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1.
本文对鄱阳湖7个河口(赣江、抚河、信江、乐安河、昌江、饶河和修河)水体的理化特性进行了分析,并采用细菌16S r RNA基因Mi Seq测序的方法对其多样性和组成进行了研究。结果表明,乐安河水体总氮含量最高,信江水体总磷含量最高。乐安河、修河和饶河水体细菌丰度高于其它河口,而修河、昌江和饶河水体细菌多样性则相对较高。水体细菌群落组成分析结果表明,在7个河口水体中变形菌门细菌均占优势,其次为放线菌门和拟杆菌门细菌。而在纲水平,在7个河口水体中β-变形菌纲细菌占优势,其次为α-变形菌纲细菌和放线菌纲细菌。相关性分析结果表明,水体p H和细菌群落多样性呈显著负相关关系,而总氮和氨态氮含量和细菌群落多样性呈显著正相关性。 相似文献
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黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
以黄海和渤海春季刺参养殖池塘的沉积物、海水和刺参Apostichopus japonicus肠道内容物中的细菌基因组DNA为模板,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,构建16S rDNA文库并进行测序分析。结果表明：黄海和渤海养殖刺参肠道内容物、池塘沉积物和海水中共存在变形菌Proteobacteria、蓝细菌门Cy：anobacteria、放线菌门Actinobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes 5个门类的细菌类群,其优势类群均为变形菌(变形菌比例>41%),且在文库所含变形菌的4个亚门( Alphaproteobacteria、 Betap：roteobacteria、 Gammaproteobacteria、 Deltaproteobacteria)中,除黄海春季刺参养殖池塘海水文库(YSp3)中α-变形菌占优势外,其余5个文库均以γ-变形菌为优势亚门。 相似文献
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[目的]比较淮山药袋料种植方法与常规定向结薯种植方法的根际土壤微生物种群多样性,为利用微生物多样性指导淮山药袋料种植提供科学依据.[方法]采集常规淮山药定向结薯种植的根际土壤样品(记为CK3)和袋料种植的根际土壤样品(记为A3),对土壤样品中细菌的16S rDNA序列V4高变区进行PCR扩增,并对扩增产物进行高通量测序,分析土壤样品中细菌群落的多样性及其分布规律.[结果]CK3的pH为6.21,有机质含量为32.2 g/kg;A3的pH为5.98,有机质含量为30.0 g/kg.2种不同种植方法下淮山根际土壤样品中共检测出细菌41门100纲147目292科530属.淮山药根际土壤细菌在门水平上的主要优势类群有变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes);在纲水平上的主要优势类群有α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、放线菌纲(un-identified-Actinobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)等.在门和纲分类水平上,2种种植方法淮山药根际土壤样品中细菌的优势菌群相似,相对丰度差异不显著(P>0.05),CK3的细菌多样性高于A3.[结论]淮山药袋料种植方法可行,可在旱坡地和石山地等非耕地应用. 相似文献
4.
