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1.
小鲵科中国特有属及物种组成(英文) 总被引：1，自引：0，他引：1
小鲵科是亚洲特有的有尾两栖动物。我国作为小鲵科动物的主要分布区域,多样的生境类型孕育了丰富的物种。小鲵科现知10属中,我国特有属5属(原鲵属Protohynobius、山溪鲵属Batrachuperus、巴鲵属Liua、肥鲵属Pachyhynobius及拟小鲵属Pseudohynobius),占整个小鲵科属级阶元的50%。现将小鲵科中国特有属的物种组成及分布简述如下:原鲵属属原鲵亚科,其他4属均属小鲵亚科。①原鲵属已知1种即普雄原鲵(P.puxiongensis),仅分布于四川越西普雄。②山溪鲵属物种仅分布在青藏高原东沿的横断山及其周边高山区。山溪鲵分布于四川的宝兴、小金、大邑、洪雅、峨眉、冕宁、美姑、西德、越西、盐源等地;北方山溪鲵分布于陕西的周至、佛坪、凤县,四川的南江、平武、九寨沟、青川、南坪、松潘、若尔盖、理县、小金等地,甘肃的康县、文县、成县、西和、漳县、渭源、临夏、卓尼、周曲等地;盐源山溪鲵分布于四川的九龙、冕宁、德昌、越西、盐源等地;龙洞山溪鲵分布于四川的峨眉、洪雅、汉源;无斑山溪鲵分布于四川的康定、炉霍、道孚、雅江、白玉;2个新种分别为分布于四川理塘、稻城、乡城、九龙的居群和四川白川、彭县的居群。③巴鲵属已知2种,即施氏巴鲵(L.shihi)和秦巴巴鲵(L.tsin-paensis)。施氏巴鲵分布于重庆巫山、巫溪、城口、开县、四川宣汉、湖北神龙架等地;而秦巴巴鲵过去仅在陕西省(周至和宁陕)发现,最近在河南内乡也被发现,表明该物种的分布区还未被完全发现。④肥鲵属现已知1种即商城肥鲵(P.shangchengensis),仅分布于河南、安徽和湖北3省交界的大别山区,即河南商城、安徽金寨、霍山、湖北英山、罗田、麻城。⑤拟小鲵属现已知4种,即黄斑拟小鲵(H.flavomaculatus)、水城拟小鲵(P.shuichengensis)、宽阔水拟小鲵(P.kuankuoshuiensis)和金佛山拟小鲵(P.jinfo)。黄斑拟小鲵分布于湖北利川和湖南桑植;水城拟小鲵、宽阔水拟小鲵和金佛山拟小鲵仅分布于各自的模式产地,即贵州水城、贵州绥阳和重庆南川。综上可见,小鲵科物种的分类越来越系统、规范。然而由于部分物种分布区域相对狭窄、种群较小、栖息地丧失,导致这些物种的生存出现严重问题。因此,应从环境保护和物种保护生物学研究工作出发,制定合理的保护对策。 相似文献
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基于高通量测序技术的鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证 总被引：2，自引：0，他引：2
《浙江农业学报》2019,(10)
为了筛选出一个或多个适宜研究环境DNA(environmental DNA,eDNA)的鱼类通用引物,本实验选取了5对引物,分别对鱼类线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因、16S rDNA和细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段进行扩增。在对两个水样eDNA进行扩增后发现,引物CY45M和1634M均扩增出目的条带,且扩增产物质量适用于后续的高通量测序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均没有扩增出目的条带。继续对另外7个水样eDNA扩增后发现,引物CY45M和1634M在所有水样eDNA中均取得良好的扩增效果。对目的产物进行Illumina Miseq测序后发现,引物CY45M和1634M扩增产物注释上的鱼类物种均为11种,二者获得的鱼类种类既存在差异也存在重复。综上所述,引物CY45M和1634M都可作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。 相似文献
3.
