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1.
利用SYBR GreenⅡ荧光定量PCR技术,建立了剑尾鱼CYP1A1基因mRNA水平的定量分析方法.从苯并芘浸泡诱导后的剑尾鱼肝脏中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定.将所得标准品质粒10倍梯度稀释后构建标准曲线并进行熔解曲线分析.用苯并芘(20 μg/L)对剑尾鱼进行诱导,在第1、3、5、7、9、11天分别取肝脏,RT - PCR检测剑尾CYP1A1基因的相对表达量.建立了剑尾鱼CYP1A1基因表达的检测方法和定量标准曲线,构建的剑尾鱼CYP1A1和β-actin基因的标准品Ct值检测范围分别为10 ～26、12～26,扩增效率分别为100.53％、98.40％;建立的标准曲线具有良好的线性关系,相关系数r2均在0.99以上;熔解曲线分析结果显示具有特异的单个峰,表明扩增产物特异性非常好,组内变异系数为0.15％～0.83％,组间变异系数为0.86％ ～ 1.66％.利用本方法对剑尾CYP1A1基因的相对表达量进行检测,结果表明苯并芘可显著诱导剑尾鱼CYP1A1基因的表达.诱导组剑尾鱼肝脏中CYP1A1相对表达量随着时间呈现先上升后下降的趋势,呈倒“U”形;对照组的CYP1A1相对表达量很低,随时间无明显变化. 相似文献
2.
绵羊朊病毒受体37kD/67kD LRP/LR实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为实时相对荧光定量PCR检测绵羊组织中朊病毒受体LRP/LRmRNA表达水平,构建目的基因LRP/LR、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线;根据GeneBank中绵羊37 kD/67 kDLRP/LR(LRP/LR)和β-actin基因编码区保守序列,设计特异引物;提取肠道组织mRNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后,与pGEM-T-easy载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞DH5α;质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定后,获得阳性LRP/LR,β-actin重组质粒;将阳性重组质粒107~102梯度稀释作为模板,然后进行实时荧光定量PCR;系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示产物溶解曲线峰值单一,说明无引物二聚体及引物特异性高;LRP/LR和-βactin标准曲线相关系数分别为r2=0.999,r2=0.997,说明线性关系好;重复性试验结果显示所构建的重组质粒10次同条件扩增均Ct值具有较好的重现性,且变异率均小于5%,说明标准曲线重复性好,稳定性高。说明成功构建目的基因LRP/LR,内参基因β-actin标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绵羊组织中朊病毒受体mRNA表达水... 相似文献
3.
《沈阳农业大学学报》2016,(1)
为克隆米蛾[Corcyra cephalonica(Stainton)]β-actin基因cDNA片段,建立米蛾β-actin基因实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,并评估其在实时荧光定量研究中作为内参基因的可靠性,利用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆获得米蛾β-actin基因cDNA片段,采用SYBR GreenⅠ染料法建立qRT-PCR方法,检测在米蛾卵、幼虫、蛹和成虫4个虫态中β-actin基因的表达量。获得了长为822bp的米蛾β-actin基因片段(Gen Bank accession:KJ599569),编码273个氨基酸残基;荧光定量标准曲线的Ct值检测范围为13~28,扩增效率为90.1%,相关系数R~2=0.992,溶解曲线分析结果显示产物为特异的单峰,其Tm值为(84±0.5)℃,符合定量要求;实时荧光定量结果表明,β-actin基因在米蛾不同发育历期中的表达水平无显著性差异(p0.05)。成功建立了米蛾β-actin基因qRT-PCR方法 ,β-actin基因可以作为米蛾基因表达定量研究中的可靠内参基因。研究结果为β-actin作内参基因进行米蛾功能基因表达差异研究奠定了分子基础。 相似文献
4.
《南方农业学报》2015,(3)
【目的】建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础。【方法】根据Gen Bank中奶牛GPR109A基因和β-actin基因(内参基因)的m RNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织c DNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green I实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验。【结果】GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2=0.9997),扩增效率分别为101.0%和100.0%。特异性试验结果显示,GPR109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7%。【结论】基于GPR109A基因建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析。 相似文献
5.