为研究鳗鲡养殖循环水处理系统中细菌的组成与数量,从循环水处理系统中的养殖池、沉淀池、生物膜池、滤池和紫外消毒池采集水样,并从生物膜池和滤池中采集附着生物样品,分别用平板菌落计数法和16S rRNA基因克隆文库分析法进行细菌计数和附着样品的细菌组成分析.结果表明：1）养殖水经过各处理环节后,水体中细菌数量逐渐减少,如由养殖池中的2.98×106CFU/L降低至牡蛎壳填料滤池中的9.30×105CFU/L,再经过紫外消毒池后,水体中细菌数量又减少了96%,再降低至3.53×104CFU/L.2）生物膜池的尼龙丝挂网载体和滤池中牡蛎壳填料上附着细菌数量较多,其数量分别高达1.39×108CFU/g和1.52×108CFU/g.牡蛎壳上的附着细菌主要分为3大类：分别属于变形菌门（包括α-、β-和γ-变形菌纲）、拟杆菌门和异常球菌-栖热菌门,其中以β-变形菌纲细菌为优势类群,大部分细菌对环境有机物具有良好的分解作用. 相似文献
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为研究九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)育苗期养殖水体细菌的群落结构,用细菌通用引物构建了细菌16S rRNA基因克隆文库.从文库中随机挑选31个克隆子进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析,得到20个不同的RFLP带型.对代表性克隆子进行测序,序列分析和系统进化分析结果表明鲍苗养殖池水体中细菌遗传多样性非常丰富.主要分为3大类群:γ-变形菌纲、α-变形菌纲和黄杆菌纲细菌,分别占58%、32%和10%.γ-变形菌纲细菌中以弧菌最多,包括已知的鲍病原弧菌,其次是海洋螺菌目细菌.α-变形菌纲细菌主要与GenBank库中未培养的克隆子序列最相似,其中红细菌科细菌最丰富,占所分析克隆子数目的26%.本研究结果表明九孔鲍育苗期养殖水体中存在大量未培养的、未知菌属的细菌. 相似文献
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通过向鱼虾混养池塘中添加益生菌和复合营养剂对养殖水环境进行生态调控,并评价其水质调控效果;运用Illumina HiSeq2500测序平台对养殖水体细菌多样性进行16S rDNA测序,获得其细菌组成及丰度信息。水质检测结果表明,在该调控方式下,透明度、pH、溶解氧(DO)、氨氮(NH_3-N)及亚硝酸盐(NO_2-N)等参数变化幅度均在养殖鱼、虾适宜范围内,有害弧菌的浓度远低于致病浓度,表明该水质调控方式能够维持养殖水环境稳定,抑制病原菌的繁殖。细菌群落组成及丰度分析结果显示,养殖水体得到的OTU数目为1 878,其中,在界、门、纲、目、科、属和种上的OTU数目分别为4,43,79,91,652,952,16;养殖水体中相对丰度占主要优势的细菌微生物为蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),分别占总细菌的38.19%,28.11%,18.85%,12.85%和0.08%。结果表明,添加益生菌和复合营养剂后鱼虾混养池塘细菌群落结构多样性水平较高,含有多种水产养殖中的常用益生菌。本研究结果为鱼虾健康养殖和养殖水体生态环境的改善提供了理论依据。 相似文献
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为了揭示深水网箱养殖区养殖过程中浮游细菌群落结构及其与网箱养殖鱼类细菌性病害的关系,采用Illumina测序技术对海南后水湾深水网箱养殖水样进行16S rRNA基因高通量测序。结果表明,检测到浮游细菌种群归属于36个门、56个纲、98个目、235个科、807个属,香农-威纳指数范围为2.47～4.5,说明该养殖区水体中浮游细菌具有丰富的多样性。变形菌门是主要优势门类,其次为拟杆菌门、放线菌门、厚壁菌门和蓝细菌门;主要类群为Cobetia属、弧菌属（Vibrio）、假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas）、盐单胞菌属（Halomonas）等,不同养殖期优势类群差异较大,其中休养期以Cobetia属、玫瑰变色菌属和嗜冷杆菌属为主;养殖初期以Cobetia属、假交替单胞菌属、Kushneria属和弧菌属为主;养殖中期优势类群为Cobetia属、盐单胞菌属、交替单胞菌属（Alteromonas）、弧菌属和假交替单胞菌属;养殖后期优势类群为GpIIa属和Cobetia属。潜在致病菌弧菌属相对丰度在不同养殖期差异较大,在养殖初期、中期含量较高,而在非养殖期和养殖后期含量较低,与网箱养殖卵形鲳鲹细菌性病害发病规律相吻合,表明由于弧菌引起的鱼类病害为养殖区的主要细菌性病害类型。 相似文献
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《大连海洋大学学报》2015,(4)
