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为揭示白化茶树品种（系）的遗传多样性,利用简化基因组测序技术（2b-restriction site-associated DNA,2b-RAD）对23份茶树种质（20份白化,3份常绿对照）进行测序,分析其遗传多样性、亲缘关系和群体结构。结果表明,共获得576 193 750条高质量测序数据和56 498个高质量SNPs。系统发育树和主成分分析表明,23份种质可分为3个类群,类群Ⅰ为1份来自贵州的大叶种,类群Ⅱ包含来自贵州的地方种质6份,类群Ⅲ包含来自浙江的14份种质和来自安徽、福建的2份种质。基于系统发育树,3个类群的遗传多样性参数均表现为：类群Ⅰ>类群Ⅱ>类群Ⅲ,类群Ⅰ和类群Ⅱ、类群Ⅲ之间分别呈现中、高度的遗传分化水平。综上所述,白化茶树品种（系）存在中、高度的遗传分化,不同地理来源的种质间遗传分化更大,为白化茶树种质鉴定、资源利用和育种等提供了理论依据。 相似文献
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[目的]收集国内外马铃薯品种(系)资源,研究马铃薯种质群体结构和遗传多样性,开发SNP分子标记,为马铃薯品种鉴定、分子标记辅助选择育种奠定基础.[方法]提取马铃薯嫩芽基因组DNA,利用限制性内切酶MseI和SacI进行双酶切建库,质量检测合格后用Illumina HiSeq平台进行双末端测序,用BWA软件将测序数据与马铃薯参考基因组进行比对,采用GATK软件进行SNP和InDel变异位点检测,利用ANNOVAR软件进行变异注释,并基于上述变异信息对群体结构进行Structure分析、主成分分析(PCA)和遗传多样性分析.[结果]通过简化基因组测序共获得7.50×108条测序reads和2.04×1011个碱基,共检测到39038个变异位点,其中SNP位点36267个,InDel位点2771个;基于上述变异位点的Structure和PCA分析均将研究群体划分为两个亚群,群体系统发生分析表明,G2亚群中的个体聚类在一起,亲缘关系较近,但与其他个体相比G2亚群中的分枝距离中心较远,积累了更多的变异量;群体的平均多态性信息含量PIC=0.3107,期望杂合度He=0.3932,观测杂合度Ho=0.1852,群体自交系数Fis=0.553,表明马铃薯品种(系)间遗传多样性较低;开发了覆盖马铃薯12条染色体且包含120个SNP标记的SNP-Panel,并选取其中的60个标记在46个样品中进行了验证.[结论]研究结果为马铃薯遗传多样性研究、分子标记辅助选择育种、分子身份证开发、遗传图谱构建奠定了一定基础. 相似文献
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为深入了解衢州市农业林业科学研究院收集的辣椒种质资源的遗传多样性,提高种质利用率,为辣椒遗传育种提供理论依据。对193份辣椒种质的18个农艺性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果发现,193份供试材料的果实表型具有丰富的遗传多样性,遗传多样性指数范围为4.95～5.25,成熟果色遗传多样性指数最大。9个数量性状(果长、果宽、单果重、心室数、主茎高度、首花节位、现蕾期、开花期、坐果期)的变异系数为23.25%～81.98%,其中单果重变异系数最大。各性状间关系复杂,主成分分析中累积贡献率为96%,18个性状可简化为6个主成分。聚类分析将供试材料划分为3个类群,其中大部分青熟果颜色为白色的种质资源集中在Ⅰ类群,该类群种质数量最多,有150份,Ⅱ类群种质大多数引自美国,Ⅲ类群中种质果形较大。鉴于类群间辣椒种质的遗传背景及其在果形、花期、主茎高等方面存在的差异,可进行类群间杂交,从而提高辣椒育种效率。 相似文献
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【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84 510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3 609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个（72.5%）在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量（PIC）为0.263～0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366～0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有... 相似文献
