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1.
《分子植物育种》2020,(18)
为了从分子水平分析山西省高粱地方品种的遗传多样性和遗传结构,本研究从140对SSR引物中筛选到22对条带清晰且多态性稳定的引物,对来自于山西省11个地区66个县市的158份高粱材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到147个等位基因的位点变异,平均等位基因数为6.68。每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.635,变异范围为0.168～0.870,表明山西高粱的地方品种具有较丰富的多态性。针对11个不同地理居群的遗传多样性分析表明,不同的地理居群间遗传分化水平差异较大,地理居群间存在不同程度的基因交流。无论从等位基因数、有效等位基因数还是Shannon's信息指数上,都可以看出忻州居群的遗传多样性最高,而阳泉居群的最低。针对不同地理居群间遗传距离的分析结果表明,忻州居群和晋中居群的遗传距离最小,两个群体的亲缘关系较近,基因交流比较频繁。而阳泉居群和其他居群间的遗传距离都较大,显示阳泉居群与其他居群之间的基因交流阻隔,进一步显示了阳泉居群的独特性。基于模型的遗传结构分析和基于遗传距离的N-J聚类分析都将种质材料划分为2个类群,不同地区高粱资源居群间的遗传关系远近与其地理信息并没有明显的相关性。本研究旨在为高粱种质资源的收集、鉴定与创新提供理论依据。 相似文献
2.
不同地理来源旱稻种质资源的遗传多样性分析 总被引：10，自引：0，他引：10
用38对SSR引物对144份不同地理来源的旱稻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到137个等位变异,平均每对引物检测到3.6个,等位变异范围2~9。Nei基因多样性指数（He）在0.440（RM162）~0.854（RM335）之间,平均0.598。旱稻种质资源亚种间SSR多样性差异明显,籼稻的等位基因数目和Nei基因多样性指数（Na = 3.5,He = 0.558）明显高于粳稻（Na = 3.2,He = 0.415）。Nei基因多样性指数以亚洲最高,非洲最低,亚洲其他（He = 0.594）>中国（He = 0.593）>南美（He = 0.545）>非洲（He = 0.512）。AMOVA分析表明,旱稻种质资源的遗传变异主要来自亚种内（占总变异的76.3％）,亚种间遗传分化极显著。系统聚类能较好地区分籼粳亚种,但不能区分地理组。旱稻种质资源丰富的遗传多样性为水稻节水抗旱品种的选育提供了条件。 相似文献
3.
中国普通野生稻与栽培稻种SSR多样性的比较分析 总被引：5，自引：0，他引：5
采用48对SSR引物对288份我国普通野生稻和栽培稻的遗传多样性进行比较分析。结果显示, 共检测到505个等位基因, 每个位点的等位基因数变幅为5~20, 平均10.5个; 平均Nei基因多样性指数(He)为0.731, 变幅为0.384(RM409)~0.905(RM206)。普通野生稻遗传多样性高于栽培稻种, 栽培稻等位基因数和平均Nei基因多样性指数分别为普通野生稻的70.2%和88.2%, 其中, 栽培稻地方品种和选育品种等位基因数分别为普通野生稻的65.4%和53.0%, 选育品种等位基因数仅为地方品种的81.1%。AMOVA分析表明, 总变异的10.3%是由于种间SSR遗传差异所引起的, 不同SSR位点种间的分化程度不同, 在0.7%~46.3%之间, 有43个位点种间遗传分化达到显著水平, 其中以RM427分化最为明显, 达46.3%。聚类分析表明, 中国普通野生稻总体偏粳, 极少数广东、海南材料偏籼。 相似文献
4.