环境DNA(environmental DNA,eDNA)是指有机体与外界进行物质交换(摄食、排泄等)时脱落的DNA片段.eDNA技术是指从环境样品(土壤、沉积物、水体等)中直接提取DNA片段后,利用测序技术对生物进行定性或定量分析.与传统方法相比,eDNA技术具有效率高、分辨率高、采样无损伤性等优点.环境DNA技术自问世以来,受到了广泛的应用,主要应用于水生生物的生物监测、保护生物学(单(多)种检测、丰度估计)、入侵生物学(早期物种检测、被动监视)和环境监测等.综述了环境DNA技术在软体动物研究中的取样方法、研究进展、优势、局限,以及该方法在软体动物入侵物种防治、濒危物种保护、物种多样性评价和生物量检测中的研究现状,同时对环境DNA在软体动物资源中的应用前景进行了展望,以期为软体动物资源多样性的研究和保护提供新的技术和手段. 相似文献
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山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中物种丰富、经济效益较高的属.分类学上对山茶属的亚属、组以及种的划分争议较大,著名的3大山茶属植物分类系统分别由Sealy、张宏达和闵天禄提出.DNA条形码技术是指通过对植物基因组中的特定基因进行片段扩增、测序发现其碱基变化规律的技术手段,在分类学研究中显示出巨大的应用潜力.选取trnH-psbA和matK序列的通用引物,对山茶属不同植物基因组DNA进行扩增和序列测定,分别得到了ttrnH-psbA序列和marK序列各61条,山茶属matK序列相似度极高(98.40％),物种分辨率较低.trnH-psbA的属间物种分辨能力达到100％,而在山茶属内物种分辨率仅为13.11％.结果表明:trnH-psbA序列能够有效地区分不同属间的植物,但种间分类能力较弱. 相似文献
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一种水环境eDNA提取方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]建立高效实用的水样环境DNA提取方案。[方法]采用滤膜法和沉淀法对2个不同大小的水域进行eDNA提取并对所获得的eDNA进行PCR扩增。其中,滤膜法设置50、100、200 mL 3个水样体积试验组,每组3个平行;沉淀法设置10、20、40 mL 3个水样体积试验组,每组3个平行。[结果]大型水塘水样经滤膜法处理后获得的eDNA浓度更高;小型水池采用滤膜法和大型水塘采用沉淀法处理水样后经PCR检测可获得更明显的扩增结果。[结论]该研究建立的滤膜法和沉淀法可用于不同水环境eDNA的提取。 相似文献
6.
《广东农业科学》2017,(1)
山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中物种丰富、经济效益较高的属。分类学上对山茶属的亚属、组以及种的划分争议较大,著名的3大山茶属植物分类系统分别由Sealy、张宏达和闵天禄提出。DNA条形码技术是指通过对植物基因组中的特定基因进行片段扩增、测序发现其碱基变化规律的技术手段,在分类学研究中显示出巨大的应用潜力。选取trn H-psb A和mat K序列的通用引物,对山茶属不同植物基因组DNA进行扩增和序列测定,分别得到了ttrn H-psb A序列和mat K序列各61条,山茶属mat K序列相似度极高(98.40%),物种分辨率较低。trn H-psb A的属间物种分辨能力达到100%,而在山茶属内物种分辨率仅为13.11%。结果表明:trn H-psb A序列能够有效地区分不同属间的植物,但种间分类能力较弱。 相似文献
7.
环境DNA技术在水生态领域应用研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
环境DNA(eDNA)是指环境中所有被发现的生物DNA的混合。eDNA技术可以通过对提取的环境样品进行DNA测序,反映生态系统中的群落或物种组成信息。相较于传统的基于形态学鉴定的生物监测方法,eDNA技术具有简单高效、灵敏度高、环境友好等优势,是未来水生态环境研究的重要手段之一。本文对eDNA技术的操作流程、在水生态环境研究中的应用及技术局限性进行了综述,并对eDNA技术的发展趋势进行了展望。 相似文献
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鹅观草属、披碱草属、猬草属和仲彬草属植物的RAPD分析及其系统学意义 总被引：12，自引：2，他引：12
利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了鹅观草属 ( 7种 )、披碱草属 ( 3种 )、猬草属 ( 2种 )和仲彬草属 ( 3种 ) 4个属的 15种植物。对 34个OPRON公司十聚体随机引物进行多态性筛选 ,2 7个 ( 79 4% )能产生多态性。 16个引物产生的 2 13个DNA片断 ,用于计算种间Nei氏遗传相似性系数分析 ,在NTSYS程序中利用UPGMA构建系统发育树状图。分析结果表明 :①这 4个属的物种各自聚类在一起 ,在相似系数 0 6水平上 ,明显分为 4组 ,分别代表了Hystrix、Elymus、Roegneria和Kengyilia 4个属 ;②Hystrix的 2个物种与Roegneria和Kengyilia物种的亲缘关系较远 ,与同具StH基因组的Elymus也有较大的RAPD变异 ;③Roegneria与Elymus亲缘关系较近 ;④Roegneria中StY和StYH基因组组合的物种亲缘关系很近 ,StY基因组的物种间存在着RAPD遗传变异 ;⑤Kengyilia与Roegneria亲缘关系较近 ;⑥RAPD结果与形态学和细胞学等分析结果一致 ,支持将它们独立作为属分类等级来处理。本文还对RAPD分析方法在小麦族系统学研究中的应用进行了讨论 相似文献
