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Alt A Lammens K Chiocchini C Lammens A Pieck JC Kuch D Hopfner KP Carell T 《Science (New York, N.Y.)》2007,318(5852):967-970
DNA polymerase eta (Pol eta) is a eukaryotic lesion bypass polymerase that helps organisms to survive exposure to ultraviolet (UV) radiation, and tumor cells to gain resistance against cisplatin-based chemotherapy. It allows cells to replicate across cross-link lesions such as 1,2-d(GpG) cisplatin adducts (Pt-GG) and UV-induced cis-syn thymine dimers. We present structural and biochemical analysis of how Pol eta copies Pt-GG-containing DNA. The damaged DNA is bound in an open DNA binding rim. Nucleotidyl transfer requires the DNA to rotate into an active conformation, driven by hydrogen bonding of the templating base to the dNTP. For the 3'dG of the Pt-GG, this step is accomplished by a Watson-Crick base pair to dCTP and is biochemically efficient and accurate. In contrast, bypass of the 5'dG of the Pt-GG is less efficient and promiscuous for dCTP and dATP as a result of the presence of the rigid Pt cross-link. Our analysis reveals the set of structural features that enable Pol eta to replicate across strongly distorting DNA lesions. 相似文献
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在进行大血藤遗传多样分析时, 首先要建立大血藤RAPD 反应优化体系, 有必要就反应条件进行探索。以改进SDS 法抽提藤本药用植物大血藤叶片总DNA , 进行随机扩增多态DNA (RAPD)分析, 分别测试了镁离子、dNTP 、模板DNA 含量、引物浓度、DNA 聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响。通过各因子的组合研究, 得出大血藤RAPD 分析较适宜的扩增条件是:15 L PCR 反应体积, 1 Taq 酶配套缓冲液(10 mmolL-1 TrisHCl pH 9.0 , 50 mmolL-1 KCl , 0.1 %Triton X-100 , 1.5 mmolL-1 MgCl2);25.01 10-9mols-1 Taq 酶(上海华美公司);10 ng 模板DNA ;15 pmol 引物(上海Sangon 公司);2 gL-1 BSA ;dATP ,dCTP ,dGTP 和dTTP 各0.15 mmolL-1 。图4 表2 参8 相似文献
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濒危植物七子花ISSR反应体系的优化 总被引：5，自引：0，他引：5
以濒危植物七子花基因组DNA为研究对象,测试了ISSR-PCR反应体系的最适退火温度,并利用单因素试验测试了镁离子浓度,dNTP浓度,模板DNA含量,Taq DNA聚合酶量、BSA浓度、引物用量、甘油浓度对反应结果的影响,可知七子花ISSR分析较适宜的扩增条件是:10μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris.HC l pH 9.0,50 mmol.L-1KC l,0.1%Triton X-100),2.0 mmol.L-1MgC l2,0.75 U Taq酶(上海华美公司),10 ng模板DNA,6 pmol引物(上海Sangon公司);dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0.2 mmol.L-1. 相似文献
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杜鹃花属植物基因组DNA RAPD-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
试验通过系统比较研究,确立了杜鹃属植物RAPD-PCR的最佳反应体系,即20μL反应体系中:模板DNA(10 g.L-1)1.5μL;10×PCR buffer 2μL;Taq酶(0.5 U.μL-1)0.3μL;引物(0.8μmol.L-1)4μL;MgCl2(25 mmol.L-1)1.8μL;dNTPs(dATP、dCTP、dTTP、dGTP各含1.0 mmol.L-1)0.6μL。经试验验证,该反应体系重复性高,扩增条带亮度均匀,弥散现象少。 相似文献
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木豆随机扩增多态性DNA的反应体系研究 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]分析影响木豆RAPD-PCR反应中的主要因素,优化反应条件。[方法]以木豆品种ICPL87091为试材,以木豆基因组DNA为模板,通过对PCR反应体系中各种参数的优化设置,分析比较各种因素对RAPD扩增结果的影响,建立适宜的反应体系。[结果]试验得到了较为理想的适宜木豆的反应体系。优化的木豆RAPD反应条件为:模板DNA浓度30 ng,随机引物1.6μmol/L,dNTPs(dATP,dCTP,dGTP,dTTP)各0.2 mmol/L,Mg2+浓度2.0 mmol/L,Taq酶1.0 U,反应体积为25μl。循环体系为:先94℃1 min,35℃2 min,72℃2 min,5个循环;然后94℃30 s,37℃1 min,72℃1 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。[结论]利用这一反应体系可有效地进行木豆随机扩增多态性DNA分析,极大地提高了实验结果的可重复性。 相似文献
6.