《分子植物育种》2017,(10)
本研究利用9对AFLP引物对河南省4个不同种群黄连木材料进行遗传多样性研究。结果表明,在4个不同的黄连木种群中,Nei's基因多样性指数He和Shannon信息指数I反映出其遗传多样性水平均处于中等水平,其中长葛(CG)种群尤为突出(I=0.45,He=0.30)。其次,在本研究中不同种群黄连木遗传分化系数Gst为0.108 1,这表明居群间的遗传变异占总遗传变异的10.81%,而89.19%的遗传变异存在于居群内,AMOVA分析表明7.89%的变异存在于居群间,92.11%的变异存在于居群内,两者都说明黄连木总的遗传分化主要来自居群内部,较低遗传分化则在其居群间存在。基因流Nm为4.13,表明较高的基因流可能是导致不同的黄连木居群具有较高遗传多样性的主要原因之一。 相似文献
5.
利用SSR标记分析黑龙江水稻区域试验品系的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用20个表型性状和51个SSR标记分析25份黑龙江省一积温带区域试验品系、20份21世纪推广品种和14份21世纪以前推广品种的的遗传多样性,共检测到92个表型变异和166个SSR等位基因,其中21世纪区试品系表型变异数和SSR等位基因数分别为64,142个(平均2.78个),21世纪推广品种表型变异数和等位基因数分别为78,126个(平均2.47个),21世纪以前推广品种表型变异数和等位基因数分别为82,127个(平均2.49个)。遗传变异主要存在于品种间(94%),群体之间(6%)差异较小。聚类分析将供试材料分为4类,21世纪区试品系形成了独立的类群,其SSR遗传多样性极显著高于21世纪以前和21世纪推广品种,但是黑龙江水稻遗传多样性相对于其他地区仍处于较低水平,应进一步拓宽遗传基础。 相似文献
6.
贵州旱稻种质资源的SSR遗传多样性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
本研究利用24对水稻微卫星（SSR）标记对源自贵州部分县乡种植以及早期基因库收集的112份地方旱稻材料的遗传多样性进行分析,结果共检出187个等位基因,每个位点的等位基因变幅为4～13个,平均Nei＇s基因多样性指数为0.6431,平均香农指数为1.3669。籼粳亚种均具有较高的遗传多样性,前者稍高于后者,但差异不明显。黔西南州拥有最多的种质,存在丰富的遗传变异,是贵州旱稻种质资源遗传多样性分布中心。分子方差分析表明,旱稻种质总变异的88%是由各地区内的群体间差异造成,地区间和各个群体内的遗传变异较小,均为6%。不同地区旱稻种质的遗传分化程度不一,变幅为2%～18%。聚类分析将供试旱稻材料较为明显地分为籼粳两个类群,而地理分组不明显。 相似文献
7.
海南两个自然保护区野生荔枝遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用常规聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对海南吊罗山和霸王岭两个国家级自然保护区野生荔枝等位酶遗传多样性进行了研究。13个酶系统、18个酶位点的检测结果表明,两个自然保护区野生荔枝具有较低的居群间遗传变异水平和较高的居群内遗传变异。吊罗山保护区野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.27。霸王岭居群野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.28。两个群体的遗传分化极小,GST=0.047.居群间遗传一致度较高I=0.977。共检测到7个稀有等位基因。两个自然保护区的野生荔枝均有各自特有的稀有等位基因,都应采取措施予以保护。 相似文献
8.
9.
裸燕麦种质资源AFLP标记遗传多样性分析 总被引：7，自引：0，他引：7
用20对AFLP引物组合对281份栽培裸燕麦(Avena nuda)进行遗传多样性分析,共得到1137条带,其中260条为多态性带,引物的平均多态性百分率为22.96%,平均多样性信息指数(PIC)为0.0326.以地理来源分组,不同来源的组群Simpson指数在1.235～1.495之间,Shannon指数范围为0.1558～0.4437,组群内变异贡献率为83.45%,组群间变异占16.55%.组群大小与多态性位点数、组群内变异贡献率、Simpson指数及Shannon指数显著相关.内蒙古和山西资源多样性丰富,东北地区资源独特,西部地区资源遗传结构单一,东欧组群与中国内蒙古组群遗传关系最近.国内组群的遗传多样性水平高于国外组群.地方品种与育成品种相比,组群内变异贡献率较高.建议在遗传多样性丰富地区进一步收集裸燕麦资源,并加强对材料少、代表性较差的地区,如中国西北和西南地区的裸燕麦地方品种的收集,以丰富我国的裸燕麦基因源. 相似文献
10.