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【目的】弄清我国柚类种质资源的起源与演化、群体遗传结构和多样性水平，高效利用柚类自然资源群体发掘与果实重要品质性状相关的基因，为柚类种质资源群体的遗传结构研究、起源演化和柚类种质创新提供重要的理论及实践依据。【方法】利用国家果树种质重庆柑橘资源圃中保存的具有广泛遗传多样性和不同地理来源的282份柚类资源作为材料，采用Eco R I限制性内切酶消化基因组DNA后构建GBS文库，然后进行Illumina HiSeq PE150二代测序获得短读序列，通过BWA软件将序列映射到柚参考基因组上，利用SAMTOOLS软件鉴定SNP位点。依据SNP的基因分型结果，进行主成分分析和群体结构分析,并采用邻接法构建系统演化树，分析亚群的遗传多样性水平。选择23个低酸种质和32个高酸种质构成两个群体进行Fst、XP-CLR分析，同时利用282个柚类种质的基因型数据与果实可滴定酸含量的表型数据进行GWAS全基因组关联分析。【结果】利用GBS简化基因组测序技术对282份柚类种质进行测序，获得201.66 Gb的原始测序数据，每个样本的平均测序数据量为0.72 Gb，经过测序深度为5×次要等位基因频率>0.... 相似文献
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野生灵芝资源在连云港境内有着广泛的分布,本研究使用全基因组重测序技术对具有不同形态特征和生境特点的灵芝基因组进行测序及分析,以期解析连云港地区野生灵芝的生物学特性及基因组特征。结果表明,从不同区域采集的野生灵芝种质资源菌丝具有锁状联合,具备形成子实体的条件,生物学特性存在较大差异;通过主成分分析将12株野生灵芝菌株种质资源聚为3类,其中第Ⅲ类具有更丰富的遗传多样性;比较单核苷酸多态性(SNP)、插入或者缺失(InDel)在12株灵芝菌株基因组中的分布情况发现,第1条染色体中的SNP最多,占比为46.07%,SNP中转换颠换比(Ts/Tv)为2.03,说明变异以转换为主,插入或缺失导致的基因差异在第1条染色体上最多,占总InDel数的44.31%。研究结果说明,连云港地区灵芝具有丰富的遗传多样性,可以用于进一步挖掘更多的功能基因和进行品种选育。 相似文献
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为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性,并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因,利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记,计算群体遗传结构和遗传进化,鉴定基因组受选择区域和受选择基因.结果表明,共鉴定出1355274个SNP标记.阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富,观察杂合度分别为0.1856、0.1644,核苷酸多样性分别为0.2022、0.2026,拉萨黄牛和日喀则驼峰牛的遗传多样性相对低些.近交系数最高的为阿沛甲咂牛,而日喀则驼峰牛的近交系数最低.拉萨黄牛与日喀则驼峰牛之间的遗传分化系数最高(0.0927),而樟木黄牛和阿沛甲咂牛之间的遗传分化系数最低(-0.0011).聚类分析结果表明,日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛之间的亲缘关系最近,而与樟木黄牛的亲缘关系最远.通过选择信号分析,在西藏黄牛群体中检测出22个基因组区域受到选择,包含96个受选择基因.GO富集分析表明,这些受选择基因显著富集在心血管系统发育、炎症反应、细胞间连接、染色质结合等生物学通路.本研究从基因组水平揭示西藏黄牛的种质特性,为进一步开展西藏黄牛种质资源保护及利用提供了重要理论依据. 相似文献
