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1.
淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(lymphocytic chorimeningtis virus,LCMV)是一种经鼠传播的人畜共患病毒。为明确东北地区LCMV在蜱的感染本底,2015年在吉林省采集蜱534只,其中草原革蜱占43.1%;森林革蜱38.4%;长角血蜱11.4%和全沟硬蜱7.1%。将采集蜱按蜱种及地区分组,进行宏病毒组测序,发现蜱感染LCMV。通过RT-PCR检测发现吉林省LCMV蜱感染率为3.5%,其中长角血蜱、草原革蜱、森林革蜱和全沟硬蜱感染率分别为12.2%,2.5%,4.4%和2.5%,长角血蜱携带率最高。通过全基因组测序获得LCMV全基因组序列,并对其进行遗传进化分析,结果表明东北地区蜱感染的LCMV属于基因Ⅰ型,提示蜱可能作为LCMV的传播媒介。本研究确定了东北地区蜱的LCMV感染率及基因型,为LCMV的防控监测提供科学依据。 相似文献
2.
镰形扇头蜱肌钙蛋白Ⅱ基因的克隆及其分布 总被引：1，自引：0，他引：1
本试验从镰形扇头蜱半饱血雌蜱唾液腺cDNA文库的EST中筛选了1个含polyA尾的基因序列,经5′-RACE方法得到该基因全长序列。经同源性比较,该基因预测的氨基酸序列与长角血蜱肌钙蛋白（GI：14041807）的同源性为84.47%,肌动蛋白结合位点位于147～167氨基酸处,且与长角血蜱肌钙蛋白肌动蛋白结合位点完全相同,表明该基因是镰形扇头蜱肌钙蛋白基因。以镰形扇头蜱基因组DNA为模板扩增到编码肌钙蛋白的基因组序列,序列分析表明该序列不含内含子。RT-PCR分析表明该基因在镰形扇头蜱的卵及其幼蜱、若蜱、成蜱的壳、唾液腺和肠均有表达。 相似文献
3.
本试验从镰形扇头蜱半饱血雌蜱唾液腺cDNA文库的EST中筛选了1个含polyA尾的基因序列,经5LRACE方法得到该基因全长序列.经同源性比较,该基因预测的氨基酸序列与长角血蜱肌钙蛋白I(GI14041807)的同源性为84.47%,肌动蛋白结合位点位于147-167氨基酸处,且与长角血蜱肌钙蛋白I肌动蛋白结合位点完全相同,表明该基因是镰形扇头蜱肌钙蛋白I基因.以镰形扇头蜱基因组DNA为模板扩增到编码肌钙蛋白I的基因组序列.序列分析表明该序列不含内含子.RT-PCR分析表明该基因在镰形扇头蜱的卵及其幼蜱、若蜱、成蜱的壳、唾液腺和肠均有表达. 相似文献
4.
参照GenBank中长角血蜱致病性Okayama株肌钙蛋白P27/30基因的核苷酸序列,设计合成一对引物,从本实验室保藏的干净长角血蜱卵中快速提取总RNA,通过RT-PCR扩增出607 bp的肌钙蛋白基因,将其克隆于PGEM-T-Easy载体,对其进行序列分析,并推导出氨基酸序列,将这一序列与国内外已发表的长角血蜱肌钙蛋白基因进行比较分析。结果表明本实验室保藏的长角血蜱甘肃株与上述已发表的Okayama株核苷酸序列同源性为92.1%,氨基酸同源性为86%。长角血蜱甘肃株与Okayama株、四川孤雌生殖株的发育有一定差异。经RT-PCR分析表明,该基因在长角血蜱的卵、幼蜱、若蜱和饥饿成蜱这几个阶段均有表达。 相似文献
5.
