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1.
《畜牧兽医学报》2015,(9)
为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P1.8E-6),130个达到5%Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P3.59E-5)。13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2 D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6Mb区域(74.3~75.9Mb)。130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4Mb(71.5~78.9Mb)的区域内。共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3~75.9Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因。本研究结果表明,位于4号染色体的71.5~78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2 D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。 相似文献
2.
乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个（P<2.06E-5）;染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。 相似文献
3.
为了确定与安格斯牛繁殖性状相关的遗传标记和功能基因,试验采用简化基因组测序(dd-RAD)技术对安格斯牛繁殖相关基因进行研究,与初配月龄(AFS)、初产日龄(AFC)和产犊间隔(CI)等性状进行全基因组关联分析。结果表明：共检测到314 718个SNPs位点,与AFS和AFC性状显著关联的SNPs位点各27个,两性状相同候选基因为16个;与CI性状显著关联的SNPs位点和候选基因各3个。GO功能注释分析发现位于6,24,15,10号染色体的SLIT2、LAMA3、TEAD1和MCC基因为AFS和AFC性状的共同关键候选基因,5号染色体的KCNC2基因为CI性状的关键候选基因。说明筛选到的SLIT2、LAMA3、TEAD1、MCC和KCNC2基因可能是安格斯牛繁殖性状选育的分子标记。 相似文献
4.
《中国畜牧杂志》2015,(5)
试验旨在揭示京海黄鸡翅重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡翅重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了屠宰时的单侧翅重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与翅重相关的SNPs位点。结果表明:共检测到7个与翅重相关的SNPs位点,其中,rs2011502599、rsz26128672、rs1830645和rs475641139 4个SNP位点达到全基因组显著水平(P5.5E-07),rs476249085、rs475679707和rs473712263 3个SNP位点达到全基因组潜在显著水平(P1.1E-05);筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因,共找到7个可能的候选基因,分别为PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGCIA 7个基因;使用G0数据库对7个候选基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析发现,4个SNPs集中分布在4号染色体上的73.71~76.25Mb的区域内。表明PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGC1A 7个基因和4号染色体73.71~76.25Mb区域可能为影响京海黄鸡翅重性状的重要候选基因和区域。 相似文献
5.
《中国畜牧杂志》2015,(21)
肉质性状对于家禽产业来说非常重要。为了获得影响鸡肉质性状的SNPs以及候选基因,本研究使用Illumina公司的鸡60K SNP芯片,对京海黄鸡的4个肉质性状(FLM、FBM、PLM、PBM)进行全基因组关联分析。结果表明:共鉴定出9个与肉质性状显著关联的SNPs位点,其中,有2个SNPs达到5%Bonferroni全基因组显著水平(P1.8E-6),7个SNPs位点达到5%Bonferroni全基因组潜在显著水平(P3.59E-6)。9个SNPs定位于LOC101747478、CBLN2、HPGDS、SETD2、ANKRD46、ZFPM2和GRM4 7个基因的附近或内部,该7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选基因。构建5 650种单倍型,单倍型分析表明,只有一种单倍型与FLM性状显著相关。以上结果显示,本研究发现的9个SNPs和7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选标记和基因。 相似文献
6.
为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。 相似文献
7.
为挖掘云上黑山羊产羔性状相关基因或变异位点,研究选取前期全基因组关联分析(GWAS)研究中与云上黑山羊产羔性状存在潜在或显著关联的5个SNP位点,采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)检测方法进行SNP分型,应用SAS软件的GLM过程进行位点多态性与云上黑山羊产羔性状的关联分析。结果显示位点rs268244272与初产产羔数极显著相关(P<0.01),与平均胎产羔数显著相关(P<0.05)。这一结果与质谱验证结果相一致,再次验证位点rs268244272与云上黑山羊产羔性状关联的有效性,表明该位点可作为云上黑山羊产羔性状分子标记。 相似文献
8.
9.
