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1.
国家种质广州甘薯圃是我国目前唯一的室外营养体保存的国家种质资源圃,本研究以其中的1200份甘薯资源为材料,22个农艺性状为基础,采用因子分析和变量聚类两种方式对农艺性状进行降维处理,两步聚类、快速聚类和分层聚类3种聚类方法结合5个地理来源对资源分组,组内随机取样与必选资源相结合的方式构建核心种质,依照上述方案共构建出含15个甘薯核心种质的样本库。通过变异系数、标准差符合率和极差符合率评价15个构建方案的数量性状的代表性,多样性指数和表形频率方差评价质量性状的代表性。结果表明,以变量聚类进行降维、两步聚类结合地理来源分组、组内随机取样为甘薯构建核心种质的最佳方案,采用该方法构建的核心种质样本很好的保留了总资源的遗传多样性。 相似文献
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为更好地发掘和利用现有闽楠种质资源,本研究利用7个SSR位点对江西和福建16个闽楠群体的237份材料进行基因型分析,采用逐步聚类(随机取样策略,位点优先取样策略)和模拟退火算法(等位基因数目最大化策略,遗传距离最大化策略)4种取样方法构建闽楠核心种质,并将各遗传多样性指标进行分析。结果表明:7个SSR位点共检测到50个等位基因,平均为7.143,平均有效等位基因为2.115,Shannon信息指数为0.778,观测杂合度为0.302,期望杂合度为0.442。基于逐步聚类方法构建的核心种质相较于基于模拟退火算法构建的核心种质各遗传参数指标都相对较高。对其进行t检验后,选择以基于逐步聚类位点优先取样策略在25%的取样比例下选取的种质为核心种质,其等位基因数、平均有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon多样性指数的保留率分别为初始种质的98%、104.92%、90.09%、97.94%。筛选出的59份核心种质材料能够较好地代表闽楠种质资源的遗传多样性,为闽楠的种质资源保存提供科学依据。 相似文献
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苎麻核心种质构建方法 总被引：6，自引：3，他引：3
选用国家长沙苎麻圃的790份种质资源,在已有的25个性状数据的基础上,采用不同取样方法、不同系统聚类方法、不同遗传距离方法构建苎麻核心种质,用质量性状的多样性指数均值、表型保留比率均值和数量性状均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率和变异系数变化率等6个指标评价不同方法组合(取样方法、聚类方法、遗传距离)构建核心种质的优劣。选出合适的构建方法,构建苎麻核心种质。结果表明,不同的取样方法对质量性状和数量性状的遗传多样性影响不同,就质量性状的最大遗传多样性而言,选择优先取样+多次聚类随机取样方法比较适宜,而对数量性状的最大遗传多样性而言,选择优先取样+多次聚类变异度取样方法则较适宜。用优先取样+多次聚类随机取样方法取样时,采用最短距离法和重心法构建的核心种质最好,用优先取样+多次聚类变异度取样时,采用离差平方和法则是构建苎麻核心种质的最佳聚类方法。苎麻核心种质构建与质量性状的不同遗传距离无关,但数量性状以欧氏距离最佳。 相似文献
4.
探讨分子水平构建燕山板栗核心种质的适宜方法,以利于燕山种质的保存、保护和研究利用.基于SSR标记,采用非加权算数平均聚类(UPGMA)法对燕山地区10个市(县)的161份板栗种质进行多次聚类抽样分析,比较使用3种遗传相似系数(SM系数、Dice系数和Jaccard系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)相组合确定的不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei′s多样性指数(H)和Shannon′s信息指数(I)的大小,确定构建燕山板栗核心种质的适宜方法;再分别对核心种质与原种质、核心种质与保留种质的遗传多样性指标进行t检验,以评价核心种质的代表性;通过绘制主坐标分布图观察核心种质和原种质的分布情况,并结合表型特征对构建的核心种质进行确认.结果表明:应用位点优先取样法取得的样本群比随机取样法具有更高的Ne、H和I,应用SM系数取得的样本群,其遗传多样性指标要优于Dice系数和Jaccard系数,综合利用位点优先取样法和SM系数筛选了46份燕山板栗核心种质,保留了原种质28.57％的样品,Ne、H和I分别为1.5317,0.3218和0.4910.t检验表明,核心种质的遗传多样性指标显著大于原种质,经主坐标分析和表型特征确认,核心种质在原种质的主坐标图中分布均匀,能够较全面地代表整个板栗种质资源的遗传多样性.采用位点优先取样法和SM相似性系数进行多次聚类,是构建燕山板栗核心种质较适宜的方法,构建的容量为46份的板栗核心种质,能充分代表原种质的遗传多样性. 相似文献
5.