为了解广东地区鹅星状病毒(GoAstV)的流行和变异情况，本研究于2019年～2021年从广东清远、广州、江门和汕尾4个地区采集83份疑似患痛风雏鹅的肝脏和肾脏病料样品。制备的组织病理切片结果显示，痛风雏鹅肝脏和肾脏组织出现大量的炎性细胞浸润和细胞坏死，经RT-PCR检测鉴定到其中72份样品为Go AstV阳性。从4个地区各选1份阳性样品对鉴定到的Go Ast V进行全基因组的PCR扩增，结果显示获得4株长度均为7 033 bp的Go AstV全基因组序列。采用Meg Align分析的核苷酸同源性结果显示，4株Go Ast V全基因组序列的同源性为98.4%～99.4%，与报道的Go AstV-2参考株全基因组序列的同源性为97.1%～99.7%，而与Go AstV-1全基因组序列的同源性仅为57.3%～57.7%。与其他禽星状病毒相比，Go AstV与火鸡星状病毒2型(TAstV-2)的同源性最高，其全基因组序列同源性约为65.0%～65.3%。Cap蛋白的氨基酸序列分子特征分析结果显示，4个鉴定株Cap蛋白的氨基酸序列均发生了Y36H突变，其中Go Ast V/Guangdong/... 相似文献
6.
《中国兽医杂志》2015,(11)
为了解新疆部分地区优势媒介革蜱类传播牛无浆体的状况,随机采集了吐鲁番、巴州等牛场和放牧牛身上寄生的革蜱(N=140只),以16S rRNA基因为靶标分别设计了无浆体属通用引物(EE1/EE2)和牛无浆体特异性引物(AB1f/AB1r),运用嵌套式PCR方法扩增其全基因组DNA。试验结果显示,在140只革蜱全基因组DNA中,扩增出阳性条带的13只,其牛无浆体的阳性率为9.3%(13/140),这结果被阳性革蜱同一个群的革蜱动物传播试验所验证。经阳性病原DNA的克隆测序、比对后,发现该牛无浆体病原DNA序列与数据库中的西藏株(AF414399)和福建株(DQ324547)相似,其同源性均为99%。试验表明,新疆牛无浆体可能被当地的优势媒介革蜱所携带和传播,该参数可为地方蜱传无浆体病的综合防治提供科学依据。 相似文献
7.
从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到1株坦布苏病毒,命名为SDS株,并对分离毒株进行毒力测定。应用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序,将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在Gen Bank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因组序列进行遗传进化分析。结果表明,该株坦布苏病毒的基因组全长为10 990 nt,包含94 nt的5'端非编码区、618 nt的3'端非编码区和一个开放阅读框(3 425个氨基酸),编码11种病毒蛋白;与Gen Bank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.4%,其中与鸭源WFZ株(KC990545.1)的核苷酸序列同源性最高为99.5%,与鹅源坦布苏病毒(duck eggdrop syndrome virus strain goose,JQ920424.1)和鸡源坦布苏病毒(CJD50,JF926699)的核苷酸序列同源性较低为98.9%。用Net NGlyc 1.0 Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测,结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点,分别位于5个不同病毒蛋白中。 相似文献
8.
最近 ,马来西亚的科学家报道了曾在 1998～ 1999年间在马来西亚暴发并引起 10 5人死亡的 Nipah病毒 (Nipah virus,Ni V)2个分离株的基因组序列。这 2株病毒的基因组都是由 182 46个核苷酸组成 ,而且 2株病毒基因组之间只有 4个核苷酸不同。Nipah病毒的基因组比 Hendra病毒长 12个核苷酸 ,但 2种病毒基因组的前导和尾随序列 (leader and trailer sequence)长度、基因起始和终止信号、P基因编辑信号以及对核蛋白、磷蛋白、基质蛋白、融合蛋白和 RNA聚合酶等基因推导的氨基酸序列都非常接近 ,但与副粘病毒亚科中的其他成员有着明显的不同N… 相似文献
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猪源和鼠源脑心肌炎病毒分离株基因组的比较分析 总被引：4，自引：0，他引：4
为了分析猪源和鼠源脑心肌炎病毒(EMCV)基因组的差异,对分离自同一猪场猪临床样本和鼠组织样本的2株病毒(GX0601和GX0602)进行了全基因组序列测定和比较分析.结果显示,2个分离毒株的基因组全长(包含poly A)分别为7 729和7 725 nt,核苷酸和氨基酸同源性均在99.8%以上.与国外毒株及国内已报道的分离株的序列比较结果表明,2个毒株与BJC3和HBl的核苷酸同源性为98.18%～99.41%,推导的氨基酸序列同源性为99.5%～99.7%,与国外分离株的核苷酸序列和氨基睃序列的同源性分别介于80.53%～99.57%和93.1%～99.5%.基于基因组开放阅读框推导的氨基酸序列的系统进化分析表明,我国分离毒株与国外毒株PEC9、CBNU、BEL-2887A/91和EMCV-R的同源性较高,位于同一个亚群.研究结果提示,猪源与鼠源毒株的基因组具有很高的同源性,鼠是猪场EMCV感染的传染来源. 相似文献
10.