《河北农业大学学报》2017,(5)
为建立用荧光定量PCR方法检测猪IGF1、EGFR、EGF、β-actin基因表达量的标准曲线,本试验根据目的基因在NCBI上CDS区序列,设计合成引物,构建目的基因重组质粒,采用SYBR GreenI荧光定量RT-PCR的检测方法,构建检测猪IGF1、EGFR、EGF、β-actin基因表达量的标准曲线。结果显示,由pEASY-T1目的基因所构建的标准曲线线性关系良好,线性回归系数(R2)均大于或等于0.99,起始模板与Ct值之间呈良好的线性关系,溶解曲线峰值单一,表明引物具有很好的特异性,结果准确可靠。本研究成功构建了用荧光定量RT-PCR方法检测猪IGF1、EGFR、EGF、β-actin基因表达量的标准曲线,为后续检测基因相对表达量的变化奠定基础。 相似文献
6.
[目的]建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR 109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础.[方法]根据GenBank中奶牛GPR 109A基因和卢-actin基因(内参基因)的mRNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织cDNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验.[结果]GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2 2=0.9997),扩增效率分别为101.0％和100.0％.特异性试验结果显示,GPR 109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7％.[结论]基于GPR109A基因建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析. 相似文献
7.
鳜鱼TCRα基因实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GeneBank上鳜鱼TCRα基因序列设计并合成特异性引物,以鳜鱼β-actin基因为内参,采用RT-PCR方法从鳜鱼的胸腺总RNA中扩增得到鳜鱼TCRα和β-actin基因,将目的片段纯化后克隆到PMD18-T载体上,测序鉴定。以阳性质粒为标准品,采用SYBR GreenⅡ染料法进行实时荧光定量PCR扩增,构建标准曲线并进行溶解曲线分析。结果表明,鳜鱼TCRα基因的Ct值与标准品稀释度在102～108拷贝/μL范围呈良好的线性关系,r2达0.99以上,溶解曲线分析表明产物为特异的单峰。 相似文献
8.
为建立猪IFN-β及IRF-3基因实时荧光定量PCR检测方法,依据GenBank中IFN-β和IRF-3基因的保守序列,设计并合成各自特异性引物,并以β-actin为内参基因,采用SYBR Green-Ⅰ为染料,建立实时荧光定量检测方法。提取猪肺泡巨噬细胞总RNA,经反转录得cDNA,用特异性引物经PCR扩增得到IFN-β和IRF-3基因,将其克隆至pMD-19T载体,经测序鉴定后得重组质粒,依次10倍稀释做为标准品,建立标准曲线及溶解曲线。结果表明,β-actin基因、IFN-β基因和IRF-3基因标准曲线线性关系较好,R2≥0.997;溶解曲线为特异性单峰,无非特异性扩增,检测下限可达100个拷贝/μL。建立的猪IFN-β和IRF-3基因实时荧光定量RT-PCR检测方法,特异性强、重复性好,为从分子水平上研究猪的免疫应答奠定了基础。 相似文献
9.
《新疆农业科学》2017,(2)
【目的】以盐生植物盐穗木为材料,研究不同引物对和不同退火温度对盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响。【方法】设计扩增β-actin基因的两对引物,标记为β-actin1和β-actin2,分别建立这两对引物扩增盐穗木β-actin基因和特异性引物扩增该物种的过氧化物酶基因POD(盐响应的代表性基因),在不同退火温度下的标准曲线和扩增曲线。【结果】不论55还是58℃退火温度,引物对β-actin1比引物对β-actin2有更好的扩增效率;在55℃退火温度下,引物对β-actin1有更高的扩增效率。在这两个退火温度下,分别以β-actin1和β-actin2引物对扩增β-actin基因作为内参,盐穗木POD基因的相对表达水平具有一定的差异性。【结论】引物和退火温度会影响荧光定量PCR的扩增效率,进而会影响靶基因的相对表达水平。 相似文献
10.