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【目的】进行田间晚疫病抗性评价,利用SNP分子标记分析马铃薯抗晚疫病种质的遗传多样性及分离基因组内可能影响马铃薯晚疫病抗病性状的遗传区段,为马铃薯晚疫病抗性种质创新与利用提供理论依据。【方法】通过多年多点田间鉴定对马铃薯种质资源进行晚疫病抗性评价。利用dd-RAD技术对马铃薯种质资源进行简化基因组测序并分型SNP标记。利用Admixture软件分析群体的遗传结构,GCTA软件进行主成分分析,fastTree软件构建系统发育树,stacks程序包中的populations命令计算群体遗传多样性参数,vcftools程序计算选择性消除参数,Clustal Omega程序比对氨基酸序列,MEGA6绘制氨基酸序列进化树,GEMMA 0.98.1软件进行全基因组关联分析,CMplot程序绘制QQ图和曼哈顿图。【结果】通过对马铃薯种质资源多年多点田间晚疫病抗性进行鉴定,得到101个抗晚疫病的品种（系）及21个感病品种,并对它们进行dd-RAD简化基因组测序,通过对比参考基因组,共检测到分布相对均匀的8 697 602个SNP。通过种群结构分析、主成分分析和系统进化分析,将这些种质资源进一步划分为6个群体。6个群体之内的平均核苷酸多样性值（π）为0.2055—0.2572,之间的群体分化指数（Fst）为0.156909—0.187336,说明这些种质资源存在较丰富的单核苷酸多态性。同时6个群体内期望杂合度（He）为0.187—0.2297,观测杂合度（Ho）为0.0829—0.1186,6个群体内的观测杂合度均小于期望杂合度,并且6个群体内的近交系数（Fis）范围为0.2412—0.3554,说明在选育这些种质的过程中存在近交现象。分析可能影响晚疫病抗性的马铃薯基因组遗传区段,以20 kb为窗口,5 kb为步长,在基因组相同位置,分别计算不同抗性种质间π值比值和Fst值,进行选择性消除分析,选择π值比值最小的5%及Fst值最大的10%的745个遗传区段进行分析,遗传区段中共包含507个基因,其中,有4个NBS-LRR类基因。利用群体SNP和马铃薯种质的不同晚疫病抗性表型,进行全基因组关联分析,有9个SNP与抗病性状高度相关,其周围50 kb的基因组范围内,有69个基因,其中15个基因预测参与到应激反应,12个基因预测参与清除过氧化物自由基过程。【结论】dd-RAD简化基因组测序可以在马铃薯基因组中分型获得数量较多、分布相对均匀的SNP标记。马铃薯田间抗晚疫病种质资源拥有较丰富的单核苷酸多态性,但在其选育过程中存在近交现象。选择性清除和关联分析有助于分离影响晚疫病抗病性状的遗传区段。 相似文献
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【目的】基于高通量简化基因组测序技术在全基因组开发的SNP标记,对中国原产苹果属植物种内和种间的亲缘关系和群体遗传结构解析,为苹果属植物的起源演化以及系统分类提供理论依据。【方法】对427份15种中国原产苹果属植物种质资源进行高通量简化基因组测序（SLAF-seq）,基于获得的SLAF标签,利用BWA软件将其通过比对定位到参考基因组上并获得多态性SLAF标签;利用GATK和SAMtools两种方法在多态性SLAF中开发多态性单核苷酸（SNP）,筛选两种方法共同得到的SNP作为开发的SNP标记数据集。根据完整度>0.94、次要等位基因频率（MAF）>0.05过滤筛选获得多态性的SNP。基于筛选多态性SNP,使用MEGA7的NJ（neighbor-joining）算法,构建苹果属不同种的系统进化树。利用Admixture软件进行群体遗传结构分析,假设样品的分群数（K）为1—15进行聚类,根据交叉验证错误率确定最佳K值,解析苹果属不同种间和种内的遗传结构。【结果】通过SLAF-seq技术对427份苹果属植物种质进行测序,最终获得586 454个SLAF标签,其中多态性SLAF标签463 612个。经过序列比对分析和筛选得到46 460个SNP位点,基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析群体结构。系统发育分析将15种苹果属植物分成4个类群,群体遗传结构在K=5和K=14为两个分群关键点。