Bard J Zhelkovsky AM Helmling S Earnest TN Moore CL Bohm A 《Science (New York, N.Y.)》2000,289(5483):1346-1349
Polyadenylate [poly(A)] polymerase (PAP) catalyzes the addition of a polyadenosine tail to almost all eukaryotic messenger RNAs (mRNAs). The crystal structure of the PAP from Saccharomyces cerevisiae (Pap1) has been solved to 2.6 angstroms, both alone and in complex with 3'-deoxyadenosine triphosphate (3'-dATP). Like other nucleic acid polymerases, Pap1 is composed of three domains that encircle the active site. The arrangement of these domains, however, is quite different from that seen in polymerases that use a template to select and position their incoming nucleotides. The first two domains are functionally analogous to polymerase palm and fingers domains. The third domain is attached to the fingers domain and is known to interact with the single-stranded RNA primer. In the nucleotide complex, two molecules of 3'-dATP are bound to Pap1. One occupies the position of the incoming base, prior to its addition to the mRNA chain. The other is believed to occupy the position of the 3' end of the mRNA primer. 相似文献
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家兔RAPD分析反应体系的优化 总被引：3，自引：0，他引：3
《山东农业科学》1999,(5):15-17
以家兔的基因组ＤＮＡ 为模板,研究影响家兔ＲＡＰＤ 扩增的因素。实验结果表明,Ｔａｑ酶、随机引物和Ｍｇ２ ＋ 浓度及模板ＤＮＡ 的纯度对ＲＡＰＤ 扩增影响较大。本实验建立了适于家兔ＲＡＰＤ 分析的反应体系：反应体积为２０μｌ,其中含有１ ×扩增缓冲液,２ ．０ｍ ｍｏｌ／Ｌ ＭｇＣｌ２ ,０ ．１ｍ ｍｏｌ／ＬｄＮＴＰ,０－２μｍｏｌ／Ｌ 随机引物,１ ．５ＵＴａｑ 酶,９０ｎｇ 模板ＤＮＡ 相似文献
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以芒果基因组DNA为模板,选择正交设计试验对控制DNA保守序列多态性——聚合酶链式反应(CDDP-PCR)的4个因素(模板DNA浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Mg~(2+)DNA聚合酶用量)进行正交试验,构建了较佳的芒果CDDP-PCR反应体系,含0.50 U Mg2+DNA聚合酶、0.40 mmol·L~(-1)d NTPs、1.00μmol·L~(-1)引物、0.50 ng·μL~(-1)模板DNA,加双蒸水使得总体积达20.00μL.对比四因子对PCR反应的影响,影响最强的因素是含Mg2+的DNA聚合酶,影响最弱的因素是模板DNA.利用供试的20个芒果品种验证了该体系的稳定性和可行性,21条CDDP引物均可扩增出明晰整齐的条带. 相似文献
10.