向日葵核心种质资源基础类群划分研究 总被引：2，自引：0，他引：2
向日葵是一种重要的油料作物,同时也是一种潜在的能源植物,其核心种质资源基础类群的划分可为向日葵远缘杂交提供理论依据。采用形态学标记与RAPD标记相结合的方法,利用UPGMA聚类法对50份向日葵核心种质资源材料亲缘关系进行了深入研究。形态学标记法结果显示,50份供试种质资源可分为三大类群,其中第Ⅰ类群27份种质,第Ⅱ类群22份种质,第Ⅲ类群只包含1份种质,进一步研究表明,供试种质资源的种质地理分布以及用途与聚类结果关联性较强。同时,分子标记的UPGMA聚类结果也验证了上述结论;RAPD分子标记聚类法也将供试材料分为三大类群,其中第Ⅰ类群26份种质,第Ⅱ类群23份种质,第Ⅲ类群包含1份种质,形态学与RAPD聚类结果的吻合率为96.30%;形态学标记结果与RAPD标记分类结果可靠。 相似文献
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利用株高、株幅、叶片叶绿素、果肉厚和等主要农艺性状及叶绿体trnH-psbA序列对98份辣椒种质进行聚类分析,旨在探讨辣椒种质的亲缘关系和遗传多样性,并建立核心种质资源库。结果发现,基于trnH-psbA序列聚类的5个亚类,各亚类农艺性状之间具有较好的分层,特别是单果重、果长、叶片叶绿素、株高这四个农艺性状亚类间出现了显著或极显著的差异,这说明基于表型和trnH-psbA序列的聚类具有较好的重复性；并结合trnH-psbA序列和农艺性状建立了31份种质的核心资源库。结果认为,综合农艺性状和trnH-psbA序列筛选得到的31份核心种质,在保持田间农艺性状最大遗传力的同时也体现了trnH-psbA序列水平的进化,优于仅通过农艺性状或是序列去筛选核心种质的方法,因此31份核心种质可以更好的代表98份资源的遗传多样性,并应用于育种。 相似文献
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为了调查收集珍稀濒危沙芦草种质资源,提高保护利用效率,以76份沙芦草种质为材料,测定26个表型性状数据,采用2种遗传距离、3种取样方法、8种系统聚类方法和7种取样比例构建了55组候选沙芦草核心种质,利用筛选得到的最佳构建方案构建初级核心种质;应用均值差异百分率（MD）、方差差异百分率（VD）、极差符合率（CR）和变异系数变化率（VR）4个参数检验各取样策略的优劣。同时,以t检验对核心种质的变异程度及代表性进行评价,并用主成分分析法对核心种质进行确认。结果表明：“多次聚类偏离度取样法+欧式距离+可变类平均法+25%的取样比例”是构建沙芦草初级核心种质取样最佳策略;核心种质的主成分累计贡献率高于原种质,表明核心种质均匀分布在原始种质范围内,无重叠现象,有效地避免了核心种质的冗余;构建的19份沙芦草种质资源初级核心种质有效且质量较高,能够在保证冗余较少的情况下充分代表原种质遗传差异。 相似文献
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中国绿豆种质资源初选核心种质构建 总被引：8，自引：2，他引：6
以国家作物种质资源数据库中5 072份国内绿豆资源为材料, 根据14个农艺性状, 利用地理来源(省)和性状群进行分组, 分别采用比例法、平方根法和多样性指数法确定取样数及聚类选择和随机选择2种个体选择法构建了13个不同的绿豆初选核心样本, 对不同的取样方法及总资源间进行了品种间平均相似性系数、性状符合度、遗传多样性指数和数量性状变异系数的比较。结果表明, 聚类选择取样优于随机取样, 按照性状群分组优于按省分组; 在聚类选择条件下采用多样性指数法确定取样数优于平方根法和比例法。最终确定按性状群分组, 利用多样性指数确定取样数, 聚类选择个体为绿豆核心种质构建的最佳方案。用此方案, 构建了包含719份绿豆种质的初选核心种质, 取样比例为14.2%, 性状符合度达100%。 相似文献
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Assessing genetic diversity in the cassava (Manihot esculenta Crantz) germplasm collection in Brazil using PCR-based markers 总被引：2，自引：0，他引：2
Knowledge of the origin, organization and nature of the cassava (Manihot esculenta Crantz) germplasm collection in Brazil is incomplete due to lack of critical information on several aspects of the collection. This study verifies the utility of SSR-primed PCR markers for germplasm assessment and then utilizes these markers as well as RAPD's to characterize the Brazilian collection. We specifically address the following questions: 1)what is the relationship of morphologically closely related species to cultivated cassava? 2) What is the genetic diversity of cultivars within and between different habitats in Brazil? 3) Do agronomic traits and molecular markers reveal the same relationship among cassava accessions? 