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1.
［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。 相似文献
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［目的］通过对蒙古牛线粒体DNA(mtDNA)的基因组进行测序,探究蒙古牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用DNA提取、三代测序及生物信息学方法。［结果］在36头蒙古牛mtDNA全基因组序列中,共检测到22种不同的单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.970,平均核苷酸多样度(Pi)为0.00845,表明蒙古牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树发现,蒙古牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］蒙古牛有丰富的母系遗传多样性,拥有普通牛和瘤牛两个母系起源,以普通牛起源为主。 相似文献
3.
［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。 相似文献
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[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度（Hd±SD）为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度（π±SD）为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。 相似文献
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【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。 相似文献
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[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。 相似文献
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夷陵黄牛mtDNAD-loop区遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国牛业科学》2017,(1)
【目的】为了探究夷陵黄牛的母系起源与遗传多样性。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在27头夷陵黄牛mtDNA D-loop区共检测到54个变异位点,界定了13个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.7720,平均核苷酸多样度为0.0228,表明夷陵黄牛具有比较丰富的遗传多样性。构建的系统发育树显示夷陵黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】夷陵黄牛受瘤牛的影响大,属于中国南方黄牛,具有普通牛与瘤牛的种质特征。 相似文献
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[目的]研究中国黄牛Y染色体STRs的遗传多样性及父系起源。[方法]利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择2个牛Y-STRs位点INRA189和BM861,分析16个中国地方黄牛品种284头公牛与4头缅甸黄牛公牛的Y染色体遗传多样性。[结果]在中国16个黄牛品种中,2个Y-STR位点可以区分中国黄牛中的普通牛和瘤牛类型,表明中国黄牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。4头缅甸黄牛均为瘤牛类型。在中国16个黄牛品种中,普通牛和瘤牛分布频率分别为57.0%和43.0%,其中普通牛频率在北方黄牛中占优势(98.3%),瘤牛频率在南方黄牛中占优势(76.1%),中原黄牛中普通牛频率较高为63.8%,瘤牛频率为36.2%。[结论]中国黄牛存在普通牛和瘤牛两种父系起源;普通牛频率自北向南逐渐减少,瘤牛频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛和瘤牛的交汇处。 相似文献
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【目的】基于10头黑安格斯牛和60头对照组牛的全基因组重测序数据,分析黑安格斯牛的纯度、遗传多样性及群体结构。【方法】全基因组重测序技术和生物信息学方法。【结果】通过对10头黑安格斯牛全基因组数据进行分析,共检测到15,064,459个SNP位点,其核苷酸多样性（pi）为0.0015,观测杂合度（Ho）为0.2381,期望杂合度（He）为0.2430,表明黑安格斯牛的遗传多样性较低;主成分分析和群体遗传结构分析发现,黑安格斯牛与欧洲普通牛聚为一类,其中有4头黑安格斯牛存在偏离情况,表明这4头牛主要与中国瘤牛与东亚普通牛韩牛之间存在杂交。【结论】10头黑安格斯牛中,6头为纯种黑安格斯牛,4头为杂种牛。 相似文献
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测定8头红安格斯牛mtDNA D-loop全序列911bp,确定的6种单倍型含有49个变异位点,1次颠换,46次转换,明显的转换倾向,2次缺失/插入,其中5种单倍型为普通牛线粒体单倍型,属普通牛支系,而Angus-6属瘤牛支系,表明红安格斯牛兼含有普通牛和瘤牛的遗传背景,但受瘤牛的影响非常小,和大多现代普通牛一样,红安格斯牛受到过瘤牛基因渐渗的影响. 相似文献
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郏县红牛是我国八大肉牛良种之一,具有良好的特征特性和稳定的遗传性能,搞好郏县红牛的保种选育与开发利用具有非常重要的意义。本文以郏县红牛的发展及现状为基础,提出了郏县红牛新品系培育的技术路线、方向和方法.并就郏县红牛高档牛肉的开发提出了思路。 相似文献
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[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。 相似文献
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Carsten Scheper Mehdi Bohlouli Kerstin Brügemann Christina Weimann Sèyi Fridaïus Ulrich Vanvanhossou Sven König Luc Hippolyte Dossa 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2020,137(6):622-640
The indigenous cattle population of Benin is a diverse mix of taurine and hybrid breeds shaped by diverse ecological and climatic conditions with eight agro-ecological zones (AEZ). Presumably, the taurine breeds face current endangerment due to ongoing indicine introgression following climate change and transboundary transhumance. The aim of the study was to investigate the genetic diversity and population structure of the indigenous breeds Lagune, Somba, Pabli and Borgou considering spatial agro-ecological and socio-economic factors (transhumance) based on 50k SNP and microsatellite data. Among the four sampled breeds, six genetic clusters were identified using model-free (discriminant analysis of principal components) and model-based (TESS and ADMIXTURE) methods separating taurine from hybrid breeds. Results based on an extension with publicly available historic SNP data sets from taurine and indicine West African cattle and additional outgroups provided additional insight into changes of genetic structure in the sampled breeds over time. Both taurine breeds, Somba and Lagune, showed a stable foundation but also spatially limited partial indicine introgression associated with transhumance leading to high genetic diversity. In addition, we found evidence for spatial diversity and changes in genetic structure over time in the Borgou breed in comparison of our samples with the historic samples which could be explained by potential continuous indicine introgression into the Borgou breed in two sample regions. Results for the Pabli breed do not conclusively point to full absorbance by the Borgou in comparison with all available Borgou samples. Further research is needed in this regard. 相似文献