本研究利用简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)荧光标记毛细管电泳技术,对476份甘蓝型油菜核心种质和163份国家冬油菜新品种区试材料进行了遗传多样性分析,以期为甘蓝型油菜品种的选育和创新提供理论依据。结果显示:32对SSR引物共检测到106个等位变异,平均每个位点3.12个,变幅2~6个,平均多样性指数0.46,平均杂合度0.22,平均多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.38,说明参试材料具有丰富的遗传多样性。区试材料杂合度极显著高于核心种质,且有9个特有等位变异;区试材料的常规品种各项遗传多样性指标都低于杂交品种。四大洲之中亚洲材料遗传变异最丰富,有11个特有等位变异。中国材料整体遗传多样性略高于国外材料。除了平均多样性指数和平均PIC这两项指标,三种生态类型材料之中其余遗传多样性指标最高的是半冬性材料,五个时期材料之中则是21世纪材料的其余指标最高。21世纪半冬性油菜遗传变异比20世纪半冬性油菜丰富。不同大洲、不同生态类型和不同时期材料之间的杂合度差异均达到极显著。分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)结果表明,参试的甘蓝型油菜各个群体内变异均占总体变异的主体部分,为88%~97%;尽管群体间的差异所占比例小,但是仍达到极显著水平。 相似文献
11.
The origin of sorghum hybrids developed in China in the past several decades was analyzed in order to assess genetic contribution
of Chinese landraces (Kaoliang) to the sorghum hybrids, to evaluate the genetic diversity existing in the A-lines and R-lines
mainly used in breeding programs, and to outline a proper strategy for the future development of sorghum improvement. Basically,
Chinese sorghum landraces have played an important role in the development of R-lines while foreign germplasm have played
an essential role in the development of A-lines. Because cytoplasmic male-sterility has not been certainly found in Chinese
sorghum, cytoplasmic and nuclear genetic backgrounds of A-lines will continue to depend on foreign sorghum types in the future.
Genetic diversification including cytoplasmic diversification has to be a priority in future hybrid breeding and production.
To obtain superior hybrid vigor, Chinese sorghum germplasm will have to play a more important role in hybrid breeding programs
in the future.
This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date. 相似文献
12.
高粱微卫星分析中遗传完整性样本量的确定 总被引：3，自引：0，他引：3
采用微卫星分析高粱不同样本量对遗传多样性指数的影响,从而确定最佳样本量,为遗传完整性研究奠定基础。试验设置了10个样本量梯度,对群体的等位基因数目、有效等位基因数目、香农指数、观察杂合度、预期杂合度、多态位点百分数和稀有等位基因频率的变化趋势进行了分析。结果表明,10～40个样本量范围内,等位基因数目、有效等位基因数目、香农指数、多态位点百分数随着样本量的增大而增大;在40个样本量时,等位基因数目、有效等位基因数目和香农指数达到较高值,分别代表了100个群体98.5%的等位基因数、99.1%的有效等位基因数和98.5%的香农指数,之后样本量继续增加,各指标变化不显著。稀有等位基因频率在40个样本量以上,随着样本量的增加数值变化很小。以稀有等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数和香农指数为多样性指标,在高粱遗传完整性研究中样本量大小的确定上达到一致性。因此,建议在用SSR技术对高粱进行遗传完整性分析时,样本量要选择40个单株以上。 相似文献
13.