为研究不同养殖时期刺参Apostichopus japonicus肠道内的细菌菌群结构,采用PCR-DGGE技术对DGGE凝胶中的主要条带进行切割、回收、克隆、测序。结果表明:3、4、5、6、9、10月,大连瓦房店海区养殖刺参肠道内细菌16S r DNA-V3可变区序列经PCR扩增及DGGE电泳后分别获得49、49、54、53、52、51个条带;3月与9月的菌群结构相似度最高,为67.9%,4月与10月次之,为63.8%;经条带序列分析得到43个主要条带对应的核酸序列,11个与未培养菌相似,32个与归属为7个细菌类群的细菌序列相似,包括α-变形菌纲、γ-变形菌纲、δ-变形菌纲、黄杆菌纲、蓝藻纲、绿弯菌门、疣微菌门;α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲是不同养殖时期刺参肠道内的主要细菌群落,其中γ-变形菌纲所占比例最高,达25.00%~35.71%,除3月和9月外,黄杆菌纲的相对含量均高于α-变形菌纲。研究表明,春秋两季刺参肠道内菌群结构呈现类似的演替变化规律,α-变形菌纲所占比例下降,而γ-变形菌纲与黄杆菌纲所占比例上升。 相似文献
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不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S rDNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。 相似文献
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《中国学术期刊影响因子年报》系列数据库首发式的北京召开沙雅县胡杨林土壤可培养细菌的多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
马丽艳木·阿木东 谢仁娜依·甫拉提 卡依尔·玉素甫 艾尼江·尔斯曼 玛丽帕·吐达洪 程刚 祖母拉提·阿布都热依木 艾尔肯·热合曼 木合塔·阿不都克里木 《新疆农业科学》2011,48(5):832-840
[目的]了解新疆沙雅县胡杨林土壤可培养细菌的多样性.[方法]沙雅县胡杨林采集土壤样品,采用两种不同的培养基(LB,TSA)分离纯化细菌,并对它们进行16S rDNA测定和系统进化分析.[结果]分离纯化不同表型的57株细菌.对它们16S rDNA序列分析表明,57株菌分别属于3个大类群厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria),γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria),13个属,33个种;芽孢杆菌属是优势细菌种群,它占已测种群的67.2;.其中6株菌M28,M13,CT3,YS30-1,CM5,CL19初步被认为是潜在的新种(16S rDNA相似率为96.780;～97.961;).[结论]沙雅县胡杨林可培养细菌不仅具有比较高的多样性,并存在一些潜在的新的细菌菌种资源,极具进一步发掘的潜力. 相似文献
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为研究沉水植物对罗氏沼虾养殖系统的水质调控效应,比较了生态养殖组与传统养殖组的水质、浮游动植物和微生物群落结构特征,解析了浮游动植物、微生物优势种群与水环境因子之间的关系。结果表明:两组养殖水体水质与浮游生物群落结构均存在显著差异。生态养殖组的总磷(TP)、总氮(TN)、化学需氧量(COD)和叶绿素a(Chl-a)浓度均低于传统养殖组。传统养殖组浮游植物与浮游动物生物量均高于生态养殖组,两组浮游植物与浮游动物多样性指数存在显著差异。微生物主要包括放线菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和变形菌门,其中生态养殖组放线菌门的丰度最高,传统养殖组优势菌为蓝细菌门的微囊藻属、鱼腥藻属以及拟杆菌门的黄杆菌属。冗余分析结果表明TP、COD和溶解氧(DO)是影响水体浮游生物群落组成与分布的关键因子。综上所述,利用沉水植物开展罗氏沼虾养殖水环境的原位净化,可显著消减养殖水体氮、磷营养盐,降低浮游动植物生物量,提高水体微生物群落结构稳定性,改善养殖水环境。 相似文献
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微生物是淡水生态系统的重要组成部分,其群落组成与水环境密切相关。在室内设置5个试验组,种植常绿型沉水植物苦草(Vallisneria natans)同时引入铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和鲫(Carassius auratus)来模拟生态系统中的生物种群结构。通过构建多营养层级淡水生态系统,探究了不同水生生物对细菌群落结构的影响。结果表明,构建的几种淡水生态系统中优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、拟杆菌门(Bacteroidota)和蓝细菌门(Cyanobacteria),螺、蚌、鱼的存在极大地减少了水体中蓝细菌门的数量,能够有效控制蓝细菌过度繁殖。细菌多样性指数(Shannon指数)在草、草-螺-蚌组中较高,而在草-螺、草-螺-蚌-鱼组中较低。冗余分析(RDA)表明,各系统间微生物群落丰度存在明显的差异,不同水生生物的引入和溶解氧含量是影响微生物群落变化的直接因素,而营养盐浓度的变化主要依赖于水生生物与微生物的共同作用,是影响微生物群落变化的间接... 相似文献