《中国畜牧杂志》2021,(10)
本研究旨在分析抗苗勒氏激素(AMH)和抗苗勒氏激素II型受体(AMHR2)基因单核苷酸多态性(SNPs)与山羊产羔性状的关联性。通过MassARRAY~?SNP分型技术对AMH基因和AMHR2基因SNPs位点进行分型,检测其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(n=91)3个群体中的遗传学特征,并将其多态性与产羔性能(产羔数、初生窝重、断奶窝重)进行关联分析。群体遗传学结果表明,AMH基因g.89172108TG和AMHR2基因g.26334739AG在3个群体中为中度多态(0.25PIC0.5);AMHR2基因g.26335365CT在3种山羊中为低度多态(PIC0.25)。卡方检验显示,AMH基因g.89172108TG在济宁青山羊中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),在云上黑山羊和辽宁绒山羊中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);AMHR2基因g.26334739AG在辽宁绒山羊、g.26335365CT在济宁青山羊中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,云上黑山羊中,AMH基因和AMHR2基因候选位点均对产羔数无显著影响,候选位点对初生窝重和断奶窝重均无显著影响。综上所述,AMH基因和AMHR2基因的候选位点不适合作为山羊产羔数选择的潜在分子标记,也不适合窝重选择。 相似文献
10.
本研究利用全基因组关联分析（GWAS）挖掘与大白猪总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和健仔数（NHP）相关的候选基因。选择1 100头大白猪为实验材料，通过提取耳尾组织样DNA并利用“中芯一号”芯片进行基因型分型，采用PLINK v1.9对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。rMVP软件对每个SNP与性状做关联分析，确定出显著位点。结果表明：对于TNB性状共有3个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NBA性状共有4个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NHP分析得到18个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。在上述显著SNPs附近共有23个候选基因，根据基因功能注释推测ESR1、ZP3、YWHAG、HSPB1、MDH2、PCCB是能够影响繁殖性状的重要候选基因。 相似文献
11.
为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析（GWAS）定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因（CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7）作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。 相似文献
12.
《中国畜牧杂志》2021,(7)
本研究旨在通过全基因组关联分析技术挖掘大白公猪原精体积、原精密度、精子畸形率、精子总数和有效精子数等性状的关联SNP位点及候选基因。选取498头大白公猪,提取精液DNA,利用Gene Seek 50K芯片进行基因分型,通过混合线性模型计算个体随机效应值来作为全基因组关联分析表型值,利用Farm-CPU法进行全基因组关联分析。结果显示:发现4个与原精体积显著关联的位点,3个与畸形率显著关联的位点;各精液性状共19个潜在关联SNPs,其中17号染色体上的M1GA0021799位点与原精体积、精子畸形率和精子总数均有关联。根据文献和生物学过程推测认为FOXA2、PTMA、TCTE3、CAPN7、SH3P13和CSTS家族基因共9个基因可作为大白公猪精液性状重要候选基因。 相似文献
13.
中国荷斯坦牛初产日龄遗传评估及全基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
基于高通量SNPs测序的全基因组关联分析为奶牛繁殖性状相关基因的探索提供了契机。本研究基于课题组前期中国荷斯坦牛基因组测序芯片的结果,通过DMU(v 6.0)采用AI-REML结合EM算法的动物模型对北京地区2001-2011年10年间19 111头中国荷斯坦母牛初产日龄记录进行遗传参数估计,并应用PLINK(v 1.07)将大群估计的2 172头中国荷斯坦母牛初产日龄性状的育种值(EBV)作为表型值,进行基于无关群体设计的全基因组关联分析。通过全基因组水平的Bonferroni校正,共检测到1 700个SNPs与初产日龄显著相关。选取P值达到10-15的43个SNPs进行初步分析,其中12个位于X染色体上。显著SNPs上下游200kb范围内存在KLHL4、TRAM1、TRAM2、ZNF438、MATK等繁殖障碍疾病相关基因。7号染色体1 Mb(20.42~21.52 Mb)区域内多个SNPs位点与初产日龄显著相关。这些基因和区域可以作为影响初产日龄性状的重要候选基因和区域,为揭示奶牛繁殖性状的分子遗传基础积累了素材。 相似文献
14.
实验旨在分析山羊环状RNA circ＿0008219序列中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点与产羔、生长性状之间的关联性,为山羊分子育种提供新的遗传标记。选取波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊作为实验对象,利用SNaPshot分型技术分析候选SNPs位点的遗传多样性,并对circ＿0008219的SNPs位点与3个品种山羊的产羔性状和黑头羊的周岁生长性状进行关联分析。结果表明山羊circ＿0008219中存在3个SNPs位点均具有多态性。卡方适应性检测结果表明,g.1082G>T、g.1310A>G在3个山羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.651G>A在波尔山羊和麻城黑山羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。黑头羊群体中,g.651G>A位点与山羊周岁体高存在相关;g.1082G>T与周岁体重、周岁体斜长、周岁胸围和管围性状存在相关。关联分析结果显示,g.651G>A位点与黑头羊总体产羔数显著关联,g.1082G>T位... 相似文献
15.