The aim of this study was to estimate the extent of the genetic diversity present in sorghum germplasm grown in Kenya using simple sequence repeat markers. A total of 139 accessions were genotyped using 11 microsatellite markers or simple sequence repeats (SSRs) and the genetic diversity was estimated. The markers showed a wide range of differences in quality index from 0.005 to 0.39. The average Polymorphic Information Content value observed was 0.6241 indicating a high level of diversity. The gene diversity index ranged between 0.2419 and 0.9313 with a mean of 0.6627 per locus. A total of 105 alleles were observed with an average of 10.4 alleles per locus. The average heterozygosity level per locus was low at 0.1717. The variability within accessions among the populations was 74.85% and within individual accessions was 18.67%. The results showed that genetic diversity within Kenyan sorghum germplasm accessions is higher than that between the different populations. It is implied that such genetic diversity can be exploited as such or in hybridization programs to improve sorghum varieties currently grown by subsistence farmers in Kenya. 相似文献
14.
Summary Simple sequence repeat (SSR) markers linked to quantitative trait loci (QTL) associated with resistance to sorghum shoot fly, Atherigona soccata resistance were used to characterize the genetic and phenotypic diversity of 12 cytoplasmic male-sterile (CMS) and maintainers, 12 restorer lines, and 144 F1 hybrids. The genetic diversity was quite high among the shoot fly-susceptible parents and the hybrids based on them, as indicated by high polymorphic information content (PIC) values, while limited genetic diversity was observed among shoot fly-resistant lines. The phenotypic and genotypic dissimilarity analysis indicated that the shoot fly-resistant and -susceptible parents were 73.2 and 38.5% distinct from each other, and the morphological and genetic distances of certain resistant and susceptible cross combinations was more than their resistant or susceptible parents. Genetic variability among the groups was low (10.8%), but high within groups (89.2%). The genetic and morphological distances suggested that the F1 hybrids were closer to CMS (5 to 12% dissimilar) than the restorer (11 to 87% dissimilar), suggesting that CMS influences the expression of resistance to sorghum shoot fly. The SSR markers can be used to characterize the homologous traits in sorghum germplasm. 相似文献
15.
能源甜高粱遗传改良研究进展 总被引：2，自引：0，他引：2
甜高粱是最有应用前景的再生能源作物之一,它的能源转换效率取决于植株总生物量和茎秆汁液含糖量的高低。探明决定甜高粱总生物量和茎秆汁液含糖量积累相关过程的生物学机制并开发相应分子标记,是选育生物能专用甜高粱品种的有效途径。本文从甜高粱糖分积累、遗传多样性研究、遗传图谱的构建、含糖量相关性状的定位及遗传工程研究等方面介绍了近年来甜高粱遗传研究进展。 相似文献
16.
ISSR在高粱属植物遗传关系研究中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
以高粱、杂交高粱、甜高粱、苏丹草、黑高粱和假高粱6种不同高粱属植物为实验材料,利用ISSR分子标记分析其遗传关系。结果表明,这6种高粱属植物在DNA水平上具有较高的遗传多样性。从110条ISSR引物中成功筛选到22条多态性高、稳定性好的引物,共扩增出182条带,其中差异性条带153条,多态条带比率(PPB)为84.0%。基于遗传距离系数的Neighbor-Joining聚类分析可以将6种高粱分为两大组,相互之间的遗传距离为0.25。另外可以根据一些多态性高的引物所扩增得到的品种特异性条带区分所有不同高粱种,如引物IR89、IS16等。这些为研究高粱属植物的分类、鉴定和进化提供了分子生物学方面的理论依据。 相似文献
17.
