开发利用现有亚麻EST-SSR资源,从NCBI公共数据库下载7 947条亚麻EST,去除低质量和冗余序列后,筛选得到含有SSR的序列共239条,检出率为3.0%。其中二核苷酸重复49条,共7个重复类型;三核苷酸重复160条,共41个重复类型;四核苷酸重复30条,共11个重复类型。根据不同的重复类型共设计65对EST-SSR引物,在20份材料PCR扩增检测结果表明,有52对引物有目的扩增产物,其中32对扩增条带清晰且具有多态性,占设计引物的49.2%,通过聚类分析可将20份亚麻材料划分为五大类,验证了EST-SSR分子标记在亚麻遗传多样性分析中应用的可行性。 相似文献
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Simple sequence repeat (SSR) markers have been shown to be a powerful tool for varieties identification in plants. However, SSR fingerprinting of sweetpotato varieties has been a little reported. In this study, a total of 1294 SSR primer pairs, including 1215 genomic-SSR and 79 expressed sequence tag (EST)-SSR primer pairs, were screened with sweetpotato varieties Zhengshu 20 and Luoxushu 8 and their 2 F1 individuals randomly sampled, and 273 and 38 of them generated polymorphic bands, respectively. Four genomic-SSR and 3 EST-SSR primer pairs, which showed good polymorphism, were selected to amplify 203 sweetpotato varieties and gave a total of 172 bands, 85 (49.42%) of which were polymorphic. All of the 203 sweetpotato varieties showed unique fingerprint patterns, indicating the utility of SSR markers in variety identification of this crop. Polymorphism information content (PIC) ranged from 0.5824 to 0.9322 with an average of 0.8176. SSR-based genetic distances varied from 0.0118 to 0.6353 with an average of 0.3100 among these varieties. Thus, these sweetpotato varieties exhibited high levels of genetic similarity and had distinct fingerprint profiles. The SSR fingerprints of the 203 sweetpotato varieties have been successfully constructed. The highly polymorphic SSR primer pairs developed in this study have the potential to be used as core primer pairs for variety identification, genetic diversity assessment and linkage map construction in sweetpotato and other plants. 相似文献
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苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。 相似文献
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为了解紫苏属植物的遗传多样性,为种质资源的开发利用提供依据,利用软件MISA对从NCBI上获取的5 435条EST序列进行紫苏SSR分析。结果表明:在1 206条EST序列中得到符合条件的SSR为22.19%;共检出1 526个SSR位点,平均覆盖深度为28.87%;EST-SSR有32种重复基元,以二核苷酸重复基元AG/CT最多,占检出总SSR的34.73%;包含低级基元单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复,其长度在20bp以上的EST-SSR有386条。最终设计获得包含单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复低级基元的SSR引物723条。 相似文献
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草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签（expressed sequence tag,EST）55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 相似文献
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为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。 相似文献
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基于松科树种EST序列的落叶松SSR引物开发 总被引：3，自引：0，他引：3
登陆NCBI的dbEST数据库搜索松科树种EST序列,应用SSRIT软件在线搜索EST-SSR,用Primer3设计EST-SSR引物.选用日本落叶松(L.leptolepis)×兴安落叶松(L.gmelinii)及其145个F1为检测植株,对所开发EST-SSR引物进行扩增,并以丙烯酰胺凝胶检测扩增产物,以获得适合落... 相似文献
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小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图 总被引：5，自引：1，他引：4
【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。 相似文献
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用EST-SSR标记评价21份黄瓜种质的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用15对EST-SSR引物对21份不同生态类型(华北型、华南型、欧洲温室型和野生种)的黄瓜种质进行了分析,共检测到65个等位基因,平均4.33个,多态性信息量(PIC)值变幅0.177 ～0.748,平均值为0.470,表明12对引物具有高度或中度多态性.NTSYS软件聚类分析表明,21份黄瓜种质可分为2大类,外来种... 相似文献