Echinomycin, daunomycin, ethidium bromide, nogalamycin, chromomycin, mithramycin, and olivomycin inhibit RNA synthesis by RNA polymerase by interacting with the DNA template. Chromomycin and olivomycin form complexes with DNA, preferably in the helical form, but not with RNA. These complexes require guanine in DNA and the addition of a stoichiometric amount of bivalent cation. None of the other antibiotics requires the presence of any single base in the template for its action. 相似文献
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以徐薯22的基因组DNA作为PCR反应模板,以随机引物进行RAPD-PCR反应,通过设置ToqDNA聚合酶加量、MgCl2 浓度、dNTPs 浓度、模板DNA加量、引物加量的不同梯度,探索出一套适合甘薯RAPD-PCR的最优反应条件.试验结果表明,最优反应条件为反应体系25.0μL,2.5μL的PCR 10xBuffer、0.15U 的Taq DNA 聚合酶、3.0 nmol·μL-1的MgCl2、0.6 nmol·μL-1的dNTPs、40 ng的DNA模板、40 ng的RAPD引物. 相似文献
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为了建立小蓬竹（Drepanostachyum luodianense） RAPD PCR反应的最优体系,以小蓬竹基因组DNA为模板,对影响其RAPD扩增的dNTPs浓度、模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度、Mg2+浓度等重要参数进行了单因子和正交试验。试验得出小蓬竹RAPD最优反应体系为: 20 μL反应体系,10×PCR buffer为1/10体积,dNTPs为100 μmol·L-1,模板DNA量为30 ng,Taq DNA聚合酶为10 U,引物浓度为02 μmol·L-1,Mg2+浓度为15 mmol·L-1。优化后的RAPD PCR反应程序为: 94℃预变性5 min,然后进入35个循环,即94℃变性1 min,35℃退火30 s,72℃延伸90 s,循环完毕后于72℃延伸7 min,最后在4℃保持。 相似文献
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以SDS-蛋白酶K法提取的松阿扁叶蜂(Acantholyda posticalis Matsumura)基因组DNA为模板,利用L16(45)正交设计对影响松阿扁叶蜂SSR-PCR反应的主要参数DNA模板、Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物和dNTPs进行优化.结果表明,松阿扁叶蜂SSR-PCR最优的反应体系为25 μL体系中含1.00U Taq DNA 聚合酶、3.00 mmol/L Mg2+、3.75 mmol/L dNTPs、25.00 ng/μL DNA模板和10.00 μmol/L引物. 相似文献
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为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。 相似文献
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The structure of a T7 RNA polymerase (T7 RNAP) initiation complex captured transcribing a trinucleotide of RNA from a 17-base pair promoter DNA containing a 5-nucleotide single-strand template extension was determined at a resolution of 2.4 angstroms. Binding of the upstream duplex portion of the promoter occurs in the same manner as that in the open promoter complex, but the single-stranded template is repositioned to place the +4 base at the catalytic active site. Thus, synthesis of RNA in the initiation phase leads to accumulation or "scrunching" of the template in the enclosed active site pocket of T7 RNAP. Only three base pairs of heteroduplex are formed before the RNA peels off the template. 相似文献
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以晒烟苗期幼叶为试材,通过设置不同的模版DNA、引物、dNTP、Mg2+及Taq DNA聚合酶的浓度梯度,优化RAPD的反应条件,建立1个适合晒烟的比较稳定的RAPD反应体系。结果表明,适合晒烟RAPD的反应体系是在25μL反应体系中,含模板40ng;引物UBC-388 1.5μL;Mg2+1.6mM;dNTP 0.2mM;Taq酶1U。 相似文献
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The accuracy of reverse transcriptase from HIV-1 总被引：72，自引：0，他引：72
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以芦笋（Asparagus offinalis L．）为材料,对影响SRAP—PCR扩增结果的因素dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2＋、引物、模板DNA进行了正交优化设计的研究。结果表明,适合芦笋SRAP—vcR析的最佳反应体系：20μL的反应体积中包括0．2mmol／LdNTPs0．4gL;1UTaqDNA酶1．0gL;1．5mmol／LMg2 1．2μg;上下引物各30ng,每个引物O．5此;60ng模板DNA1．1.0μL;10Buffer2．0凼无菌双蒸水13．4此。为今后利用SRAP标记技术研究芦笋的遗传多样性奠定基础。 相似文献
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为建立一个稳定的蝴蝶兰RAPD反应体系,对RAPD反应体系中模板DNA、Taq DNA聚合酶用量、随机引物浓度、Mg2+浓度和dNTPs浓度等各项参数进行筛选比较。结果表明,最佳反应体系为:25μl反应体系中,其中含模板DNA(20 ng/μl)1.5μl,Taq DNA聚合酶(5 U/μl)0.4μl,随机引物(20μmol/L)1μl,Mg2+(25 mmol/L)2.5μl,dNTPs(10 mmol/L)0.5μl,10×PCR Buffer2.5μl,ddH2O 16μl。 相似文献