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1.
遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探 总被引：2，自引：0，他引：2
以中国牛亚科家畜6个群体12对微卫星数据为基础,采用6种遗传距离（DA、DC、DS、DSW,（σμ）^2和DTL）和2种聚类方法（UPGMA和NJ法）,探索它们对系统树构建准确性的影响。结果表明：微卫星位点平均杂合度水平显著影响系统树构建的准确性,用DA和DC遗传距离构建的系统树准确性相对较高,但很难确定NJ法和UPGMA法哪一种更适合于系统树的构建,而DTL遗传距离用于系统树构建有待进一步完善;最后,对微卫星用于家畜系统树构建的有效性和局限性进行了探讨。 相似文献
2.
利用微卫星标记鉴定德州驴亲子关系 总被引：1，自引：1，他引：0
试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software v1.0软件读取基因型分型结果。对微卫星基因座的遗传多样性进行分析,利用似然法（Cervus 3.0软件）和排除法对个体间的亲子关系进行了鉴定。结果显示,13个微卫星基因座的平均等位基因数、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）分别为6.846、0.689、0.671和0.625。期望杂合度与观测杂合度之差在0.002~0.088之间,差值较小。13个微卫星基因座的累计排除概率（EP）达到0.990以上。微卫星基因座具有高度多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体鉴定。利用Cervus 3.0软件基于似然法分析得到了16头子代驴驹的最似亲本,结合排除法对这16头驴驹及其最似亲本进行基因型比对,最终在53头德州驴中确定了11个亲子对。本试验建立了以13个微卫星位点作为核心标记,将似然法和排除法相结合作为主要分析方法的德州驴亲子关系鉴定体系,为育种工作提供参考资料。 相似文献
3.
利用微卫星标记分析长毛兔遗传多态性及其与产毛量相关性 总被引：3，自引：0，他引：3
利用微卫星标记技术，分析了皖系长毛兔的遗传多样性和4个微卫星座位与1岁时产毛量之间的关系。结果表明：皖系长毛兔4个微卫星座位上平均检测到4．5（3～6）个等位基因，平均杂合度为0．680（0．630-0．721），平均多态信息含量为0．642（0．559—0．705）；Sol33微卫星座位与1岁时产毛量呈显著相关（P〈0．05），其中基因型为AD和BD的个体1岁时产毛量与其他3种基因型个体间均存在显著差异（P〈0．05）；其他3个微卫星座位（Sat4、Sat13、Sol44）与1岁时产毛量相关不显著（P〉0．05）。 相似文献
4.
微卫星座位与超细型细毛羊羊毛性状的关联性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究选取了绵羊基因组1号和3号染色体上的8个微卫星座位,对超细型细毛羊的232个个体的遗传多样性进行了检测。计算了各微卫星座位的等位基因频率（p）、杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（N）。同时检测了研究样本的羊毛纤维直径（WFD）,毛纤维直径离散度（FD-D）,单纤维绝对强力（WAS）,单纤维相对强力（WRS）,强力离散（WSD）,单纤维自然长度（WNL）,单纤维伸直长度（WEL）和单纤维弯曲度（FW）等羊毛性状的8个表型数据。微卫星座位与羊毛性状表型数据的关联性分析结果表明,微卫星 BL-4和KRT2-13两个座位与WEL之间极显著相关（P<0.01）。微卫星Oarcp43座位与WSD之间、微卫星座位Bms1248与羊毛单纤维直径之间极显著相关（P<0.01）。座位Fcb5和OarDB6分别与FW和WAS表现出显著性关系（P<0.05）。 相似文献
5.
试验对6个白莱航杂交鸡群的微卫星变异及其与生长、产蛋和免疫活性等性状的关系进行了研究。采用9个微卫星标记,用最小二乘和最大似然法对6个遗传组的170个个体进行了关联分析。结果发现,7个微卫星标记具有多态性,有2～4个等位基因。5个微卫星标记的多态性息含量（PIC）大于52%。微卫星标记MCW0041、ADL0210、MCW0110同产蛋性状呈显著相关（P〈0.05）。 相似文献
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试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software v1.0软件读取基因型分型结果。对微卫星基因座的遗传多样性进行分析,利用似然法(Cervus 3.0软件)和排除法对个体间的亲子关系进行了鉴定。结果显示,13个微卫星基因座的平均等位基因数、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为6.846、0.689、0.671和0.625。期望杂合度与观测杂合度之差在0.002～0.088之间,差值较小。13个微卫星基因座的累计排除概率(EP)达到0.990以上。微卫星基因座具有高度多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体鉴定。利用Cervus 3.0软件基于似然法分析得到了16头子代驴驹的最似亲本,结合排除法对这16头驴驹及其最似亲本进行基因型比对,最终在53头德州驴中确定了11个亲子对。本试验建立了以13个微卫星位点作为核心标记,将似然法和排除法相结合作为主要分析方法的德州驴亲子关系鉴定体系,为育种工作提供参考资料。 相似文献
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云南大河猪保种群的微卫星检测 总被引：3，自引：1，他引：2
作者采用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG)联合推荐的27对微卫星DNA引物中的20对引物,检测了云南大河猪保种群的83个个体的基因型。通过计算等位基因频率、遗传杂合度（H）、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数,从而分析大河猪保种群的遗传多样性。结果表明,大河猪保种群在20个微卫星座位上拥有的等位基因较为丰富,20个微卫星座位上共有137个等位基因,平均6.85个,群体有效等位基因数共104个,平均5.2个;大河猪保种群的遗传多样性较为丰富,杂合度为0.792,多态信息含量为0.765。 相似文献
9.
为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
10.
猪微卫星座位杂合度与肌肉肌苷酸含量的关系 总被引：5，自引：2，他引：3
英系大白猪和梅山猪产生的139头F2代个体用作试验猪。分析猪1、2和6号染色体的24个微卫星座位与肌肉肌苷酸的关系,发现5个座位与肌苷酸含量显著关联(P<0 05)。它们分别是1号染色体的Sw2185、2号染色体的Sw2516、S0170、Sw1883和Sw2192。6号染色体9个微卫星座位均没有显著的相关(P>0 05)。这提示2号染色体的一些基因或QTL对肌苷酸含量有较大的遗传作用。分别以24个座位分类、以5个显著关联座位分类和以19个中性座位分类来研究基因杂合度与肌苷酸含量的关系,结果均表明随着基因杂合度增加,肌苷酸含量呈下降趋势。其中前两者分析结果大体一致。基因杂合度在0 5～0 8范围内,每增加0 05则肌苷酸含量下降幅度大约是群体肌苷酸均值的1 2%～7 5%。提示显著关联座位在肌苷酸的杂种优势中可能具有重要的遗传效应。同时,在应用微卫星标记估计基因杂合度与肌苷酸含量的关系时,尽可能选用显著关联座位,可以作到多快好省。 相似文献