综合两种分析方法的结果,15种苹果属植物可分为4个基本的类群,分别为山荆子类群,新疆野苹果和少数中国苹果类群,变叶海棠、花叶海棠、陇东海棠、山楂海棠、滇池海棠和沧江海棠类群,4个苹果属植物栽培种中国苹果、八棱海棠、花红和楸子类群。中国苹果的部分种质中有新疆野苹果和山荆子的基因背景,但其中还有一部分种质可以独立代表类群基因库,其基因库中并没有新疆野苹果的参与,而与山荆子、花红、楸子和八棱海棠密切相关。【结论】利用SLAF技术快速发掘覆盖全基因组的46 460个多态性SNP标记可有效地对中国原产苹果属植物种内和种间的亲缘关系及遗传结构进行研究,为苹果属植物种质资源的鉴定评价、遗传多样性、系统分类和起源演化提供参考。15种苹果属植物分为4个基本类群,苹果属植物野生种和栽培种分类群明显,中国苹果与其他栽培种的亲缘关系密切。 相似文献
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利用InDel标记分析23份黄瓜种质的遗传多样性及核心种质资源筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究不同来源黄瓜的亲缘关系,筛选适宜作杂交亲本的种质资源,基于黄瓜重测序开发的InDel标记,应用UPGMA进化树聚类、主成分分析和群体遗传结构分析3种方法分析了23份黄瓜种质的遗传多样性。结果表明:23份黄瓜种质的遗传相似性系数为0. 23—0. 95,平均值为0. 56,相似性系数低于0. 6的有137对组合,占全部组合的54%,说明这些材料的遗传多样性较好。3种分析方法均将23份黄瓜种质分为三大类群:P1来源于亚洲,都属于华南类型黄瓜; P2来源于欧洲和美国,包含欧洲类型长黄瓜、欧洲类型短黄瓜和2个美国加工型黄瓜; P3仅包含1个来源于广东的品种,从表型上看属于华南类型。P3亲缘关系更接近P1,P1和P2之间遗传差异明显。利用InDel标记分析的结果,对核心种质最佳样本量进行了预测,应用M策略将9份黄瓜种质确定为核心种质,包含了群体中几乎所有的黄瓜类型,外形上有白刺、褐刺以及光滑型,这9份核心种质能够很大范围地覆盖表型的变异。 相似文献
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《中国农业科学》2020,(16)
【目的】基于高通量简化基因组测序技术在全基因组开发的SNP标记,对中国原产苹果属植物种内和种间的亲缘关系和群体遗传结构解析,为苹果属植物的起源演化以及系统分类提供理论依据。【方法】对427份15种中国原产苹果属植物种质资源进行高通量简化基因组测序(SLAF-seq),基于获得的SLAF标签,利用BWA软件将其通过比对定位到参考基因组上并获得多态性SLAF标签;利用GATK和SAMtools两种方法在多态性SLAF中开发多态性单核苷酸(SNP),筛选两种方法共同得到的SNP作为开发的SNP标记数据集。根据完整度0.94、次要等位基因频率(MAF)0.05过滤筛选获得多态性的SNP。基于筛选多态性SNP,使用MEGA7的NJ(neighbor-joining)算法,构建苹果属不同种的系统进化树。利用Admixture软件进行群体遗传结构分析,假设样品的分群数(K)为1—15进行聚类,根据交叉验证错误率确定最佳K值,解析苹果属不同种间和种内的遗传结构。【结果】通过SLAF-seq技术对427份苹果属植物种质进行测序,最终获得586 454个SLAF标签,其中多态性SLAF标签463 612个。经过序列比对分析和筛选得到46 460个SNP位点,基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析群体结构。系统发育分析将15种苹果属植物分成4个类群,群体遗传结构在K=5和K=14为两个分群关键点。综合两种分析方法的结果,15种苹果属植物可分为4个基本的类群,分别为山荆子类群,新疆野苹果和少数中国苹果类群,变叶海棠、花叶海棠、陇东海棠、山楂海棠、滇池海棠和沧江海棠类群,4个苹果属植物栽培种中国苹果、八棱海棠、花红和楸子类群。中国苹果的部分种质中有新疆野苹果和山荆子的基因背景,但其中还有一部分种质可以独立代表类群基因库,其基因库中并没有新疆野苹果的参与,而与山荆子、花红、楸子和八棱海棠密切相关。【结论】利用SLAF技术快速发掘覆盖全基因组的46 460个多态性SNP标记可有效地对中国原产苹果属植物种内和种间的亲缘关系及遗传结构进行研究,为苹果属植物种质资源的鉴定评价、遗传多样性、系统分类和起源演化提供参考。15种苹果属植物分为4个基本类群,苹果属植物野生种和栽培种分类群明显,中国苹果与其他栽培种的亲缘关系密切。 相似文献