为了解目前我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株基因组特征，本实验室于2020年从山东某养殖集团不同场区采集7份疑似感染PRRSV的组织样品，进行RT-PCR检测，将阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAM)分离病毒，利用间接免疫荧光试验(IFA)对分离病毒进行鉴定，经PCR对分离株全基因组序列分段扩增，采用生物信息学软件对分离株的ORF5基因及全基因组序列的同源性、NSP2氨基酸序列缺失特征和ORF5氨基酸变异位点及糖基化位点、ORF5基因与全因因组遗传演化关系分析以及全基因组的重组分析。结果显示：7份组织样品均呈PRRSV阳性，其中有6份阳性样品接种猪原代肺泡巨噬细胞(PAM)后产生细胞病变，且通过荧光显微镜可观察到特异性绿色荧光，表明分离到6株PRRSV；对6株PRRSV的全基因组序列扩增、测序、拼接，通过全基因组序列同源性对比发现6株PRRSV全基因序列之间的同源性约99.4%～100%，表明6株PRRSV是同一来源，选择其中1株(SDlz0720株)进行后续分析。序列分析结果显示：SDlz0720株NSP2氨基酸序列均具有“111+1+19aa”的缺失特征，与NADC30-... 相似文献
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通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析，从而了解PRRSV流行情况及基因组特征，为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清，进行病毒分离鉴定，采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增，应用DNAstar 7.0软件进行序列分析，使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析，并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14 938～15 439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%～99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%～99%和59.8%～60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗... 相似文献
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将家蚕核型多角体病毒DNA聚合酶基因与2009年3月前完成全基因组测序的49种杆状病毒DNA聚合酶基因进行核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析，并建立基于氨基酸序列的系统进化树。结果显示，该系统进化树支持将杆状病毒分为鳞翅目核型多角体病毒、鳞翅目颗粒体病毒、膜翅目杆状病毒和双翅目杆状病毒的最新建议分类系统，且BmNPV与其他大多数核型多角体病毒同源性较高，属于鳞翅目Group I NPVs，与AcMNPV、PlxyNPV亲缘关系最近。 相似文献
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微小牛蜱铁蛋白编码基因的克隆和分析 总被引：6，自引：0，他引：6
从微小牛蜱克隆到1个新的铁蛋白编码基因，cDNA全长642bp，编码区为123-639bp，编码172个氨基酸残基，该蛋白预测的分子量为19．9ku，等电点为4．24。经过分析，其预测氨基酸序列与已报道的变异革蜱、非洲钝缘蜱和蓖子硬蜱铁蛋白同源性分别为93．60％、88．37％和83．72％。且核苷酸序列在mRNA 5’未翻译区(5’UTR)的茎环结构存在铁应答元件(IRE)，其氨基酸序列上带有典型的亚铁氧化酶中心结构的保守序列。RT-PCR分析表明，该基因在微小牛蜱卵、幼蜱、半饱血雌蜱、饱血雌蜱和雄蜱这几个阶段均有表达。 相似文献
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小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列的克隆及序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