溶藻弧菌感染对剑尾鱼HSP70基因表达的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
用溶藻弧菌Vibrio alginolyticus感染剑尾鱼Xiphophorus helleri,取感染后第0、2、5、8、11 d的活鱼及感染后第2 d濒死鱼,采用半定量RT-PCR方法分别检测HSP70基因在肝胰脏、脾脏、头肾和心脏组织中的表达。结果表明:正常条件下,HSP70在检测的剑尾鱼组织中均不表达;在用溶藻弧菌感染第8 d的剑尾鱼肝胰脏内,HSP70基因被诱导强烈表达,HSP70/β-actin的值为1.80±0.03;在感染第2、5 d的剑尾鱼头肾内,HSP70基因被诱导表达,第8 d HSP70基因强烈表达,感染濒死鱼头肾内也检测到HSP70基因的强烈表达,HSP70/β-actin的值分别为0.35±0.02、0.15±0.01、2.00±0.06和0.95±0.05;在剑尾鱼被感染第2、5、8 d,在脾脏内均检测到HSP70基因的表达,感染濒死鱼脾脏内也检测到HSP70基因的强烈表达,HSP70/β-actin的值分别为0.30±0.02、0.15±0.01、0.45±0.03和1.55±0.04;仅在感染濒死鱼的心脏中检测到HSP70基因的表达,HSP70/β-actin的值为0.30±0.02;到第11 d HSP70基因表达消失。 相似文献
11.
SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT—PCR检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因方法的建立 总被引：1，自引：1，他引：1
为建立一种定量检测禽呼肠孤病毒δC和8NS基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法,针对δC、δNS基因分别设计了1对特异性引物,同时选择了1对内参基因B—actin引物,将常规PCR扩增的片段分别连接到pMD18－T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,梯度倍比稀释作为标准品,用于构建SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测δC、δNS基因及内参基因β—actin的标准曲线。结果表明,建立的标准曲线具有良好的线性关系,R^2均在0．99以上;最小检出量为10拷贝／μL的阳性标准品,且具有良好的重复性,能够校正抽提样品中细胞数量不均带来的差异。可见,SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法能满足检测微量样品中禽呼肠孤病毒δC和δNS基因表达的要求,具有快速、敏感性高、重复性好等特点。 相似文献
12.
为建立鸭NF-κB1(nuclear factor-kappa B, NF-κB)基因的荧光定量PCR检测方法,并以建立的方法检测鸭胚成纤维细胞(duck embryo fibroblasts , DEF)在感染鸭肠炎病毒(DEV)后NF-κB1基因随时间变化转录表达量的变化情况。根据GenBank 上NF-κB1基因保守序列设计特异性引物,以鸭胚成纤维细胞 mRNA提取样本反转录为cDNA,进行NF-κB1基因克隆质粒构建,以此为模板建立鸭NF-κB1基因荧光定量PCR检测方法并进行特异性、重复性和敏感性试验,并利用建立的方法DEF感染DEV后NF-κB1基因随时间变化的转录变化进行检测。结果显示:建立的鸭NF-κB1基因荧光定量PCR方法标准曲线呈现典型的S型,方程为y=-3.12x+44.086(R2=1),扩增效率为109.2%;其熔解温度Tm值为(83.5±0)℃,曲线呈特异性单峰,批内变异系数小于0.3%,批间变异系数小于0.2%;检测灵敏度可达到1.79个拷贝。DEF细胞在感染DEV后NF-κB1基因随时间改变转录水平变化无规律,但整体表达水平高于正常细胞,差异显著(P<0.05),36~84 h NF-κB1基因的转录水平与正常细胞中差异极显著(P<0.01)。本研究成功建立了鸭NF-κB1基因荧光定量PCR检测方法,并对DEF细胞感染DEV后NF-κB1基因的转录水平进行了研究,为后续实验研究提供了技术和数据支撑。 相似文献
13.
[目的]为优化荧光定量PCR技术体系并在草莓研究中应用.[方法]以二倍体草莓(Fragaria vesca‘Ruegen’)为试材,草莓当中两个β-肌动蛋白基因家族成员Actin1和Actin2为内参基因,对比分析10 μL和20 μL反应体系条件下荧光定量PCR扩增反应.[结果]内参基因引物组合Actin1的扩增效率等指标优于Actin2;10μL反应体系中的扩增效率等指标优于20 μL反应体系;内参基因Actin1在10 μL反应体系下是草莓最优的荧光定量PCR技术体系.[结论]优化了草莓荧光定量PCR体系并应用该技术体系检测了草莓CrRLK1Ls家族成员的时空表达情况. 相似文献
14.