4) How complete is the Brazilian cassava collection and how well is it represented in the Word Core Collection of cassava, maintained by CIAT? Results of the interspecific studies of cassava and its wild relatives confirms the close relationship of cassava, Manihot esculenta ssp. esculenta to Manihot esculenta ssp. flabellifolia as well identifying several other closely related wild species. Next, PCR-based markers indicate a strong grouping of varieties related to the region of cultivation in Brazil. Moreover, important regions such as Cerrados and Amazon are relatively poorly represented in germplasm collections. Interestingly, the relationships of accessions based on agronomic traits are not fully congruent with relationships revealed with RAPD markers. Finally, the genetic diversity of the Brazilian cassava collection is not fully represented in the Core of the Word Core Collection of CIAT. 相似文献
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为筛选耐抽薹白菜类蔬菜种质资源,以233份白菜类蔬菜种质资源为研究对象进行露地栽培,通过对现蕾期和开花期指标进行隶属函数法和系统聚类分析,综合鉴定评价白菜类蔬菜抽薹性状。现蕾期的变异幅度为39.00~181.00天,开花期的变异幅度为46.00~196.00天,变异系数分别达到24.53%和19.80%,表明白菜类蔬菜种质的抽薹性状具有丰富的遗传多样性。采用隶属函数法将233份白菜类蔬菜种质资源划分为5组,其中极耐抽薹种质80份。聚类分析结果表明,在距离系数4.5处233份白菜类蔬菜种质资源被分为5个类群,第Ⅳ类群极耐抽薹类型包括63份种质资源,均属于隶属函数法划分的极耐抽薹等级,说明隶属函数法和聚类分析法均能有效鉴定白菜类蔬菜种质的耐抽薹性。 相似文献
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山西芝麻种质资源遗传多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了解山西芝麻种质资源遗传多样性,本研究对189份山西芝麻种质资源的10个质量性状和8个数量性状进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明：189份山西芝麻种质资源的表型性状存在较大的遗传差异,质量性状以主茎茸毛量的遗传多样性指数最高,为1.15,以蒴果棱数的变异系数最高,为63.88%;数量性状以节间长度的遗传多样性指数最高,为2.09,以单株产量的变异系数最高,为47.66%;通过聚类分析,将189份山西芝麻种质资源分为4个类群,类群Ⅰ可作为选育八棱、高秆品种的亲本材料,类群Ⅱ为矮秆、短节间特异材料,类群Ⅲ为高产选育目标材料,综合性状较好,可直接作为优异亲本加以利用,类群Ⅳ包含一批单花、高产特异材料。 相似文献
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通过对特早熟甘蓝型春油菜恢复系种质资源进行评价和利用,降低育种工作中恢复系与不育系选配杂交组合的工作量,从而更好地为杂交种选育服务。通过对97份波里马雄性不育系的恢复系进行简化基因组（SLAF-seq）测序,开发SNP标记,进而分析群体遗传关系,构建核心种质群体。结果显示,共获得527 872个SLAF标签,842 248个有效SNP;利用有效SNP对97份种质资源进行聚类分析,可将其分为5类;利用Core Hunter构建核心种质,构建了C30核心种质29份,C40核心种质38份,C30和C40核心种质平均等位基因覆盖度分别为99.89%和99.96%,这些材料能够代表整个资源的变异程度,达到了构建核心种质的要求。 相似文献
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宁夏和新疆水稻种质资源表型遗传多样性分析及综合评价 总被引：2，自引：1，他引：1
为了拓宽宁夏水稻种质资源的遗传基础,本研究对193份宁夏及新疆水稻种质资源的表型性状进行了遗传多样性分析与综合评价,结果表明：大部分水稻种质资源呈现出茎节包、叶片不早衰、剑叶角度小、抗倒性强、穗立形状弯曲、落粒性难;14个数量性状的遗传变异均达到了极显著水平,其中单株产量的变异系数最大,为23.8%;遗传多样性指数变幅为1.86~2.08,平均2.02;通过聚类分析将193份水稻种质资源划分为8个类群,大部分种质资源分布在第Ⅰ类群,占比65.3%,第Ⅱ类群占比9.3%,第Ⅲ类群占比20.7%,第Ⅳ-Ⅷ类群共包含9份种质资源,总占比4.7%。通过主成分分析,将14个数量性状指标转换为7个主成分,累积贡献率为90.67%;利用隶属函数与权重对193份水稻种质进行综合评价,获得了可综合评价种质资源农艺性状的D值,排名前5的种质资源均来自宁夏,表现出较好的综合性状,其中以宁218表现最为突出,新疆种质资源新引区2015-13的D值最低,综合性状表现最差;利用逐步回归分析,获得了株高、穗长、每穗实粒数、结实率、一次枝梗数、粒长宽比、单株产量、单穗粒重、千粒重9个关键表型性状指标。本研究剖析了宁夏及新疆水稻种质资源的亲缘关系,探索了水稻农艺性状的综合评价方法,可为拓宽宁夏水稻种质资源的遗传基础提供理论参考。 相似文献
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云南茶树资源遗传多样性与亲缘关系的ISSR分析 总被引：9，自引：1，他引：8
以8个种群134份云南茶树资源为材料,应用ISSR标记方法,进行了遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,18个多态性ISSR引物对全部试验材料进行PCR扩增,共获得475条稳定的谱带,其中多态性谱带470条(占98.9%),遗传多样性丰富;应用Nei-Li相似系数法估算了134个材料间的相似系数为0.445~0.819,平均为0.512,说明茶树资源间的遗传基础较宽;对134份茶树资源的分子系统聚类分析(UPGMA)将资源分为3大组,聚类结果与地理距离没有明显的相关性;主成分分析(PCA)表明主成分分析的结果与系统聚类基本一致,但是主成分分析更加直观清晰地显示各个材料间的亲缘关系;大厂茶等8个种群间的遗传相似系数于0.850~0.987间,平均为0.92,表明不同种群间的遗传差异较小。 相似文献