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运城盐湖位于我国山西省,嗜盐微生物资源丰富.从运城盐湖水样中分离纯化嗜盐微生物得到2株嗜盐古菌,编号分别为YC71、YC88,经革兰氏染色鉴定均为阴性,杆菌.采用古菌通用引物对YC71、YC88的16S rDNA进行序列扩增,各得到1500bp左右的片段,经过测序及分析,最终得到长度分别为1425 bp、1430 bp的DNA片段.利用MEGA4.0软件和Clustalxl.8软件对YC71、YC88及相近物种进行同源性比较和系统发育分析,表明YC71属于盐红菌属(Halorubrum),YC88属于盐盒菌属(Haloarcula). 相似文献
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通过PCR扩增获得了飞虱科3属5种昆虫的16 S rDNA序列,对DNA序列进行测定,分析了其序列组成及变异.采用Mega 4.0软件,利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行5种飞虱的系统发育分析,结果显示构建的MP和NJ分子系统树拓扑结构一致,3个簇角飞虱属物种中华簇角飞虱(Belocera.sinensis)、褐额簇角飞虱(B.fuscifrons)和爬竹簇角飞虱(B.ampelocalamus)单独聚为一支,与偏角飞虱属海南偏角飞虱(Neobelocera hainanensis)的亲缘关系较近,与短头飞虱属显脊短头飞虱(Epeurysa distincta)的亲缘关系较远,分子生物学分析结果与形态学研究结果一致. 相似文献
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为明确陕西省西洋参根结线虫病病原，采用常规形态鉴定结合分子生物学方法，对在陕西省留坝县严重发生的西洋参根结线虫病进行病原鉴定。结果表明：二龄幼虫蠕虫形，口针基部球小而圆，尾部透明区明显，尾尖钝圆；雌虫虫体梨形或近椭圆形，口针杆部后部稍宽，口针基部球近圆形较小有缢缩。雌虫会阴花纹呈近圆形，线纹平滑呈波浪状，尾端区有刻点，背弓较为低平。结合特异性PCR扩增及根结线虫属rDNA-ITS序列系统发育树构建结果，该病原鉴定为北方根结线虫Meloidogyne hapla。 相似文献
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为揭示白洋淀浮游动物群落结构动态特征及其与水环境因子的关系,于2009—2010年和2018—2019年对白洋淀浮游动物及水环境因子进行6次调查,采用生态位指数、冗余分析(RDA)等方法对白洋淀浮游动物群落结构变化、优势种生态位分化及其与水环境因子的关系进行研究。结果显示:白洋淀浮游动物物种数从2009年的56种减少至2019年的43种,密度从3.64×10~3ind·L~(-1)下降至1.70×10~3ind·L~(-1),且物种组成相似度极低;共同优势种为针簇多肢轮虫(Polyarthra trigla)、角突臂尾轮虫(Brachionus angularis)及螺形龟甲轮虫(Keratella cochlearis),其生态位宽度分别增加了7.79%、9.76%和22.11%;优势种平均生态位重叠指数增加了35.26%,优势种间高度重叠(Oik0.6)的种对数量占比增加了30.08%。RDA分析表明,pH、总氮(TN)和溶解氧(DO)始终是影响白洋淀浮游动物群落结构的主要水环境因子。 相似文献
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SSAP(sequence-specificam plification polymorphism,序列特异扩增多态性)是种质遗传多样性分析和系统进化研究的有力工具之一。根据10个SSAP引物组合对28份柿属基因型的扩增结果探讨内切酶因素对SSAP逆转座子分子标记扩增的影响。结果表明,在以MseI和EcoRI组合消化的SSAP反应系统,且均以3个碱基作为末端选择性碱基的前提下,MseI与逆转座子引物组合的SSAP扩增性能优于EcoRI与逆转座子引物组合。研究结果为有目的和高效选择内切酶引物进行植物种质资源SSAP分析提供参考。 相似文献
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为了得到贵州李SSR扩增最优化反应体系,以贵州李品种早酥为试材,采用单因素试验的方法,对SSR反应体系的主要成分及退火温度进行优化。结果表明:在25μL反应体系中,模板DNA用量为30ng,引物浓度为0.80μmol/L,Master Mix用量为12.5μL;退火温度在46～50℃均能得到清晰的条带。利用此反应体系对16个贵州李品种进行PCR扩增及电泳检测,扩增结果清晰且不同品种间的DNA谱带多态性丰富。表明,该体系适合贵州李的亲缘关系分析。 相似文献
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以鸡心槟榔为试材,用QIAGEN公司的DNeasy Plant Mini Kit提取基因组DNA,对SSR反应体系进行建立与优化,探讨了槟榔SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响。最终确定了引物C7549的最佳退火温度为56℃,在PCR反应体系中最佳条件:Mg2+浓度为3.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.1 mmol/L,Taq酶量为1.5 U,引物浓度为0.8μmol/L,DNA模板为2.0 ng/μL。利用此反应体系对部分槟榔品种进行PCR扩增并Page胶电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合槟榔的亲缘关系分析。 相似文献
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研究犬弓首蛔虫(Toxocara canis,T.canis)腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporters, ABC)亚家族G5基因(abcg-5)的分子特征.根据犬弓首蛔虫基因组数据库中的Tc-abcg-5基因序列设计引物,通过PCR技术克隆Tc-abcg-5全长基因,并进行多重序列比对和种系发育进化树分析.结果表明:该基因全长为1 902 bp,编码633个氨基酸.功能结构域分析发现TcABCG5蛋白包含1个ABC转运蛋白结构域和6个跨膜区,同时发现了高度保守的Walker A和Walker B模体. GO分析显示ABCG5具有ATP结合和ATP酶活性.种系发育进化树分析显示TcABCG5与猪蛔虫进化关系较近,与哺乳动物进化关系较远. 相似文献