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以河南省许昌市鄢陵县林科所观赏桃资源圃收集的106份观赏桃种质资源为研究材料,通过计算变异系数和多样性指数,结合相关性、主成分及聚类分析,对30个表型性状（质量性状18个、数量性状12个）进行多样性分析。结果表明,106份观赏桃种质资源性状差异显著且遗传多样性丰富。其中,数量性状的平均变异系数为33.80%,花瓣数量的变异系数最大,为68.17%,多样性指数的均值为1.82,花径和花瓣长的多样性指数最高,均为2.07;质量性状的多样性指数（0.85）低于数量性状,花瓣颜色的多样性指数最高,为1.87。相关性及主成分分析表明,呈极显著和显著相关的性状分别有111对和39对,9个主成分的累计贡献率达72.691%,矮型、花型、瓣型、萼片数量、花径、花瓣数量、花瓣宽等是影响观赏桃表型的主要性状。基于种质间性状的遗传差异,当遗传距离为6.5时将参试材料分为11个类群,其遗传聚类与株型、花型、瓣型、花瓣颜色、花药颜色、花枝颜色、叶片颜色等性状关系密切,根据聚类结果,筛选出18份优异种质资源。综上,106份观赏桃种质资源的主要表型性状表现出丰富的遗传多样性。 相似文献
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为薄荷地方种质资源的开发利用和保护及其新品种选育提供参考。以37份薄荷种质资源为材料,对22个表型性状指标进行遗传多样性与聚类分析。结果表明:12个形态性状的遗传多样性指数在0.454 9～1.263 1,形态类型丰富。10个数量性状间差异明显,变异系数在10.36%～70.15%。37份薄荷种质资源聚为5个类群,Ⅰ类群有23份资源,包含贵州省内大部分种质资源;Ⅱ类群有7份资源,Ⅲ类群有5份资源,包含了省内少部分资源;Ⅳ、Ⅴ类群各有1份资源。贵州薄荷种质资源类型较多,遗传多样性丰富,以留兰香类型为主,分布有少量的野生薄荷和小叶类型资源。 相似文献
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为探明江西省赣南区域芝麻种质资源的遗传基础和遗传特点，基于25个表型性状对该区域67份芝麻地方种质资源分别进行了遗传多样性指数、变异系数、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果显示：供试种质的13个质量性状的遗传多样性指数范围为0.4800～1.2972,12个数量性状的遗传多样性指数范围为1.0673～2.0302；除生育期外，其余11个数量性状的变异系数均大于10%；由此可知，67份赣南区域芝麻地方种质的表型变异较大，部分性状的遗传基础广泛，改良潜力较大。相关性分析表明：与单株产量呈极显著正相关的性状为主茎蒴节数、主茎蒴果数；主成分分析得出供试种质的4个主要因子分别为产量因子、蒴果性因子、粒重因子和生育期因子。聚类分析可划分为4个类群：类群Ⅰ可作为潜在选育芝麻长蒴果新品种的亲本材料，类群Ⅱ可作为潜在选育芝麻高产型种质资源，类群Ⅲ可作为潜在选育高粒重型亲本材料，类群Ⅳ可作为潜在选育矮秆多蒴型亲本材料加以利用。 相似文献
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【目的】InDel(insertion/deletion,插人/缺失)在基因组上数量多、分布广。InDel标记是近年来发展的一种新型共显性分子标记,以PCR技术为基础,检测方便、经济有效,且准确性高、稳定性好。因此,InDel标记已经广泛应用于动植物的基因型鉴定、遗传多样性分析、基因定位以及功能标记开发等。但是,目前菜豆资源遗传变异的InDel分子标记研究尚知之甚少。【方法】利用已报道的菜豆InDel序列,合成InDel引物,通过普通PCR扩增,检测25份菜豆种质资源的InDel多态性位点,分析遗传多样性参数,进行UPGMA聚类分析,结合菜豆籽粒农艺性状评价,研究菜豆种子遗传变异特点。【结果】25份菜豆的种子表型差异明显,包括单粒长度、单粒宽度、单粒厚度、百粒质量等。种皮的颜色大致可划分为纯色和花色两个系列。