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Summary One hundred clove trees from a total of 34 wild and cultivated populations, mainly in the north and central Moluccas, were examined for morphological variation. Data were evaluated using cluster analysis, principal co-ordinates analysis and canonical variates analysis. Considerable morphological variation was evident and was largely attributable to between-population sources. There was more variation among wild cloves than among cultivated populations. Several of the cultivated populations were shown to be morphologically distinct. Flower bud characters were most valuable in distinguishing between populations; leaf and flower bud cluster characters were also useful. Permanent germplasm collections are needed to conserve variation. 相似文献
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Kang Bo Shim Seong Hyu Shin Ji Young Shon Shin Gu Kang Woon Ho Yang Sung Gi Heu 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2016,19(2):151-155
Sesame (Sesamum indicum L.) is an important edible oil crop. Meteorological factors such as temperature, rainfall, and the amount of solar radiation determine the yield potential of sesame. To identify phenotypic diversity and to infer genotypic backgrounds in a collection of 250 sesame germplasm accessions, we classified the germplasm based on variation in morphological traits using principal component (PC) and cluster analysis. The sesame germplasm was grouped based on five PCs, which accounted for 82.3% of total variation. The first PC (PC1) was positively correlated with days to flowering, days to maturity, and number of capsules per plant, whereas the second PC (PC2) was negatively correlated with all characteristics except capsule-bearing stem length. The third component (PC3) was highly positively correlated with capsule length and plant height. We constructed a scatter diagram of the first two PCs (PC1 vs. PC2), revealing four distinct groups of eigenvectors. Most sesame germplasm was widely distributed among Groups I, II, III, and IV. Group III showed a wide range of distribution in the diagram. Otherwise, the distribution of the 250 germplasm accessions was more compact in a scatter diagram of PC1 vs. PC3 compared with PC1 vs. PC2. Groups I, II, III, and IV contained 142, 102, 2, and 3 sesame germplasm accessions, respectively. The two germplasm in Group III were collected from different regions, as were the three germplasm in Group IV. The results show that the distribution of sesame origin is wider than the regions examined in view of phenotypic diversity. 相似文献
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25份贵州镇宁野生茶树种质资源的表型及生化组分多样性分析 总被引：2，自引：1，他引：1
为了挖掘特异茶树种质资源,以贵州镇宁新发现的25株野生茶树资源为材料,对26个表型性状和12个主要生化组分运用统计分析、遗传多样性分析和聚类分析等方法进行研究,进而对这25份资源进行综合评价。 结果表明这25份种质的表型性状和生化组分变异类型丰富,其中26个表型性状的平均变异系数29.26%,平均多样性指数0.87;12个生化组分性状的平均变异系数25.21%,平均多样性指数2.78;25份种质资源的酚氨比在6.12~20.09之间。聚类分析将其分为三个类群,其中类群一全部为小乔木,类群二、三全为灌木;类群三中资源的生化组分含量最为丰富。从中初步筛选出了3份生化组分丰富的潜在优异种质资源,为后续资源保护、开发和育种应用提供依据。 相似文献