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以普通小麦品种济麦21为材料,根据GenBank中已发表的LOX1基因序列设计引物,利用RTPCR技术获得一个小麦LOX1的基因片段,并对该片段进行测序和生物信息学分析。结果表明:克隆到的基因片段为384bp(GenBank登录号JX126806),GC含量为64.84%,推导氨基酸残基为127个,分子质量为11.15ku,等电点(pI)为4.93,与杜伦小麦、大麦、高粱、水稻的同源性分别为99.7%、94.8%、73.7%、56.2%。进化树分析表明,六倍体普通小麦LOX1基因与杜伦小麦LOX1基因(GenBank登录号HM126468)亲缘关系较近,先聚为一支,然后再与大麦的LOX1基因(GenBank登录号L35931.1)、高粱的LOX1基因(GenBank登录号GQ369443)聚为一类,最终与亲缘关系较远的水稻LOX1基因(GenBank登录号EU267789)聚类,这与物种亲缘关系的远近基本一致,表明所得LOX1基因片段可作为研究物种亲缘关系或遗传距离的参考标记之一。 相似文献
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Yin-dong CHANG Bin DU Ling WANG Pei JI Yu-jie XIE Xin-feng LI Zhi-gang LI Jian-ming WANG 《农业科学学报》2018,17(6):1380-1390
In order to clarify the main pathogens of tomato Fusarium wilt in Shanxi Province, China, morphological identification, elongation factor 1 alpha(EF-1α) sequence analysis, specific primer amplification and pathogenicity tests were applied to study the isolates which were recovered from diseased plants collected from 17 different districts of Shanxi Province. The results were as follows: 1) Through morphological and molecular identification, the following 7 species of Fusarium were identified: F. oxysporum, F. solani, F. verticillioides, F. subglutinans, F. chlamydosporum, F. sporotrichioides, and F. semitectum; 2) 56 isolates of F. oxysporum were identified using specific primer amplification, among which, 29, 5 and 6 isolates were respectively identified as F. oxysporum f. sp. lycopersici physiological race 1, race 2, and race 3; 3) pathogenicity test indicated the significant pathogenicity of F. oxysporum, F. solani, F. verticillioides, and F. subglutinans to tomato plant. Therefore, among these 4 species confirmed as pathogenic to tomato in Shanxi, the highest isolation rate(53.3%) corresponded to F. oxysporum. Three physiological species, race 1, race 2, and race 3 of F. oxysporum f. sp. lycopersici are detected in Shanxi, among which race 1 is the most widespread pathogen and is also considered as the predominant race. 相似文献
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[目的]建立针对家蚕核型多角体病毒(BmNPV)的环介导等温扩增(LAMP)可视化检测技术,为生产现场进行家蚕血液型脓病早期诊断提供技术支持.[方法]以BmNPV多角体蛋白基因po如为扩增靶标,分别设计5组内/外引物和5条环引物,根据扩增效率筛选最佳引物组合;优化LAMP反应条件,并进行LAMP检测的特异性、敏感性及临床样本检测试验;使用羟基萘酚蓝(HNB)染色对结果进行比色观察,对简化样品处理的条件进行摸索.[结果]使用环引物后LAMP对BmNPV基因组DNA的最低检测浓度为7fg/μL,检测灵敏度得到有效提高,且反应时间缩短.建立的LAMP检测方法对靶标DNA扩增具有特异性,对样本的检出率高于常规PCR,其最低检测限是常规PCR的100倍.在反应前加入HNB,结果易判断且能减少交叉污染.感染家蚕血淋巴进行100℃煮沸处理后即可直接用于LAMP反应,既简化了操作步骤,又降低了检测成本.[结论]针对BmNPV建立的LAMP可视化检测技术具有灵敏、快捷、可靠的特点,适合用于生产现场的BmNPV感染早期诊断. 相似文献