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运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对烟草根际与非根际土壤中可培养细菌多样性进行了研究。用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基分别从烟草根际与非根际土壤中分离了17株与28株细菌。16S rRNA序列分析结果表明,17株根际细菌可分为5个属6个种,7株属于厚壁菌门(Firmicutes,41.18%),4株属于变形菌门α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,23.53%),4株属于放线菌门(Actinobacteria,23.53%),2株属于变形菌门β-变形菌纲(Betaproteobacteria,11.76%);28株非根际细菌可分为9个属17个种,15株属于厚壁菌门(Firmicutes,53.57%),6株属于放线菌门(Actinobacteria,21.43%),4株属于变形菌门β-变形菌纲(Betaproteobacteria,14.29%),2株属于变形菌门α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,7.14%),1株属于拟杆菌门(Bacteroidetes phy.nov.,3.57%)。芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属。1株细菌可能为新种或属。研究表明烟草根际与非根际土壤中含有较为丰富的微生物资源。 相似文献
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【目的】明确健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤以及根内细菌群落组成与多样性。【方法】采用Illumina Miseq高通量测序技术,分别对草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌16S rRNA基因的V3～V4区进行扩增并测序,分析健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌群落结构与多样性。【结果】健康与患根腐病草莓土壤及根内细菌多样性丰富,健康草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、238个科、489个属,患根腐病草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、233个科、483个属。门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)为根际和非根际土壤的优势菌门,放线菌门和拟杆菌门的相对丰度在健康与患根腐病草莓根际、非根际土壤中存在差异。根内样品中的优势菌门为变形菌门和蓝细菌门(Cyanobacteria),二者的相对丰度在健康与患根腐病草莓根内存在显著性差异。属水平上,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、新鞘氨醇杆菌属(Novosphin... 相似文献
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为揭示福州左海湖细菌群落的季节变化及其与环境因子的关系,通过构建16SrRNA基因克隆文库对全湖水体细菌群落进行了调查,应用典范对应分析(Canonical correspondence analysis,CCA)探讨影响细菌群落季节性变化的环境因素。结果表明:左海湖细菌群落组成中β-变形菌门β-Proteobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria为优势类群,α-变形菌门α-Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和放线菌门Actinobacteria为亚优势类群。细菌群落结构具有明显的季节性变化特征,春、夏季Cyanobacteria为优势类群,秋、冬季β-Proteobacteria为优势类群。春季水体细菌群落结构主要受pH、叶绿素a(Chla)、透明度(SD)和总氮(TN)的影响,夏季水体受pH、Chla、SD、总磷(TP)影响较大,秋季水体受TP、Chla、TN影响较大,冬季水体则受水温(WT)、pH、SD影响较大。本研究发现,左海湖细菌群落结构的季节动态与水温及营养状况密切相关。 相似文献