To evaluate genetic diversity in relation to rust and anthracnose disease response, ninety-six accessions were randomly selected from the core collection database of the Germplasm Research Information Network (GRIN) and characterized by a set of 40 SSR markers. The mean value of polymorphism information content (PIC) was 0.8228. Two dendrograms were generated from the molecular genetic data and field morphological data, respectively. The genetic dendrogram demonstrates that the accessions can be classified into three main clades and nine subgroups. The branched subgroups correlated very well with the locations where the accessions were collected. Geographical origin of accessions had significant influences on genetic similarity of sorghum germplasm. Out of 96 accessions, only eight accessions were highly resistant to both rust and anthracnose. All the accessions from South Africa and Mali were highly resistant to anthracnose. The information from genetic classification would be useful for choosing parents to make crosses in sorghum breeding programs and classifying sorghum accessions in germplasm management. 相似文献
18.
为了对甜高粱的抗倒伏性进行深入的研究,通过对66份甜高粱品系进行详细的调查研究,并采用聚类分析,遗传多样性分析以及因子分析对甜高粱的抗倒伏进行鉴定评价。结果表明,这些材料具有较大差异和丰富的遗传多样性,但从聚类分析来看,在遗传距离1.955处66份材料被分为7大类群,大部分材料都集中在第2类群中。根据农艺性状的相关分析表明茎粗和重心高度比例是选择甜高粱的2个主要性状。根据能源用甜高粱的评价标准：茎秆榨汁率≥45%,茎秆汁液混合锤度(Bx)≥15%。茎粗≥1.90 cm,重心高度比例≤0.445,抗倒伏性分级≤6,‘7050B×8000杂-1B’综合表现最好,可在生产和育种中加以利用 相似文献
19.
Muigai Paul Kimani Erick Kimutai Cheruiyot James Otieno Owuoche Francis Nyamu Wachira Esther Kimani 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2014,17(2):97-102
The genetic diversity of 65 accessions of sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] collected from various farmers and germplasm lines from ICRISAT-Kenya were analyzed. Simple sequence repeats (SSR) markers were used in order to determine the extent and distribution of its genetic diversity. Twenty-nine (29) SSRs markers were polymorphic and a total of 192 alleles were detected which showed diversity. The number of alleles per primer ranged from 2 to 17, with an average of 6.62. The range of polymorphism information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.86, with total average of 0.82. According to the results analyzed, estimates of the mean allelic pattern across the two populations was generated; expected heterozygosity (He; 0.45, 0.54), average observed alleles (Na; 3.40, 6.20), number of private allele (0.23, 3.03), and Shannon information index (I; 0.85, 1.13) for farmer and ICRISAT-Kenya germplasm, respectively. The expected heterozygosity (He) varied from 0 to 0.26 with an average of 0.05. The Neighbor-joining phenogram based on Nei’s genetic distance grouped the 65 accessions into three main groups. The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 99% of the total genetic variation was within accessions in a population whereas the genetic variation among populations in accessions accounted for 1% of the total genetic variation. Genetic diversity in ICRISAT sorghum material compared to the farmer’s collection suggested little infiltration of improved germplasm to the farmers. 相似文献
20.
高粱SSR和EST-SSR标记在割手密中的通用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
目前, 割手密中开发的分子标记有限, 为增加其分子标记数量, 本研究对高粱分子标记在割手密中的通用性进行分析。选用高粱的 29对基因组 SSR标记和 20对 EST-SSR标记在割手密种质 GSM39中进行筛选, 以评价其通用性。进一步利用 14份割手密材料评价标记的多态性和遗传多样性。结果显示： 70%的 EST-SSR引物在割手密中得到成功扩增, 可用的 EST-SSR引物中多态性比率占 50%。SSR引物在割手密中的通用性比率只有 34.5%, 但多态性比率为 70%。14对多态性引物在 14份割手密中共检测到33个等位基因, 平均观测等位基因数为2.4286, 平均有效等位基因数为1.7, 平均观测表观杂合度为0.544, 平均期望杂合度为 0.3858, Nei’ s基因多样性指数平均值为 0.3716。结果表明, EST-SSR引物的通用性高于 SSR引物, 但 SSR引物的多态性更高。这对割手密遗传多样性研究和比较基因组学研究具有重要意义。 相似文献