纯色主要包括为黄色(7份)、黑色(5份)、白色(4份)和红色(1份);种皮花色的类型包括红色带黄斑(4份)、黄色带红斑(2份)、红色带白斑(1份)和黄色带白斑(1份)。12对InDel多态性引物在25份菜豆中,共探测到26个InDel位点,平均位点数是2.17个。引物的平均有效等位位点数为1.78个,多态信息含量PIC平均值是0.33,期望杂合度(He)平均值为0.42,观察杂合度(Ho)平均值为0.52,群体的遗传多样性指数I为0.63。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似性系数为0.54时,25份菜豆资源可分为5个类群,聚类结果与其种皮颜色存在一定相关性。【结论】12个InDel标记检测出25份供试菜豆资源的中等遗传多样性水平,并揭示其种皮颜色的遗传分化特点。这将有助于菜豆遗传资源的评价、鉴定和保护利用等分子生物学研究。 相似文献
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采用苗期蔓枯病接种和单核苷酸多态性(SNP)基因型分析对120份厚皮甜瓜高代自交系进行抗性评价与遗传多样性研究.结果显示:光皮类型厚皮甜瓜中高抗、中抗种质资源占比达11.11％,其抗性水平结构优于网纹甜瓜和哈密瓜.统计分析结果显示,21个SNP位点的PIC值为0.050～0.478,其中12个中度多态SNP位点的PIC值平均为0.37,表明甜瓜种质的多态性中等.群体结构与聚类分析结果表明,124份甜瓜种质资源可分成5大类群,各类群具有一定的独立性,且类群间存在明显的差异,遗传多样性丰富. 相似文献
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明确辣椒种质的遗传多样性,可为辣椒育种的亲本选配及种质资源评价提供理论依据。本研究对宁夏农林科学院园艺研究所收集的1 000份辣椒种质的19个形态学性状进行数量性状和质量性状的遗传多样性分析、主成分分析和聚类分析,并对开展果实形状、始花节位、辣椒机械采收理想株型等的育种工作进行了讨论。结果表明,1 000份辣椒种质具有丰富的遗传多样性,数量性状的变异系数范围为30.80%～6 199.29%,单果重的变异系数最大;质量性状的遗传多样性指数范围为0.203～2.274,果实形状的遗传多样性指数最大;171对性状形成了相关性,有131对性状的相关系数达到显著水平;前8个主成分的累计贡献率为72.75%,8个主成分主要与果实性状有关;聚类分析将1 000份种质聚为8类,每类的遗传多样性各不相同,可服务于不同的育种目的。本研究采用的辣椒种质份数多达1 000份,遗传多样性丰富,为辣椒品种选育提供了丰富的试材。 相似文献
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【目的】研究七彩神仙鱼（Symphysodon aequifasciatus）的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考。【方法】对 9 尾野生型（WF）、8 尾全蓝型（BF）和 10 尾白化蓝型（ABF）七彩神仙鱼个体进行全基因组重测序,获得单核苷酸多态性（SNP）位点,计算群体遗传多样性指标,分析群体遗传结构,进行群体间的选择消除分析。考虑 SNP 注释和突变率,结合 PCR 和 Sanger 测序,验证候选 SNP。【结果】在 3 个七彩神仙鱼群体中共鉴定出 1 360 293 个 SNP,PIC、Pi、Ho、He 表明,野生型、全蓝型和白化蓝型的遗传多样性递减,选育群体的杂合度很低。系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析结果均显示,3 个群体之间相互独立,且群体内部聚集明显。连锁不平衡衰减分析结果表明,白化蓝型群体承受着巨大的选择压力,其次是全蓝型群体。基于群体分化指数 FST 和 Pi 进行选择消除分析,结果表明,全蓝型群体的第 3、12、13、18、20 号染色体和白化蓝型群体的第 1、16、18、 19 号染色体的较大区域内存在强烈的选择信号。在全蓝型群体和白化蓝型群体中分别鉴定出 13 个和 9 个候选 SNP。【结论】3 个七彩神仙鱼群体的遗传多样性较低,遗传关系显示出与人工选育进程的一致性。USP43、FGFR2、DENND4、MLL1 基因可能与七彩神仙鱼体色形成密切相关。 相似文献