本研究对军事兽医研究所病毒二室分离驯化后的小熊猫源犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)基因组进行全序列测定,并对其基因组特征及H基因遗传稳定性进行比较分析。根据GenBank公布的犬瘟热病毒全长基因组序列设计合成17对特异性引物,以小熊猫源犬瘟热病毒总RNA为模板,RT-PCR进行分段扩增,并克隆到pEASY-Blunt Simple载体中,经测序、拼接获得全长cDNA序列。结果显示,小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列与GenBank登录号分别为AF014953、AY445077、AY542312、AY466011、AY386316、AF164967、EU716337、EU726268、AY443350、AB474397、GU138403和AY649446的12个不同毒株全基因序列的同源性分别为86.6%、92.4%、92.5%、92.5%、94.3%、96.3%、95.9%、87.1%、94.5%、92.3%、87.4%和94.6%,与标准强毒株A75/17株(AF164967)的亲缘关系最近,全基因同源性达96.3%,但与疫苗株Onderstepoort(AF014953)亲缘关系相对较远,同源性为86.6%。小熊猫源犬瘟热病毒H基因与其他不同地区具有代表性的30株CDV进化树分析显示,小熊猫源犬瘟热病毒属于Asia Ⅰ型,H蛋白中309－311位氨基酸残基所形成的潜在糖基化位点,为疫苗株没有而野毒株所共有的,并且可能与病毒的免疫原性有关。因此,致弱的小熊猫源CDV在预防免疫的针对性上可能强于已有的疫苗株。 相似文献
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为了解内蒙古自治区全境不同地点、不同植被中蜱的种类和分布,为该地区有效防控蜱及蜱传病原体提供科学依据。本调查采用拖旗法和人工采集法于2021—2023年蜱活跃期由东向西依次对内蒙古自治区呼伦贝尔市新巴尔虎右旗、阿龙山镇、牙克石市和大杨树镇,兴安盟阿尔山市,赤峰市天山镇,锡林郭勒盟苏尼特右旗,鄂尔多斯市成川镇,巴彦淖尔市乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗和磴口县共12个地区进行采样,运用形态学和分子生物学方法进行蜱种鉴定,并分析蜱分布的空间和生态环境特点。结果显示,共采集1 719只游离蜱和3 310只寄生蜱,经鉴定后隶属2科5属5种,分别是2 933只(58.32%)硬蜱科的草原革蜱(Dermacentor nuttalli)、1 719只(34.18%)全沟硬蜱(Ixodes persulcatus)、128只(2.55%)边缘璃眼蜱(Hyalomma marginatum)和229只(4.55%)嗜群血蜱(Haemaphysalis concinna)以及20只(0.40%)软蜱科的波斯锐缘蜱(Argas persicus)。聚合酶链式反应(PCR)扩增蜱的18S rRNA、16S... 相似文献
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为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究将广东地区分离到的1株,山东地区分离到的2株与1型DHV(DHV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DHV)全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明,N-DHV基因组全长7786nt～7788nt,仅有一个ORF,其结构具有典型的微RNA病毒科病毒基因组特征。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白,该蛋白经3Cpro切割产生3个结构蛋白(VP0、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D)。与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与国内分离的N-DHVG株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与中国台湾地区N-DHV同源性为80.1%～80.9%,与DHV-1的同源性为76.9%～77.3%。3株病毒与韩国N-DHVVP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区。依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和中国台湾地区新型DHV属于不同的血清型。 相似文献