试验旨在寻找影响京海黄鸡禽流感抗病性状的分子标记.本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中的禽流感(H5亚型)抗体滴度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS),检测与禽流感抗体滴度相关的SNP位点.结果发现2个在染色体水平上与禽流感抗病性状显著相关的SNPs位点,分别位于4号和10号染色体上,其中10号染色体上的SNP位于RNA甲基转移酶家族基因Nsun7内部.该基因与细胞增殖和分化、蛋白质的生物合成密切相关,具有重要的生物学功能,推断其可作为影响京海黄鸡禽流感抗病性状的新的候选基因. 相似文献
16.
试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。 相似文献
17.
【目的】 挖掘影响地方鸡体尺性状的有效SNP位点及功能基因, 给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑。【方法】 共采集200只儋州鸡血样并提取基因组DNA, 利用10×全基因组重测序技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。使用EMMAX软件基于混合线性模型对70日龄的儋州鸡体尺性状(胫长、胫围、体斜长、胸宽、髋骨宽、胸深、龙骨长)进行全基因组关联分析。【结果】 共发现与胫长性状和胫围性状基因组水平显著相关的SNPs位点有12和8个, 与胫长性状相关SNPs分别定位于1、2、4和8号染色体上; 与胫围性状相关的SNPs定位于2、4、8和13号染色体上。预测与胫长相关的候选基因为KCNA1、TPK1、EZH2、FSTL5和AMY2A基因, 与胫围相关的候选基因为TPK1、FSTL5、AMY2A、TGFBI、LECT2和IL-9。通过KEGG通路分析和GO注释发现, 8个基因参与钾离子跨膜转运、硫胺素新陈代谢、细胞增殖、钙离子结合、骨骼肌卫星细胞维持与骨骼肌再生、细胞受体相互作用、生长因子活性等生物学进程。【结论】 本研究发现了20个与儋州鸡体尺性状关联的SNPs位点, 并筛选到8个目标性状候选基因, 为儋州鸡育种提供候选的分子标记, 为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。 相似文献
18.
《中国畜牧杂志》2020,(7)
本实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)搜寻与金华猪、嵊县花猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)相关的候选基因。选择205头金华猪和174头嵊县花猪为实验材料,通过提取血样DNA并利用Illumina猪50K SNP芯片进行基因型分型,利用PLINK v1.09对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。采用GEMMA软件中的混合线性模型(MLM)对每个SNP与性状做关联分析,定位出显著位点。结果表明:金华猪的20个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;嵊县花猪的2个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;META分析得到21个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。最终找到22个候选基因,根据基因功能注释推测NANOS1、E2F7、AEBP2是最可能影响总产仔数和产活仔数的候选基因。 相似文献
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湖羊产羔性状的微卫星标记与其产羔数的关联性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选用位于绵羊第6号染色体上与多胎基因(FecB)紧密连锁的微卫星O arAE101、BM 1329、BM 143和O arH H 55以及位于第4号染色体上的O arH H 35标记对湖羊的产羔性状进行研究。结果发现湖羊的5个微卫星位点都达到了高度多态水平(PIC>0.5),这5个微卫星位点可以用于湖羊产羔性状的遗传多样性的评估。方差分析结果表明:5个位点中O arAE101、BM 143各基因型产羔数之间存在极显著差异(P<0.01),BM 1329、O arH H 35各基因型产羔数之间存在显著差异(P<0.05),O arH H 55、BM 1329各基因型产羔数之间差异不显著(P>0.05),本研究对今后湖羊品种的标记辅助选择和分子育种具有重要的应用价值。 相似文献
20.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(21)
为了研究卵泡刺激素(FSHβ)基因与獭兔繁殖性状间的关系,将其作为獭兔繁殖性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,试验以100只海狸色獭兔和70只白色獭兔为试验材料,采用PCR扩增测序以及Snapshot分型技术对獭兔FSHβ基因进行遗传多态性分析,通过PCR测序法鉴定了FSHβ基因第1外显子区、第3外显子区内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,用最小二乘法建立分析模型,利用SPSS 17.0软件分析数据。结果表明:在170只个体中,共筛选出5个SNPs,其中有2个位于1号外显子(FSH1、FSH2),3个位于3号外显子(FSH25、FSH30、FSH31)。FSH25与初产仔数、产活仔数关联分析显著(P0.05),FSH31与产活仔数、初产窝重、21日龄活仔数关联分析显著(P0.05)。这2个位点可以作为分子标记对獭兔进行标记辅助选择。 相似文献