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[目的]了解新疆库米什一处金矿土壤可培养细菌的多样性及建立菌种资源库.[方法]采集库米什金矿土壤样品,采用两种不同培养基(LB,TSB)分离纯化细菌,对其进行形态观察(菌落及细胞)、生理测定、16SrDNA测序和系统进化分析.[结果]从两种培养基上总共得到50株细菌,根据基于16S rDNA的系统进化分析表明,50株菌分别属于3个大类群:厚壁菌门(Firmicutes ),放线菌门(Actinobacteria),γ-变形菌纲(γ-Proteobaeteria),12个属,30个分类单元.其中芽抱杆菌属(Bacillus)为优势细菌种群,占已测种群的63.3;.菌株L10-5与Bacillus foraminis (AJ717382)有96.463;的相似率,可能为潜在新种.[结论]库米什金矿土壤可培养细菌具有较高的多样性,存在潜在新菌种资源,值得进一步研究. 相似文献
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以黄海和渤海代表性刺参养殖池塘秋、冬季海水和沉积物基因组DNA为模板,以细菌16S r DNA通用引物进行PCR扩增,构建16S r DNA文库并进行测序分析,研究了秋、冬季刺参养殖池塘菌群的多样性。结果表明:海水和沉积物中主要包括11个门类的细菌,即变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、厚壁菌门(Firmicutes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、脱铁杆菌门(Deferribacteres)、绿弯菌门(Chloroflexi);黄海和渤海刺参养殖池塘海水和沉积物中优势类群均为变形菌(变形菌比例48%);用Shannon指数及Simpson优势度指数分析细菌的多样性,黄、渤海刺参养殖池塘中,冬季沉积物细菌Simpson优势度指数均最低,分别为0.014 89和0.016 50,Shannon指数均最高,分别为6.312和5.695。研究表明,黄海和渤海刺参养殖池塘中,冬季沉积物细菌多样性均最高。 相似文献
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为研究木薯（Manihot esculenta）内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎（韧皮部）内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且... 相似文献
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为探讨稻虾鳝立体综合种养水体微生物群落结构,在稻虾综合种养水体不同区域设置网箱养殖黄鳝。运用Illumina MiSeq测序技术,对系统中网箱内(T1)、网箱外(T2)、邻侧环沟(T3)、对侧环沟(T4)4个采样点水体的微生物多样性进行比较。结果表明,稻虾鳝立体综合种养系统水体16S rRNA基因集成3 737个操作分类单元(OTU),共鉴定出47门、137纲、309目、509科、929属、1 697种,变形菌门、蓝细菌门和放线菌门为采样点共同的优势菌门。网箱养殖黄鳝未对水体不同区域微生物多样性指数造成显著影响,但显著改变了微生物群落结构。随着养殖的进行,不同采样点间菌落组成差异变大。冗余分析(RDA)和直系同源基因簇(COG)功能预测结果显示,亚硝酸盐氮(NO2--N)、总氮(TN)和氨态氮(NH4+-N)含量与微生物群落呈现出较强的相关性,高锰酸盐指数(CODMn)与微生物群落相关性最小,系统内与氨基酸代谢和能量转换相关的菌群丰度最高。 相似文献
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为了探索方斑东风螺(Babylonia areolata)室外水泥池养殖适宜的底质,采用海砂(SS)、细陶粒(FC)、粗陶粒(CC)和海砂+粗陶粒混合(SS+CC) 4种底质进行对比试验,分析了不同陶粒材质和粒径大小对体质量为(4.692±1.033) g的方斑东风螺存活与生长、养殖水质及底质微生物群落的影响。结果表明：4种底质条件下方斑东风螺的存活率均大于90%且无显著性差异(P>0.05);FC组体质量特定生长率最高,为(1.386 4±0.219 6)%/d,显著高于CC、SS、SS+CC组(P<0.05);不同底质的微生物群落结构组成不同,SS组的微生物群落丰富度和多样性最低,FC组的丰富度和多样性均较高;FC组底质微生物中变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和酸杆菌门(Acidobacteriota)相对丰度较高;FC、SS+CC组中弧菌(Vibrio)相对丰度较低,微小杆菌(Exiguobacterium)和盐单胞菌(Halomonas)相对丰度较高,表明细陶粒对抵抗病原弧菌、... 相似文献