转基因番茄植株Mi1.2表达水平的Real Time PCR检测体系的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]为转基因番茄植株的高通量筛选奠定基础。[方法]利用CTAB法提取番茄叶片总RNA进行Real Time PCR扩增,分析转Mi1.2基因的番茄植株表达水平的检测体系。[结果]提取RNA的A260/A280为1.78~1.88,RNA无明显降解。在严谨扩增条件下,引物SYBR2的扩增效率高于SYBR1。Mg2+的适宜浓度为2.0 mg/L。Real Time PCR扩增产物具有良好的特异性,熔解曲线特异峰出现在84.5℃附近,在熔解曲线略低于83℃附近有极微弱的非特异峰。因此在定量反应中信号检测步骤应放在84℃。以4种不同模板分子数条件下扩增曲线Ct值得到的回归方程为Y=-3.78×log(copynumber)+39.50,相关系数为0.998。[结论]该试验获得的Real Time PCR体系可用于转基因植株表达水平的检测。 相似文献
15.
16.
[目的]建立针对鸡白介素6（IL-6）、白介素17（IL-17）和γ干扰素（IFN-γ）的实时荧光定量PCR检测方法,为细胞因子的定量检测及病毒致病机制的研究奠定基础.[方法]根据GenBank已发表的鸡IL-6、IL-17、IFN-γ和3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）基因保守序列,设计并合成4对相应的特异性引物,以鸡胚成纤维细胞的cDNA为模板构建重组质粒,对退火温度、引物浓度等SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应条件进行优化,建立各基因的标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性试验.[结果]GAPDH、IL-6、IL-17和IFN-γ的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR扩增效率分别是98.2％、99.2％、102.0％和100.8％,相应的标准误差为0.00666、0.00813、0.00365和0.00458.特异性试验结果显示各基因的溶解曲线均呈单一溶解峰,敏感性试验结果表明各基因的检测下限均为100拷贝,重复性试验结果表明组内变异系数均小于2.00％.[结论]建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR具有敏感性高、重复性好、特异性强等特点,为快速检测和定量鸡源IL-6、IL-17和IFN-γ的表达水平提供了技术平台. 相似文献
17.
为建立及应用定量检测猪促炎细胞因子mRNA表达水平的方法,从分子水平研究脑心肌炎病毒(EMCV)的致病机制,分别构建含有猪促炎细胞因子IL-1β、IL-6、TNF-α以及管家基因β-actin基因片段的重组质粒标准品,建立了检测IL-1β/β-actin、IL-6/β-actin、TNF-α/β-actin的多重TaqMan real-time PCR检测方法。标准曲线的相关系数均达到0.998以上;初始模板的检出下限均达到10拷贝/μL;只有以目标cDNA为模板,并加入特异性引物和探针的反应才能检测到荧光信号;组内与组间的变异系数均小于2%。应用所建立的检测方法,对猪源EMCV GXLC株感染仔猪心肌中IL-1β、TNF-α、IL-6mRNA的表达水平进行检测。结果表明,所建立的多重TaqMan real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于猪IL-1β、IL-6、TNF-α基因的检测及定量分析。 相似文献
18.
为研究CREB和PICK在扩展莫尼茨绦虫不同体节的mRNA转录水平, 以beta Tubulin基因作为内参基因,采用SYBR Green real time RT PCR方法检测该基因在扩展莫尼茨绦虫4个不同发育阶段即头节、幼节、成节、孕节中的表达差异。标准曲线分析显示,CREB、PICK基因和beta Tubulin基因标准质粒实时定量扩增Ct值与标准质粒的质量浓度均呈良好的线性关系,相关系数均大于 0.99;熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,具有较高的特异性。同时结果还显示,CREB以及PICK基因在虫体各发育阶段中的表达丰度存在差异。CREB基因在扩展莫尼茨绦虫头颈节、幼节、成节和孕节的表达水平依次呈上升趋势,而PICK基因在扩展莫尼茨绦虫成节以及孕节的表达水平较高。 相似文献
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龙眼胚性愈伤组织LEC1基因cDNA克隆以及在体胚发生过程中的表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
分离克隆了龙眼(Dimocarpus longan Lour.)胚性愈伤组织Leafy Cotyledon 1(LEC1)基因,并分析该基因在龙眼体细胞胚胎(简称体胚)发生过程中的表达情况.采用RT-PCR结合RACE法及TAIL-PCR法,获得龙眼胚性愈伤组织LEC1基因的cDNA全长序列,运用生物信息学方法对该序列... 相似文献