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为了对狐犬瘟热的防治提供参考依据,试验通过观察接种分离病毒细胞的细胞病变(CPE)情况,结合反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、核苷酸序列同源性分析对从疑似犬瘟热死亡的蓝狐脾脏中分离出的病毒进行了鉴定。结果表明:该毒株可使培养细胞出现明显的细胞病变。提取感染细胞的总RNA进行RT-PCR,扩增出1 044 bp的融合蛋白基因片段,大小与预期值相符;分离毒株与GenBank中已发表的10株犬瘟热毒株核苷酸序列同源性为92.9%～97.1%,氨基酸序列同源性为96.3%～97.7%。说明分离株为犬瘟热病毒。 相似文献
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为检测东北地区蜱传肝原虫,于2015年4—6月通过布旗法在吉林省和黑龙江省采集蜱2 767只,其中森林革蜱168只、草原革蜱212只、全沟硬蜱1 629只、嗜群血蜱378只、长角血蜱380只。根据蜱种和地区分组,每组约15只,提取基因组DNA,应用巢式PCR方法检测肝原虫18S rRNA,阳性样本克隆、测序并进行系统进化分析,利用MLE(Maximum Likelihood Estimation)法计算感染率。东北地区蜱的肝原虫感染率为1.6%(43/189),森林革蜱、草原革蜱、全沟硬蜱、嗜群血蜱和长角血蜱的肝原虫感染率分别为2.8%(4/12)、1.5%(3/16)、2.0%(29/110)、0.5%(2/26)和1.1%(5/25),吉林省和黑龙江省肝原虫感染率最高的蜱种分别为森林革蜱(2.8%)和全沟硬蜱(2.1%),进化分析结果显示东北地区蜱携带的肝原虫为2个不同基因型,且均与日本貂(Martes melampus melampus)肝原虫的同源性为99%,均能在草原革蜱和全沟硬蜱中检出,而且在不同地区蜱的感染率存在一定差异。本研究确定东北地区存在蜱感染肝原虫,但是其分类地位及动物宿主还需进一步鉴定。 相似文献
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为了解西藏部分地区牛体表寄生的硬蜱种类,试验分别从西藏林芝、拉萨地区采集硬蜱样本,首先用形态学方法对采集的硬蜱进行初步鉴定,然后根据硬蜱线粒体12S rDNA、16S rDNA、COXⅠ基因进行序列扩增并测序,再应用MEGA 7.0软件采用邻近法(Neighbor-joining method)构建系统进化树,进行分子进化分析,并与形态学结果相互验证。结果表明：通过形态学初步鉴定西藏林芝地区所采集的样本为血蜱属成蜱,西藏拉萨地区所采集的样本为革蜱属成蜱。西藏林芝地区所采集的血蜱COXⅠ、12S rDNA、16S rDNA基因序列与GenBank中已知血蜱Haemaphysalis formosensis、Haemaphysalis longicornis、Haemaphysalis danieli核苷酸序列相似性分别仅为87.36%、91.28%、90.31%,而西藏拉萨地区所采集的革蜱COXⅠ、16S rDNA和12S rDNA基因序列与GenBank中已知革蜱Dermacentor everestianus核苷酸序列相似性分别为98.88%、98.76%和97.70%。根据不同基因... 相似文献
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为研究山东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行病毒株的遗传变异情况,本研究从山东省威海市某疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场采集的猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,命名为SDwh,并对其进行了全基因组序列测定、遗传演化分析和重组分析.结果显示:该病毒株在Marc-145细胞上生长良好,可见明显细胞病变;全基因组演化分析和同源性比对分析结果显示,SDwh株与美国病毒株NADC30和中国的NADC30-like位于同一分支;与北美病毒株NADC30的同源性最高,为93.1%;与我国分离的NADC30-like病毒株CHsx1401、JL580的同源性分别为91.1%和88.4%;与北美经典病毒株VR2332、中国HP-PRRSV JXA1和HuN4的同源性均为85.3%;与欧洲型病毒株Lelystad-virus(LV)同源性最低,为60.6%.与VR2332相比,Nsp2氨基酸序列比对结果显示,SDwh株存在NADC30-like病毒株典型的131个不连续氨基酸的缺失,同时在584~585位缺失2个氨基酸;GP5氨基酸序列比对结果显示,SDwh在GP5抗原表位上有氨基酸的突变.全基因组重组分析结果显示,SDwh株是一株重组病毒株,为NADC30与JXA1-P80的重组病毒,潜在的重组位点位于Nsp2中(2066 nt).本研究结果为PRRSV流行株的重组、演化分析和防控提供借鉴意义. 相似文献