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遗传标记及其在家禽育种中的应用 总被引：1，自引：1，他引：1
1 SNP SNP是染色体中遗传变异的最普通形式,如在人体已经检测基因组DNA中每1,000到2,000个单位有1个SNP,在某些区域估计每300个单位有一个SNP.基于SNP的高分辨率,遗传图谱在一些人的染色体上通常没有得到发展.正如其名称所指,SNP是发生在基因(启动子、外显子、或内含子)或基因之间(基因间隔区)的单个碱基改变或核苷酸变异.编码序列中的SNP以同义(不会导致氨基酸改变)或非同义(导致氨基酸改变)来分类.非同义SNP由于对蛋白质表达及最终对表现型的潜在影响而受到重视.相反,同义SNP可能对基因表达有微小的影响(除那些在启动子和其它基因组区域中,对DNA-蛋白质作重要的核苷酸或与RNA稳定性有关的核苷酸).同义和非同义SNP在基因图谱研究中均是很好的遗传标记. 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(5):1-6
研究旨在搜寻奶牛HSF1和GRP94基因的SNP位点,找到能提高奶牛产奶性能和乳腺炎抗性的分子遗传标记。以299头中国荷斯坦奶牛为研究对象,采用测序、PCR-RFLP和AS-PCR的方法检测SNP位点,并分析各突变位点基因型与生产性能及乳腺炎抗性指标的相关性。结果表明:在HSF1基因内含子上g.18515TG、g.18516TC,在3'-末端g.13809GT,共2个SNP位点,呈连锁关系;在GRP94基因5'-末端g.-81GA,内含子上g.13809TG,共2个SNP位点,也呈连锁关系。关联分析结果显示,HSF1基因SNP位点各基因型与成年当量和乳脂率相关性极显著(P0.01),联合基因型AA型成年当量极显著高于其他型,但AA型乳脂率极显著低于AB型,可将AA型和AB型分别作为提高奶牛产奶量或乳脂率的候选遗传标记。GRP94基因SNP位点各基因型与体细胞分相关性显著(P0.05),联合基因型CC型体细胞分极显著低于CD型,可作为提高奶牛乳腺炎抗性的候选遗传标记。 相似文献
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前期研究通过荷斯坦公牛全基因组重测序鉴定到17个奶牛产奶性状候选功能基因,其中,肽基脯氨酸顺反异构酶基因(PIN1)参与甘油三酯代谢、甘油磷脂代谢以及mTOR信号通路,且位于产奶量和乳蛋白量性状QTL区间。为进一步系统分析PIN1基因是否对奶牛产奶性状具有遗传效应,本实验基于40头公牛的基因组DNA混池,采用PCR产物直接测序法对PIN1基因的全部编码区以及上下游调控区2000 bp进行扫描,在内含子2检测到1个SNP位点7:g.14432394G>A,A、G等位基因频率分别为0.4797和0.5203。采用靶向测序基因型技术对北京地区987头中国荷斯坦母牛进行个体基因型检测,对SNP位点7:g.14432394G>A与5个产奶性状进行关联分析。结果表明:在第1泌乳期,SNP 7:g.14432394G>A与产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率呈显著或极显著关联(P=0.0001~0.0493);在第2泌乳期,SNP与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白量呈显著或极显著关联(P=0.0001~0.0104);SNP位点7:g.14432394G>A对产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率的加性效应或等位基因替代效应均达到显著或极显著。综上,PIN1基因对中国荷斯坦牛的产奶量和乳蛋白、乳脂性状具有显著遗传效应,可作为遗传标记用于基因组选择,以加快遗传进展。 相似文献
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【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余... 相似文献
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单核苷酸多态性的研究进展 总被引：3，自引：0，他引：3
染色体的某个位点上存在单个碱基的变化 ,称为单核苷酸多态性 ,即SNP。SNP是继限制性片段长度多态性和微卫星多态性以后 ,近年来出现的第三代遗传标记 ,广泛用于基因定位、克隆和遗传多样性研究。本文综合介绍了单核苷酸多态性的遗传特性、功能、研究意义及其在畜牧业中的应用 相似文献
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【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&... 相似文献
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间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>... 相似文献
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本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果,在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9)基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点,结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点,进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性。结果发现,SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著(P0.05);SNP3位点对乳脂率和乳蛋白率的效应均极显著(P0.01);SNP4位点对乳脂率有极显著影响(P0.01);SNP5位点对乳脂率和乳糖率的效应显著(P0.05)。同时发现TRAPPC9基因的表达量对产奶性状也有显著影响(P0.05),而TRAPPC9基因启动子区DNA甲基化对产奶性状无直接显著影响。该结果进一步表明,TRAPPC9基因可以考虑作为分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择。 相似文献